Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

251 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

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(Next)          Alpha-Chitin
Reference: "Crystal Structure and Hydrogen-Bonding System in Cellulose I beta from Synchrotron X-ray and Neutron Fiber Diffraction"
Yoshiharu Nishiyama, Paul Langan, and Henri Chanzy, Journal of the American Chemical Society 2002 124 (31), 9074-9082
Carbohydrates: Glucose, beta-Maltose monohydrate, Sucrose,
alpha-Lactose monohydrate, beta-D-Fructose, beta-D-Galactose,
beta-Cellobiose, Cellulose 1 alpha, Cellulose 1 beta.
                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density       Heat of Formation (Kcal/mol)
                                     X-ray:    10.38   8.20   7.78  96.55  90.00  90.00    658.26  1.636         -226.9 calc'd using PM7
                                       PM7:    10.26   8.61   7.61  94.02  98.99 102.44    644.94  1.670         -238.2 calc'd using PM7 (ref:     0.0)
                                  PM6_D3H4:    10.47   7.81   7.43  90.47  87.72  94.60    604.98  1.780         -245.0 calc'd using PM6_D3H4
                                  X-Ray                                             PM7                                            PM6_D3H4
Calc'd on: Feb 27 2021 @ 04:23:24 Feb 23 2021 @ 09:09:47 ARC file Feb 24 2021 @ 07:35:07
  X-Ray data set:
 MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS OPT
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

  C     0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1
  H     0.94058899 +1    0.0822697 +1    0.5977664 +1
  C    -0.84128541 +1    1.2778103 +1    0.0000000 +1
  H    -1.65953217 +1    1.2394233 +1   -0.7680448 +1
  C    -1.38821471 +1    1.5707775 +1    1.3757002 +1
  H    -0.57384768 +1    1.9905864 +1    2.0416748 +1
  C    -1.99051632 +1    0.3371132 +1    2.0178249 +1
  H    -2.96969561 +1    0.1355102 +1    1.4754156 +1
  C    -1.13784349 +1   -0.8862401 +1    1.8959124 +1
  H    -0.17194452 +1   -0.7639468 +1    2.4684175 +1
  C    -1.81688568 +1   -2.1758113 +1    2.3287279 +1
  H    -2.83471943 +1   -2.3196885 +1    1.9104603 +1
  H    -1.20300655 +1   -3.0626668 +1    2.0655431 +1
  O     0.05848128 +1    2.3069117 +1   -0.4187373 +1
  O    -2.36695553 +1    2.6266842 +1    1.2921603 +1
  O    -2.31602076 +1    0.5627325 +1    3.4029751 +1
  O    -0.78510284 +1   -1.0744487 +1    0.5115856 +1
  O    -1.98596941 +1   -2.1899200 +1    3.7345691 +1
  C    -3.62967794 +1    1.0329080 +1    3.6400719 +1
  O     0.26040399 +1   -0.3234926 +1   -1.3529651 +1
  C     2.78783707 +1   -3.0573803 +1   -1.9923093 +1
  H     3.58309297 +1   -2.9837391 +1   -1.2025252 +1
  C     1.50211833 +1   -2.4262960 +1   -1.5167332 +1
  H     0.63629550 +1   -2.8146405 +1   -2.1236461 +1
  C     1.55064856 +1   -0.9132899 +1   -1.6013065 +1
  H     2.24053443 +1   -0.5672261 +1   -0.7651219 +1
  C     2.09906699 +1   -0.3956619 +1   -2.8934094 +1
  H     1.41163259 +1   -0.6488444 +1   -3.7519588 +1
  C     2.36834911 +1    1.1005172 +1   -2.9122998 +1
  H     3.00515001 +1    1.4369434 +1   -2.0710536 +1
