Compare an optimized structure of a protein with the raw PDB geometry

G
3

L
4

L
5

D
6

G
7

K
8

R
9

I
10

L
11

V
12

S
13

G
14

I
15

I
16

T
17

D
18

S
19

S
20

I
21

A
22

F
23

H
24

I
25

A
26

R
27

V
28

A
29

Q
30

E
31

Q
32

G
33

A
34

Q
35

L
36

V
37

L
38

T
39

G
40

F
41

D
42

R
43

L
44

R
45

L
46

I
47

Q
48

R
49

I
50

T
51

D
52

R
53

L
54

P
55

A
56

K
57

A
58

P
59

L
60

L
61

E
62

L
63

D
64

V
65

Q
66

N
67

E
68

E
69

H
70

L
71

A
72

S
73

L
74

A
75

G
76

R
77

V
78

T
79

E
80

A
81

I
82

G
83

A
84

G
85

N
86

K
87

L
88

D
89

G
90

V
91

V
92

H
93

S
94

I
95

G
96

F
97

M
98

P
99

Q
100

T
101

G
102

M
103

G
104

I
105

N
106

P
107

F
108

F
109

D
110

A
111

P
112

Y
113

A
114

D
115

V
116

S
117

K
118

G
119

I
120

H
121

I
122

S
123

A
124

Y
125

S
126

Y
127

A
128

S
129

M
130

A
131

K
132

A
133

L
134

L
135

P
136

I
137

M
138

N
139

P
140

G
141

G
142

S
143

I
144

V
145

G
146

M
147

D
148

F
149

D
150

P
151

S
152

R
153

A
154

M
155

P
156

A
157

Y
158

N
159

W
160

M
161

T
162

V
163

A
164

K
165

S
166

A
167

L
168

E
169

S
170

V
171

N
172

R
173

F
174

V
175

A
176

R
177

E
178

A
179

G
180

K
181

Y
182

G
183

V
184

R
185

S
186

N
187

L
188

V
189

A
190

A
191

G
192

P
193

I
194

R
195

T
196

L
197

A
198

M
199

S
200

A
201

I
202

V
203

G
204

G
205

A
206

L
207

G
208

E
209

E
210

A
211

G
212

A
213

Q
214

I
215

Q
216

L
217

L
218

E
219

E
220

G
221

W
222

D
223

Q
224

R
225

A
226

P
227

I
228

G
229

W
230

N
231

M
232

K
233

D
234

A
235

T
236

P
237

V
238

A
239

K
240

T
241

V
242

C
243

A
244

L
245

L
246

S
247

D
248

W
249

L
250

P
251

A
252

T
253

T
254

G
255

D
256

I
257

I
258

Y
259

A
260

D
261

G
262

G
263

A
264

H
265

T
266

Q
267

L
268

L
269

X
1301

X
1302