Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Uracil (URACIL)
162 Uracil (URACIL)
(Previous) VIII Hydantoin (PAHYON01)
(Back) Elements:
C 4
H 4
N 2
O 2
(Z = 12)
(Periodic Table)
(Next) Thymine (THYMIN01)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 3.66 12.38 11.94 90.00 120.90 90.00 463.33 1.607 -60.7 calc'd using PM7
PM7: 3.66 12.36 11.84 90.48 123.60 89.89 445.36 1.672 -108.8 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 3.60 12.51 11.62 90.80 121.95 85.97 442.95 1.681 -110.4 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 03:33:03 |
Feb 25 2021 @ 05:38:03
ARC file |
Feb 27 2021 @ 18:04:53 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(3,1,1) Z=4 CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Uracil (URACIL)
H=-101.4 hr=nist
C 0.03026878 +1 -0.0248546 +1 -0.0695359 +1
C 2.49615012 +1 0.0033074 +1 -0.0205207 +1
C 2.44315358 +1 1.4360644 +1 -0.0013076 +1
C 1.24232057 +1 2.0812517 +1 0.0048475 +1
H 1.15042886 +1 3.1860884 +1 0.0092452 +1
H -0.84718369 +1 1.8816550 +1 -0.0259207 +1
H 1.25584815 +1 -1.7173969 +1 -0.0862596 +1
H 3.39243375 +1 1.9763567 +1 -0.0036051 +1
N 0.05793567 +1 1.3768610 +1 -0.0032429 +1
N 1.26473695 +1 -0.6806370 +1 -0.0237908 +1
O -1.01418104 +1 -0.6442412 +1 -0.1462247 +1
O 3.50626282 +1 -0.6987744 +1 -0.0433797 +1
C 6.42775253 +1 1.6168005 +1 -0.4078162 +1
C 8.81828605 +1 1.0097175 +1 -0.5198241 +1
C 8.42368182 +1 -0.3693117 +1 -0.5309506 +1
C 7.10411142 +1 -0.7134057 +1 -0.5089721 +1
H 6.75422087 +1 -1.7654935 +1 -0.5319335 +1
H 5.11539710 +1 -0.0297685 +1 -0.4057073 +1
H 8.01975332 +1 2.9706456 +1 -0.4673952 +1
H 9.21953035 +1 -1.1188562 +1 -0.5572697 +1
N 6.12072250 +1 0.2491329 +1 -0.4532825 +1
N 7.77826557 +1 1.9632513 +1 -0.4959199 +1
O 5.56315155 +1 2.4683962 +1 -0.3131128 +1
O 9.95816388 +1 1.4654129 +1 -0.5281007 +1
C 4.69664011 +1 -4.1448135 +1 0.2931080 +1
C 2.22959064 +1 -4.1740341 +1 0.2447539 +1
C 2.28358909 +1 -5.6057185 +1 0.2371611 +1
C 3.48404018 +1 -6.2520380 +1 0.2352169 +1
H 3.57504297 +1 -7.3573940 +1 0.2380703 +1
H 5.57327156 +1 -6.0512494 +1 0.2449057 +1
H 3.46792567 +1 -2.4527955 +1 0.3006519 +1
H 1.33552664 +1 -6.1474134 +1 0.2430995 +1
N 4.66789177 +1 -5.5467846 +1 0.2402478 +1
N 3.46186283 +1 -3.4898362 +1 0.2487999 +1
O 5.74166555 +1 -3.5257245 +1 0.3569798 +1
O 1.21835605 +1 -3.4739260 +1 0.2582553 +1
C -1.70438655 +1 -5.7854411 +1 0.6398847 +1
C -4.09163679 +1 -5.1762362 +1 0.7485199 +1
C -3.69603650 +1 -3.7969864 +1 0.7566572 +1
C -2.37722116 +1 -3.4540850 +1 0.7334278 +1
H -2.02352378 +1 -2.4027214 +1 0.7524049 +1
H -0.38809549 +1 -4.1416453 +1 0.6243197 +1
H -3.29522928 +1 -7.1394684 +1 0.6949949 +1
H -4.49230266 +1 -3.0477559 +1 0.7787443 +1
N -1.39313946 +1 -4.4190966 +1 0.6826070 +1
N -3.05427398 +1 -6.1314424 +1 0.7309410 +1
O -0.84249309 +1 -6.6409445 +1 0.5500296 +1
O -5.23237723 +1 -5.6313171 +1 0.7539914 +1
C -0.08792574 +1 -1.5554917 +1 3.2448979 +1
C 2.37997365 +1 -1.5259813 +1 3.2939183 +1
C 2.32684858 +1 -0.0941226 +1 3.3138765 +1
C 1.12564894 +1 0.5515610 +1 3.3209296 +1
