Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
VIII Hydantoin (PAHYON01)
161 VIII Hydantoin (PAHYON01)
(Previous) 1,3,5-Trinitro-1,3,5-triazacyclohexane (CTMTNA03)
(Back) Elements:
O 2
N 2
C 3
H 4
(Z = 16)
(Periodic Table)
(Next) Uracil (URACIL)
This is one of the solids used in the blind tests of crystal structure prediction.
See: "Significant progress in predicting the crystal structures of small organic molecules - a report on the fourth blind test", Acta Crys. B 865, 107-125 (2009), and
"Towards crystal structure prediction of complex organic compounds - a report on the fifth blind test", Bardwell, et. al Acta Cryst. (2011). B67, 535-551
The complete set consists of 22 solids.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 9.35 12.18 7.23 90.00 104.60 90.00 796.72 1.669 -33.7 calc'd using PM7
PM7: 9.18 11.78 7.32 92.62 104.98 88.05 763.98 1.740 -109.3 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 9.48 11.62 7.41 90.63 105.51 89.56 787.15 1.689 -107.7 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 03:29:20 |
Feb 25 2021 @ 06:10:31
ARC file |
Feb 27 2021 @ 18:24:09 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,2) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Hydantoin (PAHYON01)
O -0.12403295 +1 -0.0523596 +1 0.0580847 +1
N -1.38770344 +1 1.2356591 +1 -1.3957342 +1
C -1.48330118 +1 2.5947860 +1 -1.7507927 +1
C -0.54404655 +1 3.3522289 +1 -0.8251898 +1
N 0.02804090 +1 2.2902279 +1 0.0363900 +1
O -2.23097871 +1 3.0078492 +1 -2.6039628 +1
H 0.23709888 +1 3.9167835 +1 -1.3864391 +1
H -1.10794217 +1 4.1016803 +1 -0.2140629 +1
H 0.93756724 +1 2.4439234 +1 0.4659083 +1
H -1.79614886 +1 0.4616520 +1 -1.9162344 +1
C -0.39613868 +1 1.0426988 +1 -0.3971870 +1
C 4.28233560 +1 -4.9355011 +1 -0.4557570 +1
N 3.28141173 +1 -4.7347030 +1 -1.4367854 +1
C 3.16529498 +1 -3.3682758 +1 -1.7567095 +1
C 4.12588290 +1 -2.6224822 +1 -0.8397423 +1
N 4.69411469 +1 -3.6974235 +1 0.0105416 +1
O 2.39861515 +1 -2.9678579 +1 -2.5976250 +1
O 4.59206988 +1 -6.0398655 +1 -0.0456444 +1
H 4.91549117 +1 -2.0761024 +1 -1.4119526 +1
H 3.60551060 +1 -1.8524291 +1 -0.2166975 +1
H 5.61266339 +1 -3.5555474 +1 0.4349681 +1
H 2.85936863 +1 -5.5001062 +1 -1.9605681 +1
C 3.65482450 +1 1.0368654 +1 -1.5116392 +1
N 4.62883561 +1 1.2063396 +1 -0.4936735 +1
C 4.74812710 +1 2.5623494 +1 -0.1318344 +1
C 3.80851774 +1 3.3374890 +1 -1.0454666 +1
N 3.23721292 +1 2.2914367 +1 -1.9286419 +1
O 5.52142722 +1 2.9413303 +1 0.7180999 +1
O 3.38785864 +1 -0.0532427 +1 -1.9815924 +1
H 3.02405242 +1 3.8944085 +1 -0.4794327 +1
H 4.36022596 +1 4.1025172 +1 -1.6487061 +1
H 2.33069252 +1 2.4502615 +1 -2.3629777 +1
H 5.04109998 +1 0.4183527 +1 -0.0007460 +1
C -0.83174221 +1 -4.9189106 +1 -1.6116331 +1
N 0.09391992 +1 -4.7218242 +1 -0.5610137 +1
C 0.16078953 +1 -3.3615231 +1 -0.1962515 +1
C -0.81359843 +1 -2.6223572 +1 -1.0993119 +1
N -1.29340337 +1 -3.6770335 +1 -2.0277158 +1
O 0.91458257 +1 -2.9644496 +1 0.6588300 +1
O -1.04897324 +1 -6.0065880 +1 -2.1123867 +1
H -1.65055392 +1 -2.1509256 +1 -0.5269307 +1
H -0.31287133 +1 -1.7928098 +1 -1.6600398 +1
H -2.20994723 +1 -3.5531671 +1 -2.4598426 +1
H 0.57296224 +1 -5.4871962 +1 -0.0912230 +1
