Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Lysine aspartate (LYSASP)
278 Lysine aspartate (LYSASP)
(Previous) Trinitrotoluene (ZZZMUC01)
(Back) Elements:
C 10
H 20
N 3
O 6
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
In condensed phase, amino acids exist as their Zwitterions. This can be rationalized by
the fact that the -NH3(+) is near to the -COO(-). What would happen if they were moved apart?
From the X-ray structure, lysine aspartate consists of lysine molecules (with the NH2 of -(CH2)4-NH2 ionized)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 5.54 15.32 7.85 90.00 90.00 99.10 657.75 1.405 -124.4 calc'd using PM7
PM7: 5.24 15.21 7.65 90.05 89.96 99.45 600.91 1.538 -383.5 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 5.57 14.85 7.61 91.92 89.66 101.93 615.00 1.503 -426.4 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 00:34:08 |
Feb 24 2021 @ 05:13:43
ARC file |
Feb 25 2021 @ 22:09:06 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(2,1,2) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Lysine aspartate (LYSASP)
C -0.13311172 +1 -0.1588328 +1 0.1874318 +1
C 1.45079201 +1 -5.0185287 +1 -2.9864300 +1
C 1.51786290 +1 -3.8900609 +1 -4.0204510 +1
C 2.87807202 +1 -3.1950509 +1 -4.0279803 +1
C 2.86255730 +1 -1.9504526 +1 -4.9224895 +1
C 4.24879906 +1 -1.3028507 +1 -4.8819229 +1
H -0.46958613 +1 -3.2885778 +1 -1.1771642 +1
H 1.87762331 +1 -6.5023925 +1 -4.4298651 +1
H 3.20541486 +1 -6.1801190 +1 -3.3989773 +1
H 1.91072095 +1 -4.6866183 +1 -2.0168951 +1
H 1.28797420 +1 -4.2877993 +1 -5.0314430 +1
H 0.72512188 +1 -3.1468733 +1 -3.7860819 +1
H 3.15146284 +1 -2.9016040 +1 -2.9893682 +1
H 3.66204626 +1 -3.9033380 +1 -4.3608029 +1
H 2.56701612 +1 -2.2092154 +1 -5.9597237 +1
H 2.09684013 +1 -1.2330501 +1 -4.5657386 +1
H 4.33790284 +1 -0.6610627 +1 -3.9717506 +1
H 5.04785941 +1 -2.0774808 +1 -4.8109186 +1
H 3.68620424 +1 0.0686184 +1 -6.4161956 +1
H 4.78855859 +1 -1.0863692 +1 -6.9313521 +1
H 5.30422466 +1 0.1939820 +1 -5.9136855 +1
N 2.14603651 +1 -6.2656790 +1 -3.4534574 +1
N 4.52554994 +1 -0.4720190 +1 -6.1063987 +1
O -0.46416198 +1 -6.2942558 +1 -3.5578254 +1
O -0.71547246 +1 -4.7586747 +1 -1.9907645 +1
C -0.03618589 +1 -5.3852421 +1 -2.8124261 +1
C 1.44302178 +1 -1.5189728 +1 -1.1499392 +1
C -0.04794217 +1 -1.2226180 +1 -0.9140813 +1
C -1.49115347 +1 0.5440986 +1 0.2074112 +1
C -1.54356562 +1 1.6447502 +1 1.2764212 +1
C -2.76022344 +1 2.5368018 +1 1.0160798 +1
H 1.84229070 +1 0.5667360 +1 -2.8026050 +1
H -0.29359999 +1 -2.8351981 +1 0.4286075 +1
H -1.72370340 +1 -2.4282933 +1 -0.4143912 +1
H -0.55385282 +1 -0.8649535 +1 -1.8496793 +1
H 0.09375393 +1 -0.6133290 +1 1.1810934 +1
H 0.66900963 +1 0.5925852 +1 0.0149981 +1
