246 L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
(Previous) Lysine aspartate (LYSASP)
(Back) Elements:
N 3
O 6
C 11
H 23
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Bis(3,5-Dinitro-4-methylbenzoic acid) 1,2-bis(4-pyridyl)ethane (LAPTUS)
In the solid state, amino-acids exist as Zwitterions. The Zwitterionic form is stabilized by the close
proximity of the -COO(-) and -NH3(+) ions in each moiety - they are always only separated by one -CHR- group.
So would isolated amine and carboxylic acid groups also be stabilized? In the co-crystal lysine - glutamate
each terminal ionizable group can only be stabilized by the counterion group on another molecule.
In this system, the anion - cation - Zwitterion is the stable form.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 4.90 9.68 30.72 90.00 90.00 90.00 1457.51 1.337 -309.7 calc'd using PM7
PM7: 4.78 9.42 30.62 90.65 89.85 89.92 1379.41 1.412 -403.3 calc'd using PM7
PM6: 4.66 9.68 29.47 91.26 91.70 90.21 1327.62 1.467 -382.7 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(2,1,1) GNORM=4
L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
N 0.05288933 +1 0.09565887 +1 -0.10485962 +1
O 7.77444496 +1 0.06593542 +1 -0.02242364 +1
O 8.37247482 +1 2.18151178 +1 -0.23264273 +1
C 7.53111296 +1 1.28827445 +1 -0.08818875 +1
C 6.04999863 +1 1.71434883 +1 -0.00983586 +1
C 5.70168375 +1 2.43700953 +1 1.29006488 +1
C 5.92848482 +1 1.64182381 +1 2.58147187 +1
C 4.96925274 +1 2.14622520 +1 3.66732363 +1
C 5.32346001 +1 1.58201262 +1 5.04589107 +1
N 4.20367991 +1 1.88597939 +1 6.01537941 +1
N 5.16895979 +1 0.51025294 +1 -0.23190127 +1
N 2.10481785 +1 8.32609930 +1 12.77721688 +1
O -0.41855662 +1 8.61452745 +1 12.27873218 +1
O -1.18280294 +1 7.72457148 +1 14.14164627 +1
C -0.25916116 +1 8.13382138 +1 13.41480073 +1
C 1.18053737 +1 8.02311518 +1 13.93135291 +1
C 1.46948277 +1 8.91240658 +1 15.13983804 +1
C 1.16772054 +1 10.40195252 +1 14.94122819 +1
C 2.00195652 +1 11.24796534 +1 15.91295882 +1
C 1.56265271 +1 12.71394872 +1 15.86986232 +1
N 2.49375092 +1 13.57777843 +1 16.70177139 +1
N 3.59688963 +1 -2.36389135 +1 -2.07626595 +1
O 1.02541172 +1 -1.59687584 +1 -2.01823094 +1
O 0.26731024 +1 -3.65760941 +1 -1.87540945 +1
C 1.18161754 +1 -2.82166860 +1 -2.05092383 +1
C 2.56500134 +1 -3.40633423 +1 -2.40547112 +1
C 2.54498284 +1 -3.70054557 +1 -3.91067277 +1
C 3.85321667 +1 -4.24955061 +1 -4.47176395 +1
C 3.80862764 +1 -4.24973722 +1 -5.99463778 +1
O 2.71320243 +1 -4.18258863 +1 -6.59458622 +1
O 4.89586283 +1 -4.25668482 +1 -6.61503425 +1
N 3.99692233 +1 7.92470403 +1 9.56499147 +1
O 6.57467787 +1 7.70851004 +1 10.45147932 +1
O 7.29749248 +1 9.07736635 +1 8.87554704 +1
C 6.43891760 +1 8.34876184 +1 9.39544135 +1
C 5.12989185 +1 8.12840547 +1 8.59177059 +1
C 5.36302615 +1 6.88183147 +1 7.73533521 +1
C 4.17918755 +1 6.51840112 +1 6.84416873 +1
C 4.37267274 +1 5.13863456 +1 6.24917718 +1
O 5.49868598 +1 4.61155579 +1 6.17493307 +1
O 3.34393024 +1 4.49780349 +1 5.89500446 +1
N -1.94710186 +1 -2.08065480 +1 -2.35054790 +1
O -2.87039292 +1 -3.99185577 +1 -0.85788410 +1
O -4.71154046 +1 -4.38197344 +1 -2.00256386 +1