C 2.73849908 +1 1.0052710 +1 1.9668323 +1
N 3.72340714 +1 0.8461458 +1 2.9771929 +1
C 3.85394365 +1 -0.5070295 +1 3.3406336 +1
C 2.94536801 +1 -1.2967091 +1 2.4072128 +1
N 2.34829157 +1 -0.2554653 +1 1.5355502 +1
O 4.59630541 +1 -0.8772778 +1 4.2182974 +1
O 2.44016113 +1 2.0951591 +1 1.5179061 +1
H 2.17066831 +1 -1.8880554 +1 2.9482922 +1
H 3.52662011 +1 -2.0377440 +1 1.7986638 +1
H 1.43035300 +1 -0.4294789 +1 1.1269960 +1
H 4.08280123 +1 1.6349800 +1 3.5092424 +1
C -1.95221952 +1 6.9857257 +1 2.0292378 +1
N -0.93611221 +1 6.8154170 +1 3.0001499 +1
C -0.80033851 +1 5.4571922 +1 3.3511023 +1
C -1.73899271 +1 4.6773464 +1 2.4355509 +1
N -2.34645167 +1 5.7331706 +1 1.5875717 +1
O -0.04207236 +1 5.1011627 +1 4.2184209 +1
O -2.27599684 +1 8.0824444 +1 1.6122115 +1
H -2.51261081 +1 4.0932730 +1 2.9903779 +1
H -1.19391457 +1 3.9266210 +1 1.8067756 +1
H -3.26296460 +1 5.5655574 +1 1.1691606 +1
H -0.54838030 +1 7.5928090 +1 3.5298424 +1
C -1.34352231 +1 0.9932892 +1 3.0796665 +1
N -2.32521814 +1 0.8004917 +1 2.0711892 +1
C -2.41092690 +1 -0.5566303 +1 1.7045894 +1
C -1.45950446 +1 -1.3136697 +1 2.6222892 +1
N -0.90716696 +1 -0.2539458 +1 3.5026273 +1
O -3.17178039 +1 -0.9464447 +1 0.8505427 +1
O -1.08267369 +1 2.0922663 +1 3.5321514 +1
H -0.66278514 +1 -1.8578112 +1 2.0610812 +1
H -2.00030711 +1 -2.0850683 +1 3.2264119 +1
H 0.00782818 +1 -0.3895205 +1 3.9216688 +1
H -2.73297678 +1 1.5789115 +1 1.5604769 +1
C 3.16499984 +1 6.9456797 +1 3.1680403 +1
N 2.25372069 +1 6.7295970 +1 2.1064278 +1
C 2.19001406 +1 5.3658904 +1 1.7594062 +1
C 3.16841133 +1 4.6422948 +1 2.6730259 +1
N 3.63476085 +1 5.7102552 +1 3.5975009 +1
O 1.42368037 +1 4.9605970 +1 0.9176402 +1
O 3.35311020 +1 8.0463146 +1 3.6544482 +1
H 4.00967771 +1 4.1753836 +1 2.1056718 +1
H 2.67732004 +1 3.8109395 +1 3.2417150 +1
H 4.55503304 +1 5.6074702 +1 4.0256837 +1
H 1.75135412 +1 7.4818176 +1 1.6440691 +1
O 1.70091195 +1 -0.0743572 +1 -6.9396001 +1
N 0.42954455 +1 1.1705474 +1 -8.4170330 +1
C 0.31984590 +1 2.5210157 +1 -8.7984541 +1
C 1.22718118 +1 3.3122970 +1 -7.8650029 +1
N 1.81765499 +1 2.2722751 +1 -6.9886948 +1
O -0.41154762 +1 2.8893333 +1 -9.6861738 +1
H 2.00323041 +1 3.8996191 +1 -8.4071375 +1
H 0.64190363 +1 4.0524788 +1 -7.2594575 +1
H 2.73230963 +1 2.4418749 +1 -6.5747293 +1
H 0.06785811 +1 0.3826088 +1 -8.9478495 +1
C 1.41238241 +1 1.0113876 +1 -7.4037662 +1
C 6.10559478 +1 -4.9689668 +1 -7.4701851 +1
N 5.10035121 +1 -4.8005952 +1 -8.4534244 +1
C 4.97558154 +1 -3.4449831 +1 -8.8118503 +1
C 5.90689571 +1 -2.6634423 +1 -7.8899223 +1
N 6.50121187 +1 -3.7160484 +1 -7.0296917 +1
O 4.22777693 +1 -3.0898297 +1 -9.6901688 +1
O 6.42084496 +1 -6.0629070 +1 -7.0381548 +1
H 6.68448436 +1 -2.0860835 +1 -8.4450804 +1
H 5.35902689 +1 -1.9086438 +1 -7.2689598 +1
H 7.41980937 +1 -3.5534016 +1 -6.6120605 +1
H 4.70604698 +1 -5.5788363 +1 -8.9753282 +1
C 5.49738928 +1 1.0148934 +1 -8.5193233 +1
N 6.47289861 +1 1.2012697 +1 -7.5044860 +1
C 6.57465832 +1 2.5613098 +1 -7.1498236 +1
C 5.63312753 +1 3.3221408 +1 -8.0760582 +1
N 5.08049690 +1 2.2637728 +1 -8.9578740 +1
O 7.33796230 +1 2.9517850 +1 -6.2983998 +1
O 5.22581783 +1 -0.0836991 +1 -8.9632096 +1
H 4.83593665 +1 3.8703181 +1 -7.5202199 +1
