Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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160 Leucine

                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:    14.52   5.30   9.56  90.00  85.80  90.00    734.0   1.187
                                       PM6:    13.85   5.24   9.44  89.16  82.35  90.18    678.5   1.284

                 X-Ray                               PM6

X-Ray data set: MERS=(1,2,1) 1SCF Leucine O 0.00000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1 0.0000 O 3.75090293 +1 0.3079865 +1 0.4869143 +1 0.0000 N 2.76998429 +1 3.7595109 +1 0.4869143 +1 0.0000 H 3.13049753 +1 4.1098633 +1 1.2158005 +1 0.0000 H 2.74789102 +1 4.3400877 +1 -0.0840106 +1 0.0000 H 1.98614500 +1 3.4646576 +1 0.6270094 +1 0.0000 C 3.49084087 +1 1.4469162 +1 0.9440984 +1 0.0000 C 3.65002183 +1 2.6506001 +1 0.0115242 +1 0.0000 H 3.39551869 +1 2.4011776 +1 -0.8726581 +1 0.0000 C 5.09226309 +1 3.1785074 +1 -0.0018290 +1 0.0000 H 5.11559606 +1 4.0071986 +1 -0.5540550 +1 0.0000 H 5.33819044 +1 3.4350875 +1 0.9280617 +1 0.0000 C 6.15602943 +1 2.2187205 +1 -0.5334843 +1 0.0000 H 6.11547022 +1 1.4256809 +1 -0.0492310 +1 0.0000 C 5.93448716 +1 1.9070921 +1 -2.0098403 +1 0.0000 H 6.59052824 +1 1.2324079 +1 -2.3063753 +1 0.0000 H 6.04841286 +1 2.7322033 +1 -2.5409430 +1 0.0000 H 5.02084390 +1 1.5568981 +1 -2.1387797 +1 0.0000 C 7.53907804 +1 2.8454231 +1 -0.3440229 +1 0.0000 H 7.67962056 +1 3.0381772 +1 0.5904854 +1 0.0000 H 7.59407122 +1 3.6638443 +1 -0.8520773 +1 0.0000 H 8.21658058 +1 2.2303623 +1 -0.6506806 +1 0.0000 O 3.14574985 +1 1.6798508 +1 2.1323869 +1 0.0000 O -0.06974451 +1 2.3780976 +1 -5.1692175 +1 0.0000 O -0.80507023 +1 0.2769856 +1 -5.2010568 +1 0.0000 N 0.38296469 +1 2.3607519 +1 -2.5312512 +1 0.0000 H 0.06580133 +1 3.1689484 +1 -2.7013409 +1 0.0000 H 0.42361032 +1 2.2730461 +1 -1.7214977 +1 0.0000 H 1.15130365 +1 2.2383802 +1 -2.8714788 +1 0.0000 C -0.46303089 +1 1.3259913 +1 -4.6018409 +1 0.0000 C -0.57626140 +1 1.3533080 +1 -3.0766302 +1 0.0000 H -0.36322882 +1 0.4914562 +1 -2.7273370 +1 0.0000 C -1.98347846 +1 1.7584660 +1 -2.6121319 +1 0.0000 H -1.97275205 +1 1.8430068 +1 -1.6205370 +1 0.0000 H -2.18621799 +1 2.6590699 +1 -2.9849893 +1 0.0000 C -3.11867991 +1 0.8120778 +1 -3.0009761 +1 0.0000 H -3.11214044 +1 0.6959222 +1 -3.9237573 +1 0.0000 C -2.95962598 +1 -0.5492886 +1 -2.3304415 +1 0.0000 H -3.66389377 +1 -1.1605455 +1 -2.6552531 +1 0.0000 H -3.03879089 +1 -0.4453995 +1 -1.3512605 +1 0.0000 H -2.07306384 +1 -0.9228506 +1 -2.5505874 +1 0.0000 C -4.45494911 +1 1.4326086 +1 -2.5877614 +1 0.0000 H -4.55624488 +1 2.2917158 +1 -3.0160371 +1 0.0000 H -4.47508083 +1 1.5458882 +1 -1.6303256 +1 0.0000 H -5.17718259 +1 0.8522126 +1 -2.8577018 +1 0.0000 O 0.46835080 +1 2.1755854 +1 0.2044674 +1 0.0000 N 0.53025283 +1 2.0036121 +1 2.9077466 +1 0.0000 H 0.24570825 +1 2.8682837 +1 