H 1.03403440 +1 1.6561206 +1 3.3292604 +1
H -0.96368518 +1 0.3526903 +1 3.2908691 +1
H 1.14075068 +1 -3.2457879 +1 3.2238677 +1
H 3.27486467 +1 0.4485472 +1 3.3144566 +1
N -0.05872593 +1 -0.1532689 +1 3.3089542 +1
N 1.14745223 +1 -2.2098444 +1 3.2871553 +1
O -1.13233427 +1 -2.1742306 +1 3.1716466 +1
O 3.38980094 +1 -2.2273604 +1 3.2766512 +1
C 6.31059760 +1 0.0872886 +1 2.9064181 +1
C 8.70013582 +1 -0.5218236 +1 2.7917433 +1
C 8.30521616 +1 -1.9011172 +1 2.7807446 +1
C 6.98717905 +1 -2.2435230 +1 2.8023384 +1
H 6.63315950 +1 -3.2948933 +1 2.7786005 +1
H 4.99654690 +1 -1.5579644 +1 2.9105947 +1
H 7.90440595 +1 1.4390794 +1 2.8574903 +1
H 9.10164605 +1 -2.6502269 +1 2.7533755 +1
N 6.00123677 +1 -1.2802632 +1 2.8564453 +1
N 7.66115012 +1 0.4322318 +1 2.8184647 +1
O 5.44666819 +1 0.9397246 +1 3.0024924 +1
O 9.84090949 +1 -0.0674915 +1 2.7819313 +1
C 4.58084816 +1 -5.6761785 +1 3.6057476 +1
C 2.11342796 +1 -5.7071642 +1 3.5555396 +1
C 2.16795961 +1 -7.1396602 +1 3.5383492 +1
C 3.36910833 +1 -7.7840708 +1 3.5339674 +1
H 3.46195217 +1 -8.8888718 +1 3.5298583 +1
H 5.45854684 +1 -7.5820232 +1 3.5604917 +1
H 3.35104994 +1 -3.9861356 +1 3.6293533 +1
H 1.21907473 +1 -7.6807427 +1 3.5389460 +1
N 4.55264334 +1 -7.0800961 +1 3.5413485 +1
N 3.34499768 +1 -5.0221357 +1 3.5641733 +1
O 5.62557431 +1 -5.0574925 +1 3.6771428 +1
O 1.10350704 +1 -5.0061118 +1 3.5699811 +1
C -1.82065933 +1 -7.3164630 +1 3.9456509 +1
C -4.20854159 +1 -6.7084939 +1 4.0595230 +1
C -3.81309668 +1 -5.3293641 +1 4.0713406 +1
C -2.49410883 +1 -4.9856074 +1 4.0504954 +1
H -2.14037211 +1 -3.9347168 +1 4.0758068 +1
H -0.50485623 +1 -5.6726097 +1 3.9397288 +1
H -3.41295330 +1 -8.6695796 +1 3.9975698 +1
H -4.60938448 +1 -4.5807532 +1 4.0972766 +1
N -1.50958517 +1 -5.9504807 +1 3.9949636 +1
N -3.17041717 +1 -7.6623335 +1 4.0363287 +1
O -0.95812905 +1 -8.1701416 +1 3.8459566 +1
O -5.34803174 +1 -7.1662552 +1 4.0665156 +1
C -0.20269410 +1 -3.0851782 +1 6.5581940 +1
C 2.26507920 +1 -3.0555097 +1 6.6124990 +1
C 2.21125304 +1 -1.6236150 +1 6.6251225 +1
C 1.00970500 +1 -0.9789530 +1 6.6285438 +1
H 0.91799644 +1 0.1263085 +1 6.6289204 +1
H -1.07968454 +1 -1.1784443 +1 6.6139725 +1
H 1.02648383 +1 -4.7755051 +1 6.5455050 +1
H 3.16006386 +1 -1.0817261 +1 6.6229892 +1
N -0.17427022 +1 -1.6840253 +1 6.6200476 +1
N 1.03292346 +1 -3.7393884 +1 6.6015904 +1
O -1.24773836 +1 -3.7038316 +1 6.4902057 +1
O 3.27537533 +1 -3.7573776 +1 6.5985905 +1
C 6.19742344 +1 -1.4420735 +1 6.2187510 +1
C 8.58533893 +1 -2.0499316 +1 6.1066739 +1
C 8.19070436 +1 -3.4290245 +1 6.0916707 +1
C 6.87211330 +1 -3.7730284 +1 6.1131175 +1
H 6.51825192 +1 -4.8240367 +1 6.0878786 +1
H 4.88271939 +1 -3.0870648 +1 6.2282366 +1
H 7.78876081 +1 -0.0875676 +1 6.1695585 +1
H 8.98788778 +1 -4.1786214 +1 6.0660368 +1
N 5.88737849 +1 -2.8080158 +1 6.1687907 +1
N 7.54752386 +1 -1.0956054 +1 6.1308112 +1
O 5.33412591 +1 -0.5882110 +1 6.3121579 +1
O 9.72607480 +1 -1.5948254 +1 6.1023986 +1
C 4.46331850 +1 -7.2051250 +1 6.9283124 +1
C 1.99686024 +1 -7.2338259 +1 6.8750350 +1
C 2.05074386 +1 -8.6660616 +1 6.8515676 +1
