245 Lysine aspartate (LYSASP)
(Previous) Trinitrotoluene (ZZZMUC01)
(Back) Elements:
C 10
H 20
N 3
O 6
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) L-Lysine D-glutamate (JAVSII)
In condensed phase, amino acids exist as their Zwitterions. This can be rationalized by
the fact that the -NH3(+) is near to the -COO(-). What would happen if they were moved apart?
From the X-ray structure, lysine aspartate consists of lysine molecules (with the NH2 of -(CH2)4-NH2 ionized)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 5.54 15.32 7.85 90.00 90.00 99.10 657.75 1.405 -56.8 calc'd using PM7
PM7: 5.34 15.39 7.69 89.79 89.83 99.52 622.79 1.484 -383.0 calc'd using PM7
PM6: 5.52 15.07 7.66 90.21 90.08 100.77 626.26 1.476 -352.0 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(2,1,2) GNORM=4
Lysine aspartate (LYSASP)
C -0.04280401 +1 -0.10063383 +1 0.10103047 +1
C 1.51211460 +1 -5.02390894 +1 -2.94645564 +1
C 1.58790358 +1 -3.94355568 +1 -4.03528884 +1
C 2.96347218 +1 -3.27476289 +1 -4.09314278 +1
C 2.95221632 +1 -2.06757558 +1 -5.03910936 +1
C 4.32025724 +1 -1.38175872 +1 -5.01607837 +1
H -0.44443223 +1 -3.23984012 +1 -1.19391163 +1
H 2.00096632 +1 -6.55184746 +1 -4.31613154 +1
H 3.29615843 +1 -6.17955118 +1 -3.27166928 +1
H 1.95121903 +1 -4.63438130 +1 -1.98716503 +1
H 1.33047895 +1 -4.37652181 +1 -5.02418817 +1
H 0.81798720 +1 -3.17231383 +1 -3.81533421 +1
H 3.25805191 +1 -2.95018760 +1 -3.06941041 +1
H 3.72763280 +1 -4.01182464 +1 -4.41000742 +1
H 2.68213735 +1 -2.38446581 +1 -6.06698226 +1
H 2.16664520 +1 -1.34789418 +1 -4.73389434 +1
H 4.39179296 +1 -0.68783247 +1 -4.14094605 +1
H 5.13992194 +1 -2.12974007 +1 -4.90468190 +1
H 3.72884499 +1 -0.05764569 +1 -6.58692600 +1
H 4.81466168 +1 -1.23481242 +1 -7.08759649 +1
H 5.36360168 +1 0.06364995 +1 -6.12271022 +1
N 2.23946155 +1 -6.28048161 +1 -3.34664669 +1
N 4.57481757 +1 -0.59736554 +1 -6.27571348 +1
O -0.37243214 +1 -6.41041661 +1 -3.37519135 +1
O -0.71460599 +1 -4.65681744 +1 -2.09605021 +1
C 0.02172748 +1 -5.39146135 +1 -2.77071884 +1
C 1.48553817 +1 -1.52584643 +1 -1.23017427 +1
C -0.00083120 +1 -1.17018854 +1 -0.99684121 +1
C -1.40318437 +1 0.59810078 +1 0.16701360 +1
C -1.44950060 +1 1.64564430 +1 1.28837653 +1
C -2.70759598 +1 2.50234458 +1 1.11812755 +1
H 1.90641624 +1 0.63887004 +1 -2.80747286 +1
H -0.46489205 +1 -2.69214571 +1 0.39831375 +1
H -1.76085584 +1 -2.32674718 +1 -0.64499919 +1
H -0.47408154 +1 -0.78321706 +1 -1.93901649 +1
H 0.22604621 +1 -0.54373991 +1 1.08704882 +1
H 0.74595012 +1 0.65416063 +1 -0.11941964 +1
H -1.61058884 +1 1.07615869 +1 -0.81794547 +1
H -2.20529561 +1 -0.15090520 +1 0.31026435 +1
H -1.43769438 +1 1.14798188 +1 2.27989990 +1
H -0.54414638 +1 2.28332617 +1 1.25969292 +1
H -2.63431642 +1 3.12795754 +1 0.19287234 +1
H -3.60884457 +1 1.85898410 +1 0.99954096 +1
H -2.01747325 +1 3.80943381 +1 2.67435291 +1
H -3.36492628 +1 2.89514132 +1 3.10462808 +1
H -3.56987979 +1 4.19230529 +1 2.03064419 +1
N -0.71653882 +1 -2.43098335 +1 -0.57628858 +1
N -2.92847132 +1 3.41513565 +1 2.30378348 +1
O 1.90447052 +1 -2.56389337 +1 -0.67954849 +1
O 2.18657528 +1 -0.75985507 +1 -1.90401646 +1
