Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804)
250 Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804)
(Previous) alpha-Ketoglutaric acid (COTPAC)
(Back) Elements:
O 5
C 6
H 10
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)
Reference: "Crystal Structure and Hydrogen Bonding System in Cellulose I alpha from Synchrotron X-ray and Neutron Fiber Diffraction"
Yoshiharu Nishiyama, Junji Sugiyama, Henri Chanzy, and Paul Langan, Journal of the American Chemical Society 2003 125 (47), 14300-14306
Carbohydrates: Glucose, beta-Maltose monohydrate, Sucrose,
alpha-Lactose monohydrate, beta-D-Fructose, beta-D-Galactose,
beta-Cellobiose, Cellulose 1 alpha, Cellulose 1 beta.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 10.40 5.96 6.72 80.37 114.80 118.08 333.33 1.615 -226.0 calc'd using PM7
PM7: 10.30 5.70 6.38 81.17 113.30 120.27 297.01 1.813 -241.7 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 10.50 5.76 6.32 82.18 113.69 121.36 297.67 1.809 -250.2 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 13:38:15 |
Feb 23 2021 @ 09:13:12
ARC file |
Feb 28 2021 @ 18:53:43 |
X-Ray data set:
MERS=(1,2,2) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS
Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804)
O 0.00000000 +0 0.0000000 +0 0.0000000 +0
C 1.43085700 +0 0.0000000 +0 0.0000000 +0
H 1.78907461 +1 1.0475561 +1 0.0196477 +1
O 1.83404748 +0 -0.7350322 +0 1.1180044 +0
C 1.89219801 +0 -0.8155353 +0 -1.2282723 +0
H 1.52940775 +1 -1.8707504 +1 -1.1607058 +1
C 1.36726574 +0 -0.1324098 +0 -2.4597300 +0
H 1.87076106 +1 0.8557480 +1 -2.6155568 +1
C -0.13519529 +0 0.0689145 +0 -2.3875678 +0
H -0.61414131 +1 -0.9483511 +1 -2.4859457 +1
C -0.59940237 +0 0.7037273 +0 -1.0971494 +0
H -0.28835128 +1 1.7758947 +1 -1.0282557 +1
C -2.10828983 +0 0.5753609 +0 -0.8888553 +0
H -2.47285768 +1 -0.4505750 +1 -1.0830706 +1
H -2.41345148 +1 0.9115017 +1 0.1204546 +1
O 3.31689243 +0 -0.8412781 +0 -1.2146588 +0
O 1.72399238 +0 -0.9375269 +0 -3.5882862 +0
O -2.77098139 +0 1.4808194 +0 -1.7493191 +0
O 3.73960268 +0 0.0082054 +0 4.1234409 +0
C -1.12634704 +0 0.2157331 +0 -4.5788272 +0
H -1.35631414 +1 -0.8481405 +1 -4.3472636 +1
O -0.63970255 +0 0.8931079 +0 -3.4438785 +0
C 1.50057391 +0 0.7568618 +0 4.5642538 +0
H 1.69279754 +1 1.8484855 +1 4.4543726 +1
C 1.04472800 +0 0.0744022 +0 3.2889957 +0
H 0.65901626 +1 -0.9578324 +1 3.4960452 +1
C 2.18957027 +0 0.0272670 +0 2.2832993 +0
H 2.42374670 +1 1.0745141 +1 1.9630703 +1
C 3.43054541 +0 -0.6180584 +0 2.8700924 +0
H 3.25708651 +1 -1.7067506 +1 3.0715471 +1
C 4.65120577 +0 -0.4509759 +0 1.9915362 +0
H 4.73589557 +1 0.5600073 +1 1.5519370 +1
H 5.58534358 +1 -0.6611808 +1 2.5532801 +1
