Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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278 l-Alanine

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                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     5.79  12.26   5.93  90.00  90.00  90.00    421.0   1.406
                                       PM6:     5.93  11.67   5.86  89.99  89.92  89.85    405.3   1.460

X-Ray Structure


Structure calculated using PM6


  X-Ray data set:
MERS=(1,2,1) 1SCF
      l-Alanine
 h=-144 hr=nist
  C              1.23596218 +1   -5.5413107 +1   -1.7016482 +1                  0.0000
  C             -0.08687970 +1   -3.9494175 +1    3.8672813 +1                  0.0000
  C              0.44926245 +1   -2.5217094 +1    3.8672813 +1                  0.0000
  N              1.03181526 +1   -4.9091617 +1    4.0712961 +1                  0.0000
  O             -0.23150192 +1   -4.9703916 +1    1.7055958 +1                  0.0000
  O             -1.97571415 +1   -3.7682441 +1    2.4313263 +1                  0.0000
  H              1.70668193 +1   -4.8726202 +1    3.2756417 +1                  0.0000
  H              0.65684048 +1   -5.8517877 +1    4.1586948 +1                  0.0000
  H              1.55771638 +1   -4.6494774 +1    4.9799688 +1                  0.0000
  H             -0.80305061 +1   -4.0867535 +1    4.7243149 +1                  0.0000
  H              0.89308940 +1   -2.2987619 +1    4.8324893 +1                  0.0000
  H             -0.38194616 +1   -1.7992411 +1    3.6729670 +1                  0.0000
  H              1.20305842 +1   -2.3987570 +1    3.1018309 +1                  0.0000
  C             -0.81643705 +1   -4.2660398 +1    2.5537496 +1                  0.0000
  C             -1.19140034 +1   -8.0422714 +1    4.2545716 +1                  0.0000
  C             -2.13686583 +1   -7.3844097 +1    3.2402550 +1                  0.0000
  C             -3.18375006 +1   -6.5256369 +1    3.9431526 +1                  0.0000
  N             -2.80985298 +1   -8.4294396 +1    2.4206390 +1                  0.0000
  O             -1.34926616 +1   -9.2526498 +1    4.5147424 +1                  0.0000
  O             -0.31239019 +1   -7.2835263 +1    4.7628584 +1                  0.0000
  H             -3.34500397 +1   -9.0923821 +1    3.0239357 +1                  0.0000
  H             -2.11040429 +1   -8.9415598 +1    1.8865110 +1                  0.0000
  H             -3.50007677 +1   -7.9524018 +1    1.7382020 +1                  0.0000
  H             -1.53275709 +1   -6.7477639 +1    2.5358281 +1                  0.0000
  H             -3.79218928 +1   -6.0136729 +1    3.2029009 +1                  0.0000
  H             -2.68347969 +1   -5.7643763 +1    4.5930962 +1                  0.0000
  H             -3.82898302 +1   -7.1384322 +1    4.5574574 +1                  0.0000
  C             -2.22897380 +1   -6.0492752 +1    9.5709201 +1                  0.0000
  C             -3.29379709 +1   -6.5394649 +1    8.5790838 +1                  0.0000
  C             -2.66462500 +1   -7.3638883 +1    7.4609302 +1                  0.0000
  N             -4.02315265 +1   -5.3781591 +1    8.0014864 +1                  0.0000
  O             -1.86895167 +1   -4.8557171 +1    9.5123575 +1                  0.0000
  O             -1.78619010 +1   -6.9180003 +1   10.3808384 +1                  0.0000
  H             -3.36642494 +1   -4.7253324 +1    7.5194363 +1                  0.0000
  H             -4.51337644 +1   -4.8834478 +1    8.7442714 +1                  0.0000
  H             -4.74237162 +1   -5.7379244 +1    7.2783078 +1                  0.0000
  H             -4.04867205 +1   -7.1626488 +1    9.1336495 +1                  0.0000
  H             -3.44304031 +1   -7.7600528 +1    6.8167695 +1                  0.0000
  H             -2.08013262 +1   -8.2140821 +1    7.8919764 +1                  0.0000
  H             -1.99963115 +1   -6.7523310 +1    6.8650095 +1                  0.0000
  C             -0.04615031 +1   -5.0573068 +1   -2.3943254 +1                  0.0000
  C              1.11618093 +1   -7.0040679 +1   -1.2850953 +1                  0.0000
  N              1.51822753 +1   -4.6981334 +1   -0.5085062 +1                  0.0000
  O             -0.83391916 +1   -4.3364847 +1   -1.7471312 +1                  0.0000