C -3.61196033 +1 -3.81674943 +1 -1.83776098 +1
C -3.14752203 +1 -2.81398285 +1 -2.90274172 +1
C -2.84100772 +1 -3.46475812 +1 -4.25027569 +1
C -1.84534605 +1 -4.62732249 +1 -4.19595325 +1
C -1.17111266 +1 -4.79469982 +1 -5.56009004 +1
C -0.21386420 +1 -5.98791002 +1 -5.55468607 +1
N 0.54358819 +1 -6.00955782 +1 -6.86191733 +1
N 1.16564262 +1 4.01290059 +1 12.20887212 +1
O 2.18747031 +1 6.13486843 +1 11.05106433 +1
O 4.13561335 +1 5.22923855 +1 10.55168600 +1
C 2.96831314 +1 5.17148807 +1 10.96970583 +1
C 2.45408332 +1 3.80120503 +1 11.45213917 +1
C 2.29073360 +1 2.79303222 +1 10.31866053 +1
C 1.33533381 +1 3.24625229 +1 9.21284043 +1
C 0.80682526 +1 2.03175124 +1 8.44437715 +1
C -0.00823544 +1 2.48831204 +1 7.23109976 +1
N -0.71969025 +1 1.30613716 +1 6.62274301 +1
O 1.01221974 +1 1.98563290 +1 -1.76571179 +1
O 2.98401481 +1 1.97021575 +1 -0.76882884 +1
C 1.77535033 +1 1.69555131 +1 -0.82736092 +1
C 1.14730290 +1 1.00108162 +1 0.41122314 +1
C 0.61471531 +1 2.09917316 +1 1.32942297 +1
C 0.04958888 +1 1.57852912 +1 2.64888165 +1
C -0.61301360 +1 2.71045046 +1 3.40467129 +1
O -0.32479596 +1 3.90087249 +1 3.17537398 +1
O -1.52562994 +1 2.42416153 +1 4.22891224 +1
N -3.40326468 +1 8.58724642 +1 12.59601014 +1
O -4.26114946 +1 6.19761935 +1 13.42711833 +1
O -6.29899217 +1 6.92520537 +1 13.86279602 +1
C -5.10145712 +1 7.09780189 +1 13.55207534 +1
C -4.62386328 +1 8.55644689 +1 13.47172751 +1
C -4.27501075 +1 8.94759820 +1 14.90990127 +1
C -3.75381892 +1 10.37431072 +1 15.04395659 +1
C -3.26244528 +1 10.58808685 +1 16.46242950 +1
O -3.65265659 +1 9.83059729 +1 17.36827235 +1
O -2.42233348 +1 11.50176132 +1 16.68052166 +1
H -0.78561316 +1 0.08975031 +1 0.50229628 +1
H 0.41168630 +1 -0.87508935 +1 -0.17906210 +1
H -0.26719244 +1 0.42208762 +1 -1.03485630 +1
H 5.86022751 +1 2.43092792 +1 -0.86773072 +1
H 4.63837521 +1 2.75964480 +1 1.22495414 +1
H 6.29468662 +1 3.37859879 +1 1.33487490 +1
H 5.77520321 +1 0.55603083 +1 2.40928324 +1
H 6.98260182 +1 1.74890309 +1 2.91055673 +1
H 3.92826458 +1 1.86927125 +1 3.40020613 +1
H 5.00010857 +1 3.25561828 +1 3.71875829 +1
H 5.48014259 +1 0.48286224 +1 5.00879150 +1
H 6.26580177 +1 2.04433273 +1 5.42667813 +1
H 3.36533005 +1 1.29577325 +1 5.80179660 +1
H 4.52020430 +1 1.68953370 +1 6.99597643 +1
H 3.91108002 +1 2.90902811 +1 5.94207528 +1
H 4.17221431 +1 0.74297025 +1 -0.06268414 +1
H 5.45721044 +1 -0.29282834 +1 0.39740323 +1
H 5.24702700 +1 0.19483711 +1 -1.21833591 +1
H 1.83579700 +1 7.75661684 +1 11.95366696 +1
H 3.08267691 +1 8.07946969 +1 13.03746646 +1
H 2.02561402 +1 9.33159427 +1 12.48382160 +1
H 1.36559004 +1 6.94506476 +1 14.23813651 +1
H 0.87980276 +1 8.52947031 +1 16.00272746 +1
H 2.53845673 +1 8.77321256 +1 15.41980517 +1
H 0.08481562 +1 10.58596644 +1 15.09026898 +1
H 1.38248409 +1 10.70783410 +1 13.89532378 +1
H 1.89936827 +1 10.86625917 +1 16.95095334 +1
H 3.07816814 +1 11.16777612 +1 15.64740763 +1
H 0.53110630 +1 12.82200269 +1 16.28077406 +1
H 1.55219751 +1 13.09747454 +1 14.82752376 +1
H 2.10359714 +1 13.66692769 +1 17.66166434 +1
H 3.43311379 +1 13.14492880 +1 16.80090207 +1
H 2.58958030 +1 14.51614265 +1 16.28452211 +1