  H     2.85085520 +1    1.4106418 +1   -3.8652822 +1
  O     2.59487299 +1   -4.4428632 +1   -2.2875592 +1
  O     1.22638412 +1   -2.8496754 +1   -0.1659661 +1
  O     3.36875369 +1   -1.0270865 +1   -3.1487886 +1
  O     1.14637142 +1    1.8160225 +1   -2.9129386 +1
  C    -0.84458708 +1    1.5215628 +1   -5.6416572 +1
  H     0.11283238 +1    1.7295409 +1   -5.1011933 +1
  C    -1.79233454 +1    2.7141657 +1   -5.7045182 +1
  H    -2.62740875 +1    2.5346020 +1   -6.4409171 +1
  C    -2.31395273 +1    3.0303352 +1   -4.3183284 +1
  H    -1.49358664 +1    3.3696348 +1   -3.6331582 +1
  C    -2.99947269 +1    1.7783225 +1   -3.7673421 +1
  H    -3.90589814 +1    1.5307812 +1   -4.3681128 +1
  C    -1.99988040 +1    0.6098575 +1   -3.7652382 +1
  H    -1.16190731 +1    0.7857645 +1   -3.0484888 +1
  C    -2.74714858 +1   -0.7172793 +1   -3.4349606 +1
  H    -3.78531706 +1   -0.7162837 +1   -3.8142080 +1
  H    -2.19804466 +1   -1.5873887 +1   -3.8461094 +1
  O    -1.14368118 +1    3.8432468 +1   -6.2858815 +1
  O    -3.19919281 +1    4.1311836 +1   -4.4332662 +1
  O    -3.36026221 +1    1.9640273 +1   -2.3867470 +1
  O    -1.44942282 +1    0.3971278 +1   -5.0520829 +1
  O    -2.91216379 +1   -0.8766359 +1   -2.0376946 +1
  C    -4.69753780 +1    2.4051731 +1   -2.1480909 +1
  O    -0.59851878 +1    1.1643598 +1   -7.0024407 +1
  H    -5.37986918 +1    2.0511851 +1   -2.9544807 +1
  C     1.82639097 +1   -1.5990327 +1   -7.7180960 +1
  H     2.64541572 +1   -1.3429947 +1   -6.9820503 +1
  C     0.51880877 +1   -0.9930090 +1   -7.2546408 +1
  H    -0.33505465 +1   -1.3247753 +1   -7.8994719 +1
  C     0.66726505 +1    0.5297985 +1   -7.2631046 +1
  H     1.41933818 +1    0.8624578 +1   -6.5061464 +1
  C     1.06191836 +1    0.9953827 +1   -8.6754767 +1
  H     0.24102640 +1    0.8294532 +1   -9.4112237 +1
  C     1.44791255 +1    2.5054089 +1   -8.6394897 +1
  H     2.04179455 +1    2.7454164 +1   -7.7431795 +1
  H     2.00559425 +1    2.7876165 +1   -9.5558606 +1
  O     1.76461408 +1   -3.0232973 +1   -7.7282569 +1
  O     0.23895214 +1   -1.5062756 +1   -5.9646130 +1
  O     2.23276410 +1    0.3393536 +1   -9.1269021 +1
  O     0.29750102 +1    3.3271758 +1   -8.7074256 +1
  H    -0.38127416 +1    3.1854610 +1   -0.2552867 +1
  H    -2.66689662 +1    2.8368999 +1    2.2140149 +1
  H    -1.52121634 +1   -1.4247209 +1    4.1649221 +1
  H     3.42037135 +1   -4.8725971 +1   -2.6200681 +1
  H     1.29998523 +1   -3.8371844 +1   -0.1049352 +1
  H     0.73393772 +1    1.8288420 +1   -2.0153878 +1
  H    -0.69458929 +1    4.3830676 +1   -5.5878115 +1
  H    -3.72619797 +1    4.2137005 +1   -3.6023195 +1
  H    -2.05038419 +1   -1.0218772 +1   -1.5866775 +1
  H     2.60151914 +1   -3.3801280 +1   -8.1248933 +1
  H    -0.44640909 +1   -0.9465134 +1   -5.5363547 +1
  H    -0.21417045 +1    3.2547610 +1   -7.8669638 +1
  H    -4.31412653 +1    0.8177330 +1    2.7819676 +1
 Tv     6.88237351 +1   -3.4702082 +1   -6.9523351 +1 
 Tv    -0.30972726 +1   -7.4504177 +1    3.4122120 +1 
 Tv     5.81511377 +1    2.7442393 +1    4.3868292 +1 
 

  Optimized PM7 data set:
 MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1)

