Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB)
312 Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB)
(Previous) beta-Maltose monohydrate (MALTOS11)
(Back) Elements:
O 12
C 16
H 16
N 2
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Valinomycin (CACYEK10)
Notes: In this crystal there are three oxalic acid molecules for every two pyridine molecules.
Both pyridines are ionized, so that leaves four protons to be shared by three oxalates. This
results in a chain of oxalate - (C2O4)-H-(C2O4)- plus one branch occurs every three oxalates.
The precursers to this co-crystal are Pyridine and Oxalic acid
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 26.84 8.91 7.45 90.00 87.06 90.00 1779.04 1.599 -448.1 calc'd using PM7
PM7: 27.27 8.24 7.38 90.20 87.27 90.29 1658.26 1.716 -566.8 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 27.21 8.41 7.40 90.00 86.87 89.93 1690.69 1.683 -566.8 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 19:23:08 |
Feb 23 2021 @ 18:00:45
ARC file |
Feb 24 2021 @ 21:31:10 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,2) Z=4 CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB)
O 0.15176564 +1 -0.0936477 +1 -0.0997621 +1
O -4.16720884 +1 1.6852073 +1 -10.5125345 +1
O -2.66498985 +1 2.1499391 +1 -7.4606701 +1
O -4.22182855 +1 0.6477600 +1 -8.0116850 +1
C -3.82794204 +1 2.4163141 +1 -9.5646371 +1
C -3.50630337 +1 1.7298119 +1 -8.2269932 +1
H -3.97182224 +1 0.1410017 +1 -7.1398013 +1
O -3.67377441 +1 3.6508954 +1 -9.6038421 +1
O 0.12409873 +1 -4.5320530 +1 -9.5468715 +1
O -0.34181079 +1 -6.5073298 +1 -10.4507395 +1
O 1.14175015 +1 -6.0202796 +1 -7.3924159 +1
O -0.40227312 +1 -7.5326933 +1 -7.9463591 +1
C -0.01382498 +1 -5.7675333 +1 -9.5039004 +1
C 0.30810623 +1 -6.4475746 +1 -8.1630981 +1
H -0.15189535 +1 -8.0362635 +1 -7.0722576 +1
O -3.42457423 +1 -0.4266443 +1 -5.7303295 +1
O -2.85782229 +1 -2.3587117 +1 -4.7920980 +1
O -4.39128185 +1 -1.9876154 +1 -7.8454469 +1
O -2.80337553 +1 -3.4448603 +1 -7.2699075 +1
C -3.23040552 +1 -1.6552903 +1 -5.7495736 +1
C -3.54038950 +1 -2.3752893 +1 -7.0720485 +1
H -3.03865395 +1 -3.9712142 +1 -8.1360522 +1
O 0.25038769 +1 -0.3665463 +1 -5.7366756 +1
O 0.79772244 +1 -2.3029588 +1 -4.7946120 +1
O -0.74089687 +1 -1.9292004 +1 -7.8450772 +1
O 0.85307623 +1 -3.3842534 +1 -7.2741069 +1
C 0.43202676 +1 -1.5978392 +1 -5.7519000 +1
C 0.11324861 +1 -2.3156875 +1 -7.0748238 +1
H 0.62077206 +1 -3.9076482 +1 -8.1395191 +1
O 1.51656349 +1 1.3653058 +1 7.8456440 +1
O 2.00705088 +1 3.3372108 +1 8.7401788 +1
O 0.40484938 +1 2.8504768 +1 5.7425034 +1
O 1.96539993 +1 4.3684270 +1 6.2244854 +1
C 1.65091692 +1 2.6030607 +1 7.8022594 +1
C 1.27163619 +1 3.2802751 +1 6.4749100 +1
H 1.67047556 +1 4.8687604 +1 5.3597361 +1
O -2.05870333 +1 -6.9458365 +1 7.9147955 +1