O 0.48048265 +0 0.7086552 +0 5.5633702 +0
O -0.06445754 +0 0.7939400 +0 2.7595447 +0
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H 3.59422076 +1 -1.3563444 +1 -0.4120708 +1
H 2.70849119 +1 -1.0187718 +1 -3.6253022 +1
H -2.48735315 +1 1.3500644 +1 -2.6803712 +1
H -0.18694053 +1 0.0177682 +1 5.3603365 +1
H -0.31088047 +1 0.4215364 +1 1.8763254 +1
H 5.13734826 +1 -2.0968589 +1 0.9919161 +1
O 0.59164918 +0 -4.8773355 +0 -3.3763768 +0
C 2.02250619 +0 -4.8773355 +0 -3.3763768 +0
H 2.38069428 +1 -3.8298242 +1 -3.3569505 +1
O 2.42569667 +0 -5.6123677 +0 -2.2583724 +0
C 2.48384720 +0 -5.6928708 +0 -4.6046492 +0
H 2.12146507 +1 -6.7478479 +1 -4.5373552 +1
C 1.95891492 +0 -5.0097453 +0 -5.8361069 +0
H 2.46218136 +1 -4.0214303 +1 -5.9922488 +1
C 0.45645390 +0 -4.8084211 +0 -5.7639446 +0
H -0.02219008 +1 -5.8257186 +1 -5.8624400 +1
C -0.00775318 +0 -4.1736082 +0 -4.4735263 +0
H 0.30324384 +1 -3.1014480 +1 -4.4045757 +1
C -1.51664065 +0 -4.3019746 +0 -4.2652322 +0
H -1.88105464 +1 -5.3279982 +1 -4.4582352 +1
H -1.82185600 +1 -3.9648568 +1 -3.2561842 +1
O 3.90854161 +0 -5.7186136 +0 -4.5910356 +0
O 2.31564157 +0 -5.8148624 +0 -6.9646630 +0
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O 4.33125187 +0 -4.8691302 +0 0.7470641 +0
C -0.53469785 +0 -4.6616024 +0 -7.9552040 +0
H -0.76445372 +1 -5.7259485 +1 -7.7233644 +1
O -0.04805337 +0 -3.9842276 +0 -6.8202553 +0
C 2.09222310 +0 -4.1204737 +0 1.1878770 +0
H 2.28065411 +1 -3.0282803 +1 1.0795261 +1
C 1.63637719 +0 -4.8029333 +0 -0.0873811 +0
H 1.25076825 +1 -5.8352181 +1 0.1193867 +1
C 2.78121945 +0 -4.8500685 +0 -1.0930775 +0
H 3.01548853 +1 -3.8029137 +1 -1.4133365 +1
C 4.02219459 +0 -5.4953940 +0 -0.5062844 +0
H 3.84896621 +1 -6.5840660 +1 -0.3049387 +1
C 5.24285495 +0 -5.3283114 +0 -1.3848407 +0
H 5.32747723 +1 -4.3167809 +1 -1.8234024 +1
H 6.17695955 +1 -5.5384680 +1 -0.8228898 +1
O 1.07213183 +0 -4.1686803 +0 2.1869934 +0
O 0.52719164 +0 -4.0833955 +0 -0.6168322 +0
O 5.17065227 +0 -6.1743136 +0 -2.5147829 +0
H 4.18532449 +1 -6.2360898 +1 -3.7904996 +1
H 3.30082520 +1 -5.8883297 +1 -7.0057947 +1
H -1.90239481 +1 -3.5324542 +1 -6.0591086 +1
H 0.45533939 +1 -4.9181168 +1 2.0316497 +1
H 0.27903400 +1 -4.4580965 +1 -1.4987406 +1
H 5.73777876 +1 -6.9692076 +1 -2.3864145 +1
O -6.45228469 +0 -1.7928021 +0 -0.5243750 +0
C -5.02142769 +0 -1.7928021 +0 -0.5243750 +0
H -4.66316835 +1 -0.7452153 +1 -0.5047170 +1
O -4.61823721 +0 -2.5278343 +0 0.5936294 +0
C -4.56008668 +0 -2.6083374 +0 -1.7526474 +0
H -4.92252151 +1 -3.6631595 +1 -1.6854837 +1
C -5.08501896 +0 -1.9252119 +0 -2.9841051 +0
H -4.58040333 +1 -0.9375589 +1 -3.1400024 +1
C -6.58747998 +0 -1.7238876 +0 -2.9119428 +0
H -7.06599058 +1 -2.7411551 +1 -3.0103841 +1
