Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
279 L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
(Previous) Lysine aspartate (LYSASP)
(Back) Elements:
N 3
O 6
C 11
H 23
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Bis(3,5-Dinitro-4-methylbenzoic acid) 1,2-bis(4-pyridyl)ethane (LAPTUS)
In the solid state, amino-acids exist as Zwitterions. The Zwitterionic form is stabilized by the close
proximity of the -COO(-) and -NH3(+) ions in each moiety - they are always only separated by one -CHR- group.
So would isolated amine and carboxylic acid groups also be stabilized? In the co-crystal lysine - glutamate
each terminal ionizable group can only be stabilized by the counterion group on another molecule.
In this system, the anion - cation - Zwitterion is the stable form.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 4.90 9.68 30.72 90.00 90.00 90.00 1457.51 1.337 -364.6 calc'd using PM7
PM7: 4.54 9.58 30.20 90.54 89.85 90.00 1314.10 1.483 -409.4 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 4.55 9.93 30.19 91.55 90.19 89.00 1363.96 1.428 -438.8 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 23:43:26 |
Feb 24 2021 @ 03:24:17
ARC file |
Feb 25 2021 @ 13:19:04 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(2,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
N -0.17662560 +1 0.2724859 +1 -0.0622198 +1
O 7.68770248 +1 0.2365681 +1 -0.0836439 +1
O 8.19474960 +1 2.3788606 +1 -0.1824628 +1
C 7.37939340 +1 1.4410114 +1 -0.0798314 +1
C 5.89405178 +1 1.7874398 +1 0.0311074 +1
C 5.53101923 +1 2.5827931 +1 1.2823669 +1
C 5.76789491 +1 1.8838069 +1 2.6228495 +1
C 4.75920210 +1 2.3998125 +1 3.6569578 +1
C 4.98154049 +1 1.7589516 +1 5.0273567 +1
N 3.78893921 +1 1.9978294 +1 5.9196071 +1
N 5.11432956 +1 0.5055503 +1 -0.0826396 +1
N 2.03646792 +1 8.6182107 +1 12.6251590 +1
O -0.50667915 +1 8.5980697 +1 12.1768828 +1
O -1.11792907 +1 7.5978230 +1 14.0422253 +1
C -0.26558197 +1 8.1247132 +1 13.3018230 +1
C 1.18471458 +1 8.1768996 +1 13.7860960 +1
C 1.39495505 +1 9.0455440 +1 15.0229252 +1
C 1.08072409 +1 10.5346342 +1 14.8601123 +1
C 1.96252484 +1 11.3444044 +1 15.8174406 +1
C 1.69111301 +1 12.8458652 +1 15.7237543 +1
N 2.78322608 +1 13.6056712 +1 16.4430260 +1
N 3.42422075 +1 -2.0000601 +1 -2.1626812 +1
O 0.81424079 +1 -1.5675507 +1 -2.0591797 +1
O 0.30297175 +1 -3.6977559 +1 -1.7587602 +1
C 1.10028843 +1 -2.7725017 +1 -2.0123906 +1
C 2.52967028 +1 -3.1857751 +1 -2.4091124 +1
C 2.49763837 +1 -3.5323698 +1 -3.8982850 +1