H -1.68946261 +1 0.9775086 +1 -0.7999372 +1
H -2.29428151 +1 -0.1955278 +1 0.3867434 +1
H -1.58602380 +1 1.1963410 +1 2.2903197 +1
H -0.61647991 +1 2.2494376 +1 1.2548828 +1
H -2.63875581 +1 3.0867407 +1 0.0497210 +1
H -3.68865759 +1 1.9274690 +1 0.9224131 +1
H -2.06118589 +1 3.8755092 +1 2.5346292 +1
H -3.49078243 +1 3.1017542 +1 2.9278153 +1
H -3.53162562 +1 4.3421795 +1 1.7659181 +1
N -0.67535486 +1 -2.5254749 +1 -0.4889111 +1
N -2.97036839 +1 3.5393533 +1 2.1264232 +1
O 1.91242716 +1 -2.4668767 +1 -0.4811955 +1
O 2.09385420 +1 -0.8307826 +1 -1.9420550 +1
C -0.64326064 +1 1.3943009 +1 7.8093910 +1
C -1.29233250 +1 2.4632948 +1 6.9586233 +1
C -2.24787931 +1 3.2234359 +1 7.4881986 +1
C -2.88684553 +1 4.4500680 +1 6.9208972 +1
H 0.16821238 +1 2.1372346 +1 5.4733265 +1
H -1.45535699 +1 1.9455732 +1 4.9772917 +1
H -0.79947905 +1 3.5258771 +1 5.2207790 +1
H 0.44516420 +1 3.9137175 +1 7.6957774 +1
H -2.62580042 +1 3.0059474 +1 8.5015056 +1
N -0.79573305 +1 2.5489501 +1 5.5887188 +1
O 0.34184655 +1 0.8034468 +1 7.3422610 +1
O -1.10466294 +1 1.2531469 +1 8.9523855 +1
O -2.27027017 +1 5.5134627 +1 7.1119668 +1
O -4.00971324 +1 4.3384972 +1 6.3930701 +1
C -0.52164074 +1 -2.3262258 +1 3.2988915 +1
C -0.02493209 +1 -1.0576372 +1 3.9966350 +1
C 1.40959326 +1 -0.8248804 +1 3.8864108 +1
C 1.87940415 +1 0.4589209 +1 3.9338872 +1
H -1.43249973 +1 -1.1381162 +1 5.6030290 +1
H 0.00024722 +1 -1.9681543 +1 5.9196779 +1
H -0.00548202 +1 -0.3088177 +1 5.9616544 +1
H -0.61592845 +1 -0.1957043 +1 3.5580035 +1
H 2.06483827 +1 -1.6731557 +1 3.7912439 +1
N -0.40378732 +1 -1.1327436 +1 5.4757631 +1
O -1.42479613 +1 -2.9801864 +1 3.8733189 +1
O -0.12526534 +1 -2.5699878 +1 2.1518509 +1
O 1.28887450 +1 1.5412803 +1 4.1216866 +1
O 3.24332333 +1 0.6676563 +1 3.7112241 +1
C -5.30597561 +1 -0.0286257 +1 0.0607451 +1
C -3.74882150 +1 -5.0449916 +1 -2.9743157 +1
C -3.69490669 +1 -3.9289598 +1 -4.0238116 +1
C -2.32117230 +1 -3.2600991 +1 -4.0820589 +1
C -2.26190073 +1 -2.1810583 +1 -5.1717326 +1
C -1.05118562 +1 -1.2833274 +1 -4.9080606 +1
H -5.66887291 +1 -3.2146102 +1 -1.1305404 +1
H -3.47172978 +1 -6.5415493 +1 -4.4327928 +1
H -2.06556588 +1 -6.2410894 +1 -3.5043064 +1
H -3.22743111 +1 -4.7258925 +1 -2.0340414 +1
H -3.98502672 +1 -4.3244161 +1 -5.0259281 +1
H -4.46470736 +1 -3.1677801 +1 -3.7663401 +1
H -2.09742657 +1 -2.8116285 +1 -3.0872510 +1
H -1.53619444 +1 -4.0186652 +1 -4.2600226 +1
H -2.20775157 +1 -2.6455964 +1 -6.1770041 +1
H -3.19111772 +1 -1.5785491 +1 -5.1732009 +1
H -1.17470148 +1 -0.7499732 +1 -3.9315090 +1
H -0.11607233 +1 -1.8834754 +1 -4.8262900 +1
H -1.77258001 +1 0.0584191 +1 -6.4171677 +1
H -0.32038415 +1 -0.6685228 +1 -6.8034779 +1
H -0.32784516 +1 0.5527600 +1 -5.6246993 +1