C -7.05168706 +0 -1.0890748 +0 -1.6215245 +0
H -6.74080398 +1 -0.0168947 +1 -1.5526356 +1
C -8.56057452 +0 -1.2174411 +0 -1.4132304 +0
H -8.92443599 +1 -2.2438729 +1 -1.6046638 +1
H -8.86483650 +1 -0.8795691 +1 -0.4040994 +1
O -3.13539226 +0 -2.6340802 +0 -1.7390338 +0
O -4.72829231 +0 -2.7303290 +0 -4.1126612 +0
O -9.22326608 +0 -0.3119827 +0 -2.2736941 +0
O -2.71268201 +0 -1.7845967 +0 3.5990659 +0
C -7.57863173 +0 -1.5770689 +0 -5.1032022 +0
H -7.80781020 +1 -2.6410863 +1 -4.8718494 +1
O -7.09198724 +0 -0.8996942 +0 -3.9682535 +0
C -4.95171078 +0 -1.0359402 +0 4.0398788 +0
H -4.76397288 +1 0.0564371 +1 3.9319895 +1
C -5.40755669 +0 -1.7183999 +0 2.7646207 +0
H -5.79197510 +1 -2.7511732 +1 2.9717542 +1
C -4.26271443 +0 -1.7655351 +0 1.7589243 +0
H -4.02879936 +1 -0.7182754 +1 1.4387056 +1
C -3.02173929 +0 -2.4108605 +0 2.3457174 +0
H -3.19486400 +1 -3.4994760 +1 2.5471198 +1
C -1.80107893 +0 -2.2437780 +0 1.4671611 +0
H -1.71677083 +1 -1.2325233 +1 1.0279988 +1
H -0.86697049 +1 -2.4532893 +1 2.0291455 +1
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O -6.51674223 +0 -0.9988621 +0 2.2351697 +0
O -1.87328161 +0 -3.0897802 +0 0.3372189 +0
H -2.85975514 +1 -3.1569333 +1 -0.9438335 +1
H -3.74285469 +1 -2.7936693 +1 -4.1602869 +1
H -8.95983191 +1 -0.4626516 +1 -3.2097700 +1
H -6.57182884 +1 -1.8505269 +1 4.8982383 +1
H -6.77717960 +1 -1.3906481 +1 1.3631198 +1
H -1.31032588 +1 -3.8871129 +1 0.4674701 +1
O -5.86063551 +0 -6.6701376 +0 -3.9007519 +0
C -4.42977851 +0 -6.6701376 +0 -3.9007519 +0
H -4.07147721 +1 -5.6226373 +1 -3.8811145 +1
O -4.02658802 +0 -7.4051698 +0 -2.7827475 +0
C -3.96843749 +0 -7.4856729 +0 -5.1290242 +0
H -4.33023272 +1 -8.5404244 +1 -5.0618391 +1
C -4.49336977 +0 -6.8025474 +0 -6.3604819 +0
H -3.98988100 +1 -5.8143979 +1 -6.5165061 +1
C -5.99583080 +0 -6.6012232 +0 -6.2883197 +0
H -6.47473984 +1 -7.6184717 +1 -6.3868144 +1
C -6.46003787 +0 -5.9664103 +0 -4.9979013 +0
H -6.14891721 +1 -4.8942920 +1 -4.9288376 +1
C -7.96892534 +0 -6.0947767 +0 -4.7896072 +0
H -8.33361911 +1 -7.1205052 +1 -4.9842328 +1
H -8.27474506 +1 -5.7582960 +1 -3.7806907 +1
O -2.54374308 +0 -7.5114157 +0 -5.1154107 +0
O -4.13664312 +0 -7.6076645 +0 -7.4890380 +0
O -8.63161690 +0 -5.1893182 +0 -5.6500709 +0
O -2.12103282 +0 -6.6619323 +0 0.2226890 +0
C -6.98698254 +0 -6.4544045 +0 -8.4795791 +0
H -7.21661519 +1 -7.5184525 +1 -8.2480574 +1
O -6.50033806 +0 -5.7770297 +0 -7.3446304 +0
C -4.36006159 +0 -5.9132758 +0 0.6635020 +0
H -4.17076651 +1 -4.8211555 +1 0.5547178 +1
C -4.81590750 +0 -6.5957354 +0 -0.6117561 +0
H -5.20095502 +1 -7.6281840 +1 -0.4045241 +1
C -3.67106524 +0 -6.6428706 +0 -1.6174525 +0
H -3.43705249 +1 -5.5956094 +1 -1.9377105 +1
C -2.43009010 +0 -7.2881960 +0 -1.0306594 +0