C 3.76374923 +1 -4.2266205 +1 -4.3942860 +1
C 3.89879931 +1 -3.9846068 +1 -5.8786870 +1
O 2.87559700 +1 -3.9357357 +1 -6.5943940 +1
O 5.03563868 +1 -3.7928254 +1 -6.3857314 +1
N 4.02422832 +1 7.7818828 +1 9.5886748 +1
O 6.57530130 +1 7.8735482 +1 10.2567156 +1
O 7.18329002 +1 9.0125531 +1 8.4628006 +1
C 6.35814845 +1 8.3692965 +1 9.1418091 +1
C 4.99891616 +1 8.0764488 +1 8.4809585 +1
C 5.19026278 +1 6.8549812 +1 7.5804681 +1
C 4.03549671 +1 6.6210049 +1 6.6097238 +1
C 4.07578462 +1 5.1851703 +1 6.1382370 +1
O 5.16829211 +1 4.5968287 +1 6.0098867 +1
O 2.98953448 +1 4.5792293 +1 5.9250799 +1
N -1.86671405 +1 -2.2552479 +1 -2.1809307 +1
O -3.17605520 +1 -4.0116411 +1 -0.8006677 +1
O -4.95047283 +1 -4.1257570 +1 -2.1015208 +1
C -3.80273626 +1 -3.7188025 +1 -1.8341592 +1
C -3.12587143 +1 -2.7690631 +1 -2.8231901 +1
C -2.87307067 +1 -3.3898960 +1 -4.1939138 +1
C -1.89655551 +1 -4.5666345 +1 -4.2347160 +1
C -1.13258128 +1 -4.5494722 +1 -5.5638090 +1
C -0.19806998 +1 -5.7522056 +1 -5.6843336 +1
N 0.75788550 +1 -5.5578544 +1 -6.8359388 +1
N 0.81814927 +1 4.2628954 +1 11.9260282 +1
O 2.10304759 +1 6.2875460 +1 10.9608347 +1
O 3.97245911 +1 5.2314326 +1 10.4603665 +1
C 2.79396654 +1 5.2583423 +1 10.8651055 +1
C 2.14769343 +1 3.9398541 +1 11.2957108 +1
C 2.02698528 +1 2.9163217 +1 10.1707533 +1
C 1.16985697 +1 3.3261244 +1 8.9706827 +1
C 0.60817114 +1 2.0672395 +1 8.2976069 +1
C -0.21833915 +1 2.4069922 +1 7.0576535 +1
N -1.07619244 +1 1.2263823 +1 6.6597773 +1
O 1.09900373 +1 1.9419619 +1 -1.6626126 +1
O 2.94914756 +1 1.9755491 +1 -0.4528928 +1
C 1.75551707 +1 1.6689502 +1 -0.6475260 +1
C 1.01912350 +1 0.9851305 +1 0.5191833 +1
C 0.56887303 +1 2.0870018 +1 1.4788203 +1
C 0.12042597 +1 1.5660426 +1 2.8419952 +1
C -0.75255751 +1 2.6122458 +1 3.4966696 +1
O -0.53201640 +1 3.8239775 +1 3.2950064 +1
O -1.73072310 +1 2.2463965 +1 4.2038838 +1
N -3.26142597 +1 8.3665893 +1 12.5855974 +1
O -4.46977405 +1 6.1593482 +1 13.4233262 +1
O -6.41968094 +1 7.1594783 +1 13.7283336 +1
C -5.19524864 +1 7.1611177 +1 13.4865108 +1
C -4.52259195 +1 8.5417496 +1 13.3842576 +1
C -4.20538637 +1 8.9844888 +1 14.8132027 +1
C -3.88132288 +1 10.4714339 +1 14.9280808 +1
C -3.07810887 +1 10.6920288 +1 16.1891809 +1
O -3.33459947 +1 10.0202756 +1 17.2107188 +1
O -2.13060044 +1 11.5228687 +1 16.1816095 +1
H -0.62189756 +1 -0.3342089 +1 0.6566508 +1
H 0.11783994 +1 -0.3328822 +1 -0.8534612 +1
H -0.88482784 +1 0.9634157 +1 -0.4088573 +1
H 5.61608829 +1 2.4277787 +1 -0.8669912 +1
H 4.45334677 +1 2.8616392 +1 1.1955930 +1
