Time stamp: Sun Jul 12 08:52:02 2020 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

251 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

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(Next)          Alpha-Chitin
Reference: "Crystal Structure and Hydrogen-Bonding System in Cellulose I beta from Synchrotron X-ray and Neutron Fiber Diffraction"
Yoshiharu Nishiyama, Paul Langan, and Henri Chanzy, Journal of the American Chemical Society 2002 124 (31), 9074-9082
Carbohydrates: Glucose, beta-Maltose monohydrate, Sucrose,
alpha-Lactose monohydrate, beta-D-Fructose, beta-D-Galactose,
beta-Cellobiose, Cellulose 1 alpha, Cellulose 1 beta.
                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density       Heat of Formation (Kcal/mol)
                                     X-ray:    10.38   8.20   7.78  96.55  90.00  90.00    658.26  1.636         -223.0 calc'd using PM7
                                       PM7:    10.26   8.60   7.60  94.07  99.11 102.47    642.93  1.675         -234.6 calc'd using PM7 (ref:     0.0)
                                  PM6_D3H4:    10.47   7.79   7.45  91.66  87.92  94.23    605.10  1.780         -244.9 calc'd using PM6_D3H4
                                  X-Ray                                             PM7                                            PM6_D3H4
Calc'd on: Feb 28 2020 @ 16:28:32 Feb 23 2020 @ 15:06:36 ARC file May 23 2020 @ 03:53:15
  X-Ray data set:
 MERS=(1,1,1) GNORM=4 NOOPT OPT-H
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

  C     0.00000000 +0    0.0000000 +0    0.0000000 +0
  H     0.94058899 +1    0.0822697 +1    0.5977664 +1
  C    -0.84128541 +0    1.2778103 +0    0.0000000 +0
  H    -1.65953217 +1    1.2394233 +1   -0.7680448 +1
  C    -1.38821471 +0    1.5707775 +0    1.3757002 +0
  H    -0.57384768 +1    1.9905864 +1    2.0416748 +1
  C    -1.99051632 +0    0.3371132 +0    2.0178249 +0
  H    -2.96969561 +1    0.1355102 +1    1.4754156 +1
  C    -1.13784349 +0   -0.8862401 +0    1.8959124 +0
  H    -0.17194452 +1   -0.7639468 +1    2.4684175 +1
  C    -1.81688568 +0   -2.1758113 +0    2.3287279 +0
  H    -2.83471943 +1   -2.3196885 +1    1.9104603 +1
  H    -1.20300655 +1   -3.0626668 +1    2.0655431 +1
  O     0.05848128 +0    2.3069117 +0   -0.4187373 +0
  O    -2.36695553 +0    2.6266842 +0    1.2921603 +0
  O    -2.31602076 +0    0.5627325 +0    3.4029751 +0
  O    -0.78510284 +0   -1.0744487 +0    0.5115856 +0
  O    -1.98596941 +0   -2.1899200 +0    3.7345691 +0
  C    -3.62967794 +0    1.0329080 +0    3.6400719 +0
  O     0.26040399 +0   -0.3234926 +0   -1.3529651 +0
  C     2.78783707 +0   -3.0573803 +0   -1.9923093 +0
  H     3.58309297 +1   -2.9837391 +1   -1.2025252 +1
  C     1.50211833 +0   -2.4262960 +0   -1.5167332 +0
  H     0.63629550 +1   -2.8146405 +1   -2.1236461 +1
  C     1.55064856 +0   -0.9132899 +0   -1.6013065 +0
  H     2.24053443 +1   -0.5672261 +1   -0.7651219 +1
  C     2.09906699 +0   -0.3956619 +0   -2.8934094 +0
  H     1.41163259 +1   -0.6488444 +1   -3.7519588 +1
  C     2.36834911 +0    1.1005172 +0   -2.9122998 +0
  H     3.00515001 +1    1.4369434 +1   -2.0710536 +1