C 3.25194438 +1 -9.3111223 +1 6.8446002 +1
H 3.34359825 +1 -10.4160865 +1 6.8373015 +1
H 5.34194406 +1 -9.1117640 +1 6.8804910 +1
H 3.23676024 +1 -5.5138474 +1 6.9501449 +1
H 1.10123955 +1 -9.2077806 +1 6.8515584 +1
N 4.43658500 +1 -8.6055160 +1 6.8574878 +1
N 3.22850214 +1 -6.5500488 +1 6.8835870 +1
O 5.50668334 +1 -6.5842573 +1 7.0080984 +1
O 0.98725034 +1 -6.5321740 +1 6.8965995 +1
C -1.93385509 +1 -8.8466747 +1 7.2603932 +1
C -4.32327811 +1 -8.2377089 +1 7.3737658 +1
C -3.92821145 +1 -6.8590284 +1 7.3896778 +1
C -2.60883903 +1 -6.5156005 +1 7.3687195 +1
H -2.25653055 +1 -5.4641685 +1 7.3953333 +1
H -0.62057538 +1 -7.2005794 +1 7.2617034 +1
H -3.52793357 +1 -10.1989206 +1 7.3155777 +1
H -4.72413990 +1 -6.1099682 +1 7.4174234 +1
N -1.62475092 +1 -7.4794572 +1 7.3115610 +1
N -3.28467395 +1 -9.1924461 +1 7.3465466 +1
O -1.07063538 +1 -9.6996154 +1 7.1634942 +1
O -5.46368039 +1 -8.6937936 +1 7.3817331 +1
Tv -0.48653334 +1 -4.7082860 +1 9.8906783 +1
Tv -12.28299659 +1 1.3282852 +1 0.0541813 +1
Tv 1.35187984 +1 11.6476426 +1 -1.6547389 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(3,1,1) Z=4 CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Uracil (URACIL) (PM6-D3H4)
C -0.00971507 +1 -0.0001899 +1 0.0233547 +1
C 2.49227650 +1 0.0544467 +1 -0.0040814 +1
C 2.41334775 +1 1.4897530 +1 0.0278767 +1
C 1.21534677 +1 2.1345584 +1 0.1015517 +1
H 1.12097011 +1 3.2405791 +1 0.1531130 +1
H -0.90538375 +1 1.9171320 +1 0.2029020 +1
H 1.26217913 +1 -1.6945632 +1 -0.0467953 +1
H 3.36891251 +1 2.0347542 +1 0.0067825 +1
N 0.01870462 +1 1.4169624 +1 0.1038956 +1
N 1.24537623 +1 -0.6458486 +1 -0.0073018 +1
O -1.06200219 +1 -0.6222739 +1 -0.0204171 +1
O 3.49768689 +1 -0.6618028 +1 -0.0253604 +1
C 6.40888072 +1 1.5195653 +1 -0.3029302 +1
C 8.84725156 +1 0.9999250 +1 -0.5051454 +1
C 8.50324326 +1 -0.3964339 +1 -0.5120758 +1
C 7.20500046 +1 -0.8080596 +1 -0.4591519 +1
H 6.90148505 +1 -1.8752512 +1 -0.4894621 +1
H 5.16476771 +1 -0.1934916 +1 -0.3690118 +1
H 7.97986925 +1 2.9450419 +1 -0.3700710 +1
H 9.33785522 +1 -1.1083164 +1 -0.5747720 +1
N 6.16953755 +1 0.1202852 +1 -0.3452506 +1
N 7.75754935 +1 1.9191226 +1 -0.4118822 +1
O 5.49577130 +1 2.3235011 +1 -0.1739086 +1
O 9.96896640 +1 1.5122392 +1 -0.5749865 +1
C 4.79734557 +1 -4.1216235 +1 0.4241563 +1
C 2.29698613 +1 -4.1801112 +1 0.4260110 +1
C 2.38055792 +1 -5.6160272 +1 0.4143514 +1
C 3.57971157 +1 -6.2596239 +1 0.3561383 +1
H 3.67661054 +1 -7.3666461 +1 0.3165833 +1
H 5.70235822 +1 -6.0335947 +1 0.2590400 +1
H 3.52402861 +1 -2.4294105 +1 0.4742313 +1
H 1.42577822 +1 -6.1612122 +1 0.4474521 +1
N 4.77560427 +1 -5.5401040 +1 0.3629363 +1
N 3.54205141 +1 -3.4785234 +1 0.4335591 +1
O 5.84846931 +1 -3.4957735 +1 0.4647517 +1
O 1.28930079 +1 -3.4672438 +1 0.4331776 +1
C -1.61889958 +1 -5.6499980 +1 0.7499134 +1
C -4.05339955 +1 -5.1201725 +1 0.9797764 +1
C -3.70701082 +1 -3.7243053 +1 0.9648254 +1
C -2.40867201 +1 -3.3179576 +1 0.8962477 +1
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H -0.37162138 +1 -3.9387785 +1 0.8022990 +1
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