H 6.09395283 +1 3.5450111 +1 1.2632058 +1
H 5.66448126 +1 0.7845835 +1 2.5118111 +1
H 6.80703787 +1 2.0657253 +1 2.9704129 +1
H 3.72831383 +1 2.1906219 +1 3.3036179 +1
H 4.85592953 +1 3.5026333 +1 3.7594644 +1
H 5.13985897 +1 0.6636372 +1 4.9352020 +1
H 5.88379121 +1 2.2006789 +1 5.5141029 +1
H 2.99303644 +1 1.3527212 +1 5.6715532 +1
H 4.05421612 +1 1.8335529 +1 6.9186133 +1
H 3.44455008 +1 3.0057913 +1 5.8411865 +1
H 4.09922636 +1 0.6760508 +1 0.0830928 +1
H 5.45051804 +1 -0.2300353 +1 0.6001588 +1
H 5.20274496 +1 0.1199567 +1 -1.0395751 +1
H 2.03254605 +1 7.8902837 +1 11.8871331 +1
H 3.02488552 +1 8.7490376 +1 12.9182059 +1
H 1.68097513 +1 9.5176642 +1 12.1937506 +1
H 1.50701099 +1 7.1206645 +1 14.0557166 +1
H 0.78630885 +1 8.6271017 +1 15.8583587 +1
H 2.45953117 +1 8.9250976 +1 15.3351104 +1
H 0.00460313 +1 10.7221188 +1 15.0623473 +1
H 1.26152189 +1 10.8581314 +1 13.8139552 +1
H 1.77905137 +1 11.0134591 +1 16.8632818 +1
H 3.03052583 +1 11.1443164 +1 15.5915818 +1
H 0.71101230 +1 13.0903617 +1 16.1982539 +1
H 1.65376389 +1 13.1866083 +1 14.6671060 +1
H 2.99151962 +1 13.1583084 +1 17.3794453 +1
H 3.66306667 +1 13.6412923 +1 15.8676760 +1
H 2.46383135 +1 14.5869157 +1 16.6380050 +1
H 3.32200603 +1 -1.6682983 +1 -1.1841949 +1
H 4.42028158 +1 -2.2543702 +1 -2.3167307 +1
H 3.17090257 +1 -1.2050511 +1 -2.8183248 +1
H 2.88012239 +1 -4.0474995 +1 -1.7805776 +1
H 1.61287400 +1 -4.1676099 +1 -4.1106332 +1
H 2.33281010 +1 -2.5961375 +1 -4.4874236 +1
H 3.74911329 +1 -5.3185751 +1 -4.1927106 +1
H 4.67508496 +1 -3.8653205 +1 -3.8664987 +1
H 3.05165911 +1 7.7299878 +1 9.2135993 +1
H 4.25062688 +1 6.8731555 +1 10.0597684 +1
H 4.04282762 +1 8.5414805 +1 10.2990523 +1
H 4.63807959 +1 8.9706498 +1 7.9048670 +1
H 5.33302321 +1 5.9462870 +1 8.2148556 +1
H 6.13838943 +1 6.9608576 +1 7.0121958 +1
H 3.04944065 +1 6.8393657 +1 7.0758576 +1
H 4.08247177 +1 7.3000717 +1 5.7317791 +1
H -2.09966215 +1 -1.6370833 +1 -1.3833893 +1
H -1.24907182 +1 -3.0363341 +1 -1.8212662 +1
H -1.31682007 +1 -1.6808956 +1 -2.8556970 +1
H -3.81187994 +1 -1.8755473 +1 -2.9769366 +1
H -3.85347272 +1 -3.7070657 +1 -4.6210922 +1
H -2.50185552 +1 -2.5786018 +1 -4.8647910 +1
H -2.44661129 +1 -5.5247026 +1 -4.1116649 +1
H -1.18024056 +1 -4.5140938 +1 -3.3889365 +1
H -1.85206581 +1 -4.5702475 +1 -6.4107175 +1
H -0.55302483 +1 -3.6064925 +1 -5.6452570 +1
H -0.78910303 +1 -6.6814962 +1 -5.8673048 +1
H 0.38852328 +1 -5.8954696 +1 -4.7523310 +1
H 0.24829586 +1 -5.2041628 +1 -7.6999825 +1
H 1.19560568 +1 -6.4739756 +1 -7.0885870 +1
