419 Phosphatidylcholine (LYPCHL)
(Previous) H5Be2PO7 (ICSD 1710400)
(Back) Elements:
P 1
N 1
O 7
C 20
H 44
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) Adenosine-3'-phosphate dihydrate (ADPOSD)
This lecithin is a deoxy-lysophosphatidylcholine, specifically 3-dodecanoyl-propanediol-1-phosphorylcholine monohydrate
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 11.01 9.81 24.84 90.93 100.77 90.25 2633.49 1.114 -514.2 calc'd using PM7
PM7: 10.89 9.72 24.80 89.11 101.50 89.47 2570.59 1.141 -507.5 calc'd using PM7
PM6: 10.47 9.15 24.34 89.48 101.12 89.21 2288.19 1.282 -493.3 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) GNORM=10 DDMIN=0
Phosphatidylcholine (LYPCHL)
P 0.00315913 +1 -0.02468801 +1 0.07220349 +1
N -2.99427479 +1 -2.28178097 +1 -2.65364722 +1
O -0.00669014 +1 1.59497862 +1 0.00410927 +1
O -0.92535199 +1 -0.48838727 +1 -1.19034392 +1
O 1.34235487 +1 -0.56725294 +1 -0.29535663 +1
O -0.64386223 +1 -0.30146716 +1 1.37992016 +1
O -0.97447646 +1 4.83446845 +1 -1.19483179 +1
O -2.43981717 +1 6.04430592 +1 -0.00495091 +1
C 0.56038012 +1 2.33670973 +1 -1.08705695 +1
C 0.91341851 +1 3.68370572 +1 -0.42784943 +1
C -0.35120322 +1 4.39928818 +1 0.02765922 +1
C -2.33484155 +1 -0.26261880 +1 -1.21966995 +1
C -3.03689259 +1 -1.63229109 +1 -1.28483140 +1
C -3.75498978 +1 -3.58028168 +1 -2.59766812 +1
C -3.65627968 +1 -1.40260438 +1 -3.67321077 +1
C -1.57683944 +1 -2.55177745 +1 -3.05514192 +1
C -2.05582112 +1 5.63400659 +1 -1.07369427 +1
C -2.65639098 +1 5.88961960 +1 -2.42394158 +1
C -3.70491327 +1 6.99914335 +1 -2.32047186 +1
C -4.42618671 +1 7.21943607 +1 -3.65461261 +1
C -5.48403579 +1 8.31986315 +1 -3.49091917 +1
C -6.09199121 +1 8.72097602 +1 -4.84041024 +1
C -7.22871205 +1 9.73184905 +1 -4.63302234 +1
C -7.81132647 +1 10.17873499 +1 -5.97910417 +1
C -8.92691444 +1 11.21380456 +1 -5.77744629 +1
C -9.42909931 +1 11.72822931 +1 -7.13253340 +1
C -10.65181897 +1 12.64054099 +1 -6.96492634 +1
C -11.15496993 +1 13.12524965 +1 -8.32542365 +1
P -0.75346308 +1 15.65778104 +1 -12.63221472 +1
N 3.61460409 +1 16.00497482 +1 -13.93045668 +1
O -1.21645111 +1 14.48888618 +1 -11.61184555 +1
O 0.78657838 +1 15.28769686 +1 -13.02455150 +1
O -1.42107078 +1 15.55730869 +1 -13.95391500 +1
O -0.84834714 +1 16.86359304 +1 -11.76350848 +1
O -0.35439104 +1 11.65957917 +1 -9.46744557 +1
O -0.18030161 +1 11.86273722 +1 -7.24224378 +1
C -1.18202335 +1 13.09089457 +1 -11.93418019 +1
C -2.07188057 +1 12.48967058 +1 -10.82948232 +1
C -1.41207808 +1 12.63718864 +1 -9.46447095 +1
C 1.88022396 +1 15.44088280 +1 -12.12794202 +1
C 2.83051144 +1 16.49278760 +1 -12.72859300 +1
C 4.53388560 +1 17.11172115 +1 -14.37440548 +1
C 4.44310596 +1 14.80997651 +1 -13.56466187 +1
C 2.69056255 +1 15.64876847 +1 -15.05519948 +1
C 0.21667117 +1 11.38085324 +1 -8.27586486 +1
C 1.36536831 +1 10.43449343 +1 -8.46029467 +1
C 1.86745937 +1 9.96051396 +1 -7.09372985 +1
C 3.13137693 +1 9.10356051 +1 -7.22352032 +1
C 3.61703318 +1 8.67949958 +1 -5.82981818 +1
C 4.75199582 +1 7.65313265 +1 -5.92488058 +1
C 5.31456963 +1 7.33727425 +1 -4.53205129 +1