  H     2.85085520 +1    1.4106418 +1   -3.8652822 +1
  O     2.59487299 +0   -4.4428632 +0   -2.2875592 +0
  O     1.22638412 +0   -2.8496754 +0   -0.1659661 +0
  O     3.36875369 +0   -1.0270865 +0   -3.1487886 +0
  O     1.14637142 +0    1.8160225 +0   -2.9129386 +0
  C    -0.84458708 +0    1.5215628 +0   -5.6416572 +0
  H     0.11283238 +1    1.7295409 +1   -5.1011933 +1
  C    -1.79233454 +0    2.7141657 +0   -5.7045182 +0
  H    -2.62740875 +1    2.5346020 +1   -6.4409171 +1
  C    -2.31395273 +0    3.0303352 +0   -4.3183284 +0
  H    -1.49358664 +1    3.3696348 +1   -3.6331582 +1
  C    -2.99947269 +0    1.7783225 +0   -3.7673421 +0
  H    -3.90589814 +1    1.5307812 +1   -4.3681128 +1
  C    -1.99988040 +0    0.6098575 +0   -3.7652382 +0
  H    -1.16190731 +1    0.7857645 +1   -3.0484888 +1
  C    -2.74714858 +0   -0.7172793 +0   -3.4349606 +0
  H    -3.78531706 +1   -0.7162837 +1   -3.8142080 +1
  H    -2.19804466 +1   -1.5873887 +1   -3.8461094 +1
  O    -1.14368118 +0    3.8432468 +0   -6.2858815 +0
  O    -3.19919281 +0    4.1311836 +0   -4.4332662 +0
  O    -3.36026221 +0    1.9640273 +0   -2.3867470 +0
  O    -1.44942282 +0    0.3971278 +0   -5.0520829 +0
  O    -2.91216379 +0   -0.8766359 +0   -2.0376946 +0
  C    -4.69753780 +0    2.4051731 +0   -2.1480909 +0
  O    -0.59851878 +0    1.1643598 +0   -7.0024407 +0
  H    -5.37986918 +1    2.0511851 +1   -2.9544807 +1
  C     1.82639097 +0   -1.5990327 +0   -7.7180960 +0
  H     2.64541572 +1   -1.3429947 +1   -6.9820503 +1
  C     0.51880877 +0   -0.9930090 +0   -7.2546408 +0
  H    -0.33505465 +1   -1.3247753 +1   -7.8994719 +1
  C     0.66726505 +0    0.5297985 +0   -7.2631046 +0
  H     1.41933818 +1    0.8624578 +1   -6.5061464 +1
  C     1.06191836 +0    0.9953827 +0   -8.6754767 +0
  H     0.24102640 +1    0.8294532 +1   -9.4112237 +1
  C     1.44791255 +0    2.5054089 +0   -8.6394897 +0
  H     2.04179455 +1    2.7454164 +1   -7.7431795 +1
  H     2.00559425 +1    2.7876165 +1   -9.5558606 +1
  O     1.76461408 +0   -3.0232973 +0   -7.7282569 +0
  O     0.23895214 +0   -1.5062756 +0   -5.9646130 +0
  O     2.23276410 +0    0.3393536 +0   -9.1269021 +0
  O     0.29750102 +0    3.3271758 +0   -8.7074256 +0
  H    -0.38127416 +1    3.1854610 +1   -0.2552867 +1
  H    -2.66689662 +1    2.8368999 +1    2.2140149 +1
  H    -1.52121634 +1   -1.4247209 +1    4.1649221 +1
  H     3.42037135 +1   -4.8725971 +1   -2.6200681 +1
  H     1.29998523 +1   -3.8371844 +1   -0.1049352 +1
  H     0.73393772 +1    1.8288420 +1   -2.0153878 +1
  H    -0.69458929 +1    4.3830676 +1   -5.5878115 +1
  H    -3.72619797 +1    4.2137005 +1   -3.6023195 +1
  H    -2.05038419 +1   -1.0218772 +1   -1.5866775 +1
  H     2.60151914 +1   -3.3801280 +1   -8.1248933 +1
  H    -0.44640909 +1   -0.9465134 +1   -5.5363547 +1
  H    -0.21417045 +1    3.2547610 +1   -7.8669638 +1
  H    -4.31412653 +1    0.8177330 +1    2.7819676 +1
 Tv     6.88237351 +0   -3.4702082 +0   -6.9523351 +0 
 Tv    -0.30972726 +0   -7.4504177 +0    3.4122120 +0 
 Tv     5.81511377 +0    2.7442393 +0    4.3868292 +0 
 

  Optimized PM7 data set:
 MERS=(1,1,1) GNORM=4 OPT
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