2.6779195 +1 0.0000 H 0.49199578 +1 1.8304118 +1 3.7534742 +1 0.0000 H 1.30294546 +1 1.9151952 +1 2.7455248 +1 0.0000 C 0.10825317 +1 1.0563815 +1 0.6642446 +1 0.0000 C -0.28079837 +1 1.0101060 +1 2.1469333 +1 0.0000 H -0.12964234 +1 0.1985830 +1 2.4657754 +1 0.0000 C -1.75977998 +1 1.3664116 +1 2.3405659 +1 0.0000 H -1.92190616 +1 1.5064953 +1 3.2879921 +1 0.0000 H -1.93673112 +1 2.2059730 +1 1.8872864 +1 0.0000 C -2.75232488 +1 0.3191757 +1 1.8296023 +1 0.0000 H -2.51252902 +1 0.0785069 +1 0.9948703 +1 0.0000 C -2.73682905 +1 -0.9209904 +1 2.7160162 +1 0.0000 H -3.36982559 +1 -1.5944680 +1 2.3534550 +1 0.0000 H -3.01137103 +1 -0.6725491 +1 3.6363656 +1 0.0000 H -1.82134653 +1 -1.3038584 +1 2.7340254 +1 0.0000 C -4.14960526 +1 0.9150633 +1 1.7804305 +1 0.0000 H -4.16066091 +1 1.6221502 +1 1.1927944 +1 0.0000 H -4.38658205 +1 1.2103815 +1 2.6191018 +1 0.0000 H -4.74658786 +1 0.2738710 +1 1.5001474 +1 0.0000 O 3.47539716 +1 -3.1460797 +1 4.9011775 +1 0.0000 O 3.80473860 +1 -4.6855939 +1 3.3137621 +1 0.0000 N 3.48214838 +1 -1.1363763 +1 3.0831758 +1 0.0000 H 3.81179423 +1 -0.7956884 +1 3.8943772 +1 0.0000 H 3.53458543 +1 -0.5841947 +1 2.4202406 +1 0.0000 H 2.70123012 +1 -1.2707425 +1 3.1390488 +1 0.0000 C 3.78022063 +1 -3.5040942 +1 3.7289021 +1 0.0000 C 4.20898441 +1 -2.3964903 +1 2.7581180 +1 0.0000 H 4.01819090 +1 -2.6413595 +1 1.9286472 +1 0.0000 C 5.71178739 +1 -2.1132232 +1 2.8718617 +1 0.0000 H 5.90975174 +1 -1.2955007 +1 2.3864086 +1 0.0000 H 5.92608541 +1 -1.9576057 +1 3.8062457 +1 0.0000 C 6.62368873 +1 -3.2241871 +1 2.3429778 +1 0.0000 H 6.34542627 +1 -4.0115389 +1 2.6818704 +1 0.0000 C 6.55894784 +1 -3.3001036 +1 0.8217853 +1 0.0000 H 7.13906209 +1 -4.0399303 +1 0.5026752 +1 0.0000 H 6.87475870 +1 -2.4426716 +1 0.4337199 +1 0.0000 H 5.62285043 +1 -3.4681536 +1 0.5380542 +1 0.0000 C 8.05252872 +1 -2.9765932 +1 2.7989812 +1 0.0000 H 8.08921751 +1 -2.9986334 +1 3.7170321 +1 0.0000 H 8.33137348 +1 -2.1529706 +1 2.5000024 +1 0.0000 H 8.60107501 +1 -3.6298799 +1 2.4549061 +1 0.0000 O 0.17855398 +1 4.7719262 +1 2.3016171 +1 0.0000 O 3.92945690 +1 5.0799127 +1 2.7885315 +1 0.0000 N 2.94853827 +1 8.5314371 +1 2.7885315 +1 0.0000 H 3.30905151 +1 8.8817896 +1 3.5174176 +1 0.0000 H 2.92644500 +1 9.1120140 +1 2.2176065 +1 0.0000 H 2.16469897 +1 8.2365839 +1 2.9286265 +1 0.0000 C 3.66939484 +1 6.2188424 +1 3.2457156 +1 0.0000 C 3.82857580 +1 7.4225263 +1 2.3131413 +1 0.0000 H 3.57407266 +1 7.1731038 +1 1.4289590 +1 0.0000 C 5.27081707 +1 7.9504336 +1 2.2997881 +1 0.0000 H 5.29415004 +1 8.7791249 +1 1.7475621 +1 0.0000 H 5.51674442 +1 8.2070137 +1 3.2296788 +1 0.0000 C 6.33458341 +1 6.9906467 +1 1.7681328 +1 0.0000 H 6.29402419 +1 6.1976071 +1 2.2523861 +1 0.0000 C 6.11304113 +1 6.6790183 +1 0.2917768 +1 0.0000 H 6.76908222 +1 6.0043342 +1 -0.0047582 +1 0.0000 H 6.22696683 +1 7.5041295 +1 -0.2393259 +1 0.0000 H 5.19939788 +1 