  O             -0.20934415 +1   -5.4454730 +1   -3.5894597 +1                  0.0000
  H              0.72178396 +1   -4.7245590 +1    0.1659013 +1                  0.0000
  H              1.68330119 +1   -3.7384486 +1   -0.8039135 +1                  0.0000
  H              2.40109277 +1   -5.0754403 +1   -0.0109148 +1                  0.0000
  H              2.10198350 +1   -5.4164430 +1   -2.4092383 +1                  0.0000
  H              2.05917689 +1   -7.3424058 +1   -0.8672454 +1                  0.0000
  H              0.86309416 +1   -7.6363180 +1   -2.1721326 +1                  0.0000
  H              0.34259307 +1   -7.1253734 +1   -0.5393830 +1                  0.0000
  C             -7.05101584 +1   -9.8314889 +1    6.2499550 +1                  0.0000
  C             -8.37385773 +1   -8.2395957 +1   11.8188844 +1                  0.0000
  C             -7.83771557 +1   -6.8118876 +1   11.8188844 +1                  0.0000
  N             -7.25516277 +1   -9.1993400 +1   12.0228992 +1                  0.0000
  O             -8.51847995 +1   -9.2605699 +1    9.6571989 +1                  0.0000
  O            -10.26269218 +1   -8.0584224 +1   10.3829295 +1                  0.0000
  H             -6.58029610 +1   -9.1627985 +1   11.2272449 +1                  0.0000
  H             -7.63013754 +1  -10.1419659 +1   12.1102979 +1                  0.0000
  H             -6.72926164 +1   -8.9396556 +1   12.9315720 +1                  0.0000
  H             -9.09002863 +1   -8.3769317 +1   12.6759181 +1                  0.0000
  H             -7.39388862 +1   -6.5889401 +1   12.7840925 +1                  0.0000
  H             -8.66892419 +1   -6.0894193 +1   11.6245702 +1                  0.0000
  H             -7.08391961 +1   -6.6889353 +1   11.0534340 +1                  0.0000
  C             -9.10341508 +1   -8.5562181 +1   10.5053528 +1                  0.0000
  C             -9.47837837 +1  -12.3324496 +1   12.2061748 +1                  0.0000
  C            -10.42384385 +1  -11.6745880 +1   11.1918582 +1                  0.0000
  C            -11.47072809 +1  -10.8158151 +1   11.8947558 +1                  0.0000
  N            -11.09683101 +1  -12.7196179 +1   10.3722421 +1                  0.0000
  O             -9.63624418 +1  -13.5428280 +1   12.4663456 +1                  0.0000
  O             -8.59936821 +1  -11.5737046 +1   12.7144615 +1                  0.0000
  H            -11.63198199 +1  -13.3825604 +1   10.9755388 +1                  0.0000
  H            -10.39738231 +1  -13.2317380 +1    9.8381141 +1                  0.0000
  H            -11.78705479 +1  -12.2425801 +1    9.6898052 +1                  0.0000
  H             -9.81973512 +1  -11.0379422 +1   10.4874313 +1                  0.0000
  H            -12.07916730 +1  -10.3038512 +1   11.1545041 +1                  0.0000
  H            -10.97045772 +1  -10.0545546 +1   12.5446993 +1                  0.0000
  H            -12.11596105 +1  -11.4286104 +1   12.5090606 +1                  0.0000
  C            -10.51595182 +1  -10.3394534 +1   17.5225233 +1                  0.0000
  C            -11.58077511 +1  -10.8296432 +1   16.5306870 +1                  0.0000
  C            -10.95160302 +1  -11.6540666 +1   15.4125334 +1                  0.0000
  N            -12.31013067 +1   -9.6683374 +1   15.9530895 +1                  0.0000
  O            -10.15592969 +1   -9.1458954 +1   17.4639606 +1                  0.0000
  O            -10.07316813 +1  -11.2081786 +1   18.3324415 +1                  0.0000
  H            -11.65340296 +1   -9.0155107 +1   15.4710395 +1                  0.0000
  H            -12.80035446 +1   -9.1736260 +1   16.6958746 +1                  0.0000
  H            -13.02934964 +1  -10.0281026 +1   15.2299110 +1                  0.0000
  H            -12.33565008 +1  -11.4528270 +1   17.0852527 +1                  0.0000
  H            -11.73001833 +1  -12.0502310 +1   14.7683727 +1                  0.0000
  H            -10.36711064 +1  -12.5042604 +1   15.8435796 +1                  0.0000
  H            -10.28660917 +1  -11.0425092 +1   14.8166126 +1                  0.0000
  C             -8.33312833 +1   -9.3474850 +1    5.5572778 +1                  0.0000
  C             -7.17079710 +1  -11.2942461 +1    6.6665079 +1                  0.0000