N -3.11837228 +1 -6.3190740 +1 -3.4772103 +1
N -0.85940032 +1 -0.2617663 +1 -6.0030103 +1
O -5.66290116 +1 -6.4112672 +1 -3.2448612 +1
O -5.91101553 +1 -4.5924271 +1 -2.0282275 +1
C -5.23244308 +1 -5.3674620 +1 -2.7110047 +1
C -3.73617037 +1 -1.5192122 +1 -1.1491639 +1
C -5.22323765 +1 -1.1530996 +1 -0.9775691 +1
C -6.68952450 +1 0.6216015 +1 0.0927471 +1
C -6.69944518 +1 1.8708967 +1 0.9817097 +1
C -8.10960642 +1 2.4680614 +1 0.9810245 +1
H -3.38435774 +1 0.5100956 +1 -2.8498653 +1
H -5.63895281 +1 -2.6439267 +1 0.4571163 +1
H -6.98322148 +1 -2.3100110 +1 -0.5417293 +1
H -5.67628984 +1 -0.8186241 +1 -1.9508292 +1
H -5.04282562 +1 -0.4186159 +1 1.0669727 +1
H -4.54294690 +1 0.7392033 +1 -0.1910128 +1
H -6.98929616 +1 0.8996578 +1 -0.9430037 +1
H -7.44243984 +1 -0.1106329 +1 0.4439273 +1
H -6.36169974 +1 1.6294171 +1 2.0106708 +1
H -5.97008481 +1 2.6134761 +1 0.6008575 +1
H -8.24490340 +1 3.1215762 +1 0.0844009 +1
H -8.88038165 +1 1.6636486 +1 0.9146748 +1
H -7.57073324 +1 3.8604546 +1 2.5062449 +1
H -8.58895112 +1 2.6419138 +1 3.0490981 +1
H -9.20341094 +1 3.9076192 +1 2.0649673 +1
N -5.91893461 +1 -2.4012434 +1 -0.5132516 +1
N -8.38992464 +1 3.2723110 +1 2.2232916 +1
O -3.31280358 +1 -2.4273893 +1 -0.3972239 +1
O -3.05134855 +1 -0.9103328 +1 -1.9779891 +1
C -5.96956303 +1 1.5351325 +1 7.7885634 +1
C -6.37104123 +1 2.7846815 +1 7.0088792 +1
C -7.79702155 +1 3.0790296 +1 7.0944747 +1
C -8.21618603 +1 4.3807609 +1 7.0739001 +1
H -5.08619994 +1 2.1963997 +1 5.4051336 +1
H -6.73949378 +1 2.0111481 +1 5.0751108 +1
H -6.05603574 +1 3.5247975 +1 5.0671055 +1
H -5.73965827 +1 3.6361331 +1 7.4034602 +1
H -8.48509111 +1 2.2547258 +1 7.1704529 +1
N -6.02911800 +1 2.6037537 +1 5.5315654 +1
O -5.14582780 +1 0.7270464 +1 7.3002273 +1
O -6.40908325 +1 1.4303147 +1 8.9461413 +1
O -7.57662104 +1 5.4427061 +1 6.9606721 +1
O -9.58938048 +1 4.6084622 +1 7.2458221 +1
C -5.59183083 +1 -2.3944498 +1 3.2615335 +1
C -4.92531117 +1 -1.3312847 +1 4.0992157 +1
C -4.02640046 +1 -0.5325691 +1 3.5282745 +1
C -3.41914801 +1 0.7117503 +1 4.0925127 +1
H -6.30672924 +1 -1.6662613 +1 5.6537960 +1
H -4.66943770 +1 -1.9244323 +1 6.0554136 +1
H -5.29172163 +1 -0.3142915 +1 5.8939698 +1
H -6.80126774 +1 -0.1043700 +1 3.2869594 +1
H -3.69503357 +1 -0.7188728 +1 2.4940972 +1
N -5.34055154 +1 -1.2766934 +1 5.4948126 +1
O -6.57185793 +1 -2.9926668 +1 3.7304055 +1
O -5.16740711 +1 -2.5132601 +1 2.1002673 +1
O -4.06517527 +1 1.7518925 +1 3.8649372 +1
O -2.30950007 +1 0.6282226 +1 4.6451882 +1
C -0.13658278 +1 7.5402386 +1 0.0768182 +1
C 1.40772539 +1 2.6293907 +1 -2.9834466 +1
C 1.47884982 +1 3.7290441 +1 -4.0496523 +1
C 2.83750198 +1 4.4299427 +1 -4.0655200 +1
C 2.80806940 +1 5.6906200 +1 -4.9380273 +1
