Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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259 Whewellite (Ca(Ox)(H2O))

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Notes: Whewellite is one of the few minerals that includes the oxalate group.
This mineral, calcium oxalate, is found in kidney stones.

                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     3.15  10.12  14.58  90.00  90.00 109.46    437.4   2.219
                                       PM6:     2.81   9.70  15.26  87.64  90.52  97.28    412.9   2.350

                 X-Ray                               PM6

X-Ray data set: 1SCF MERS=(2,1,1) Whewellite Ca 0.00000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1 0.0000 Ca -0.58400000 +1 -3.6760000 +1 1.1340000 +1 0.0000 Ca 1.87700000 +1 3.6150000 +1 -4.6770000 +1 0.0000 Ca 0.19200000 +1 7.2810010 +1 0.0920000 +1 0.0000 Ca 1.10100000 +1 -0.0100000 +1 -3.6350000 +1 0.0000 Ca -1.68400000 +1 -3.6870000 +1 4.7689990 +1 0.0000 Ca -0.39300000 +1 3.6050000 +1 1.2259990 +1 0.0000 Ca 1.29200000 +1 -7.2910010 +1 -3.5430000 +1 0.0000 C -1.12800000 +1 -0.8210000 +1 2.9519990 +1 0.0000 O -0.79500000 +1 -1.3680000 +1 1.8739990 +1 0.0000 O -1.51900000 +1 -1.3780000 +1 3.9989990 +1 0.0000 C -1.03000000 +1 0.7380000 +1 2.9899990 +1 0.0000 C -0.94900000 +1 6.4710000 +1 3.0429990 +1 0.0000 O -1.28200000 +1 5.9240000 +1 4.1209990 +1 0.0000 O -0.55800000 +1 5.9130010 +1 1.9959990 +1 0.0000 C -1.04700000 +1 8.0290000 +1 3.0049990 +1 0.0000 C 0.73600000 +1 4.4260000 +1 -1.7260000 +1 0.0000 O 0.40300000 +1 4.9730000 +1 -0.6480000 +1 0.0000 O 1.12700000 +1 4.9830000 +1 -2.7730000 +1 0.0000 C 0.63800000 +1 2.8670000 +1 -1.7640010 +1 0.0000 C 0.55700000 +1 -2.8660000 +1 -1.8170010 +1 0.0000 O 0.89000000 +1 -2.3190000 +1 -2.8950000 +1 0.0000 O 0.16600000 +1 -2.3080000 +1 -0.7700010 +1 0.0000 C 0.65500000 +1 -4.4240000 +1 -1.7790000 +1 0.0000 O -0.62500000 +1 1.3050000 +1 1.9439990 +1 0.0000 O -1.36800000 +1 1.3040000 +1 4.0599990 +1 0.0000 O -1.45200000 +1 8.5970010 +1 4.0509990 +1 0.0000 O -0.70900000 +1 8.5950000 +1 1.9349990 +1 0.0000 O 0.23200000 +1 2.3000000 +1 -0.7170000 +1 0.0000 O 0.97600000 +1 2.3010000 +1 -2.8340000 +1 0.0000 O 1.06000000 +1 -4.9920000 +1 -2.8250000 +1 0.0000 O 0.31700000 +1 -4.9900000 +1 -0.7090010 +1 0.0000 C 2.45700000 +1 -3.6430000 +1 2.3409990 +1 0.0000 C 1.58200000 +1 -3.7780000 +1 3.5989990 +1 0.0000 O 1.84500000 +1 -3.4210000 +1 1.2709990 +1 0.0000 O 3.69600000 +1 -3.7000000 +1 2.4959990 +1 0.0000 O 0.34100000 +1 -3.6970000 +1 3.4329990 +1 0.0000 O 2.18700000 +1 -3.9320000 +1 4.6799990 +1 0.0000 C -4.53400000 +1 3.6490000 +1 3.6539990 +1 0.0000 C -3.66000000 +1 3.5130000 +1 2.3959990 +1 0.0000 O -3.92200000 +1 3.8700000 +1 4.7239990 +1 0.0000 O -5.77300000 +1 3.5920000 +1 3.4989990 +1 0.0000 O -2.41800000 +1 3.5950000 +1 2.5619990 +1 0.0000 O -4.26400000 +1 3.3600000 +1 1.3149990 +1 0.0000 C -2.84900000 +1 -7.3350000 +1 -1.1150000 +1 0.0000 C -1.97500000 +1 -7.2000010 +1 -2.3730000 +1 0.0000 O -2.23700000 +1 -7.5570010 +1 -0.0450000 +1 0.0000 O -4.08800000 +1 -7.2780010 +1 -1.2700000 +1 0.0000 O -0.73300000 +1 -7.2810000 +1 -2.2070000 +1 0.0000 O -2.57900000 +1 -7.0460010 +1 -3.4540000 +1 0.0000 C 4.14200000 +1 -0.0440000 +1 -2.4280000 +1 0.0000 C 3.26700000 +1 0.0920000 +1 -1.1700000 +1 0.0000 O 3.53000000 +1 -0.2650000 +1 -3.4980000 +1 0.0000 O 5.38100000 +1 0.0130000 +1 -2.2730000 +1 0.0000 O 2.02600000 +1 0.0100000 +1 -1.3360000 +1 0.0000 O 3.87200000 +1 0.2450000 +1 -0.0890000 +1 0.0000 H 2.69500000 +1 -0.0640000 +1 1.0989990 +1 0.0000 H 1.93300000 +1 -0.4450000 +1 1.5879990 +1 0.0000 O 1.91100000 +1 0.2860000 +1 1.5569990 +1 0.0000 H -4.77200000 +1 7.2270000 +1 4.8959990 +1 0.0000 H -4.01000000 +1 6.8470010 +1 4.4069990 +1 0.0000 O -3.98800000 +1 7.5770000 +1 4.4379990 +1 0.0000 H -3.08700000 +1 3.6690000 +1 0.1270000 +1 0.0000 H -2.32500000 +1 4.0500000 +1 -0.3620010 +1 0.0000 O -2.30300000 +1 3.3190000 +1 -0.3310000 +1 0.0000 H 4.38000000 +1 -3.6220000 +1 -3.6690000 +1 0.0000 H 3.61800000 +1 -3.2420000 +1 -3.1810000 +1 0.0000 O 3.59600000 +1 -3.9720000 +1 -3.2120010 +1 0.0000 H -4.71400000 +1 -0.1810000 +1 4.6759990 +1 0.0000 H -4.23100000 +1 -0.1370000 +1 3.6649990 +1 0.0000 O -4.08400000 +1 0.0950000 +1 4.3399990 +1 0.0000 H 2.63700000 +1 7.1110010 +1 1.3189990 +1 0.0000 H 2.15400000 +1 7.1540000 +1 2.3299990 +1 0.0000 O 2.00700000 +1 7.3860000 +1 1.6549990 +1 0.0000 H 4.32200000 +1 3.7860000 +1 -3.4500000 +1 0.0000 H 3.83900000 +1 3.7420000 +1 -2.4390000 +1 0.0000 O 3.69200000 +1 3.5100000 +1 -3.1140000 +1 0.0000 H -3.02900000 +1 -3.5060000 +1 -0.0930010 +1 0.0000 H -2.54600000 +1 -3.5490000 +1 -1.1040000 +1 0.0000 O -2.39900000 +1 -3.7810000 +1 -0.4280010 +1 0.0000 Tv -6.29000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1 Tv 3.37000000 +1 0.0000000 +1 -9.5379990 +1 Tv 0.00000000 +1 14.5830010 +1 0.0000000 +1