H 1.51695784 +1 -4.8743425 +1 -6.5872926 +1
H 0.31220765 +1 3.3969874 +1 12.1946376 +1
H 0.96660946 +1 4.8179638 +1 12.7893722 +1
H 0.20749356 +1 4.8223505 +1 11.2822716 +1
H 2.79581809 +1 3.4801503 +1 12.1080646 +1
H 1.61497201 +1 1.9791199 +1 10.6152520 +1
H 3.05308247 +1 2.6609618 +1 9.8174225 +1
H 0.33789906 +1 3.9859969 +1 9.2933625 +1
H 1.77516327 +1 3.9165331 +1 8.2511848 +1
H -0.01671092 +1 1.5098412 +1 9.0263073 +1
H 1.44278037 +1 1.3975762 +1 7.9966495 +1
H -0.87983896 +1 3.2782068 +1 7.2478757 +1
H 0.45510794 +1 2.6640210 +1 6.2047041 +1
H -1.89381343 +1 1.1266244 +1 7.3048671 +1
H -0.51016349 +1 0.3243596 +1 6.6702242 +1
H -1.42570788 +1 1.3628642 +1 5.6811099 +1
H 1.68698514 +1 0.2339925 +1 1.0206868 +1
H -0.26837129 +1 2.6606273 +1 1.0092757 +1
H 1.38696081 +1 2.8258799 +1 1.6089216 +1
H -0.43636694 +1 0.6063531 +1 2.7562134 +1
H 0.97841094 +1 1.3278972 +1 3.5054128 +1
H -3.46451073 +1 7.8967456 +1 11.6809158 +1
H -2.55946110 +1 7.7937249 +1 13.1183848 +1
H -2.82987098 +1 9.2923125 +1 12.3730435 +1
H -5.19050427 +1 9.2710195 +1 12.8532164 +1
H -5.05887636 +1 8.7344525 +1 15.4776607 +1
H -3.34945299 +1 8.3823778 +1 15.2076639 +1
H -4.79794041 +1 11.0967925 +1 14.9558712 +1
H -3.31553466 +1 10.8440182 +1 14.0455019 +1
N -2.26921737 +1 3.5805415 +1 -2.3664633 +1
O 5.59927894 +1 3.5647009 +1 -2.3684410 +1
O 6.08891178 +1 5.7141912 +1 -2.4343435 +1
C 5.28259888 +1 4.7671935 +1 -2.3536565 +1
C 3.79341608 +1 5.1001713 +1 -2.2586436 +1
C 3.42383756 +1 5.8928877 +1 -1.0081544 +1
C 3.67754200 +1 5.2024373 +1 0.3334939 +1
C 2.66668586 +1 5.7129130 +1 1.3676043 +1
C 2.89487546 +1 5.0791513 +1 2.7395044 +1
N 1.69617138 +1 5.3141145 +1 3.6274683 +1
N 3.02216314 +1 3.8144180 +1 -2.3860357 +1
N -0.05695307 +1 11.9361684 +1 10.3360335 +1
O -2.60303525 +1 11.9223034 +1 9.8823253 +1
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Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(2,1,1) RELSCF=1 CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
L-Lysine D-glutamate (JAVSII) (PM6-D3H4)
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C 2.67096156 +1 -2.8885529 +1 -2.1800263 +1
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C 3.87808591 +1 -4.2263823 +1 -5.6231524 +1
O 2.82584727 +1 -4.3771691 +1 -6.3007235 +1
O 4.99561316 +1 -4.1387158 +1 -6.2202869 +1
N 4.18653784 +1 7.6322195 +1 9.4699302 +1
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C 5.11877228 +1 8.1161756 +1 8.3900137 +1
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