  C    -0.00368638 +1    0.0687422 +1    0.0673030 +1
  H     0.93129060 +1    0.0769315 +1    0.6688300 +1
  C    -0.84121034 +1    1.3747858 +1    0.1579718 +1
  H    -1.68597273 +1    1.3811825 +1   -0.5693675 +1
  C    -1.33342660 +1    1.5464743 +1    1.6055494 +1
  H    -0.51193951 +1    1.7676766 +1    2.3286765 +1
  C    -2.09732140 +1    0.2654165 +1    1.9886040 +1
  H    -3.02741504 +1    0.1559312 +1    1.3793972 +1
  C    -1.18643690 +1   -0.9623945 +1    1.8234992 +1
  H    -0.26868555 +1   -0.8743941 +1    2.4624217 +1
  C    -1.93355415 +1   -2.2693241 +1    2.1147897 +1
  H    -2.97206766 +1   -2.2662860 +1    1.7314210 +1
  H    -1.37574741 +1   -3.1394381 +1    1.7060389 +1
  O     0.06220493 +1    2.3887907 +1   -0.2057639 +1
  O    -2.20697623 +1    2.6474005 +1    1.5938230 +1
  O    -2.38453226 +1    0.3105165 +1    3.3722332 +1
  O    -0.81683066 +1   -1.0399272 +1    0.4542979 +1
  O    -2.08074890 +1   -2.4608749 +1    3.5142202 +1
  C    -3.68733998 +1    0.7201795 +1    3.6705040 +1
  O     0.21927160 +1   -0.1193643 +1   -1.2993880 +1
  C     2.57279369 +1   -2.8007978 +1   -2.3833813 +1
  H     3.42558147 +1   -2.7297101 +1   -1.6707580 +1
  C     1.28010777 +1   -2.2352292 +1   -1.7682509 +1
  H     0.37378542 +1   -2.5110624 +1   -2.3541437 +1
  C     1.46434457 +1   -0.7076890 +1   -1.6491729 +1
  H     2.25744094 +1   -0.4621727 +1   -0.9040480 +1
  C     1.78483388 +1   -0.0763873 +1   -3.0254613 +1
  H     0.96998863 +1   -0.2795216 +1   -3.7582695 +1
  C     2.04795229 +1    1.4412456 +1   -2.9178542 +1
  H     2.71921606 +1    1.6996399 +1   -2.0780015 +1
  H     2.46663195 +1    1.8528852 +1   -3.8583280 +1
  O     2.32067047 +1   -4.1461640 +1   -2.6924886 +1
  O     1.01974548 +1   -2.8088272 +1   -0.5245320 +1
  O     2.99177484 +1   -0.6434705 +1   -3.5030138 +1
  O     0.80642082 +1    2.0881751 +1   -2.7735917 +1
  C    -0.65907861 +1    1.4107243 +1   -5.5521488 +1
  H     0.28034790 +1    1.6759587 +1   -5.0211611 +1
  C    -1.71391309 +1    2.5443218 +1   -5.5986053 +1
  H    -2.50657924 +1    2.3291031 +1   -6.3593646 +1
  C    -2.29756145 +1    2.7666009 +1   -4.2031729 +1
  H    -1.56753727 +1    3.2572776 +1   -3.5164569 +1
  C    -2.79892124 +1    1.4292984 +1   -3.6317703 +1
  H    -3.69752634 +1    1.0718364 +1   -4.1832655 +1
  C    -1.67428335 +1    0.3788685 +1   -3.6438576 +1
  H    -0.83000180 +1    0.7058832 +1   -2.9881768 +1
  C    -2.18242657 +1   -1.0209450 +1   -3.2590809 +1
  H    -3.16479550 +1   -1.2449425 +1   -3.7208663 +1
  H    -1.45424849 +1   -1.8064138 +1   -3.5462811 +1
  O    -1.07639653 +1    3.6806696 +1   -6.1130317 +1
  O    -3.40337903 +1    3.6301819 +1   -4.3762087 +1
  O    -3.07290537 +1    1.6114631 +1   -2.2569348 +1
  O    -1.21810930 +1    0.2242773 +1   -4.9779497 +1
  O    -2.44581557 +1   -1.1044162 +1   -1.8773254 +1
  C    -4.39592441 +1    1.9298215 +1   -1.9255319 +1
  O    -0.48472464 +1    1.0867157 +1   -6.9015376 +1
  H    -5.14732873 +1    1.5763130 +1   -2.6629227 +1
  C     2.03061271 +1   -1.4696276 +1   -7.8842905 +1
  H     2.90237616 +1   -1.2089138 +1   -7.2382242 +1
  C     0.72041943 +1   -0.9705470 +1   -7.2606309 +1