H -2.60372218 +1 -8.3769011 +1 -0.8290245 +1
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O -1.28163242 +0 -7.9671157 +0 -3.0391579 +0
H -2.26732693 +1 -8.0326306 +1 -4.3188050 +1
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Optimized PM7 data set:
MERS=(1,2,2) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804)
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H 1.80232695 +1 0.3955565 +1 -2.9802307 +1
C -0.24750152 +1 -0.2756517 +1 -2.4857754 +1
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H -2.52428623 +1 -0.3750485 +1 -0.9644861 +1
H -2.26288315 +1 1.1017593 +1 0.0595291 +1
O 3.23345803 +1 -0.9492242 +1 -1.3881315 +1
O 1.39814323 +1 -1.5432872 +1 -3.5802145 +1
O -2.80860646 +1 1.4805470 +1 -1.8162830 +1
O 3.69131216 +1 0.0776823 +1 3.9148932 +1
C -1.08844541 +1 -0.2317881 +1 -4.7070301 +1
H -1.26812874 +1 -1.3041601 +1 -4.4735020 +1
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C 0.94999923 +1 0.0401275 +1 3.0609809 +1
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C 2.14802138 +1 0.0410867 +1 2.0960556 +1
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C 3.36953118 +1 -0.6472345 +1 2.7362726 +1
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O -0.06847319 +1 0.8241452 +1 2.4833172 +1
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C 1.91762201 +1 -4.7484630 +1 -3.3942031 +1
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O 2.28317015 +1 -5.4509288 +1 -2.2425864 +1
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C 1.80183959 +1 -5.2008919 +1 -5.8663044 +1
H 2.33945633 +1 -4.2955048 +1 -6.2203159 +1
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H -0.25760088 +1 -5.9329430 +1 -5.6705385 +1
C -0.06474919 +1 -4.0611691 +1 -4.5130608 +1
H 0.32548430 +1 -3.0256401 +1 -4.6524539 +1
C -1.57136861 +1 -4.0462254 +1 -4.1968374 +1
H -2.00344961 +1 -5.0622745 +1 -4.2584428 +1
H -1.75419177 +1 -3.6149355 +1 -3.1885963 +1
O 3.75541990 +1 -5.6409070 +1 -4.6038071 +1
O 1.92989000 +1 -6.2372921 +1 -6.8038457 +1
O -2.28274412 +1 -3.1828005 +1 -5.0583347 +1
O 4.21407718 +1 -4.7179011 +1 0.6989056 +1
C -0.58119231 +1 -4.9468839 +1 -7.9351988 +1
H -0.80363461 +1 -6.0042473 +1 -7.6698337 +1
O -0.14153831 +1 -4.1886900 +1 -6.8401727 +1
C 1.93450070 +1 -3.9647381 +1 1.1173367 +1
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H 5.17617455 +1 -4.3936504 +1 -1.9653398 +1
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H 4.16488372 +1 -5.9444580 +1 -3.7320438 +1
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H 5.74945057 +1 -6.5937399 +1 -2.7947549 +1
O -6.21420632 +1 -1.6914527 +1 -0.4752010 +1
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O -4.39852955 +1 -2.4493913 +1 0.5869931 +1
