Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Valinomycin (CACYEK10)
313 Valinomycin (CACYEK10)
(Previous) Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB)
(Back) Elements:
O 12
C 40
N 4
H 68
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Basic beryllium acetate (Be4O(OOCCH3)6) (BEOACT)
There is a fault in the implementation of translational vectors in very large unit cells such as valinomycin.
This is not an error in theory, or a software error, instead it is an implementation error.
Possible ways to correct this error are:
(a) Increase the force constant for the translation vectors. This would reduce the step-size.
(b) Do not allow the heat of formation to rise (in the L-BFGS method, the energy can rise)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 20.86 20.31 21.54 90.73 90.00 90.00 9125.19 1.160 -648.6 calc'd using PM7
PM7: 49.56 68.23 56.26 53.20 139.83 163.03 25545.41 0.414 -665.0 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 22.38 19.77 20.50 90.69 88.53 78.49 8882.70 1.192 -661.1 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 03:52:10 |
Feb 25 2021 @ 14:17:27
ARC file |
Feb 28 2021 @ 04:22:18 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) Z=8 CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Valinomycin (CACYEK10)
O -2.00705108 +1 -2.2034066 +1 0.3748500 +1
C -8.58330309 +1 4.3030390 +1 12.6920324 +1
C -7.03637480 +1 4.4813159 +1 12.6853594 +1
C -6.35897652 +1 3.3324709 +1 11.9414203 +1
C -6.52778926 +1 4.5548425 +1 14.1260531 +1
C -9.08313357 +1 4.4278702 +1 11.2488355 +1
O -9.68669352 +1 5.3710778 +1 10.8034122 +1
O -8.79074183 +1 3.3452601 +1 10.4903761 +1
C -8.94844364 +1 3.4917332 +1 9.0713081 +1
C -7.76975488 +1 2.6973746 +1 8.4768232 +1
C -7.84255200 +1 1.2164600 +1 8.8425361 +1
C -7.71958944 +1 2.8976460 +1 6.9605249 +1
C -10.33862093 +1 3.0396620 +1 8.6319027 +1
O -10.59576798 +1 2.7319126 +1 7.4867170 +1
N -11.33888728 +1 3.0701092 +1 9.5889193 +1
C -12.73700959 +1 2.8938543 +1 9.2136155 +1
C -13.44689164 +1 1.8360711 +1 10.0994325 +1
C -12.91476132 +1 0.4470072 +1 9.7495782 +1
C -14.95889272 +1 1.9153242 +1 9.8686746 +1
C -13.41738303 +1 4.2464230 +1 9.4507712 +1
O -13.54532343 +1 4.8362569 +1 10.4849211 +1
O -13.86268789 +1 4.7142755 +1 8.2544821 +1
C -14.39524852 +1 6.0321811 +1 8.1927224 +1
C -15.79282620 +1 5.9451693 +1 7.5548795 +1
C -16.78514051 +1 5.3748614 +1 8.5706450 +1
C -15.75728608 +1 5.0889006 +1 6.2876698 +1
C -13.44507240 +1 6.8607065 +1 7.3228783 +1
O -13.76775537 +1 7.9550446 +1 6.9077267 +1
N -12.18039282 +1 6.3479384 +1 7.1124988 +1
C -11.21107913 +1 7.1225669 +1 6.3487211 +1
C -10.94547312 +1 6.6324689 +1 4.8904442 +1
