Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)
251 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)
(Previous) Cellulose 1 alpha (ja037055wsi20030711 112804)
(Back) Elements:
C 6
H 10
O 5
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) Alpha-Chitin
Reference: "Crystal Structure and Hydrogen-Bonding System in Cellulose I beta from Synchrotron X-ray and Neutron Fiber Diffraction"
Yoshiharu Nishiyama, Paul Langan, and Henri Chanzy, Journal of the American Chemical Society 2002 124 (31), 9074-9082
Carbohydrates: Glucose, beta-Maltose monohydrate, Sucrose,
alpha-Lactose monohydrate, beta-D-Fructose, beta-D-Galactose,
beta-Cellobiose, Cellulose 1 alpha, Cellulose 1 beta.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 10.38 8.20 7.78 96.55 90.00 90.00 658.26 1.636 -226.9 calc'd using PM7
PM7: 10.26 8.61 7.61 94.02 98.99 102.44 644.94 1.670 -238.2 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 10.47 7.81 7.43 90.47 87.72 94.60 604.98 1.780 -245.0 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 27 2021 @ 04:23:24 |
Feb 23 2021 @ 09:09:47
ARC file |
Feb 24 2021 @ 07:35:07 |
X-Ray data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS OPT
Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)
C 0.00000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1
H 0.94058899 +1 0.0822697 +1 0.5977664 +1
C -0.84128541 +1 1.2778103 +1 0.0000000 +1
H -1.65953217 +1 1.2394233 +1 -0.7680448 +1
C -1.38821471 +1 1.5707775 +1 1.3757002 +1
H -0.57384768 +1 1.9905864 +1 2.0416748 +1
C -1.99051632 +1 0.3371132 +1 2.0178249 +1
H -2.96969561 +1 0.1355102 +1 1.4754156 +1
C -1.13784349 +1 -0.8862401 +1 1.8959124 +1
H -0.17194452 +1 -0.7639468 +1 2.4684175 +1
C -1.81688568 +1 -2.1758113 +1 2.3287279 +1
H -2.83471943 +1 -2.3196885 +1 1.9104603 +1
H -1.20300655 +1 -3.0626668 +1 2.0655431 +1
O 0.05848128 +1 2.3069117 +1 -0.4187373 +1
O -2.36695553 +1 2.6266842 +1 1.2921603 +1
O -2.31602076 +1 0.5627325 +1 3.4029751 +1
O -0.78510284 +1 -1.0744487 +1 0.5115856 +1
O -1.98596941 +1 -2.1899200 +1 3.7345691 +1
C -3.62967794 +1 1.0329080 +1 3.6400719 +1
O 0.26040399 +1 -0.3234926 +1 -1.3529651 +1
C 2.78783707 +1 -3.0573803 +1 -1.9923093 +1
H 3.58309297 +1 -2.9837391 +1 -1.2025252 +1
C 1.50211833 +1 -2.4262960 +1 -1.5167332 +1
H 0.63629550 +1 -2.8146405 +1 -2.1236461 +1
C 1.55064856 +1 -0.9132899 +1 -1.6013065 +1
H 2.24053443 +1 -0.5672261 +1 -0.7651219 +1
C 2.09906699 +1 -0.3956619 +1 -2.8934094 +1
H 1.41163259 +1 -0.6488444 +1 -3.7519588 +1
C 2.36834911 +1 1.1005172 +1 -2.9122998 +1
H 3.00515001 +1 1.4369434 +1 -2.0710536 +1
H 2.85085520 +1 1.4106418 +1 -3.8652822 +1
O 2.59487299 +1 -4.4428632 +1 -2.2875592 +1
O 1.22638412 +1 -2.8496754 +1 -0.1659661 +1
O 3.36875369 +1 -1.0270865 +1 -3.1487886 +1
O 1.14637142 +1 1.8160225 +1 -2.9129386 +1
C -0.84458708 +1 1.5215628 +1 -5.6416572 +1
H 0.11283238 +1 1.7295409 +1 -5.1011933 +1
C -1.79233454 +1 2.7141657 +1 -5.7045182 +1
H -2.62740875 +1 2.5346020 +1 -6.4409171 +1
C -2.31395273 +1 3.0303352 +1 -4.3183284 +1
H -1.49358664 +1 3.3696348 +1 -3.6331582 +1
C -2.99947269 +1 1.7783225 +1 -3.7673421 +1
H -3.90589814 +1 1.5307812 +1 -4.3681128 +1