  N             -6.76875049 +1   -8.9883117 +1    7.4430970 +1                  0.0000
  O             -9.12089719 +1   -8.6266630 +1    6.2044719 +1                  0.0000
  O             -8.49632217 +1   -9.7356513 +1    4.3621434 +1                  0.0000
  H             -7.56519407 +1   -9.0147372 +1    8.1175045 +1                  0.0000
  H             -6.60367683 +1   -8.0286268 +1    7.1476897 +1                  0.0000
  H             -5.88588525 +1   -9.3656185 +1    7.9406883 +1                  0.0000
  H             -6.18499453 +1   -9.7066213 +1    5.5423649 +1                  0.0000
  H             -6.22780114 +1  -11.6325840 +1    7.0843577 +1                  0.0000
  H             -7.42388387 +1  -11.9264963 +1    5.7794706 +1                  0.0000
  H             -7.94438496 +1  -11.4155516 +1    7.4122201 +1                  0.0000
 Tv              4.09544168 +1   -0.3407607 +1    4.0843219 +1 
 Tv            -16.57395605 +1   -8.5803565 +1   15.9032064 +1 
 Tv              1.23596218 +1   -5.5413107 +1   -1.7016482 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
MERS=(1,2,1)
      l-Alanine
 h=-144 hr=nist
  C         0.91876799 +1   -5.8022780 +1   -1.4784431 +1                      0.0000
  C        -0.42221620 +1   -3.9516934 +1    4.0877228 +1                      0.0000
  C         0.04740462 +1   -2.5085418 +1    4.0657841 +1                      0.0000
  N         0.72020953 +1   -4.8696069 +1    4.4332816 +1                      0.0000
  O        -0.42072223 +1   -5.1663715 +1    2.0048995 +1                      0.0000
  O        -2.13956945 +1   -3.8195828 +1    2.4335020 +1                      0.0000
  H         1.41215185 +1   -4.9151804 +1    3.6426668 +1                      0.0000
  H         0.36992112 +1   -5.8401007 +1    4.6119953 +1                      0.0000
  H         1.27362531 +1   -4.5450036 +1    5.3311324 +1                      0.0000
  H        -1.22653871 +1   -4.0993907 +1    4.8689469 +1                      0.0000
  H         0.41500628 +1   -2.1881892 +1    5.0524766 +1                      0.0000
  H        -0.76707620 +1   -1.8158788 +1    3.7892521 +1                      0.0000
  H         0.86105896 +1   -2.3349161 +1    3.3419287 +1                      0.0000
  C        -1.02396816 +1   -4.3408729 +1    2.7142630 +1                      0.0000
  C        -1.30681689 +1   -8.1067121 +1    4.5397694 +1                      0.0000
  C        -2.17044733 +1   -7.3095993 +1    3.5309560 +1                      0.0000
  C        -3.15752801 +1   -6.4242690 +1    4.2699233 +1                      0.0000
  N        -2.90004664 +1   -8.2494966 +1    2.6082073 +1                      0.0000
  O        -1.45191233 +1   -9.3397221 +1    4.6198926 +1                      0.0000
  O        -0.45420144 +1   -7.4344498 +1    5.1863366 +1                      0.0000
  H        -3.42658722 +1   -8.9750759 +1    3.1580859 +1                      0.0000
  H        -2.22470721 +1   -8.7457923 +1    1.9810740 +1                      0.0000
  H        -3.63392051 +1   -7.7325480 +1    1.9649633 +1                      0.0000
  H        -1.46984727 +1   -6.6872043 +1    2.8972451 +1                      0.0000
  H        -3.72875646 +1   -5.7896628 +1    3.5755800 +1                      0.0000
  H        -2.65130206 +1   -5.7460485 +1    4.9793922 +1                      0.0000
  H        -3.88733131 +1   -7.0008744 +1    4.8626267 +1                      0.0000
  C        -2.14971131 +1   -6.1353864 +1    9.7036417 +1                      0.0000
  C        -3.19130500 +1   -6.7476774 +1    8.7345906 +1                      0.0000
  C        -2.50234985 +1   -7.6025568 +1    7.6867148 +1                      0.0000
  N        -3.99201446 +1   -5.6551349 +1    8.0764769 +1                      0.0000
  O        -1.95786278 +1   -4.9058991 +1    9.6842465 +1                      0.0000
  O        -1.59661465 +1   -6.9420400 +1   10.5032458 +1                      0.0000
  H        -3.35606547 +1   -4.9409905 +1    7.6386310 +1                      0.0000
  H        -4.58885832 +1   -5.1650578 +1    8.7825979 +1                      0.0000
  H        -4.65520418 +1   -6.0310724 +1    7.2776705 +1                      0.0000
  H        -3.90680774 +1   -7.3706951 +1    9.3506728 +1                      0.0000