  H    -0.17710606 +1   -1.3810996 +1   -7.7757334 +1
  C     0.78867018 +1    0.5739598 +1   -7.2630370 +1
  H     1.58514472 +1    0.9234846 +1   -6.5645172 +1
  C     0.99905589 +1    1.1418672 +1   -8.6830219 +1
  H     0.11592749 +1    0.9239582 +1   -9.3285571 +1
  C     1.31263228 +1    2.6542122 +1   -8.6420129 +1
  H     2.01594188 +1    2.9140386 +1   -7.8259579 +1
  H     1.73639029 +1    3.0125058 +1   -9.6033647 +1
  O     1.94486912 +1   -2.8605824 +1   -8.0416258 +1
  O     0.70372486 +1   -1.4109370 +1   -5.9225106 +1
  O     2.15825862 +1    0.5747864 +1   -9.2653219 +1
  O     0.10726912 +1    3.3672831 +1   -8.5085159 +1
  H    -0.37691805 +1    3.2917193 +1   -0.2263735 +1
  H    -2.76300555 +1    2.6518566 +1    2.4144088 +1
  H    -1.30768323 +1   -2.0664307 +1    4.0191361 +1
  H     3.11296045 +1   -4.5760165 +1   -3.1067423 +1
  H     1.76410751 +1   -2.6586742 +1    0.1107854 +1
  H     0.52300177 +1    2.1096265 +1   -1.8216469 +1
  H    -0.64935205 +1    4.2556435 +1   -5.4390541 +1
  H    -3.80460130 +1    3.8388761 +1   -3.4863367 +1
  H    -1.62806497 +1   -0.9691970 +1   -1.3464098 +1
  H     2.76334578 +1   -3.2157196 +1   -8.4726336 +1
  H    -0.08058852 +1   -1.0236097 +1   -5.4635405 +1
  H    -0.23674217 +1    3.3467703 +1   -7.5820630 +1
  H    -4.42022896 +1    0.5229534 +1    2.8559233 +1
 Tv     6.57387543 +1   -2.7840386 +1   -7.3718699 +1 
 Tv    -1.57217963 +1   -7.4619288 +1    3.9973272 +1 
 Tv     5.00446027 +1    2.3615896 +1    5.2267719 +1 
 

  Optimized PM6_D3H4 data set:
 MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
 Cellulose 1 beta (ja0257319 s1) (PM6-D3H4)

  C    -0.02080782 +1   -0.0947020 +1   -0.0219350 +1
  H     0.85288013 +1   -0.1667802 +1    0.6604186 +1
  C    -0.78751950 +1    1.2513197 +1   -0.0130086 +1
  H    -1.58995312 +1    1.2809834 +1   -0.8009516 +1
  C    -1.36876041 +1    1.5536163 +1    1.3840832 +1
  H    -0.58027236 +1    1.8297967 +1    2.1361050 +1
  C    -2.16820771 +1    0.3356671 +1    1.8741790 +1
  H    -3.13573438 +1    0.2314818 +1    1.3336000 +1
  C    -1.31795989 +1   -0.9525688 +1    1.7572191 +1
  H    -0.35527778 +1   -0.8501086 +1    2.3363914 +1
  C    -2.07186451 +1   -2.1873816 +1    2.2498147 +1
  H    -3.17115864 +1   -2.1904706 +1    2.0482502 +1
  H    -1.58213592 +1   -3.1217738 +1    1.8857012 +1
  O     0.21709609 +1    2.2262145 +1   -0.3324751 +1
  O    -2.22247248 +1    2.6910117 +1    1.2096408 +1
  O    -2.36541905 +1    0.5163297 +1    3.3034309 +1
  O    -0.97758487 +1   -1.1415109 +1    0.3623535 +1
  O    -1.91401214 +1   -2.2226737 +1    3.6909473 +1
  C    -3.64169936 +1    1.0023428 +1    3.6997730 +1
  O     0.29532915 +1   -0.3773634 +1   -1.3722190 +1
  C     2.84314676 +1   -3.0809493 +1   -2.1219207 +1
  H     3.74500242 +1   -3.0274266 +1   -1.4662003 +1
  C     1.62379888 +1   -2.3921862 +1   -1.4766936 +1
  H     0.72333457 +1   -2.8459929 +1   -1.9484943 +1
  C     1.65601189 +1   -0.8591636 +1   -1.6152094 +1
  H     2.36608728 +1   -0.4461821 +1   -0.8645448 +1
  C     2.01140331 +1   -0.3714390 +1   -3.0352108 +1
  H     1.19657285 +1   -0.6125194 +1   -3.7656094 +1