C 4.19203039 +1 6.3456889 +1 -4.9153884 +1
H -0.48372924 +1 4.3433216 +1 -1.1031366 +1
H 1.83844779 +1 1.1160935 +1 -4.3932014 +1
H 3.16658281 +1 1.4599741 +1 -3.3730677 +1
H 1.86374277 +1 2.9879474 +1 -2.0197013 +1
H 1.25245125 +1 3.3062548 +1 -5.0512294 +1
H 0.68244222 +1 4.4741198 +1 -3.8362388 +1
H 3.12023587 +1 4.7089865 +1 -3.0243755 +1
H 3.62018516 +1 3.7290643 +1 -4.4153602 +1
H 2.48996739 +1 5.4529336 +1 -5.9723719 +1
H 2.04764370 +1 6.3994599 +1 -4.5531916 +1
H 4.28843845 +1 6.9942079 +1 -4.0099105 +1
H 4.99599142 +1 5.5762584 +1 -4.8461562 +1
H 3.61697416 +1 7.7334082 +1 -6.4328566 +1
H 4.68325836 +1 6.5605201 +1 -6.9793183 +1
H 5.24681531 +1 7.8277464 +1 -5.9733564 +1
N 2.10602450 +1 1.3726602 +1 -3.4220384 +1
N 4.45079452 +1 7.1745458 +1 -6.1470505 +1
O -0.51202470 +1 1.3613963 +1 -3.5499153 +1
O -0.75539072 +1 2.8797547 +1 -1.9666762 +1
C -0.07904832 +1 2.2663518 +1 -2.7989190 +1
C 1.39111148 +1 6.0964305 +1 -1.2556203 +1
C -0.08828206 +1 6.4243997 +1 -0.9755818 +1
C -1.50938069 +1 8.2127079 +1 0.1304410 +1
C -1.57983818 +1 9.3157554 +1 1.1972080 +1
C -2.80965265 +1 10.1825113 +1 0.9116201 +1
H 1.82635252 +1 8.2071343 +1 -2.8406280 +1
H -0.34142532 +1 4.9173657 +1 0.4743059 +1
H -1.76853223 +1 5.2335866 +1 -0.4224104 +1
H -0.62192689 +1 6.7444760 +1 -1.9089151 +1
H 0.14939168 +1 7.1440422 +1 1.0793489 +1
H 0.63799336 +1 8.2964123 +1 -0.1745537 +1
H -1.73424863 +1 8.6396918 +1 -0.8739056 +1
H -2.29226403 +1 7.4552831 +1 0.3231738 +1
H -1.62204014 +1 8.8764577 +1 2.2138848 +1
H -0.66209990 +1 9.9363917 +1 1.1801803 +1
H -2.67049551 +1 10.7316361 +1 -0.0539710 +1
H -3.72039793 +1 9.5509579 +1 0.7886526 +1
H -2.21209011 +1 11.5035524 +1 2.4994510 +1
H -3.68570412 +1 10.7798823 +1 2.7514489 +1
H -3.57410220 +1 12.0140624 +1 1.5967895 +1
N -0.71556118 +1 5.1481370 +1 -0.4697310 +1
N -3.08319168 +1 11.1880038 +1 2.0039459 +1
O 1.82295905 +1 5.0480646 +1 -0.7333673 +1
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C -0.68416136 +1 9.0760294 +1 7.7933309 +1
C -1.36838935 +1 10.1585531 +1 6.9923948 +1
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O -3.96758091 +1 12.0645368 +1 6.4897037 +1
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C -0.06115538 +1 6.6876778 +1 4.0288249 +1
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C 1.73048562 +1 8.3660728 +1 3.9403329 +1
H -1.54429895 +1 6.5482854 +1 5.5661550 +1
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H -0.09160674 +1 7.2637707 +1 6.0507203 +1
H -0.70535604 +1 7.4972945 +1 3.5762976 +1
H 2.07723486 +1 6.2570802 +1 4.0796719 +1
N -0.51489960 +1 6.5089261 +1 5.4795567 +1
O -1.06368488 +1 4.5137380 +1 3.7789977 +1
O 0.13422064 +1 5.2861338 +1 2.1177352 +1