C -4.29458926 +1 -2.6056876 +1 -1.7075390 +1
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C -4.95574184 +1 -2.2187276 +1 -3.0390797 +1
H -4.53759556 +1 -1.2709691 +1 -3.4553115 +1
C -6.48027110 +1 -2.0903333 +1 -2.8498017 +1
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C -6.82048089 +1 -1.1709550 +1 -1.6479438 +1
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C -8.31782661 +1 -1.2078379 +1 -1.3076578 +1
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O -9.06331675 +1 -0.4077348 +1 -2.1975822 +1
O -2.61272447 +1 -1.8381497 +1 3.6373182 +1
C -7.44288638 +1 -2.0920188 +1 -5.0397492 +1
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O -7.02535999 +1 -1.3490902 +1 -3.9286598 +1
C -4.89471643 +1 -1.0734275 +1 3.9893612 +1
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C -5.29876383 +1 -1.6664705 +1 2.6410779 +1
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C -4.06414778 +1 -1.6820738 +1 1.7270494 +1
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C -2.90304288 +1 -2.4468979 +1 2.3942653 +1
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C -1.61359540 +1 -2.2904231 +1 1.5745661 +1
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O -1.80101383 +1 -3.1534298 +1 0.4676818 +1
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H -3.87764061 +1 -3.1650894 +1 -4.4263814 +1
H -9.11056476 +1 -0.8101656 +1 -3.1035348 +1
H -6.65442235 +1 -1.7662235 +1 4.7043005 +1
H -6.40400701 +1 -1.0355159 +1 1.1138423 +1
H -0.92120829 +1 -3.4817050 +1 0.1402788 +1
O -5.71586299 +1 -6.3963426 +1 -3.7272947 +1
C -4.28837716 +1 -6.4358485 +1 -3.7888359 +1
H -3.90956293 +1 -5.3909652 +1 -3.8050772 +1
O -3.89947128 +1 -7.1628745 +1 -2.6586255 +1
C -3.79396370 +1 -7.3167285 +1 -4.9510382 +1
H -3.97835932 +1 -8.3989647 +1 -4.7463441 +1
C -4.43043546 +1 -6.9030105 +1 -6.2866876 +1
H -3.99678355 +1 -5.9547045 +1 -6.6843242 +1
C -5.95633937 +1 -6.7670332 +1 -6.1089918 +1
H -6.43299785 +1 -7.7703721 +1 -6.0229351 +1
C -6.30445632 +1 -5.8559164 +1 -4.9017940 +1
H -5.94647226 +1 -4.8107572 +1 -5.0652748 +1
C -7.80684948 +1 -5.8892457 +1 -4.5820293 +1
H -8.19658557 +1 -6.9233477 +1 -4.6397923 +1
H -8.00910243 +1 -5.4535630 +1 -3.5781147 +1
O -2.40948011 +1 -7.0881632 +1 -5.0526991 +1
O -4.20848139 +1 -7.9460958 +1 -7.1995778 +1
O -8.53840329 +1 -5.0590351 +1 -5.4572248 +1
O -2.10091573 +1 -6.5430115 +1 0.3814099 +1
C -6.92894589 +1 -6.7701481 +1 -8.2921448 +1
H -7.19168349 +1 -7.8177786 +1 -8.0401921 +1
O -6.49384197 +1 -6.0234625 +1 -7.1892492 +1
C -4.36611248 +1 -5.7368906 +1 0.7282185 +1
H -4.09245240 +1 -4.6512902 +1 0.6661363 +1
C -4.77334502 +1 -6.3253262 +1 -0.6218851 +1
H -5.27363019 +1 -7.3191345 +1 -0.5190664 +1