  C    -0.00343958 +1    0.0693024 +1    0.0669442 +1
  H     0.93131360 +1    0.0763447 +1    0.6691780 +1
  C    -0.84146243 +1    1.3745418 +1    0.1579690 +1
  H    -1.68603270 +1    1.3826115 +1   -0.5698683 +1
  C    -1.33298012 +1    1.5467898 +1    1.6059773 +1
  H    -0.51214805 +1    1.7682167 +1    2.3297463 +1
  C    -2.09643287 +1    0.2658647 +1    1.9896412 +1
  H    -3.02597748 +1    0.1564599 +1    1.3799686 +1
  C    -1.18568050 +1   -0.9617761 +1    1.8238442 +1
  H    -0.26644766 +1   -0.8731185 +1    2.4611581 +1
  C    -1.93414635 +1   -2.2685822 +1    2.1135174 +1
  H    -2.97285517 +1   -2.2647774 +1    1.7302631 +1
  H    -1.37562400 +1   -3.1389832 +1    1.7062954 +1
  O     0.06255826 +1    2.3871684 +1   -0.2060102 +1
  O    -2.20563635 +1    2.6486560 +1    1.5938064 +1
  O    -2.38343268 +1    0.3107451 +1    3.3733565 +1
  O    -0.81444996 +1   -1.0412443 +1    0.4542455 +1
  O    -2.08272031 +1   -2.4605078 +1    3.5123631 +1
  C    -3.68638116 +1    0.7193286 +1    3.6707220 +1
  O     0.22000104 +1   -0.1191627 +1   -1.2996733 +1
  C     2.57190154 +1   -2.8009404 +1   -2.3828681 +1
  H     3.42376234 +1   -2.7284961 +1   -1.6697157 +1
  C     1.27932278 +1   -2.2350347 +1   -1.7679455 +1
  H     0.37229555 +1   -2.5093195 +1   -2.3531876 +1
  C     1.46507537 +1   -0.7077634 +1   -1.6492123 +1
  H     2.25949491 +1   -0.4626591 +1   -0.9049843 +1
  C     1.78453382 +1   -0.0763195 +1   -3.0259690 +1
  H     0.96944195 +1   -0.2799619 +1   -3.7583975 +1
  C     2.04766573 +1    1.4411481 +1   -2.9178325 +1
  H     2.71873891 +1    1.7000379 +1   -2.0777737 +1
  H     2.46592061 +1    1.8537050 +1   -3.8578009 +1
  O     2.31974491 +1   -4.1464760 +1   -2.6910440 +1
  O     1.02035910 +1   -2.8108263 +1   -0.5244472 +1
  O     2.99102992 +1   -0.6434019 +1   -3.5035804 +1
  O     0.80711207 +1    2.0897056 +1   -2.7741205 +1
  C    -0.65900815 +1    1.4104056 +1   -5.5516287 +1
  H     0.28093584 +1    1.6759521 +1   -5.0203978 +1
  C    -1.71377419 +1    2.5437075 +1   -5.5989908 +1
  H    -2.50831590 +1    2.3296118 +1   -6.3590213 +1
  C    -2.29617208 +1    2.7665375 +1   -4.2030654 +1
  H    -1.56526001 +1    3.2562103 +1   -3.5163353 +1
  C    -2.79854006 +1    1.4296234 +1   -3.6316754 +1
  H    -3.69694200 +1    1.0729006 +1   -4.1845600 +1
  C    -1.67453094 +1    0.3790031 +1   -3.6435324 +1
  H    -0.83016391 +1    0.7066760 +1   -2.9884598 +1
  C    -2.18227657 +1   -1.0208682 +1   -3.2593131 +1
  H    -3.16448321 +1   -1.2445331 +1   -3.7218837 +1
  H    -1.45375555 +1   -1.8058249 +1   -3.5465780 +1
  O    -1.07707334 +1    3.6804636 +1   -6.1137202 +1
  O    -3.40116497 +1    3.6310282 +1   -4.3769864 +1
  O    -3.07248068 +1    1.6103035 +1   -2.2567373 +1
  O    -1.21784243 +1    0.2238885 +1   -4.9772955 +1
  O    -2.44676843 +1   -1.1051823 +1   -1.8782747 +1
  C    -4.39510580 +1    1.9291092 +1   -1.9254235 +1
  O    -0.48472207 +1    1.0859611 +1   -6.9009698 +1
  H    -5.14779132 +1    1.5763805 +1   -2.6621051 +1
  C     2.02942668 +1   -1.4701554 +1   -7.8841820 +1
  H     2.90193047 +1   -1.2082321 +1   -7.2395959 +1
  C     0.71935868 +1   -0.9710860 +1   -7.2607805 +1