C -1.99988040 +1 0.6098575 +1 -3.7652382 +1
H -1.16190731 +1 0.7857645 +1 -3.0484888 +1
C -2.74714858 +1 -0.7172793 +1 -3.4349606 +1
H -3.78531706 +1 -0.7162837 +1 -3.8142080 +1
H -2.19804466 +1 -1.5873887 +1 -3.8461094 +1
O -1.14368118 +1 3.8432468 +1 -6.2858815 +1
O -3.19919281 +1 4.1311836 +1 -4.4332662 +1
O -3.36026221 +1 1.9640273 +1 -2.3867470 +1
O -1.44942282 +1 0.3971278 +1 -5.0520829 +1
O -2.91216379 +1 -0.8766359 +1 -2.0376946 +1
C -4.69753780 +1 2.4051731 +1 -2.1480909 +1
O -0.59851878 +1 1.1643598 +1 -7.0024407 +1
H -5.37986918 +1 2.0511851 +1 -2.9544807 +1
C 1.82639097 +1 -1.5990327 +1 -7.7180960 +1
H 2.64541572 +1 -1.3429947 +1 -6.9820503 +1
C 0.51880877 +1 -0.9930090 +1 -7.2546408 +1
H -0.33505465 +1 -1.3247753 +1 -7.8994719 +1
C 0.66726505 +1 0.5297985 +1 -7.2631046 +1
H 1.41933818 +1 0.8624578 +1 -6.5061464 +1
C 1.06191836 +1 0.9953827 +1 -8.6754767 +1
H 0.24102640 +1 0.8294532 +1 -9.4112237 +1
C 1.44791255 +1 2.5054089 +1 -8.6394897 +1
H 2.04179455 +1 2.7454164 +1 -7.7431795 +1
H 2.00559425 +1 2.7876165 +1 -9.5558606 +1
O 1.76461408 +1 -3.0232973 +1 -7.7282569 +1
O 0.23895214 +1 -1.5062756 +1 -5.9646130 +1
O 2.23276410 +1 0.3393536 +1 -9.1269021 +1
O 0.29750102 +1 3.3271758 +1 -8.7074256 +1
H -0.38127416 +1 3.1854610 +1 -0.2552867 +1
H -2.66689662 +1 2.8368999 +1 2.2140149 +1
H -1.52121634 +1 -1.4247209 +1 4.1649221 +1
H 3.42037135 +1 -4.8725971 +1 -2.6200681 +1
H 1.29998523 +1 -3.8371844 +1 -0.1049352 +1
H 0.73393772 +1 1.8288420 +1 -2.0153878 +1
H -0.69458929 +1 4.3830676 +1 -5.5878115 +1
H -3.72619797 +1 4.2137005 +1 -3.6023195 +1
H -2.05038419 +1 -1.0218772 +1 -1.5866775 +1
H 2.60151914 +1 -3.3801280 +1 -8.1248933 +1
H -0.44640909 +1 -0.9465134 +1 -5.5363547 +1
H -0.21417045 +1 3.2547610 +1 -7.8669638 +1
H -4.31412653 +1 0.8177330 +1 2.7819676 +1
Tv 6.88237351 +1 -3.4702082 +1 -6.9523351 +1
Tv -0.30972726 +1 -7.4504177 +1 3.4122120 +1
Tv 5.81511377 +1 2.7442393 +1 4.3868292 +1
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)
C -0.00368638 +1 0.0687422 +1 0.0673030 +1
H 0.93129060 +1 0.0769315 +1 0.6688300 +1
C -0.84121034 +1 1.3747858 +1 0.1579718 +1
H -1.68597273 +1 1.3811825 +1 -0.5693675 +1
C -1.33342660 +1 1.5464743 +1 1.6055494 +1
H -0.51193951 +1 1.7676766 +1 2.3286765 +1
C -2.09732140 +1 0.2654165 +1 1.9886040 +1
H -3.02741504 +1 0.1559312 +1 1.3793972 +1
C -1.18643690 +1 -0.9623945 +1 1.8234992 +1
H -0.26868555 +1 -0.8743941 +1 2.4624217 +1
C -1.93355415 +1 -2.2693241 +1 2.1147897 +1
H -2.97206766 +1 -2.2662860 +1 1.7314210 +1
H -1.37574741 +1 -3.1394381 +1 1.7060389 +1
O 0.06220493 +1 2.3887907 +1 -0.2057639 +1
O -2.20697623 +1 2.6474005 +1 1.5938230 +1
O -2.38453226 +1 0.3105165 +1 3.3722332 +1
O -0.81683066 +1 -1.0399272 +1 0.4542979 +1
O -2.08074890 +1 -2.4608749 +1 3.5142202 +1
C -3.68733998 +1 0.7201795 +1 3.6705040 +1
O 0.21927160 +1 -0.1193643 +1 -1.2993880 +1
C 2.57279369 +1 -2.8007978 +1 -2.3833813 +1
H 3.42558147 +1 -2.7297101 +1 -1.6707580 +1
C 1.28010777 +1 -2.2352292 +1 -1.7682509 +1
H 0.37378542 +1 -2.5110624 +1 -2.3541437 +1
C 1.46434457 +1 -0.7076890 +1 -1.6491729 +1
H 2.25744094 +1 -0.4621727 +1 -0.9040480 +1
C 1.78483388 +1 -0.0763873 +1 -3.0254613 +1