O -1.56902488 +1 -4.9777307 +1 8.8172244 +1
O -3.12960151 +1 -5.4682363 +1 5.7912227 +1
O -1.59992052 +1 -3.9324885 +1 6.3146214 +1
C -1.92289823 +1 -5.7082612 +1 7.8750621 +1
C -2.28573989 +1 -5.0291796 +1 6.5448797 +1
H -1.87579494 +1 -3.4334462 +1 5.4433207 +1
O 1.21566077 +1 -2.7944820 +1 4.0635925 +1
O 0.67267430 +1 -0.8494069 +1 3.1404657 +1
O 2.27575400 +1 -1.2466817 +1 6.1490873 +1
O 0.67724672 +1 0.2206596 +1 5.6331198 +1
C 1.04531252 +1 -1.5614088 +1 4.0906286 +1
C 1.39998434 +1 -0.8527875 +1 5.4070992 +1
H 0.95514659 +1 0.7481943 +1 6.4887037 +1
O -2.43242938 +1 -2.8629862 +1 4.0566010 +1
O -2.98815625 +1 -0.9246976 +1 3.1251962 +1
O -1.40030360 +1 -1.3059464 +1 6.1440886 +1
O -2.99573203 +1 0.1590329 +1 5.6087611 +1
C -2.61154165 +1 -1.6310015 +1 4.0776853 +1
C -2.26891562 +1 -0.9136531 +1 5.3926548 +1
H -2.72930805 +1 0.6874284 +1 6.4665666 +1
O -6.02653791 +1 -7.0722356 +1 13.5617945 +1
O -5.23334933 +1 -5.1915739 +1 14.4759381 +1
C -5.53648014 +1 -5.9716232 +1 13.4655604 +1
H -5.40469462 +1 -5.6241759 +1 15.4599953 +1
C -5.19226434 +1 -5.2858327 +1 12.1364563 +1
O -4.72863535 +1 -4.1744189 +1 12.0333223 +1
O -5.47015800 +1 -6.0765737 +1 11.1260971 +1
H -5.31551860 +1 -5.6318162 +1 10.1474998 +1
O -2.33857925 +1 -7.0277211 +1 13.5570384 +1
O -1.57373148 +1 -5.1379098 +1 14.4693413 +1
C -1.85933275 +1 -5.9217898 +1 13.4590363 +1
H -1.74094238 +1 -5.5768734 +1 15.4585968 +1
C -1.51465578 +1 -5.2391911 +1 12.1275257 +1
O -1.04337866 +1 -4.1310360 +1 12.0229839 +1
O -1.80151897 +1 -6.0275289 +1 11.1181688 +1
H -1.67052705 +1 -5.5788286 +1 10.1364722 +1
O 1.38530212 +1 -3.0632065 +1 -1.5430102 +1
O 0.54338641 +1 -1.2293005 +1 -2.5067462 +1
C 0.89322737 +1 -1.9616853 +1 -1.4754732 +1
H 0.67761819 +1 -1.6988956 +1 -3.4786674 +1
C 0.60576160 +1 -1.2117385 +1 -0.1664110 +1
O 0.92204824 +1 -1.9540446 +1 0.8682863 +1
H 0.79115155 +1 -1.4708075 +1 1.8358770 +1
O -2.27645352 +1 -3.1177208 +1 -1.5658840 +1
O -3.09835446 +1 -1.2711459 +1 -2.5189034 +1
C -2.75559513 +1 -2.0103470 +1 -1.4919052 +1
H -2.97227590 +1 -1.7468533 +1 -3.4944565 +1
C -3.04129141 +1 -1.2693180 +1 -0.1782182 +1
O -3.50479112 +1 -0.1558713 +1 -0.1018429 +1
O -2.71819839 +1 -2.0176156 +1 0.8503473 +1
H -2.85546066 +1 -1.5432486 +1 1.8201673 +1
N -4.11660432 +1 -0.8374850 +1 8.6453419 +1
C -3.73771760 +1 -0.0240812 +1 9.6687586 +1
C -3.21862658 +1 -0.5723022 +1 10.8403552 +1
C -3.09884708 +1 -1.9541861 +1 10.9648302 +1
C -3.50333817 +1 -2.7704639 +1 9.9071536 +1
C -4.01873803 +1 -2.1944179 +1 8.7525635 +1
H -4.50286530 +1 -0.4209700 +1 7.7676707 +1
H -3.85446236 +1 1.0670230 +1 9.5236720 +1
H -2.90547211 +1 0.1030244 +1 11.6510181 +1
H -2.69562196 +1 -2.4072584 +1 11.8788219 +1
H -3.42852822 +1 -3.8653421 +1 9.9773347 +1