  H    -0.17871495 +1   -1.3813031 +1   -7.7758631 +1
  C     0.78861015 +1    0.5733141 +1   -7.2629113 +1
  H     1.58470812 +1    0.9228460 +1   -6.5640671 +1
  C     0.99926596 +1    1.1420022 +1   -8.6825689 +1
  H     0.11564325 +1    0.9238544 +1   -9.3275148 +1
  C     1.31366258 +1    2.6542323 +1   -8.6415769 +1
  H     2.01734543 +1    2.9139043 +1   -7.8256565 +1
  H     1.73690877 +1    3.0119843 +1   -9.6033329 +1
  O     1.94415958 +1   -2.8609558 +1   -8.0402682 +1
  O     0.70284173 +1   -1.4117790 +1   -5.9227074 +1
  O     2.15744021 +1    0.5748504 +1   -9.2663915 +1
  O     0.10901316 +1    3.3686435 +1   -8.5082239 +1
  H    -0.37796240 +1    3.2903789 +1   -0.2259213 +1
  H    -2.76537272 +1    2.6518336 +1    2.4121434 +1
  H    -1.31019067 +1   -2.0663582 +1    4.0186830 +1
  H     3.11238340 +1   -4.5772248 +1   -3.1051028 +1
  H     1.76482166 +1   -2.6589164 +1    0.1110607 +1
  H     0.52176960 +1    2.1085191 +1   -1.8224499 +1
  H    -0.64824005 +1    4.2543637 +1   -5.4388546 +1
  H    -3.80360743 +1    3.8394872 +1   -3.4875632 +1
  H    -1.62958319 +1   -0.9693168 +1   -1.3460519 +1
  H     2.76239027 +1   -3.2165431 +1   -8.4725017 +1
  H    -0.08129827 +1   -1.0239861 +1   -5.4633312 +1
  H    -0.23568156 +1    3.3477317 +1   -7.5818552 +1
  H    -4.42043923 +1    0.5235443 +1    2.8565596 +1
 Tv     6.56986048 +1   -2.7824914 +1   -7.3719273 +1 
 Tv    -1.57001835 +1   -7.4536787 +1    3.9993643 +1 
 Tv     4.98600136 +1    2.3743839 +1    5.2226992 +1 
 

  Optimized PM6_D3H4 data set:
 MERS=(1,1,1) GNORM=4 OPT PM6-D3H4 THREADS=1
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1) (PM6-D3H4)

  C    -0.01933390 +1   -0.0890398 +1   -0.0143124 +1
  H     0.84730048 +1   -0.1443751 +1    0.6801260 +1
  C    -0.79619102 +1    1.2507950 +1   -0.0113026 +1
  H    -1.59842503 +1    1.2772908 +1   -0.8007103 +1
  C    -1.37914064 +1    1.5541472 +1    1.3853041 +1
  H    -0.59306166 +1    1.8531682 +1    2.1331221 +1
  C    -2.16692133 +1    0.3280414 +1    1.8736598 +1
  H    -3.13272534 +1    0.2069912 +1    1.3295973 +1
  C    -1.30709921 +1   -0.9526322 +1    1.7598217 +1
  H    -0.35270517 +1   -0.8448216 +1    2.3502905 +1
  C    -2.05480844 +1   -2.1853729 +1    2.2612024 +1
  H    -3.14965429 +1   -2.2089526 +1    2.0375813 +1
  H    -1.56853433 +1   -3.1183312 +1    1.8815375 +1
  O     0.20625520 +1    2.2305789 +1   -0.3262807 +1
  O    -2.24599303 +1    2.6801347 +1    1.2039110 +1
  O    -2.36471362 +1    0.5101318 +1    3.3030499 +1
  O    -0.96589562 +1   -1.1462141 +1    0.3670794 +1
  O    -1.90682230 +1   -2.2003112 +1    3.7053844 +1
  C    -3.63946071 +1    0.9935630 +1    3.6967903 +1
  O     0.29799624 +1   -0.3787776 +1   -1.3600130 +1
  C     2.84268090 +1   -3.0773991 +1   -2.1170473 +1
  H     3.74278346 +1   -3.0123825 +1   -1.4660797 +1
  C     1.61661494 +1   -2.3914855 +1   -1.4879560 +1
  H     0.73070018 +1   -2.8630779 +1   -1.9699474 +1
  C     1.65478688 +1   -0.8594811 +1   -1.6102434 +1
  H     2.36772017 +1   -0.4483417 +1   -0.8597958 +1
  C     2.00705679 +1   -0.3718472 +1   -3.0282179 +1
  H     1.18326126 +1   -0.6101484 +1   -3.7515512 +1