C -10.64248434 +1 7.8596977 +1 4.0248812 +1
C -12.13263167 +1 5.8638904 +1 4.3129232 +1
C -9.88823697 +1 7.0014554 +1 7.1093270 +1
O -9.18067937 +1 6.0326784 +1 7.1799832 +1
O -9.58527085 +1 8.1786097 +1 7.7095507 +1
C -8.28953908 +1 8.3094084 +1 8.2921727 +1
C -7.72472972 +1 9.6679019 +1 7.8079120 +1
C -6.19659760 +1 9.5942847 +1 7.8193460 +1
C -8.23601094 +1 10.0111592 +1 6.4077626 +1
C -8.42450436 +1 8.3565637 +1 9.8182273 +1
O -7.43371069 +1 8.3711753 +1 10.5252666 +1
N -9.68744096 +1 8.4700980 +1 10.3457777 +1
C -9.86416726 +1 8.8583445 +1 11.7423743 +1
C -10.25956044 +1 10.3609626 +1 11.8229309 +1
C -10.90756271 +1 10.6984220 +1 13.1647526 +1
C -8.99223734 +1 11.1920112 +1 11.6169381 +1
C -10.97319428 +1 8.0020662 +1 12.3447396 +1
O -12.04689818 +1 7.7416032 +1 11.8869108 +1
O -10.55024312 +1 7.5837762 +1 13.5718955 +1
C -11.26020504 +1 6.5368534 +1 14.2335938 +1
C -11.37409598 +1 6.9743900 +1 15.7044722 +1
C -10.00551403 +1 7.2535019 +1 16.3261360 +1
C -12.12702071 +1 5.9053268 +1 16.4973702 +1
C -10.46145330 +1 5.2460513 +1 14.0007133 +1
O -10.89353010 +1 4.1529987 +1 14.2951502 +1
H -8.93958462 +1 6.3269752 +1 13.0947707 +1
H -8.87411191 +1 3.3134678 +1 13.1349536 +1
H -6.79200811 +1 5.4439092 +1 12.1661388 +1
H -8.85358544 +1 4.5782221 +1 8.7899809 +1
H -6.83330584 +1 3.1295462 +1 8.9221843 +1
H -11.16368332 +1 3.3826329 +1 10.5335388 +1
H -12.81090551 +1 2.5953563 +1 8.1277287 +1
H -13.22994042 +1 2.0560730 +1 11.1749145 +1
H -14.43939101 +1 6.4964654 +1 9.2121890 +1
H -16.10614947 +1 6.9883888 +1 7.2827537 +1
H -11.96457782 +1 5.3760310 +1 7.3037720 +1
H -11.55523375 +1 8.2010710 +1 6.3211729 +1
H -10.05842194 +1 5.9485752 +1 4.8868697 +1
H -7.63321751 +1 7.4553440 +1 7.9959143 +1
H -8.05971713 +1 10.4718849 +1 8.5090957 +1
H -10.51525498 +1 8.2962320 +1 9.7885873 +1
H -8.89978843 +1 8.6951206 +1 12.3088584 +1
H -10.98763060 +1 10.5810261 +1 11.0026113 +1
H -12.27468726 +1 6.4033519 +1 13.7770670 +1
N -9.20367886 +1 5.4025320 +1 13.4325810 +1
N -6.56708048 +1 3.3612167 +1 -10.2754053 +1
C -6.34777305 +1 4.7222636 +1 -10.7518086 +1
C -6.00780800 +1 4.7815852 +1 -12.2643041 +1
C -5.83157624 +1 6.2527266 +1 -12.6599728 +1
C -7.11240262 +1 4.1233431 +1 -13.0978233 +1
C -5.17003452 +1 5.3364963 +1 -9.9801206 +1
O -3.99705113 +1 5.2902160 +1 -10.2329643 +1
O -5.68951134 +1 6.0349853 +1 -8.9435209 +1
C -4.80700371 +1 6.6323646 +1 -7.9996828 +1
C -4.65717428 +1 8.1180596 +1 -8.3773811 +1
C -5.94718817 +1 8.8947654 +1 -8.1120178 +1
C -3.48444896 +1 8.7241662 +1 -7.6046564 +1
C -5.46153518 +1 6.4279703 +1 -6.6277950 +1
O -4.84362753 +1 6.6933816 +1 -5.6119845 +1
N -6.73269691 +1 5.9112194 +1 -6.5969752 +1