O 1.06342294 +1 9.4159689 +1 3.9437724 +1
O 3.10539576 +1 8.6059973 +1 3.7822910 +1
C -5.38896344 +1 7.5591761 +1 0.1004198 +1
C -3.78924034 +1 2.5887719 +1 -2.9787761 +1
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C -2.35703268 +1 4.3629532 +1 -4.1021228 +1
C -2.29079425 +1 5.4227581 +1 -5.2109850 +1
C -1.08699238 +1 6.3325505 +1 -4.9517935 +1
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H -1.78488400 +1 7.6507090 +1 -6.4920456 +1
H -0.34771377 +1 6.8832661 +1 -6.8634903 +1
H -0.32325943 +1 8.1353405 +1 -5.7179584 +1
N -3.15233881 +1 1.3182740 +1 -3.4790873 +1
N -0.87215132 +1 7.3202345 +1 -6.0726139 +1
O -5.70051502 +1 1.2134833 +1 -3.2459842 +1
O -5.95168754 +1 3.0300307 +1 -2.0316539 +1
C -5.26998205 +1 2.2591227 +1 -2.7160529 +1
C -3.79665284 +1 6.1111117 +1 -1.1306264 +1
C -5.28970945 +1 6.4616342 +1 -0.9640885 +1
C -6.73782359 +1 8.2786749 +1 0.0659465 +1
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C -8.09869408 +1 10.1953333 +1 0.9109307 +1
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N -5.97777802 +1 5.1962949 +1 -0.5345584 +1
N -8.31878557 +1 11.1056630 +1 2.0954327 +1
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O -3.12482025 +1 6.7126807 +1 -1.9751983 +1
C -5.96204540 +1 9.1764743 +1 7.7909545 +1
C -6.28307002 +1 10.4447367 +1 7.0045800 +1
C -7.70996613 +1 10.7476414 +1 7.0134948 +1
C -8.13637037 +1 12.0467966 +1 7.0671376 +1
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O -9.51096602 +1 12.2590980 +1 7.2472010 +1
C -5.70846685 +1 5.2137304 +1 3.2468616 +1
C -5.03307307 +1 6.2959148 +1 4.0623220 +1
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C -3.53986909 +1 8.3420368 +1 4.0348650 +1
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H -6.90449065 +1 7.8187393 +1 3.4181600 +1
H -3.85478301 +1 6.9291415 +1 2.4252955 +1
N -5.39596624 +1 6.3392108 +1 5.4724306 +1
O -6.70306403 +1 4.6600680 +1 3.7373631 +1
O -5.24139885 +1 5.0186072 +1 2.1143815 +1
O -4.15033462 +1 9.3972059 +1 3.7955873 +1
O -2.46176994 +1 8.2301137 +1 4.6471003 +1
Tv -10.47377777 +1 -0.0279999 +1 0.0357343 +1
Tv 2.44621223 +1 -0.0027316 +1 -15.0095916 +1
Tv -0.05146513 +1 15.2980422 +1 0.0015507 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(2,1,2) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Lysine aspartate (LYSASP) (PM6-D3H4)
C 0.07855978 +1 -0.0956865 +1 0.0688517 +1
C 1.58834139 +1 -4.9513192 +1 -3.3586619 +1
C 1.70181023 +1 -3.7529610 +1 -4.3122013 +1
C 3.01787563 +1 -2.9821593 +1 -4.1600867 +1
C 3.16250516 +1 -1.8753189 +1 -5.2146502 +1
C 4.47638304 +1 -1.1146982 +1 -4.9873478 +1
H -0.35595699 +1 -3.1821657 +1 -1.4285167 +1
H 2.19094649 +1 -6.3182929 +1 -4.8814254 +1
H 3.43098550 +1 -5.9507370 +1 -3.6946559 +1