H -4.36651895 +1 -2.8079979 +1 7.8939799 +1
N -0.45301053 +1 -0.7598827 +1 8.5800064 +1
C -0.08331625 +1 0.0577458 +1 9.6033407 +1
C 0.43006405 +1 -0.4858471 +1 10.7795252 +1
C 0.55044911 +1 -1.8674715 +1 10.9074409 +1
C 0.15183229 +1 -2.6884453 +1 9.8512309 +1
C -0.35486609 +1 -2.1160197 +1 8.6912627 +1
H -0.83351485 +1 -0.3478364 +1 7.6963377 +1
H -0.20439883 +1 1.1482380 +1 9.4577038 +1
H 0.73825135 +1 0.1904464 +1 11.5914555 +1
H 0.94923614 +1 -2.3173552 +1 11.8249037 +1
H 0.22270875 +1 -3.7831232 +1 9.9281780 +1
H -0.69969405 +1 -2.7303740 +1 7.8322300 +1
N -4.09192530 +1 -5.0065911 +1 3.3254735 +1
C -4.48390959 +1 -4.2151065 +1 2.2897928 +1
C -4.98438770 +1 -4.7902748 +1 1.1230917 +1
C -5.06985293 +1 -6.1760738 +1 1.0151566 +1
C -4.65000000 +1 -6.9700900 +1 2.0838760 +1
C -4.15777502 +1 -6.3666033 +1 3.2348268 +1
H -3.71931515 +1 -4.5702147 +1 4.2007920 +1
H -4.39377605 +1 -3.1196520 +1 2.4198956 +1
H -5.31388001 +1 -4.1356778 +1 0.3022425 +1
H -5.46022454 +1 -6.6487549 +1 0.1052552 +1
H -4.69484548 +1 -8.0671795 +1 2.0236138 +1
H -3.80173165 +1 -6.9599224 +1 4.1041800 +1
N -0.43784086 +1 -4.9285134 +1 3.3392050 +1
C -0.80707057 +1 -4.1440295 +1 2.2902621 +1
C -1.27619575 +1 -4.7262850 +1 1.1139633 +1
C -1.35857055 +1 -6.1124658 +1 1.0127545 +1
C -0.96753204 +1 -6.8992835 +1 2.0977583 +1
C -0.50183388 +1 -6.2893571 +1 3.2557791 +1
H -0.08008467 +1 -4.4879251 +1 4.2177094 +1
H -0.72500394 +1 -3.0476398 +1 2.4170139 +1
H -1.58480124 +1 -4.0750001 +1 0.2823077 +1
H -1.72565096 +1 -6.5923045 +1 0.0972029 +1
H -1.01493531 +1 -7.9964145 +1 2.0431389 +1
H -0.16611602 +1 -6.8774163 +1 4.1363692 +1
N 0.56582888 +1 -2.0711643 +1 16.8387302 +1
C 0.16669181 +1 -2.8924248 +1 15.8289290 +1
C -0.36839956 +1 -2.3528116 +1 14.6607676 +1
C -0.48281376 +1 -0.9717667 +1 14.5243471 +1
C -0.05616469 +1 -0.1468303 +1 15.5665568 +1
C 0.47328153 +1 -0.7150519 +1 16.7191706 +1
H 0.95998762 +1 -2.4816140 +1 17.7161322 +1
H 0.27943634 +1 -3.9830535 +1 15.9792808 +1
H -0.69595346 +1 -3.0328401 +1 13.8595417 +1
H -0.89872390 +1 -0.5286916 +1 13.6113895 +1
H -0.12449232 +1 0.9475748 +1 15.4853169 +1
H 0.83661528 +1 -0.0956642 +1 17.5675235 +1
N -3.15430344 +1 -2.1082714 +1 16.8888679 +1
C -3.50196815 +1 -2.9276645 +1 15.8593409 +1
C -3.99009852 +1 -2.3863240 +1 14.6716174 +1
C -4.11061599 +1 -1.0054549 +1 14.5377578 +1
C -3.73875963 +1 -0.1825376 +1 15.6023291 +1
C -3.25483385 +1 -0.7524364 +1 16.7734443 +1
H -2.79046079 +1 -2.5180266 +1 17.7800296 +1
H -3.38470546 +1 -4.0179576 +1 16.0095941 +1
H -4.27960152 +1 -3.0652079 +1 13.8552084 +1
H -4.48852906 +1 -0.5595436 +1 13.6096101 +1
H -3.81330522 +1 0.9116063 +1 15.5222482 +1
H -2.92997171 +1 -0.1357974 +1 17.6386581 +1
N -5.29876973 +1 -6.5925113 +1 -4.8635434 +1
C -4.86240025 +1 -7.3685865 +1 -3.8338754 +1