C -7.40085367 +1 5.6767474 +1 -5.3207024 +1
C -8.85820591 +1 6.2133420 +1 -5.3136493 +1
C -8.87389043 +1 7.6886958 +1 -5.7177024 +1
C -9.45615247 +1 6.0546706 +1 -3.9112891 +1
C -7.41167699 +1 4.1608265 +1 -5.0749653 +1
O -8.32999030 +1 3.3914020 +1 -5.0909406 +1
O -6.13508523 +1 3.7837939 +1 -4.8107790 +1
C -5.85277454 +1 2.4169952 +1 -4.5324349 +1
C -5.77435766 +1 2.2286547 +1 -3.0068207 +1
C -7.18775188 +1 2.1496631 +1 -2.4261670 +1
C -4.98573369 +1 3.3745362 +1 -2.3692581 +1
C -4.50087654 +1 2.1242508 +1 -5.1907514 +1
O -3.99269557 +1 1.0218995 +1 -5.1296444 +1
N -3.88287783 +1 3.1625218 +1 -5.8550272 +1
C -2.70002522 +1 2.9029033 +1 -6.6687498 +1
C -1.61074570 +1 3.9963231 +1 -6.4883389 +1
C -0.30458110 +1 3.4958308 +1 -7.1113756 +1
C -1.40562399 +1 4.2915362 +1 -5.0010452 +1
C -3.18799208 +1 2.8819888 +1 -8.1168138 +1
O -4.22076859 +1 3.3595800 +1 -8.5096447 +1
O -2.35602822 +1 2.1824068 +1 -8.9351482 +1
C -2.81627888 +1 2.0290962 +1 -10.2809874 +1
C -1.59989685 +1 1.7483520 +1 -11.1762884 +1
C -0.64625826 +1 2.9451475 +1 -11.1438606 +1
C -0.87456520 +1 0.4634493 +1 -10.7785251 +1
C -3.83027357 +1 0.8840612 +1 -10.3361485 +1
O -4.54966241 +1 0.7410494 +1 -11.3040990 +1
N -3.87330397 +1 0.0030251 +1 -9.2690547 +1
C -5.05138775 +1 -0.8524697 +1 -9.1255043 +1
C -4.73619137 +1 -2.1670170 +1 -8.3713146 +1
C -5.98440771 +1 -3.0563450 +1 -8.3630859 +1
C -3.58279404 +1 -2.8923697 +1 -9.0640536 +1
C -6.12127462 +1 -0.0680115 +1 -8.3558934 +1
O -6.59047443 +1 -0.2919017 +1 -7.2750072 +1
O -6.48964029 +1 0.9886967 +1 -9.1201316 +1
C -7.64366932 +1 1.7249274 +1 -8.7153485 +1
C -8.86813013 +1 0.9986383 +1 -9.3066703 +1
C -8.72865170 +1 0.8275636 +1 -10.8195037 +1
C -10.14540660 +1 1.7492981 +1 -8.9397630 +1
C -7.45184795 +1 3.1482585 +1 -9.2425337 +1
O -8.11450265 +1 4.0589906 +1 -8.7754407 +1
H -5.89649244 +1 2.6485821 +1 -10.5486238 +1
H -7.27902045 +1 5.3331988 +1 -10.5518652 +1
H -5.04387106 +1 4.2419422 +1 -12.4381499 +1
H -3.82117522 +1 6.1073829 +1 -8.0109086 +1
H -4.43186073 +1 8.1570799 +1 -9.4742981 +1
H -7.19604834 +1 5.5783022 +1 -7.4445734 +1
H -6.81457852 +1 6.1761448 +1 -4.4920621 +1
H -9.46592887 +1 5.6181686 +1 -6.0407540 +1
H -6.62612127 +1 1.7521355 +1 -4.9949084 +1
H -5.24339126 +1 1.2603395 +1 -2.8100599 +1
H -4.36715947 +1 4.0439269 +1 -6.0031762 +1
H -2.26329534 +1 1.8980890 +1 -6.3909329 +1
H -1.93423486 +1 4.9333249 +1 -7.0021586 +1
H -3.32420067 +1 2.9780730 +1 -10.6087151 +1
H -1.99513551 +1 1.6292972 +1 -12.2219683 +1
H -3.34727906 +1 0.1893915 +1 -8.4240383 +1
H -5.45531681 +1 -1.0959616 +1 -10.1536383 +1
H -4.45249499 +1 -1.9291438 +1 -7.3147643 +1