6.3288244 +1 0.1628375 +1 0.0000 C 7.71763201 +1 7.6173494 +1 1.9575942 +1 0.0000 H 7.85817454 +1 7.8101034 +1 2.8921025 +1 0.0000 H 7.77262520 +1 8.4357706 +1 1.4495399 +1 0.0000 H 8.39513456 +1 7.0022885 +1 1.6509365 +1 0.0000 O 3.32430383 +1 6.4517770 +1 4.4340040 +1 0.0000 O 0.10880947 +1 7.1500238 +1 -2.8676004 +1 0.0000 O -0.62651626 +1 5.0489118 +1 -2.8994397 +1 0.0000 N 0.56151866 +1 7.1326781 +1 -0.2296341 +1 0.0000 H 0.24435530 +1 7.9408746 +1 -0.3997238 +1 0.0000 H 0.60216430 +1 7.0449723 +1 0.5801195 +1 0.0000 H 1.32985763 +1 7.0103064 +1 -0.5698617 +1 0.0000 C -0.28447691 +1 6.0979175 +1 -2.3002238 +1 0.0000 C -0.39770743 +1 6.1252342 +1 -0.7750131 +1 0.0000 H -0.18467485 +1 5.2633825 +1 -0.4257198 +1 0.0000 C -1.80492449 +1 6.5303922 +1 -0.3105147 +1 0.0000 H -1.79419807 +1 6.6149330 +1 0.6810801 +1 0.0000 H -2.00766402 +1 7.4309961 +1 -0.6833722 +1 0.0000 C -2.94012593 +1 5.5840040 +1 -0.6993590 +1 0.0000 H -2.93358646 +1 5.4678485 +1 -1.6221402 +1 0.0000 C -2.78107200 +1 4.2226376 +1 -0.0288244 +1 0.0000 H -3.48533980 +1 3.6113808 +1 -0.3536360 +1 0.0000 H -2.86023691 +1 4.3265268 +1 0.9503566 +1 0.0000 H -1.89450987 +1 3.8490756 +1 -0.2489703 +1 0.0000 C -4.27639513 +1 6.2045348 +1 -0.2861443 +1 0.0000 H -4.37769091 +1 7.0636420 +1 -0.7144200 +1 0.0000 H -4.29652685 +1 6.3178144 +1 0.6712915 +1 0.0000 H -4.99862862 +1 5.6241388 +1 -0.5560847 +1 0.0000 O 0.64690477 +1 6.9475116 +1 2.5060846 +1 0.0000 N 0.70880681 +1 6.7755384 +1 5.2093637 +1 0.0000 H 0.42426222 +1 7.6402100 +1 4.9795367 +1 0.0000 H 0.67054975 +1 6.6023380 +1 6.0550913 +1 0.0000 H 1.48149943 +1 6.6871215 +1 5.0471419 +1 0.0000 C 0.28680714 +1 5.8283077 +1 2.9658618 +1 0.0000 C -0.10224439 +1 5.7820323 +1 4.4485504 +1 0.0000 H 0.04891164 +1 4.9705092 +1 4.7673926 +1 0.0000 C -1.58122600 +1 6.1383378 +1 4.6421831 +1 0.0000 H -1.74335218 +1 6.2784215 +1 5.5896092 +1 0.0000 H -1.75817715 +1 6.9778992 +1 4.1889036 +1 0.0000 C -2.57377091 +1 5.0911019 +1 4.1312195 +1 0.0000 H -2.33397505 +1 4.8504331 +1 3.2964874 +1 0.0000 C -2.55827508 +1 3.8509359 +1 5.0176333 +1 0.0000 H -3.19127162 +1 3.1774582 +1 4.6550721 +1 0.0000 H -2.83281706 +1 4.0993771 +1 5.9379827 +1 0.0000 H -1.64279255 +1 3.4680678 +1 5.0356425 +1 0.0000 C -3.97105129 +1 5.6869895 +1 4.0820476 +1 0.0000 H -3.98210693 +1 6.3940765 +1 3.4944116 +1 0.0000 H -4.20802808 +1 5.9823077 +1 4.9207189 +1 0.0000 H -4.56803388 +1 5.0457972 +1 3.8017645 +1 0.0000 O 3.65395114 +1 1.6258465 +1 7.2027946 +1 0.0000 O 3.98329257 +1 0.0863323 +1 5.6153792 +1 0.0000 N 3.66070235 +1 3.6355500 +1 5.3847929 +1 0.0000 H 3.99034821 +1 3.9762379 +1 6.1959943 +1 0.0000 H 3.71313941 +1 4.1877316 +1 4.7218577 +1 0.0000 H 2.87978410 +1 3.5011837 +1 5.4406659 +1 0.0000 C 3.95877460 +1 1.2678320 +1 6.0305192 +1 0.0000 C 4.38753839 +1 2.3754359 +1 5.0597351 +1 0.0000 H 4.19674487 +1 2.1305667 +1 4.2302643 +1 