C 6.41162058 +1 6.26931913 +1 -4.62295986 +1
C 6.95119911 +1 5.91489673 +1 -3.23058552 +1
C 7.96548991 +1 4.76804318 +1 -3.32722023 +1
C 8.66354164 +1 4.52702690 +1 -1.98231746 +1
C 9.66665008 +1 3.37773075 +1 -2.09221941 +1
P -6.80943562 +1 15.68386195 +1 -11.46523786 +1
N -3.94631592 +1 17.89312356 +1 -8.69568327 +1
O -6.91399744 +1 14.06645615 +1 -11.42731613 +1
O -5.85067308 +1 16.05332441 +1 -10.20099792 +1
O -8.08558246 +1 16.33513244 +1 -11.07412673 +1
O -6.18074854 +1 15.93483999 +1 -12.79124235 +1
O -5.76904343 +1 10.85055615 +1 -10.14696450 +1
O -4.37406935 +1 9.55198630 +1 -11.32866328 +1
C -7.41287724 +1 13.32686678 +1 -10.30093333 +1
C -7.69118770 +1 11.94568746 +1 -10.92437545 +1
C -6.39311337 +1 11.28470095 +1 -11.36969810 +1
C -4.43963473 +1 15.86810720 +1 -10.18908608 +1
C -3.78959490 +1 17.25754066 +1 -10.06319726 +1
C -3.19898356 +1 19.20024742 +1 -8.69574837 +1
C -3.35452148 +1 17.00755380 +1 -7.64045321 +1
C -5.39006940 +1 18.14951290 +1 -8.38977288 +1
C -4.72637998 +1 9.99955025 +1 -10.26432307 +1
C -4.12038704 +1 9.73913850 +1 -8.91739947 +1
C -3.07857774 +1 8.62312211 +1 -9.02993668 +1
C -2.35264253 +1 8.39176110 +1 -7.70035653 +1
C -1.29340853 +1 7.29386183 +1 -7.87427285 +1
C -0.67071818 +1 6.90065465 +1 -6.52959417 +1
C 0.44734675 +1 5.86896999 +1 -6.73480799 +1
C 1.03197150 +1 5.42888477 +1 -5.38697551 +1
C 2.14371293 +1 4.38876528 +1 -5.58220972 +1
C 2.63533630 +1 3.86890369 +1 -4.22480246 +1
C 3.88398010 +1 2.99107920 +1 -4.38508122 +1
C 4.36814177 +1 2.48091735 +1 -3.02712712 +1
P 4.17215317 +1 2.10508376 +1 3.93780269 +1
N -0.17162712 +1 1.75634463 +1 5.28444546 +1
O 4.66240552 +1 3.29440959 +1 2.95379958 +1
O 2.64067562 +1 2.49882295 +1 4.34326343 +1
O 4.84678044 +1 2.17359455 +1 5.26129247 +1
O 4.24821899 +1 0.91026548 +1 3.05417483 +1
O 3.92780115 +1 6.16675377 +1 0.87142351 +1
O 3.75638832 +1 5.94767766 +1 -1.35299883 +1
C 4.67739783 +1 4.68076494 +1 3.32955712 +1
C 5.60318214 +1 5.29323045 +1 2.26029001 +1
C 4.97644706 +1 5.17985712 +1 0.87698759 +1
C 1.53280787 +1 2.34225747 +1 3.46340262 +1
C 0.59831426 +1 1.27767895 +1 4.06932332 +1
C -1.05442348 +1 0.63563128 +1 5.76499349 +1
C -1.04119216 +1 2.92171807 +1 4.91806534 +1
C 0.76849767 +1 2.14556410 +1 6.38269647 +1
C 3.35582875 +1 6.43400013 +1 -0.32292578 +1
C 2.20158511 +1 7.37448589 +1 -0.14317271 +1
C 1.69521657 +1 7.84115347 +1 -1.51025043 +1
C 0.43299851 +1 8.70025604 +1 -1.37841851 +1
C -0.06146256 +1 9.11460637 +1 -2.77157706 +1
C -1.20164694 +1 10.13544655 +1 -2.67577914 +1
C -1.75060905 +1 10.46502215 +1 -4.07074610 +1
C -2.85115209 +1 11.52914678 +1 -3.97816335 +1
C -3.39061951 +1 11.88814182 +1 -5.36951348 +1
C -4.39745937 +1 13.04161417 +1 -5.26869555 +1
C -5.12501901 +1 13.26517985 +1 -6.60077243 +1
C -6.13395463 +1 14.40834717 +1 -6.48158304 +1
O 3.81757038 +1 0.20905550 +1 0.47991278 +1
O 1.74330703 +1 -6.41276869 +1 -2.76900186 +1
O 5.56452674 +1 -3.81536508 +1 2.46142084 +1
O 0.37066180 +1 -2.60252889 +1 -5.47806649 +1
H -2.48858192 +1 0.34042373 +1 -2.13971376 +1
H -0.21691317 +1 2.46609662 +1 -1.86749996 +1