H 1.96451890 +1 -4.6453509 +1 -2.3402113 +1
H 1.59488574 +1 -4.0998878 +1 -5.3658783 +1
H 0.85894643 +1 -3.0665505 +1 -4.0556010 +1
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H 5.30622003 +1 -1.8296135 +1 -4.7683169 +1
H 4.10562838 +1 0.4260682 +1 -6.4023878 +1
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H 5.79944132 +1 0.2055895 +1 -6.0281288 +1
N 2.38266533 +1 -6.1402847 +1 -3.8519708 +1
N 4.87498043 +1 -0.3004131 +1 -6.2028322 +1
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O -0.63873820 +1 -4.6307279 +1 -2.5123523 +1
C 0.09919110 +1 -5.3551208 +1 -3.2179707 +1
C 1.62251447 +1 -1.5518641 +1 -1.2646003 +1
C 0.15137898 +1 -1.1340704 +1 -1.0619292 +1
C -1.23706179 +1 0.6852732 +1 0.0593389 +1
C -1.37114949 +1 1.6602200 +1 1.2397761 +1
C -2.60552239 +1 2.5356851 +1 1.0023862 +1
H 2.15724203 +1 0.6755661 +1 -2.7493543 +1
H -0.43187367 +1 -2.7080842 +1 0.2572159 +1
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H -0.24461617 +1 -0.6810902 +1 -2.0161060 +1
H 0.24463685 +1 -0.5965161 +1 1.0600263 +1
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H -1.29258773 +1 1.2692307 +1 -0.8983309 +1
H -2.09326885 +1 -0.0313007 +1 0.0827890 +1
H -1.48378773 +1 1.0885457 +1 2.1935034 +1
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H -3.70719852 +1 4.0889126 +1 1.8742015 +1
N -0.63743431 +1 -2.3900143 +1 -0.7418412 +1
N -2.95820493 +1 3.3954514 +1 2.1976846 +1
O 1.95388689 +1 -2.7003923 +1 -0.8894758 +1
O 2.42454225 +1 -0.7408765 +1 -1.7835947 +1
C -0.56040201 +1 1.3108742 +1 7.5284231 +1
C -1.36945853 +1 2.3594965 +1 6.7892180 +1
C -2.33678055 +1 3.0579393 +1 7.3746213 +1
C -2.99734289 +1 4.2986904 +1 6.8582239 +1
H 0.04941453 +1 2.0887940 +1 5.2381591 +1
H -1.64367302 +1 2.0097914 +1 4.7623944 +1
H -0.94639487 +1 3.5765279 +1 5.1198336 +1
H 0.83167670 +1 3.5601880 +1 6.8729257 +1
H -2.70798006 +1 2.7664009 +1 8.3711513 +1
N -0.92504229 +1 2.5439406 +1 5.3969929 +1
O 0.58648181 +1 1.1212602 +1 7.0538554 +1
O -1.02280571 +1 0.7379660 +1 8.5331938 +1
O -2.32014700 +1 5.3580402 +1 6.8031856 +1
O -4.23297618 +1 4.2782880 +1 6.6466438 +1
C -0.35494872 +1 -2.2572847 +1 2.9936281 +1
C 0.12273409 +1 -1.0290499 +1 3.7848665 +1
C 1.54114590 +1 -0.7311480 +1 3.6570799 +1
C 2.01462254 +1 0.5422333 +1 3.7789482 +1
H -1.06181689 +1 -1.8184722 +1 5.4018234 +1
H 0.65624755 +1 -1.7063343 +1 5.7564788 +1
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H -0.52165373 +1 -0.1664986 +1 3.4316956 +1
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N -0.17641499 +1 -1.2297708 +1 5.2824718 +1
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O 0.17613608 +1 -2.6268709 +1 1.9280491 +1
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