  H        -3.23143899 +1   -8.1071787 +1    7.0348734 +1                      0.0000
  H        -1.88436305 +1   -8.3948715 +1    8.1450843 +1                      0.0000
  H        -1.82852541 +1   -7.0216783 +1    7.0353243 +1                      0.0000
  C        -0.39458223 +1   -5.2352200 +1   -2.0720098 +1                      0.0000
  C         0.75696259 +1   -7.2781227 +1   -1.1630712 +1                      0.0000
  N         1.30243878 +1   -5.0407510 +1   -0.2373704 +1                      0.0000
  O        -1.05523356 +1   -4.4164220 +1   -1.4082127 +1                      0.0000
  O        -0.67757106 +1   -5.6150613 +1   -3.2434309 +1                      0.0000
  H         0.49261158 +1   -4.9911721 +1    0.4321005 +1                      0.0000
  H         1.58220107 +1   -4.0612500 +1   -0.4799541 +1                      0.0000
  H         2.14594152 +1   -5.5028281 +1    0.3040045 +1                      0.0000
  H         1.73749661 +1   -5.6425964 +1   -2.2426823 +1                      0.0000
  H         1.70032543 +1   -7.7212952 +1   -0.8095510 +1                      0.0000
  H         0.44540454 +1   -7.8572079 +1   -2.0504081 +1                      0.0000
  H        -0.00517831 +1   -7.4678443 +1   -0.3888365 +1                      0.0000
  C        -7.07696252 +1   -9.8903717 +1    5.9834516 +1                      0.0000
  C        -8.37988096 +1   -8.0616327 +1   11.5819904 +1                      0.0000
  C        -7.91312468 +1   -6.6174074 +1   11.5623255 +1                      0.0000
  N        -7.23609844 +1   -8.9778910 +1   11.9277599 +1                      0.0000
  O        -8.37705459 +1   -9.2705199 +1    9.4943671 +1                      0.0000
  O       -10.09792400 +1   -7.9291159 +1    9.9294649 +1                      0.0000
  H        -6.54180533 +1   -9.0178669 +1   11.1388240 +1                      0.0000
  H        -7.58438195 +1   -9.9497517 +1   12.1018373 +1                      0.0000
  H        -6.68653945 +1   -8.6545958 +1   12.8292060 +1                      0.0000
  H        -9.18442538 +1   -8.2121498 +1   12.3627521 +1                      0.0000
  H        -7.55053946 +1   -6.2968921 +1   12.5507246 +1                      0.0000
  H        -8.72725936 +1   -5.9260830 +1   11.2813743 +1                      0.0000
  H        -7.09721266 +1   -6.4419902 +1   10.8414568 +1                      0.0000
  C        -8.98065928 +1   -8.4488633 +1   10.2078228 +1                      0.0000
  C        -9.26472967 +1  -12.2169009 +1   12.0314458 +1                      0.0000
  C       -10.12982626 +1  -11.4184918 +1   11.0247115 +1                      0.0000
  C       -11.11485816 +1  -10.5323967 +1   11.7652255 +1                      0.0000
  N       -10.86078482 +1  -12.3586134 +1   10.1034470 +1                      0.0000
  O        -9.40744255 +1  -13.4506265 +1   12.1048622 +1                      0.0000
  O        -8.41560754 +1  -11.5445599 +1   12.6819394 +1                      0.0000
  H       -11.38640866 +1  -13.0844584 +1   10.6533552 +1                      0.0000
  H       -10.18600607 +1  -12.8553951 +1    9.4760072 +1                      0.0000
  H       -11.59562658 +1  -11.8425012 +1    9.4610764 +1                      0.0000
  H        -9.42971492 +1  -10.7962691 +1   10.3903085 +1                      0.0000
  H       -11.68527551 +1   -9.8955523 +1   11.0721596 +1                      0.0000
  H       -10.60577127 +1   -9.8553551 +1   12.4739568 +1                      0.0000
  H       -11.84603994 +1  -11.1077707 +1   12.3570653 +1                      0.0000
  C       -10.13293064 +1  -10.2598201 +1   17.1489322 +1                      0.0000
  C       -11.18344043 +1  -10.8711477 +1   16.1886627 +1                      0.0000
  C       -10.49835107 +1  -11.7349211 +1   15.1454583 +1                      0.0000
  N       -11.98177017 +1   -9.7815038 +1   15.5234360 +1                      0.0000
  O        -9.93121191 +1   -9.0326760 +1   17.1235945 +1                      0.0000
  O        -9.58305867 +1  -11.0690682 +1   17.9486496 +1                      0.0000
  H       -11.34435094 +1   -9.0650390 +1   15.0915357 +1                      0.0000
  H       -12.59006402 +1   -9.2933099 +1   16.2221323 +1                      0.0000
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