274 Valinomycin (CACYEK10)
(Previous) Dipyridinium bis(hydrogen-oxalate) oxalic acid (DUVLUB)
(Back) Elements:
O 12
C 40
N 4
H 68
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Basic beryllium acetate (Be4O(OOCCH3)6) (BEOACT)
There is a fault in the implementation of translational vectors in very large unit cells such as valinomycin.
This is not an error in theory, or a software error, instead it is an implementation error.
Possible ways to correct this error are:
(a) Increase the force constant for the translation vectors. This would reduce the step-size.
(b) Do not allow the heat of formation to rise (in the L-BFGS method, the energy can rise)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 20.86 20.31 21.54 90.73 90.00 90.00 9125.20 1.160 -693.9 calc'd using PM7
PM7: 47.06 63.93 60.34 52.12 141.01 162.45 25569.23 0.414 -651.1 calc'd using PM7
PM6: 20.70 19.53 20.90 90.24 89.68 90.38 8448.56 1.253 -668.6 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MOZYME MERS=(1,1,1) GNORM=4 Z=8
Valinomycin (CACYEK10)
O -2.32270620 +1 -1.77274624 +1 0.06147182 +1
C -8.31264063 +1 4.31456147 +1 12.95962786 +1
C -6.77076351 +1 4.48644187 +1 12.93390182 +1
C -6.06938924 +1 3.35257731 +1 12.18302021 +1
C -6.27284402 +1 4.41102744 +1 14.37673922 +1
C -8.96943300 +1 4.37038688 +1 11.57312634 +1
O -9.82328232 +1 5.17183477 +1 11.28054507 +1
O -8.57908083 +1 3.38955961 +1 10.72583156 +1
C -8.84730679 +1 3.59749235 +1 9.32640142 +1
C -7.67686087 +1 2.86788998 +1 8.61785526 +1
C -7.70576758 +1 1.36859130 +1 8.90237341 +1
C -7.71920618 +1 3.09630227 +1 7.09967374 +1
C -10.25422358 +1 3.16505187 +1 8.83989228 +1
O -10.43772450 +1 2.87493398 +1 7.66427144 +1
N -11.32234105 +1 3.11590932 +1 9.73335132 +1
C -12.70158628 +1 2.96302949 +1 9.25720153 +1
C -13.50131913 +1 1.92981174 +1 10.08665199 +1
C -13.03315330 +1 0.51331238 +1 9.73512585 +1
C -15.00099098 +1 2.04552868 +1 9.80751982 +1
C -13.38456434 +1 4.33337407 +1 9.38690178 +1
O -13.44430604 +1 5.05860354 +1 10.33783788 +1
O -13.87688869 +1 4.70308789 +1 8.15722589 +1
C -14.40240070 +1 6.03110747 +1 8.08702747 +1
C -15.82586997 +1 5.97667365 +1 7.50808617 +1
C -16.75891833 +1 5.41097349 +1 8.59325180 +1
C -15.93571757 +1 5.09944285 +1 6.25705574 +1
C -13.45229716 +1 6.90497487 +1 7.25446653 +1
O -13.76829441 +1 8.04140093 +1 6.94600264 +1
N -12.19215816 +1 6.39142764 +1 7.01531897 +1
C -11.15557726 +1 7.16457788 +1 6.33313794 +1
C -10.90816784 +1 6.73843641 +1 4.84341674 +1
C -10.68027712 +1 7.96932469 +1 3.95869976 +1
C -12.00796189 +1 5.83791544 +1 4.26779887 +1
C -9.87190043 +1 6.89849568 +1 7.15502240 +1
O -9.24415104 +1 5.88145993 +1 7.25481337 +1
O -9.55338622 +1 8.02873148 +1 7.83178005 +1
C -8.24772769 +1 8.19005122 +1 8.37873928 +1
C -7.76631174 +1 9.56971829 +1 7.85174510 +1
C -6.24152534 +1 9.57745806 +1 7.78137204 +1
C -8.44067118 +1 9.92443604 +1 6.52085040 +1
C -8.34938147 +1 8.26348832 +1 9.90487795 +1
O -7.34686516 +1 8.32609058 +1 10.60182184 +1
N -9.60310989 +1 8.33687133 +1 10.44033517 +1
C -9.80095398 +1 8.81837556 +1 11.80481614 +1
C -10.18804938 +1 10.31295797 +1 11.75553706 +1
C -10.90720097 +1 10.79001803 +1 13.01825811 +1
C -8.90651075 +1 11.13039465 +1 11.58141773 +1
C -10.91989845 +1 7.95252431 +1 12.37507023 +1
O -11.92426797 +1 7.62746515 +1 11.82435537 +1