H 1.46355077 +1 1.88822660 +1 -1.54428896 +1
H 1.48758029 +1 4.30696006 +1 -1.14125597 +1
H 1.57981516 +1 3.50685656 +1 0.44224119 +1
H -1.06006872 +1 3.72541671 +1 0.54428881 +1
H -0.14689073 +1 5.28013096 +1 0.66037058 +1
H -2.76688507 +1 0.31663589 +1 -0.37439475 +1
H -4.10890996 +1 -1.52204909 +1 -0.98298738 +1
H -2.56450049 +1 -2.32987659 +1 -0.54782533 +1
H -3.70836782 +1 -4.10593222 +1 -3.57101051 +1
H -3.34043966 +1 -4.25958101 +1 -1.83335613 +1
H -4.82456331 +1 -3.40669074 +1 -2.36158629 +1
H -3.71791192 +1 -1.92018507 +1 -4.65042292 +1
H -3.09623831 +1 -0.46996004 +1 -3.83504276 +1
H -4.69227954 +1 -1.15015961 +1 -3.35914273 +1
H -1.52859488 +1 -3.18732358 +1 -3.95714664 +1
H -1.02806855 +1 -3.06585558 +1 -2.23965022 +1
H -1.02957521 +1 -1.61671166 +1 -3.26349762 +1
H -3.11055618 +1 4.95063519 +1 -2.81154596 +1
H -1.86664327 +1 6.15338412 +1 -3.15885680 +1
H -4.43902392 +1 6.75104568 +1 -1.52587809 +1
H -3.22127793 +1 7.94142139 +1 -1.99066311 +1
H -4.90099714 +1 6.28066092 +1 -3.99978498 +1
H -3.70189193 +1 7.49814507 +1 -4.44224367 +1
H -6.27929654 +1 7.97750286 +1 -2.80268236 +1
H -5.03171691 +1 9.21107349 +1 -3.01231077 +1
H -6.46758930 +1 7.82921755 +1 -5.37514269 +1
H -5.31144407 +1 9.15931766 +1 -5.48956558 +1
H -8.02348731 +1 9.29041715 +1 -4.00394437 +1
H -6.85645121 +1 10.61540257 +1 -4.07602735 +1
H -8.20358843 +1 9.30606773 +1 -6.53413438 +1
H -7.01217786 +1 10.61071570 +1 -6.61061156 +1
H -9.75914876 +1 10.76277292 +1 -5.20719671 +1
H -8.55223638 +1 12.05588705 +1 -5.16204672 +1
H -9.69266287 +1 10.87491253 +1 -7.79067375 +1
H -8.61757585 +1 12.26807805 +1 -7.65459959 +1
H -11.46099409 +1 12.08688841 +1 -6.44837099 +1
H -10.40404242 +1 13.49837805 +1 -6.31561064 +1
H -11.40465810 +1 12.27380132 +1 -8.97489829 +1
H -10.40165574 +1 13.71919767 +1 -8.85408841 +1
H -12.05854130 +1 13.73580997 +1 -8.22057020 +1
H -1.58952503 +1 12.84629125 +1 -12.93320076 +1
H -0.14418632 +1 12.70932189 +1 -11.86103176 +1
H -3.05553073 +1 13.00423166 +1 -10.82685397 +1
H -2.27374028 +1 11.42453903 +1 -11.05825218 +1
H -2.10125900 +1 12.42956415 +1 -8.62861537 +1
H -0.94164928 +1 13.62889308 +1 -9.32082259 +1
H 2.33412286 +1 14.42891004 +1 -12.07794269 +1
H 1.63179115 +1 15.73876425 +1 -11.08502743 +1
H 2.24727759 +1 17.39555709 +1 -13.03419112 +1
H 3.55521463 +1 16.82607522 +1 -11.94359693 +1
H 5.11891596 +1 16.81493641 +1 -15.26759338 +1
H 5.25347257 +1 17.37319500 +1 -13.57403791 +1
H 3.96486980 +1 18.02050315 +1 -14.63914129 +1
H 3.81716722 +1 13.92280658 +1 -13.38051240 +1
H 5.05193377 +1 15.01306695 +1 -12.65876725 +1
H 5.14253595 +1 14.55657972 +1 -14.38367615 +1
H 2.10989276 +1 14.73854388 +1 -14.82810070 +1
H 3.25126073 +1 15.47371143 +1 -15.99231552 +1
H 1.96096300 +1 16.46274003 +1 -15.23312808 +1
H 1.06206695 +1 9.57453782 +1 -9.09416055 +1
H 2.17810444 +1 10.94002179 +1 -9.02671257 +1
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H 2.06572060 +1 10.83456979 +1 -6.43920204 +1
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Optimized PM6 data set:
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