H 6.17778563 +1 4.0932856 +1 -8.6787446 +1
H 4.16743630 +1 2.4042150 +1 -9.3813942 +1
H 6.86483409 +1 0.4201752 +1 -6.9859561 +1
C 0.99056191 +1 -4.9412392 +1 -8.6098871 +1
N 1.90222813 +1 -4.7299269 +1 -7.5492509 +1
C 1.97486006 +1 -3.3657357 +1 -7.2084810 +1
C 1.00275524 +1 -2.6376279 +1 -8.1254394 +1
N 0.53239921 +1 -3.7050028 +1 -9.0481847 +1
O 2.73930602 +1 -2.9670768 +1 -6.3624130 +1
O 0.78939768 +1 -6.0443718 +1 -9.0861399 +1
H 0.16289873 +1 -2.1669113 +1 -7.5599263 +1
H 1.49924184 +1 -1.8106263 +1 -8.6938252 +1
H -0.38434528 +1 -3.5969756 +1 -9.4842106 +1
H 2.39050811 +1 -5.4839330 +1 -7.0744977 +1
C 4.56951885 +1 0.9603543 +1 -5.0066789 +1
N 5.56140622 +1 0.7650775 +1 -4.0096281 +1
C 5.66305945 +1 -0.5955514 +1 -3.6650532 +1
C 4.72036028 +1 -1.3501068 +1 -4.5903199 +1
N 4.14348212 +1 -0.2855239 +1 -5.4450243 +1
O 6.41849940 +1 -1.0101553 +1 -2.8188228 +1
O 4.28330626 +1 2.0563926 +1 -5.4508612 +1
H 3.94162118 +1 -1.9164602 +1 -4.0279340 +1
H 5.28162903 +1 -2.0961315 +1 -5.2092261 +1
H 3.23152330 +1 -0.4346285 +1 -5.8695569 +1
H 5.98463578 +1 1.5394347 +1 -3.5029104 +1
C -0.11517716 +1 6.9409332 +1 -4.9462189 +1
N 0.89732717 +1 6.7347864 +1 -3.9789560 +1
C 1.01393185 +1 5.3673518 +1 -3.6607525 +1
C 0.04839428 +1 4.6240603 +1 -4.5729236 +1
N -0.52974027 +1 5.7025281 +1 -5.4121032 +1
O 1.78615354 +1 4.9687111 +1 -2.8218182 +1
O -0.43700763 +1 8.0432934 +1 -5.3507042 +1
H -0.73705706 +1 4.0753786 +1 -3.9972489 +1
H 0.56511876 +1 3.8578421 +1 -5.2035313 +1
H -1.44712515 +1 5.5628716 +1 -5.8355906 +1
H 1.32477411 +1 7.4945909 +1 -3.4529732 +1
C 0.52389123 +1 0.9695709 +1 -3.9082283 +1
N -0.46025317 +1 0.7946152 +1 -4.9157241 +1
C -0.57789496 +1 -0.5632114 +1 -5.2777025 +1
C 0.36713911 +1 -1.3339216 +1 -4.3651265 +1
N 0.94307943 +1 -0.2843364 +1 -3.4878423 +1
O -1.35264499 +1 -0.9397709 +1 -6.1246119 +1
O 0.79914549 +1 2.0608118 +1 -3.4451892 +1
H 1.15019609 +1 -1.8941364 +1 -4.9307007 +1
H -0.18308572 +1 -2.0950409 +1 -3.7563507 +1
H 1.85477412 +1 -0.4402603 +1 -3.0622903 +1
H -0.87248420 +1 1.5778277 +1 -5.4148541 +1
C 5.00696399 +1 6.9216032 +1 -3.8040032 +1
N 4.07829111 +1 6.7231861 +1 -4.8505745 +1
C 4.00809413 +1 5.3626564 +1 -5.2139190 +1
C 4.98593055 +1 4.6250557 +1 -4.3101250 +1
N 5.46891646 +1 5.6801521 +1 -3.3829050 +1
O 3.25129666 +1 4.9678781 +1 -6.0667162 +1
O 5.22731763 +1 8.0140195 +1 -3.3099452 +1
H 5.82039251 +1 4.1526883 +1 -4.8835761 +1
H 4.48849650 +1 3.7972975 +1 -3.7434137 +1
H 6.38865726 +1 5.5599835 +1 -2.9555863 +1
H 3.59491708 +1 7.4846837 +1 -5.3209376 +1
Tv -9.17722813 +1 0.1055518 +1 -0.0338532 +1
Tv -0.26567250 +1 11.7774706 +1 0.2222089 +1
Tv 3.83523098 +1 -0.3171962 +1 -14.1313354 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,2) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
VIII Hydantoin (PAHYON01) (PM6-D3H4)
O -0.14984482 +1 0.0937061 +1 0.2782455 +1
N -1.45941555 +1 1.2567537 +1 -1.2847658 +1
C -1.57453830 +1 2.5918517 +1 -1.7446097 +1
C -0.60741033 +1 3.4238519 +1 -0.9108797 +1
N -0.06150905 +1 2.4462277 +1 0.0764680 +1
O -2.32762574 +1 2.9317986 +1 -2.6358419 +1
H 0.20193389 +1 3.8670072 +1 -1.5598244 +1
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