O -10.51759440 +1 7.58309612 +1 13.62075313 +1
C -11.18419547 +1 6.46925664 +1 14.21478894 +1
C -11.38078580 +1 6.92613495 +1 15.65960675 +1
C -10.01886098 +1 7.29833922 +1 16.24893444 +1
C -12.14949371 +1 5.91044470 +1 16.50551157 +1
C -10.26551362 +1 5.24237704 +1 14.13040356 +1
O -10.68692201 +1 4.16854221 +1 14.47497291 +1
H -8.64946483 +1 6.34150936 +1 13.41940502 +1
H -8.55020300 +1 3.33275981 +1 13.45745032 +1
H -6.48545679 +1 5.47200864 +1 12.47846666 +1
H -8.74039016 +1 4.70057479 +1 9.11378684 +1
H -6.71655803 +1 3.30355485 +1 9.01697885 +1
H -11.24205615 +1 3.50477428 +1 10.66610988 +1
H -12.69739805 +1 2.65556484 +1 8.18133106 +1
H -13.34305899 +1 2.08125592 +1 11.18450435 +1
H -14.45692280 +1 6.47179020 +1 9.13144441 +1
H -16.12246036 +1 7.03518809 +1 7.25717101 +1
H -12.02966015 +1 5.38759693 +1 7.10343576 +1
H -11.43560112 +1 8.26364031 +1 6.38066625 +1
H -9.95963416 +1 6.14040843 +1 4.80452802 +1
H -7.57549614 +1 7.33962081 +1 8.12785841 +1
H -8.08776330 +1 10.35828484 +1 8.58424700 +1
H -10.42683904 +1 8.21753862 +1 9.86620157 +1
H -8.84388127 +1 8.66804164 +1 12.39973370 +1
H -10.90009247 +1 10.49944352 +1 10.91171870 +1
H -12.17695011 +1 6.24411690 +1 13.72675533 +1
N -8.94190073 +1 5.41210563 +1 13.72157775 +1
N -6.52009462 +1 3.42004258 +1 -10.26910167 +1
C -6.30868293 +1 4.81531828 +1 -10.64369004 +1
C -5.99550942 +1 4.98790563 +1 -12.15609442 +1
C -5.97164392 +1 6.48713402 +1 -12.50184225 +1
C -7.00407220 +1 4.21427237 +1 -13.02155243 +1
C -5.14978240 +1 5.39670955 +1 -9.82916435 +1
O -3.97058424 +1 5.39740131 +1 -10.09233354 +1
O -5.67468372 +1 5.97606965 +1 -8.72769476 +1
C -4.79284190 +1 6.62117804 +1 -7.80707815 +1
C -4.62889952 +1 8.04579502 +1 -8.36125361 +1
C -5.94664512 +1 8.77038430 +1 -8.09184688 +1
C -3.39360939 +1 8.72890633 +1 -7.78457371 +1
C -5.50890251 +1 6.52887357 +1 -6.45630381 +1
O -4.98359397 +1 6.86718855 +1 -5.40421168 +1
N -6.77276829 +1 5.99716491 +1 -6.47007820 +1
C -7.44972198 +1 5.69865435 +1 -5.21522825 +1
C -8.91810131 +1 6.20260171 +1 -5.21951890 +1
C -8.99443626 +1 7.65859383 +1 -5.69059019 +1
C -9.49158235 +1 6.14821038 +1 -3.79753539 +1
C -7.41384047 +1 4.17141710 +1 -5.04537619 +1
O -8.32756613 +1 3.39507047 +1 -5.01901475 +1
O -6.11348045 +1 3.76388689 +1 -5.01564088 +1
C -5.86105546 +1 2.40637562 +1 -4.65004014 +1
C -5.83628366 +1 2.31855862 +1 -3.10801321 +1
C -7.24008450 +1 2.19790047 +1 -2.50194056 +1
C -5.12662210 +1 3.53833258 +1 -2.50003818 +1
C -4.48130441 +1 2.01566688 +1 -5.20447705 +1
O -4.01073118 +1 0.91175038 +1 -5.02134753 +1
N -3.80711238 +1 3.00845244 +1 -5.88974976 +1
C -2.59379807 +1 2.76553382 +1 -6.65956068 +1
C -1.56197881 +1 3.92295643 +1 -6.49560367 +1
C -0.18130550 +1 3.49319886 +1 -7.02563915 +1
C -1.46893063 +1 4.35579174 +1 -5.02799633 +1
C -3.01485838 +1 2.74387364 +1 -8.12817691 +1
O -3.96361741 +1 3.31925899 +1 -8.59234999 +1
O -2.20638855 +1 1.95320191 +1 -8.90779483 +1
C -2.70177774 +1 1.87390488 +1 -10.24654509 +1
C -1.58868354 +1 1.68303583 +1 -11.27650194 +1
C -0.71513996 +1 2.93511915 +1 -11.23673148 +1
C -0.75296329 +1 0.41386003 +1 -11.13478296 +1
C -3.73002439 +1 0.76375868 +1 -10.34470030 +1
O -4.45863523 +1 0.74174438 +1 -11.32752302 +1
N -3.79969659 +1 -0.17669656 +1 -9.33706196 +1
C -5.03912337 +1 -0.93194885 +1 -9.16333437 +1