Optimized PM6 data set: MERS=(2,1,1) GNORM=5 Whewellite Ca -0.44878428 +1 0.1519854 +1 -0.3759389 +1 0.0000 Ca -0.25250600 +1 -3.5482989 +1 0.8470832 +1 0.0000 Ca 1.12565880 +1 3.9666816 +1 -4.2000066 +1 0.0000 Ca -0.06022988 +1 7.2309907 +1 0.1591772 +1 0.0000 Ca 1.08694505 +1 -0.3252379 +1 -3.9412770 +1 0.0000 Ca -1.77598746 +1 -4.1348264 +1 4.4194505 +1 0.0000 Ca 0.01981821 +1 3.5575516 +1 1.5695790 +1 0.0000 Ca 1.32780181 +1 -7.4334360 +1 -2.7991612 +1 0.0000 C -0.86123443 +1 -0.8983200 +1 2.5003059 +1 0.0000 O -0.68977984 +1 -1.3490398 +1 1.3199206 +1 0.0000 O -1.18465197 +1 -1.6020983 +1 3.4823152 +1 0.0000 C -0.64879058 +1 0.6408150 +1 2.6990333 +1 0.0000 C -0.76775637 +1 6.6119422 +1 3.1231672 +1 0.0000 O -0.92908921 +1 6.1946185 +1 4.3119933 +1 0.0000 O -0.39651869 +1 5.9273853 +1 2.1422204 +1 0.0000 C -1.03862756 +1 8.1336263 +1 2.8491117 +1 0.0000 C 0.46436244 +1 4.5566901 +1 -1.3373246 +1 0.0000 O 0.32009645 +1 5.0201844 +1 -0.1593905 +1 0.0000 O 0.77679883 +1 5.2559988 +1 -2.3268232 +1 0.0000 C 0.22894359 +1 3.0221266 +1 -1.5090431 +1 0.0000 C 0.42758775 +1 -2.9563402 +1 -2.0890470 +1 0.0000 O 0.58175572 +1 -2.5411099 +1 -3.2817929 +1 0.0000 O 0.05452908 +1 -2.2642712 +1 -1.1158860 +1 0.0000 C 0.71630002 +1 -4.4746607 +1 -1.8294699 +1 0.0000 O -0.38788389 +1 1.2944823 +1 1.6411244 +1 0.0000 O -0.69881722 +1 1.1385073 +1 3.8446524 +1 0.0000 O -1.33244700 +1 8.8396145 +1 3.8678837 +1 0.0000 O -1.00836342 +1 8.6052899 +1 1.6915007 +1 0.0000 O -0.04189411 +1 2.3956537 +1 -0.4360733 +1 0.0000 O 0.27067930 +1 2.5018933 +1 -2.6444603 +1 0.0000 O 1.01534859 +1 -5.1657157 +1 -2.8566655 +1 0.0000 O 0.69188854 +1 -4.9509236 +1 -0.6737460 +1 0.0000 C 2.33285920 +1 -3.7532034 +1 2.5523850 +1 0.0000 C 1.20658378 +1 -3.8891162 +1 3.6205591 +1 0.0000 O 2.04630888 +1 -3.4693190 +1 1.3696576 +1 0.0000 O 3.50140769 +1 -3.9575784 +1 2.9887298 +1 0.0000 O 0.04375251 +1 -3.8456799 +1 3.1311163 +1 0.0000 O 1.48160206 +1 -4.0138150 +1 4.8361162 +1 0.0000 C -4.09609001 +1 3.7775980 +1 3.4358366 +1 0.0000 C -2.97193995 +1 3.7060060 +1 2.3599627 +1 0.0000 O -3.80472674 +1 4.0453472 +1 4.6229465 +1 0.0000 O -5.26040476 +1 3.5422217 +1 3.0080960 +1 0.0000 O -1.81400103 +1 3.7906186 +1 2.8554646 +1 0.0000 O -3.23651081 +1 3.5962189 +1 1.1420283 +1 0.0000 C -2.78048417 +1 -7.8386280 +1 -0.9378397 +1 0.0000 C -1.65334476 +1 -7.6947598 +1 -2.0039589 +1 0.0000 O -2.49498376 +1 -8.1072378 +1 0.2483527 +1 0.0000 O -3.95098660 +1 -7.6553037 +1 -1.3785784 +1 0.0000 O -0.49105945 +1 -7.7446963 +1 -1.5142371 +1 0.0000 O -1.92864317 +1 -7.5570849 +1 -3.2182359 +1 0.0000 C 3.66680553 +1 -0.1137095 +1 -2.2341378 +1 0.0000 C 2.54102072 +1 -0.0415326 +1 -1.1600810 +1 0.0000 O 3.37732914 +1 -0.3862991 +1 -3.4206505 +1 0.0000 O 4.83114510 +1 0.1306976 +1 -1.8100818 +1 0.0000 O 1.38251154 +1 -0.1425564 +1 -1.6496736 +1 0.0000 O 2.81147681 +1 0.0866605 +1 0.0556308 +1 0.0000 H 1.98314306 +1 0.3697337 +1 1.8742920 +1 0.0000 H 2.05170375 +1 -1.1486447 +1 1.5810746 +1 0.0000 O 1.71829311 +1 -0.4979335 +1 2.2253073 +1 0.0000 H -3.61650126 +1 7.9081498 +1 3.6400361 +1 0.0000 H -3.66686447 +1 6.4199072 +1 4.0611793 +1 0.0000 O -3.35440597 +1 7.0147267 +1 3.3571676 +1 0.0000 H -2.41144226 +1 3.3164581 +1 -0.6653697 +1 0.0000 H -2.46488919 +1 4.8466528 +1 -0.4323525 +1 0.0000 O -2.13073112 +1 4.1669350 +1 -1.0453134 +1 0.0000 H 3.30449876 +1 -4.2363145 +1 -2.6539837 +1 0.0000 H 3.35973380 +1 -2.7346843 +1 -3.0268912 +1 0.0000 O 3.03093722 +1 -3.3534054 +1 -2.3501888 +1 0.0000 H -3.82553853 +1 0.8460334 +1 3.8113463 +1 0.0000 H -3.54394683 +1 -0.5355740 +1 3.1925369 +1 0.0000 O -3.07624657 +1 0.2662719 +1 3.5622684 +1 0.0000 H 2.21848557 +1 8.3037467 +1 1.7878675 +1 0.0000 H 1.86084857 +1 6.9282573 +1 2.3835528 +1 0.0000 O 1.43729989 +1 7.7511992 +1 2.0104934 +1 0.0000 H 3.39031444 +1 2.7630598 +1 -2.6167339 +1 0.0000 H 3.13974811 +1 4.1556799 +1 -2.0099380 +1 0.0000 O 2.65449465 +1 3.3588730 +1 -2.3696014 +1 0.0000 H -2.51727856 +1 -4.6860882 +1 -0.7738556 +1 0.0000 H -2.19905086 +1 -3.3049945 +1 -1.3761658 +1 0.0000 O -1.75237937 +1 -4.1161537 +1 -1.0032098 +1 0.0000 Tv -5.56560474 +1 -0.0340128 +1 -0.8331879 +1 Tv 2.64048619 +1 -0.0022971 +1 -9.3353433 +1 Tv 0.13847178 +1 15.2484213 +1 -0.6180183 +1