  C     2.38483541 +1    1.1159541 +1   -3.1082321 +1
  H     3.09386422 +1    1.4268470 +1   -2.2972207 +1
  H     2.78674721 +1    1.3723298 +1   -4.1211166 +1
  O     2.39433738 +1   -4.4318940 +1   -2.3170980 +1
  O     1.62595960 +1   -2.5638208 +1   -0.0652047 +1
  O     3.25282839 +1   -1.0307486 +1   -3.4152444 +1
  O     1.18148381 +1    1.9029953 +1   -3.0224188 +1
  C    -0.71749057 +1    1.5078561 +1   -5.5422734 +1
  H     0.22095909 +1    1.6110016 +1   -4.9537436 +1
  C    -1.57771124 +1    2.7991441 +1   -5.6165155 +1
  H    -2.27141777 +1    2.7842163 +1   -6.5088031 +1
  C    -2.32767151 +1    3.0981856 +1   -4.3140316 +1
  H    -1.65690704 +1    3.6119372 +1   -3.5874433 +1
  C    -2.92886241 +1    1.8327620 +1   -3.6886180 +1
  H    -3.85563067 +1    1.5419562 +1   -4.2337904 +1
  C    -1.92052586 +1    0.6661159 +1   -3.6552891 +1
  H    -1.02996119 +1    0.8892798 +1   -3.0228856 +1
  C    -2.61426084 +1   -0.6204928 +1   -3.1976327 +1
  H    -3.64935704 +1   -0.6644117 +1   -3.5940611 +1
  H    -1.99493800 +1   -1.5149234 +1   -3.4530155 +1
  O    -0.67485931 +1    3.8657788 +1   -5.9101803 +1
  O    -3.38445192 +1    4.0038373 +1   -4.6677273 +1
  O    -3.18225258 +1    2.1237859 +1   -2.2896536 +1
  O    -1.50895354 +1    0.4134769 +1   -5.0150408 +1
  O    -2.78821923 +1   -0.4833936 +1   -1.7802248 +1
  C    -4.52777133 +1    2.3833475 +1   -1.9358709 +1
  O    -0.50450233 +1    1.1230978 +1   -6.8947059 +1
  H    -5.27826891 +1    1.9756286 +1   -2.6371148 +1
  C     2.02812335 +1   -1.5868487 +1   -7.7047340 +1
  H     2.95234440 +1   -1.3890079 +1   -7.1008340 +1
  C     0.76716917 +1   -0.9714888 +1   -7.0500300 +1
  H    -0.16654279 +1   -1.4077853 +1   -7.4786296 +1
  C     0.80531951 +1    0.5652183 +1   -7.1996397 +1
  H     1.57993454 +1    1.0118209 +1   -6.5338990 +1
  C     0.97825916 +1    0.9697297 +1   -8.6834374 +1
  H     0.08624968 +1    0.6284594 +1   -9.2455685 +1
  C     1.28123030 +1    2.4615430 +1   -8.8939271 +1
  H     2.10784894 +1    2.7367335 +1   -8.2050871 +1
  H     1.50804169 +1    2.6919671 +1   -9.9699985 +1
  O     1.74515332 +1   -2.9858483 +1   -7.7586577 +1
  O     0.85050629 +1   -1.2591998 +1   -5.6534763 +1
  O     2.16517148 +1    0.3653802 +1   -9.2338188 +1
  O     0.13694907 +1    3.2721653 +1   -8.6326004 +1
  H    -0.15033581 +1    3.1347163 +1   -0.0712184 +1
  H    -2.76228194 +1    2.8297341 +1    2.0553052 +1
  H    -1.76298083 +1   -1.2831006 +1    3.9996432 +1
  H     3.13128542 +1   -5.0535419 +1   -2.5725013 +1
  H     1.17310667 +1   -3.4266373 +1    0.2114672 +1
  H     0.76252543 +1    1.7622125 +1   -2.1138060 +1
  H    -0.30168994 +1    4.2955633 +1   -5.0949444 +1
  H    -3.89808073 +1    4.2382461 +1   -3.8385265 +1
  H    -2.16408539 +1   -1.0692778 +1   -1.2941364 +1
  H     2.51368553 +1   -3.5070251 +1   -8.1606533 +1
  H     0.10400247 +1   -1.8950088 +1   -5.3922194 +1
  H    -0.19760406 +1    3.0930522 +1   -7.7043523 +1
  H    -4.43306368 +1    0.8209926 +1    2.9438285 +1
 Tv     6.73463976 +1   -3.4733038 +1   -7.2196978 +1 
 Tv    -0.64741366 +1   -6.8891998 +1    3.6178987 +1 
 Tv     5.87198567 +1    1.7303534 +1    4.2153882 +1