C -4.81126748 +1 -2.23678040 +1 -8.34734939 +1
C -6.08953852 +1 -3.08212907 +1 -8.35592043 +1
C -3.64330626 +1 -3.03751832 +1 -8.93262046 +1
C -6.01402238 +1 -0.02382648 +1 -8.39457255 +1
O -6.36329404 +1 -0.14009724 +1 -7.25255300 +1
O -6.41168751 +1 1.01315073 +1 -9.17304845 +1
C -7.60573063 +1 1.70032432 +1 -8.78760167 +1
C -8.79759930 +1 0.87511599 +1 -9.32816760 +1
C -8.71388522 +1 0.58046234 +1 -10.82460306 +1
C -10.11609602 +1 1.55542739 +1 -8.96259010 +1
C -7.46825578 +1 3.12845742 +1 -9.31360130 +1
O -8.18310349 +1 4.01241908 +1 -8.87194141 +1
H -5.88417564 +1 2.74110430 +1 -10.65870608 +1
H -7.26048557 +1 5.37473054 +1 -10.40477337 +1
H -4.97066575 +1 4.57771504 +1 -12.35438352 +1
H -3.82526679 +1 6.07971409 +1 -7.73463143 +1
H -4.48321465 +1 7.93547447 +1 -9.46929938 +1
H -7.17313892 +1 5.62645074 +1 -7.31926818 +1
H -6.89195102 +1 6.19162683 +1 -4.36681261 +1
H -9.52838899 +1 5.55333542 +1 -5.89478973 +1
H -6.62835994 +1 1.72972663 +1 -5.11367558 +1
H -5.26017112 +1 1.39029628 +1 -2.83768619 +1
H -4.28525715 +1 3.86656422 +1 -6.13347447 +1
H -2.13029128 +1 1.79921228 +1 -6.32831952 +1
H -1.92784422 +1 4.79866782 +1 -7.09347847 +1
H -3.24083342 +1 2.85504095 +1 -10.48779349 +1
H -2.11047575 +1 1.62920093 +1 -12.26742655 +1
H -3.19711545 +1 -0.11812356 +1 -8.52092782 +1
H -5.44914843 +1 -1.21913908 +1 -10.16932686 +1
H -4.57538020 +1 -1.93707985 +1 -7.29807643 +1
H -7.69604326 +1 1.78289592 +1 -7.66743919 +1
N -0.58626982 +1 -2.39345555 +1 -2.84791580 +1
C -1.88020192 +1 -1.99240265 +1 -2.32811377 +1
C -2.86804815 +1 -3.22006093 +1 -2.26774230 +1
C -4.14731917 +1 -2.79118923 +1 -1.51141563 +1
C -3.19034827 +1 -3.73945624 +1 -3.67228494 +1
C -1.70170370 +1 -1.43241264 +1 -0.91374119 +1
O -0.73153181 +1 -0.49584840 +1 -0.74277641 +1
C -0.57308812 +1 -0.08284620 +1 0.63725419 +1
C -1.69352469 +1 0.85347503 +1 1.12387571 +1
C -1.64911440 +1 2.19282867 +1 0.38067906 +1
C -1.51116776 +1 1.13021634 +1 2.62658266 +1
C 0.75961488 +1 0.67102589 +1 0.69185878 +1
O 1.05082677 +1 1.46083773 +1 1.56489613 +1
N 1.64704327 +1 0.38803796 +1 -0.31988618 +1
C 2.91934180 +1 1.09587569 +1 -0.43783017 +1
C 2.89848633 +1 2.23877893 +1 -1.48921127 +1
C 2.39554178 +1 3.51745960 +1 -0.81620941 +1
C 4.28204088 +1 2.55405023 +1 -2.07140270 +1
C 3.91520651 +1 0.04475445 +1 -0.90641447 +1
O 3.89057818 +1 -0.49813828 +1 -1.98328445 +1
O 4.84178380 +1 -0.19433441 +1 0.05802307 +1
C 5.78909111 +1 -1.24459657 +1 -0.14249515 +1
C 7.22094617 +1 -0.67920415 +1 -0.03390136 +1
C 7.48121379 +1 0.25548097 +1 -1.22765037 +1
C 7.54399971 +1 0.04900235 +1 1.26989264 +1
C 5.37800417 +1 -2.31682441 +1 0.87746589 +1
O 5.48669331 +1 -3.50288988 +1 0.63483544 +1
N 4.80788884 +1 -1.93423123 +1 2.09263382 +1
C 4.12409780 +1 -3.04204750 +1 2.80442275 +1
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C 2.68251536 +1 -3.57789903 +1 4.85474324 +1
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C 2.96331994 +1 -3.48352519 +1 1.88936559 +1
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Tv -12.88441422 +1 -56.59756707 +1 -16.46328038 +1
Optimized PM6 data set:
Z=8 MOZYME MERS=(1,1,1) GNORM=4 PM6
Valinomycin (CACYEK10)
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O -11.98747007 +1 -1.71606480 +1 1.79449253 +1
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