  C     2.37953806 +1    1.1138656 +1   -3.1055549 +1
  H     3.09658431 +1    1.4225724 +1   -2.2975644 +1
  H     2.78968651 +1    1.3460064 +1   -4.1236269 +1
  O     2.39124395 +1   -4.4286815 +1   -2.2811859 +1
  O     1.61107196 +1   -2.5509049 +1   -0.0791833 +1
  O     3.25054941 +1   -1.0286750 +1   -3.4095860 +1
  O     1.18019156 +1    1.9104185 +1   -3.0312015 +1
  C    -0.71979104 +1    1.5054076 +1   -5.5476172 +1
  H     0.21323847 +1    1.6140374 +1   -4.9514998 +1
  C    -1.57981296 +1    2.7950485 +1   -5.6224952 +1
  H    -2.27860334 +1    2.7753927 +1   -6.5109506 +1
  C    -2.32684762 +1    3.0937696 +1   -4.3208305 +1
  H    -1.64992322 +1    3.5991145 +1   -3.5940291 +1
  C    -2.92640637 +1    1.8269902 +1   -3.6982342 +1
  H    -3.84926725 +1    1.5289146 +1   -4.2453769 +1
  C    -1.91507624 +1    0.6625592 +1   -3.6593373 +1
  H    -1.02014905 +1    0.8821244 +1   -3.0297023 +1
  C    -2.61162695 +1   -0.6198897 +1   -3.1953374 +1
  H    -3.64805876 +1   -0.6713693 +1   -3.5963885 +1
  H    -1.98806539 +1   -1.5107384 +1   -3.4620460 +1
  O    -0.67212028 +1    3.8588356 +1   -5.9086862 +1
  O    -3.38168990 +1    4.0001583 +1   -4.6750327 +1
  O    -3.18486774 +1    2.1101088 +1   -2.2992741 +1
  O    -1.50537430 +1    0.4061460 +1   -5.0204100 +1
  O    -2.77117605 +1   -0.4807944 +1   -1.7745497 +1
  C    -4.52465669 +1    2.3772222 +1   -1.9402363 +1
  O    -0.50102735 +1    1.1278094 +1   -6.8977442 +1
  H    -5.28220962 +1    1.9780660 +1   -2.6287125 +1
  C     2.03221440 +1   -1.5747734 +1   -7.6990007 +1
  H     2.94684286 +1   -1.3602012 +1   -7.0879839 +1
  C     0.76921348 +1   -0.9621524 +1   -7.0536195 +1
  H    -0.15628605 +1   -1.3916486 +1   -7.5037309 +1
  C     0.80908060 +1    0.5726190 +1   -7.1999091 +1
  H     1.58475915 +1    1.0051570 +1   -6.5253970 +1
  C     0.97547923 +1    0.9706509 +1   -8.6841600 +1
  H     0.08855931 +1    0.6156191 +1   -9.2427188 +1
  C     1.27937049 +1    2.4616182 +1   -8.8917296 +1
  H     2.11052839 +1    2.7265531 +1   -8.2053151 +1
  H     1.51253540 +1    2.7020479 +1   -9.9647987 +1
  O     1.75639436 +1   -2.9738544 +1   -7.7609808 +1
  O     0.83662778 +1   -1.2454337 +1   -5.6574554 +1
  O     2.16495095 +1    0.3680538 +1   -9.2291168 +1
  O     0.14636786 +1    3.2870764 +1   -8.6318242 +1
  H    -0.18203398 +1    3.1290793 +1   -0.0858460 +1
  H    -2.78304522 +1    2.8223063 +1    2.0505573 +1
  H    -1.74887107 +1   -1.2593486 +1    4.0023282 +1
  H     3.11571914 +1   -5.0616109 +1   -2.5327393 +1
  H     1.20479377 +1   -3.4266968 +1    0.2098246 +1
  H     0.76591109 +1    1.7945366 +1   -2.1175154 +1
  H    -0.31699750 +1    4.2936108 +1   -5.0914523 +1
  H    -3.89028274 +1    4.2324796 +1   -3.8373720 +1
  H    -2.18835519 +1   -1.1131618 +1   -1.2967658 +1
  H     2.53478022 +1   -3.4887615 +1   -8.1507747 +1
  H     0.08978424 +1   -1.8859522 +1   -5.4083206 +1
  H    -0.19630825 +1    3.1109479 +1   -7.7104127 +1
  H    -4.43257763 +1    0.8259874 +1    2.9473597 +1
 Tv     6.73723626 +1   -3.4654307 +1   -7.2213649 +1 
 Tv    -0.61823762 +1   -6.9011744 +1    3.5676892 +1 
 Tv     5.86730849 +1    1.8789290 +1    4.1815276 +1