C -0.67391271 +1 1.42258253 +1 7.88753121 +1
C -1.32162236 +1 2.48121483 +1 7.01621326 +1
C -2.28576366 +1 3.24827503 +1 7.51849508 +1
C -2.93072414 +1 4.47458611 +1 6.94325690 +1
H 0.18027050 +1 2.11291785 +1 5.59383858 +1
H -1.41499763 +1 1.93750850 +1 5.03612566 +1
H -0.74455221 +1 3.51403982 +1 5.27690429 +1
H 0.48288552 +1 3.83971000 +1 7.62072116 +1
H -2.67073628 +1 3.04012512 +1 8.53013132 +1
N -0.77712942 +1 2.54301732 +1 5.66039403 +1
O 0.31359170 +1 0.83635588 +1 7.41406598 +1
O -1.12496571 +1 1.29504969 +1 9.03554124 +1
O -2.26245531 +1 5.52073396 +1 7.01941666 +1
O -4.10936980 +1 4.38110619 +1 6.55363910 +1
C -0.32316504 +1 -2.34895639 +1 3.30664674 +1
C 0.18250526 +1 -1.09304290 +1 4.02097046 +1
C 1.62153234 +1 -0.88097770 +1 3.93916155 +1
C 2.11600613 +1 0.39234023 +1 4.05797425 +1
H -1.24174523 +1 -1.16161500 +1 5.61457966 +1
H 0.16900424 +1 -2.00641048 +1 5.94685892 +1
H 0.18387206 +1 -0.33667870 +1 5.98007282 +1
H -0.39476813 +1 -0.22195316 +1 3.58267172 +1
H 2.26470390 +1 -1.73266013 +1 3.83366227 +1
N -0.21247358 +1 -1.16326494 +1 5.50064401 +1
O -1.11972110 +1 -3.09176316 +1 3.93528629 +1
O 0.04639574 +1 -2.57664505 +1 2.14729004 +1
O 1.54368112 +1 1.47201916 +1 4.29528390 +1
O 3.49178288 +1 0.57936362 +1 3.89066906 +1
C -5.43316341 +1 -0.08367984 +1 0.07390319 +1
C -3.83828655 +1 -5.02115919 +1 -2.94733463 +1
C -3.80105857 +1 -3.94993794 +1 -4.04596466 +1
C -2.42669001 +1 -3.28209280 +1 -4.13698211 +1
C -2.37508999 +1 -2.22489115 +1 -5.24927954 +1
C -1.10334591 +1 -1.38542440 +1 -5.08778551 +1
H -5.79486829 +1 -3.24794901 +1 -1.16869802 +1
H -3.37665659 +1 -6.56786409 +1 -4.30761863 +1
H -2.06301660 +1 -6.14081589 +1 -3.32502373 +1
H -3.38053751 +1 -4.61807953 +1 -2.00310315 +1
H -4.10554244 +1 -4.38275623 +1 -5.02706818 +1
H -4.56982741 +1 -3.18351945 +1 -3.80150062 +1
H -2.19196141 +1 -2.81725253 +1 -3.15198584 +1
H -1.64381741 +1 -4.04695826 +1 -4.30189313 +1
H -2.40501402 +1 -2.71358834 +1 -6.24537234 +1
H -3.27262261 +1 -1.57752090 +1 -5.20580576 +1
H -1.16953994 +1 -0.74599052 +1 -4.17161842 +1
H -0.21608301 +1 -2.04520171 +1 -4.95838429 +1
H -1.77649437 +1 -0.11364338 +1 -6.68540767 +1
H -0.39588888 +1 -1.01345465 +1 -7.06346599 +1
H -0.24014647 +1 0.30032964 +1 -6.01332667 +1
N -3.09889607 +1 -6.27420576 +1 -3.34902461 +1
N -0.86363796 +1 -0.49056140 +1 -6.28271995 +1
O -5.71420856 +1 -6.46610970 +1 -3.23374130 +1
O -6.04297747 +1 -4.62535167 +1 -2.08359404 +1
C -5.31663537 +1 -5.40155220 +1 -2.72161996 +1
C -3.86727791 +1 -1.52119337 +1 -1.21150427 +1
C -5.36071883 +1 -1.17566639 +1 -1.00044653 +1
C -6.80801886 +1 0.58988239 +1 0.11744981 +1
C -6.79705509 +1 1.78489093 +1 1.07753655 +1
C -8.15892955 +1 2.48306451 +1 1.07690100 +1
H -3.41456974 +1 0.63391396 +1 -2.78331359 +1
H -5.79360834 +1 -2.68109156 +1 0.41596763 +1
H -7.12348582 +1 -2.34556139 +1 -0.60527825 +1
H -5.83653581 +1 -0.81545884 +1 -1.95375763 +1
H -5.17749661 +1 -0.50496443 +1 1.06887010 +1
H -4.65989941 +1 0.67990552 +1 -0.15510819 +1
H -7.08543560 +1 0.92597248 +1 -0.90745104 +1
H -7.57753664 +1 -0.14811470 +1 0.41690225 +1
H -6.52507760 +1 1.44909223 +1 2.09950172 +1