C -3.53758087 +1 -6.3901618 +1 -1.5305208 +1
H -3.20239635 +1 -5.3669708 +1 -1.8174458 +1
C -2.39983521 +1 -7.1751385 +1 -0.8485259 +1
H -2.67648972 +1 -8.2451786 +1 -0.6846185 +1
C -1.10272029 +1 -7.0672802 +1 -1.6629269 +1
H -0.91288831 +1 -6.0509493 +1 -2.0507234 +1
H -0.23202970 +1 -7.3979405 +1 -1.0656957 +1
O -5.40879417 +1 -5.7721621 +1 1.6685479 +1
O -5.69429420 +1 -5.4310170 +1 -1.2089080 +1
O -1.30437885 +1 -7.9356932 +1 -2.7645427 +1
H -1.95452991 +1 -7.3862001 +1 -4.1992841 +1
H -3.32577894 +1 -7.8561773 +1 -7.6472103 +1
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H -0.42580419 +1 -8.2768896 +1 -3.0826930 +1
Tv 3.73941842 +1 0.1898250 +1 9.5933771 +1
Tv 1.09092711 +1 -9.3716016 +1 -6.4133165 +1
Tv -12.28758029 +1 -3.4306673 +1 -0.5642082 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,2,2) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804) (PM6-D3H4)
O -0.12067467 +1 -0.0984940 +1 0.0275961 +1
C 1.34034461 +1 -0.1501477 +1 0.0085692 +1
H 1.70354163 +1 0.8974760 +1 -0.0091338 +1
O 1.65831606 +1 -0.8464347 +1 1.2028660 +1
C 1.79494993 +1 -1.0722829 +1 -1.1437699 +1
H 1.51324800 +1 -2.1285635 +1 -0.9187263 +1
C 1.20410744 +1 -0.6058864 +1 -2.4853489 +1
H 1.75893809 +1 0.3004088 +1 -2.8174374 +1
C -0.30550728 +1 -0.3333183 +1 -2.3794551 +1
H -0.87579297 +1 -1.2916553 +1 -2.3656542 +1
C -0.65211375 +1 0.5544357 +1 -1.1559397 +1
H -0.20756043 +1 1.5772919 +1 -1.2520991 +1
C -2.15752235 +1 0.6319559 +1 -0.8678793 +1
H -2.63747803 +1 -0.3572986 +1 -1.0515900 +1
H -2.35461351 +1 1.0324774 +1 0.1615811 +1
O 3.20040367 +1 -0.9461907 +1 -1.3463261 +1
O 1.35599351 +1 -1.6795096 +1 -3.4236540 +1
O -2.77493321 +1 1.6114348 +1 -1.7190084 +1
O 3.76734051 +1 -0.0758978 +1 4.1025185 +1
C -1.20056100 +1 -0.2386002 +1 -4.6373548 +1
H -1.44549907 +1 -1.2991577 +1 -4.3976851 +1
O -0.66947053 +1 0.4803727 +1 -3.5350655 +1
C 1.51126833 +1 0.7238436 +1 4.5879314 +1
H 1.77627884 +1 1.8094564 +1 4.4482286 +1
C 0.98554284 +1 0.0495736 +1 3.3063339 +1
H 0.53530352 +1 -0.9559632 +1 3.4976390 +1
C 2.14560250 +1 -0.0289343 +1 2.2962094 +1
H 2.44066027 +1 0.9858583 +1 1.9501133 +1
C 3.36542518 +1 -0.7709951 +1 2.8890020 +1
H 3.12879552 +1 -1.8368883 +1 3.1284662 +1
C 4.58728233 +1 -0.7138025 +1 1.9683099 +1
H 4.70082747 +1 0.2610222 +1 1.4414764 +1
H 5.50655862 +1 -1.0083461 +1 2.5270591 +1
O 0.50915509 +1 0.7687075 +1 5.5985730 +1
O -0.04391907 +1 0.8945423 +1 2.7729931 +1
O 4.31422467 +1 -1.7154671 +1 0.9603890 +1
H 3.72525458 +1 -1.2544698 +1 -0.5186953 +1
H 2.10562491 +1 -1.4791102 +1 -4.0585582 +1
H -2.62828748 +1 1.3404329 +1 -2.6868929 +1
H 0.16491441 +1 -0.1274563 +1 5.7712360 +1
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