H -7.70199352 +1 1.7662516 +1 -7.5968605 +1
N -0.54586915 +1 -2.3981789 +1 -2.6540408 +1
C -1.82333721 +1 -1.9982895 +1 -2.0692263 +1
C -2.86465401 +1 -3.1439096 +1 -2.2068636 +1
C -4.22056247 +1 -2.7135715 +1 -1.6456981 +1
C -3.01565060 +1 -3.5089144 +1 -3.6879646 +1
C -1.57761860 +1 -1.6496553 +1 -0.5981638 +1
O -0.75375015 +1 -0.5689849 +1 -0.5259322 +1
C -0.46239859 +1 -0.0566352 +1 0.7764878 +1
C -1.59169092 +1 0.9253885 +1 1.1501386 +1
C -1.55455757 +1 2.1849809 +1 0.2842462 +1
C -1.50751059 +1 1.2838756 +1 2.6344259 +1
C 0.91670254 +1 0.6039363 +1 0.7144890 +1
O 1.38072099 +1 1.1582801 +1 1.6925416 +1
N 1.65893793 +1 0.4907882 +1 -0.4442748 +1
C 2.96727784 +1 1.1392204 +1 -0.5315384 +1
C 2.95300394 +1 2.3264736 +1 -1.5360181 +1
C 2.35301630 +1 3.5466105 +1 -0.8348305 +1
C 4.36216623 +1 2.6461373 +1 -2.0403302 +1
C 3.95314351 +1 0.0765954 +1 -1.0151828 +1
O 3.98594495 +1 -0.4588201 +1 -2.0864839 +1
O 4.84813449 +1 -0.1954363 +1 -0.0240403 +1
C 5.80277189 +1 -1.2343297 +1 -0.2382486 +1
C 7.21114877 +1 -0.6525351 +1 -0.0352148 +1
C 7.54891805 +1 0.2712870 +1 -1.2081786 +1
C 7.31416963 +1 0.0899309 +1 1.2972789 +1
C 5.50530287 +1 -2.3275157 +1 0.7928611 +1
O 5.94757390 +1 -3.4509350 +1 0.6617184 +1
N 4.74997804 +1 -1.9687339 +1 1.8963991 +1
C 4.16383504 +1 -3.0192368 +1 2.7344577 +1
C 3.71092438 +1 -2.4404051 +1 4.1041875 +1
C 2.73413961 +1 -3.4017020 +1 4.7860486 +1
C 4.91918855 +1 -2.1935123 +1 5.0077903 +1
C 2.91803878 +1 -3.4932319 +1 1.9842011 +1
O 2.05245455 +1 -2.7779188 +1 1.5524967 +1
O 2.92231306 +1 -4.8390598 +1 1.7998062 +1
C 1.76530493 +1 -5.3838081 +1 1.1684881 +1
C 1.36282293 +1 -6.6984531 +1 1.8750323 +1
C -0.16766062 +1 -6.6964830 +1 1.9982478 +1
C 2.02425785 +1 -6.8981775 +1 3.2410048 +1
C 2.05004542 +1 -5.6375353 +1 -0.3136764 +1
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C -10.55165465 +1 -6.4340199 +1 2.1163139 +1
O -11.42966514 +1 -6.6560338 +1 1.3060202 +1
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C -2.10157680 +1 14.6692731 +1 0.3561695 +1
C -0.99651359 +1 15.2689895 +1 -0.5175803 +1
C -2.64023442 +1 15.7171733 +1 1.3336454 +1
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Optimized PM6_D3H4 data set:
Z=8 MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Valinomycin (CACYEK10) (PM6-D3H4)
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C -7.30827293 +1 6.2046340 +1 9.5942518 +1
C -7.88442211 +1 6.3111731 +1 12.0513704 +1
C -9.59855566 +1 4.6587504 +1 9.0030873 +1
O -10.38016104 +1 5.1927438 +1 8.2475843 +1
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C 1.85135283 +1 -0.3407776 +1 5.7634935 +1
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