H -6.00602818 +1 2.50345435 +1 0.78261808 +1
H -8.23318645 +1 3.19415710 +1 0.21591293 +1
H -8.98905714 +1 1.74900476 +1 0.96088038 +1
H -7.54031380 +1 3.81082931 +1 2.63421627 +1
H -8.56053187 +1 2.59016466 +1 3.16994206 +1
H -9.19521115 +1 3.88889173 +1 2.24995199 +1
N -6.05925774 +1 -2.43419832 +1 -0.55244145 +1
N -8.38292274 +1 3.24523408 +1 2.35934446 +1
O -3.44916062 +1 -2.53115179 +1 -0.60838673 +1
O -3.15502644 +1 -0.78864104 +1 -1.91241835 +1
C -6.07730492 +1 1.51862676 +1 7.95294485 +1
C -6.47460078 +1 2.76856583 +1 7.16435499 +1
C -7.90471747 +1 3.05005850 +1 7.19522089 +1
C -8.34513859 +1 4.34550416 +1 7.11255254 +1
H -5.12574191 +1 2.20440504 +1 5.60123025 +1
H -6.76882971 +1 1.97927108 +1 5.22372227 +1
H -6.11338833 +1 3.51005903 +1 5.22660551 +1
H -5.86310668 +1 3.62510383 +1 7.57518278 +1
H -8.58955378 +1 2.21657461 +1 7.25165955 +1
N -6.08440498 +1 2.59156665 +1 5.69636116 +1
O -5.31739710 +1 0.67214210 +1 7.41675992 +1
O -6.47473742 +1 1.43485602 +1 9.12223392 +1
O -7.72809974 +1 5.41509693 +1 6.96766087 +1
O -9.72845445 +1 4.55913538 +1 7.22760800 +1
C -5.58576982 +1 -2.49081235 +1 3.39186055 +1
C -4.92368252 +1 -1.41267304 +1 4.22052130 +1
C -3.96816407 +1 -0.66117938 +1 3.67791451 +1
C -3.34429358 +1 0.59419043 +1 4.21017036 +1
H -6.42163199 +1 -1.71731264 +1 5.67216556 +1
H -4.81489246 +1 -1.91811475 +1 6.21366294 +1
H -5.46587343 +1 -0.33377617 +1 5.94397877 +1
H -6.74435220 +1 -0.20555573 +1 3.48780418 +1
H -3.59931641 +1 -0.89424321 +1 2.66615325 +1
N -5.44949889 +1 -1.31258854 +1 5.58218461 +1
O -6.54050295 +1 -3.08681925 +1 3.92098503 +1
O -5.20146735 +1 -2.62931996 +1 2.22201778 +1
O -4.04224328 +1 1.61856572 +1 4.08981482 +1
O -2.16548756 +1 0.54957865 +1 4.60454152 +1
C -0.03255428 +1 7.67726899 +1 0.07619189 +1
C 1.47916997 +1 2.70875838 +1 -2.97298536 +1
C 1.55523298 +1 3.80031696 +1 -4.04932260 +1
C 2.93551713 +1 4.46099680 +1 -4.09534391 +1
C 2.95451109 +1 5.62616692 +1 -5.09088129 +1
C 4.31971081 +1 6.31487863 +1 -5.05598089 +1
H -0.48939414 +1 4.52689672 +1 -1.18027077 +1
H 1.95082985 +1 1.21160525 +1 -4.38735346 +1
H 3.24955032 +1 1.54405419 +1 -3.32708008 +1
H 1.94292739 +1 3.07964673 +1 -2.01637764 +1
H 1.29662038 +1 3.37805225 +1 -5.04285551 +1
H 0.78834014 +1 4.57157275 +1 -3.82043542 +1
H 3.20450832 +1 4.82292201 +1 -3.07630150 +1
H 3.70361286 +1 3.70899645 +1 -4.36372477 +1
H 2.72134234 +1 5.26217907 +1 -6.11157600 +1
H 2.15559017 +1 6.35384531 +1 -4.84609189 +1
H 4.38519334 +1 6.99998192 +1 -4.17373719 +1
H 5.14298686 +1 5.57076804 +1 -4.94673496 +1
H 3.74109746 +1 7.66448541 +1 -6.60755764 +1
H 4.79692205 +1 6.46842109 +1 -7.12778945 +1
H 5.38057487 +1 7.75569203 +1 -6.15634774 +1
N 2.18914468 +1 1.45319748 +1 -3.40995084 +1
N 4.57608243 +1 7.10613240 +1 -6.31521674 +1
O -0.42196477 +1 1.33482254 +1 -3.36245681 +1
O -0.72616949 +1 3.09501171 +1 -2.08040700 +1
C -0.01124176 +1 2.35393109 +1 -2.76946727 +1
C 1.48353218 +1 6.21344174 +1 -1.23255217 +1
C 0.00254045 +1 6.58021590 +1 -0.99668266 +1
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Optimized PM6 data set:
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