H 3.39668307 +1 -1.91948069 +1 -1.15432096 +1
H 4.54016963 +1 -2.81056428 +1 -2.02260206 +1
H 3.58977421 +1 -1.61099228 +1 -2.81897409 +1
H 2.77743938 +1 -4.32737896 +1 -1.80158687 +1
H 1.72147700 +1 -4.41216627 +1 -4.12726517 +1
H 2.28160302 +1 -2.76733242 +1 -4.46521664 +1
H 4.07494014 +1 -5.26995357 +1 -4.09791883 +1
H 4.72260021 +1 -3.63955208 +1 -4.14588477 +1
H 3.10584910 +1 7.76239036 +1 9.05752594 +1
H 4.18821420 +1 7.09443852 +1 10.18343334 +1
H 3.87536812 +1 8.78712045 +1 10.14440572 +1
H 4.89530160 +1 9.03235847 +1 7.97008784 +1
H 5.60523704 +1 6.01796920 +1 8.40150753 +1
H 6.26928080 +1 7.03317759 +1 7.11299811 +1
H 3.22666772 +1 6.52172855 +1 7.41711593 +1
H 4.02073093 +1 7.26309447 +1 6.03660960 +1
H -2.20001547 +1 -1.61168664 +1 -1.45641121 +1
H -1.15999958 +1 -2.75813975 +1 -2.13940991 +1
H -1.64190279 +1 -1.34749313 +1 -3.02063252 +1
H -3.97015529 +1 -2.05059136 +1 -3.05969807 +1
H -3.79614250 +1 -3.82441411 +1 -4.69630399 +1
H -2.47133536 +1 -2.67494883 +1 -4.94182074 +1
H -2.36695064 +1 -5.56190204 +1 -3.90138338 +1
H -1.07702686 +1 -4.45135714 +1 -3.41275311 +1
H -1.93188626 +1 -4.93909799 +1 -6.35798017 +1
H -0.61683294 +1 -3.86893937 +1 -5.82037501 +1
H -0.77117357 +1 -6.94858980 +1 -5.44808777 +1
H 0.51429281 +1 -5.92810486 +1 -4.71638714 +1
H -0.13362239 +1 -6.08685082 +1 -7.65655300 +1
H 1.19603511 +1 -6.82654362 +1 -6.88581097 +1
H 1.08946868 +1 -5.13061292 +1 -6.98037113 +1
H 0.51830633 +1 3.21629721 +1 12.09325772 +1
H 1.36362675 +1 4.07118698 +1 13.23120774 +1
H 0.67079830 +1 4.87530192 +1 11.90369260 +1
H 3.21379625 +1 3.37935120 +1 12.18091230 +1
H 1.94674228 +1 1.82860709 +1 10.75454103 +1
H 3.29262102 +1 2.57821184 +1 9.88155136 +1
H 0.49062895 +1 3.82642840 +1 9.63994158 +1
H 1.86302297 +1 3.94028007 +1 8.52655675 +1
H 0.18243895 +1 1.39920048 +1 9.10951382 +1
H 1.64713415 +1 1.39147088 +1 8.09934499 +1
H -0.76708823 +1 3.24762206 +1 7.51982776 +1
H 0.66001301 +1 2.94700311 +1 6.46653546 +1
H -1.59151030 +1 1.09689669 +1 7.16669293 +1
H -0.10988605 +1 0.43196968 +1 6.67018964 +1
H -0.97116952 +1 1.49866569 +1 5.62743107 +1
H 1.90977300 +1 0.36341328 +1 0.93533856 +1
H -0.17284115 +1 2.68501708 +1 0.79565627 +1
H 1.43105390 +1 2.82328507 +1 1.53924610 +1
H -0.69654225 +1 0.77167976 +1 2.48009370 +1
H 0.82699012 +1 1.10469080 +1 3.28482505 +1
H -3.55619229 +1 8.01941378 +1 11.72491760 +1
H -2.58094278 +1 8.18285747 +1 13.11240789 +1
H -3.20088752 +1 9.56746526 +1 12.30339162 +1
H -5.41030361 +1 9.21945224 +1 13.02625317 +1
H -5.16618966 +1 8.80626806 +1 15.55745029 +1
H -3.51136687 +1 8.23758240 +1 15.31461103 +1
H -4.52931308 +1 11.12569332 +1 14.79403069 +1
H -2.92181041 +1 10.57056063 +1 14.33717708 +1
N -2.19936978 +1 3.57553615 +1 -2.48885954 +1
O 5.53464116 +1 3.60157937 +1 -2.39683895 +1
O 6.08835167 +1 5.72989348 +1 -2.61314198 +1
C 5.26716091 +1 4.81812987 +1 -2.47051972 +1
C 3.77505029 +1 5.21604992 +1 -2.40969521 +1
C 3.39993905 +1 5.94652382 +1 -1.12220769 +1
C 3.63318718 +1 5.16585235 +1 0.17535385 +1
C 2.68323934 +1 5.67311465 +1 1.26941096 +1
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