H 0.96998863 +1 -0.2795216 +1 -3.7582695 +1
C 2.04795229 +1 1.4412456 +1 -2.9178542 +1
H 2.71921606 +1 1.6996399 +1 -2.0780015 +1
H 2.46663195 +1 1.8528852 +1 -3.8583280 +1
O 2.32067047 +1 -4.1461640 +1 -2.6924886 +1
O 1.01974548 +1 -2.8088272 +1 -0.5245320 +1
O 2.99177484 +1 -0.6434705 +1 -3.5030138 +1
O 0.80642082 +1 2.0881751 +1 -2.7735917 +1
C -0.65907861 +1 1.4107243 +1 -5.5521488 +1
H 0.28034790 +1 1.6759587 +1 -5.0211611 +1
C -1.71391309 +1 2.5443218 +1 -5.5986053 +1
H -2.50657924 +1 2.3291031 +1 -6.3593646 +1
C -2.29756145 +1 2.7666009 +1 -4.2031729 +1
H -1.56753727 +1 3.2572776 +1 -3.5164569 +1
C -2.79892124 +1 1.4292984 +1 -3.6317703 +1
H -3.69752634 +1 1.0718364 +1 -4.1832655 +1
C -1.67428335 +1 0.3788685 +1 -3.6438576 +1
H -0.83000180 +1 0.7058832 +1 -2.9881768 +1
C -2.18242657 +1 -1.0209450 +1 -3.2590809 +1
H -3.16479550 +1 -1.2449425 +1 -3.7208663 +1
H -1.45424849 +1 -1.8064138 +1 -3.5462811 +1
O -1.07639653 +1 3.6806696 +1 -6.1130317 +1
O -3.40337903 +1 3.6301819 +1 -4.3762087 +1
O -3.07290537 +1 1.6114631 +1 -2.2569348 +1
O -1.21810930 +1 0.2242773 +1 -4.9779497 +1
O -2.44581557 +1 -1.1044162 +1 -1.8773254 +1
C -4.39592441 +1 1.9298215 +1 -1.9255319 +1
O -0.48472464 +1 1.0867157 +1 -6.9015376 +1
H -5.14732873 +1 1.5763130 +1 -2.6629227 +1
C 2.03061271 +1 -1.4696276 +1 -7.8842905 +1
H 2.90237616 +1 -1.2089138 +1 -7.2382242 +1
C 0.72041943 +1 -0.9705470 +1 -7.2606309 +1
H -0.17710606 +1 -1.3810996 +1 -7.7757334 +1
C 0.78867018 +1 0.5739598 +1 -7.2630370 +1
H 1.58514472 +1 0.9234846 +1 -6.5645172 +1
C 0.99905589 +1 1.1418672 +1 -8.6830219 +1
H 0.11592749 +1 0.9239582 +1 -9.3285571 +1
C 1.31263228 +1 2.6542122 +1 -8.6420129 +1
H 2.01594188 +1 2.9140386 +1 -7.8259579 +1
H 1.73639029 +1 3.0125058 +1 -9.6033647 +1
O 1.94486912 +1 -2.8605824 +1 -8.0416258 +1
O 0.70372486 +1 -1.4109370 +1 -5.9225106 +1
O 2.15825862 +1 0.5747864 +1 -9.2653219 +1
O 0.10726912 +1 3.3672831 +1 -8.5085159 +1
H -0.37691805 +1 3.2917193 +1 -0.2263735 +1
H -2.76300555 +1 2.6518566 +1 2.4144088 +1
H -1.30768323 +1 -2.0664307 +1 4.0191361 +1
H 3.11296045 +1 -4.5760165 +1 -3.1067423 +1
H 1.76410751 +1 -2.6586742 +1 0.1107854 +1
H 0.52300177 +1 2.1096265 +1 -1.8216469 +1
H -0.64935205 +1 4.2556435 +1 -5.4390541 +1
H -3.80460130 +1 3.8388761 +1 -3.4863367 +1
H -1.62806497 +1 -0.9691970 +1 -1.3464098 +1
H 2.76334578 +1 -3.2157196 +1 -8.4726336 +1
H -0.08058852 +1 -1.0236097 +1 -5.4635405 +1
H -0.23674217 +1 3.3467703 +1 -7.5820630 +1
H -4.42022896 +1 0.5229534 +1 2.8559233 +1
Tv 6.57387543 +1 -2.7840386 +1 -7.3718699 +1
Tv -1.57217963 +1 -7.4619288 +1 3.9973272 +1
Tv 5.00446027 +1 2.3615896 +1 5.2267719 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Cellulose 1 beta (ja0257319 s1) (PM6-D3H4)
C -0.02080782 +1 -0.0947020 +1 -0.0219350 +1
H 0.85288013 +1 -0.1667802 +1 0.6604186 +1
C -0.78751950 +1 1.2513197 +1 -0.0130086 +1
H -1.58995312 +1 1.2809834 +1 -0.8009516 +1
C -1.36876041 +1 1.5536163 +1 1.3840832 +1
H -0.58027236 +1 1.8297967 +1 2.1361050 +1
C -2.16820771 +1 0.3356671 +1 1.8741790 +1
H -3.13573438 +1 0.2314818 +1 1.3336000 +1
C -1.31795989 +1 -0.9525688 +1 1.7572191 +1
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