C -4.33149990 +1 -6.7754377 +1 -2.6897247 +1
C -4.25961183 +1 -5.3877728 +1 -2.5968298 +1
C -4.72459814 +1 -4.6101978 +1 -3.6587851 +1
C -5.24717689 +1 -5.2307761 +1 -4.7870757 +1
H -5.69255776 +1 -7.0420813 +1 -5.7210178 +1
H -4.94130454 +1 -8.4663899 +1 -3.9509866 +1
H -3.96980426 +1 -7.4190686 +1 -1.8733787 +1
H -3.84611207 +1 -4.9019283 +1 -1.7040811 +1
H -4.69255402 +1 -3.5121461 +1 -3.6115656 +1
H -5.63788986 +1 -4.6491149 +1 -5.6496907 +1
N -1.59210486 +1 -6.5353724 +1 -4.9196780 +1
C -1.20050751 +1 -7.3135509 +1 -3.8745046 +1
C -0.70916439 +1 -6.7235927 +1 -2.7111855 +1
C -0.63412433 +1 -5.3363873 +1 -2.6158274 +1
C -1.05172736 +1 -4.5562958 +1 -3.6954094 +1
C -1.53337087 +1 -5.1740588 +1 -4.8427536 +1
H -1.96131674 +1 -6.9808002 +1 -5.7912715 +1
H -1.28525562 +1 -8.4105451 +1 -3.9925601 +1
H -0.38056886 +1 -7.3698731 +1 -1.8834256 +1
H -0.25605994 +1 -4.8514978 +1 -1.7071746 +1
H -1.01553565 +1 -3.4581293 +1 -3.6461333 +1
H -1.88964731 +1 -4.5918291 +1 -5.7191468 +1
O 7.55918223 +1 -0.0192812 +1 0.0187604 +1
O 3.20490988 +1 1.7719575 +1 -10.5118926 +1
O 4.68600781 +1 2.2220528 +1 -7.4486943 +1
O 3.12127544 +1 0.7335540 +1 -8.0125963 +1
C 3.53477320 +1 2.5028291 +1 -9.5599414 +1
C 3.84495687 +1 1.8125190 +1 -8.2207706 +1
H 3.36710095 +1 0.2236011 +1 -7.1417774 +1
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O 7.56175183 +1 -4.4525535 +1 -9.4255267 +1
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H 7.25734558 +1 -7.9657698 +1 -6.9727803 +1
O 3.91561662 +1 -0.3444312 +1 -5.7253769 +1
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H 2.01462209 +1 -5.4905604 +1 10.1475288 +1
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O 5.58587657 +1 -5.9069163 +1 11.2007901 +1
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O 8.75555954 +1 -2.9994495 +1 -1.4342173 +1
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H 4.50650756 +1 -0.0696622 +1 17.7148627 +1
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H 6.05560721 +1 -8.3494753 +1 -3.9455653 +1
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H 5.46825239 +1 -4.5290602 +1 -5.6753946 +1
Tv 1.53764245 +1 -0.3553499 +1 -27.2216147 +1
Tv -0.13434959 +1 8.2438417 +1 -0.0729839 +1
Tv 14.76676513 +1 0.1903561 +1 0.1268581 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,2) Z=4 CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB) (PM6-D3H4)
O 0.08745668 +1 -0.0224741 +1 -0.0277095 +1
O -4.45022915 +1 1.9718462 +1 -10.3488305 +1
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C -4.00644845 +1 2.6202623 +1 -9.3797227 +1
C -3.73416742 +1 1.8725952 +1 -8.0436269 +1
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C 3.38517037 +1 2.6333030 +1 -9.3743709 +1
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