0.0000 C 5.89034136 +1 2.6587030 +1 5.1734788 +1 0.0000 H 6.08830572 +1 3.4764255 +1 4.6880258 +1 0.0000 H 6.10463938 +1 2.8143205 +1 6.1078628 +1 0.0000 C 6.80224270 +1 1.5477391 +1 4.6445949 +1 0.0000 H 6.52398024 +1 0.7603873 +1 4.9834875 +1 0.0000 C 6.73750182 +1 1.4718227 +1 3.1234024 +1 0.0000 H 7.31761607 +1 0.7319959 +1 2.8042924 +1 0.0000 H 7.05331267 +1 2.3292546 +1 2.7353371 +1 0.0000 H 5.80140440 +1 1.3037726 +1 2.8396713 +1 0.0000 C 8.23108269 +1 1.7953331 +1 5.1005984 +1 0.0000 H 8.26777149 +1 1.7732928 +1 6.0186492 +1 0.0000 H 8.50992745 +1 2.6189556 +1 4.8016195 +1 0.0000 H 8.77962899 +1 1.1420463 +1 4.7565232 +1 0.0000 Tv 14.50760407 +1 -0.3079865 +1 -0.4869143 +1 Tv 0.35710795 +1 9.5438525 +1 4.6032342 +1 Tv 0.90024198 +1 -4.1628924 +1 8.5610581 +1

Optimized PM6 data set: MERS=(1,2,1) Leucine h=-154.6 hr=nist O 0.30492045 +1 -0.0416376 +1 0.0694060 +1 0.0000 O 3.81511857 +1 0.4737823 +1 0.6988309 +1 0.0000 N 2.63412771 +1 3.9010400 +1 0.7477906 +1 0.0000 H 2.96856764 +1 4.2409501 +1 1.6824161 +1 0.0000 H 2.60077147 +1 4.7135290 +1 0.0750671 +1 0.0000 H 1.65131307 +1 3.5466234 +1 0.8725779 +1 0.0000 C 3.49159073 +1 1.6016324 +1 1.1418437 +1 0.0000 C 3.54732784 +1 2.8201680 +1 0.2016450 +1 0.0000 H 3.18498000 +1 2.5339552 +1 -0.8274763 +1 0.0000 C 4.98611819 +1 3.3513541 +1 0.1168397 +1 0.0000 H 5.00050598 +1 4.2755447 +1 -0.4988947 +1 0.0000 H 5.33073344 +1 3.6633437 +1 1.1269844 +1 0.0000 C 5.95870814 +1 2.3127941 +1 -0.4857516 +1 0.0000 H 5.77269611 +1 1.3169728 +1 0.0012736 +1 0.0000 C 5.71937312 +1 2.1438718 +1 -1.9878333 +1 0.0000 H 6.42643730 +1 1.4346877 +1 -2.4280147 +1 0.0000 H 5.81370560 +1 3.0970239 +1 -2.5333796 +1 0.0000 H 4.70218923 +1 1.7727754 +1 -2.1860373 +1 0.0000 C 7.40615507 +1 2.7182398 +1 -0.1843639 +1 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-2.0315227 +1 0.0000 H -2.95803341 +1 -0.0417264 +1 -0.7975188 +1 0.0000 H -1.98356200 +1 -0.8630047 +1 -2.0192530 +1 0.0000 C -4.42669912 +1 1.5346546 +1 -2.7035319 +1 0.0000 H -4.54748492 +1 2.3002103 +1 -3.4866940 +1 0.0000 H -4.60516074 +1 2.0208813 +1 -1.7318212 +1 0.0000 H -5.22838177 +1 0.7903867 +1 -2.8408790 +1 0.0000 O 0.54405384 +1 2.1581153 +1 0.2299092 +1 0.0000 N 0.45168109 +1 1.9756639 +1 3.0114339 +1 0.0000 H 0.22916542 +1 2.9755662 +1 2.7664417 +1 0.0000 H 0.23765419 +1 1.8043386 +1 4.0381815 +1 0.0000 H 1.48850345 +1 1.8495620 +1 2.8899660 +1 0.0000 C 0.21749538 +1 1.0339667 +1 0.6930247 +1 0.0000 C -0.31511775 +1 0.9984153 +1 2.1487161 +1 0.0000 H -0.13814863 +1 -0.0477009 +1 2.5687596 +1 0.0000 C -1.80935754 +1 1.3322805 +1 2.1908890 +1 0.0000 H -2.10668114 +1 1.6364873 +1 3.2233629 +1 0.0000 H -2.01605494 +1 2.2157052 +1 1.5511281 +1 0.0000 C -2.68890547 +1 0.1469955 +1 1.7419524 +1 0.0000 H -2.38730215 +1 -0.1308505 +1 0.6902069 +1 0.0000 C -2.49098521 +1 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