Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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92 Cytosine_(CYTOSM03)

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                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     9.82   7.52   7.73  79.50  90.00  90.00    561.0   1.529
                                       PM6:    10.21   7.09   7.79  87.21  90.36  88.41    562.6   1.524
                 X-Ray                               PM6
 
  X-Ray data set:
 MERS=(1,1,1) 1SCF
 Cytosine (CYTOSM03)

  O              0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
  C              0.53300000 +1   -2.4950000 +1    3.3800000 +1                  0.0000
  O             -0.68600000 +1   -2.5350000 +1    3.6970000 +1                  0.0000
  N              1.17000000 +1   -1.3230000 +1    3.1660000 +1                  0.0000
  C              2.45500000 +1   -1.3340000 +1    2.7650000 +1                  0.0000
  N              3.07100000 +1   -0.1669990 +1    2.5750000 +1                  0.0000
  C              3.16300000 +1   -2.5570000 +1    2.5390000 +1                  0.0000
  C              2.49700000 +1   -3.7070000 +1    2.7930000 +1                  0.0000
  H              0.67500000 +1   -4.5460000 +1    3.4280000 +1                  0.0000
  H              4.03500000 +1   -0.1730000 +1    2.2590000 +1                  0.0000
  H              2.57300000 +1    0.6950000 +1    2.7890000 +1                  0.0000
  H              4.18500000 +1   -2.5270000 +1    2.1890000 +1                  0.0000
  H              2.94400000 +1   -4.6880000 +1    2.6600000 +1                  0.0000
  N              1.20600000 +1   -3.6790000 +1    3.2230000 +1                  0.0000
  N              1.17500000 +1    1.2290010 +1   -3.7080000 +1                  0.0000
  C              1.84700000 +1    2.4140010 +1   -3.8650000 +1                  0.0000
  O              3.06600000 +1    2.3730000 +1   -4.1820000 +1                  0.0000
  N              1.21000000 +1    3.5860010 +1   -3.6510000 +1                  0.0000
  C             -0.07500000 +1    3.5750000 +1   -3.2500000 +1                  0.0000
  N             -0.69100000 +1    4.7420000 +1   -3.0600000 +1                  0.0000
  C             -0.78400000 +1    2.3520000 +1   -3.0240000 +1                  0.0000
  C             -0.11700000 +1    1.2020000 +1   -3.2780000 +1                  0.0000
  H              1.70400000 +1    0.3630000 +1   -3.9130000 +1                  0.0000
  H             -1.65500000 +1    4.7360010 +1   -2.7440000 +1                  0.0000
  H             -0.19400000 +1    5.6040010 +1   -3.2740000 +1                  0.0000
  H             -1.80500000 +1    2.3810010 +1   -2.6740000 +1                  0.0000
  H             -0.56400000 +1    0.2200000 +1   -3.1450000 +1                  0.0000
  N              0.48900000 +1    6.0520010 +1   -0.0110000 +1                  0.0000
  C              1.16100000 +1    4.8680010 +1   -0.1680000 +1                  0.0000
  O              2.38100000 +1    4.9080010 +1   -0.4850000 +1                  0.0000
  N              0.52500000 +1    3.6960010 +1    0.0460000 +1                  0.0000
  C             -0.76000000 +1    3.7070000 +1    0.4470000 +1                  0.0000
  N             -1.37700000 +1    2.5400010 +1    0.6370000 +1                  0.0000
  C             -1.46900000 +1    4.9300010 +1    0.6730000 +1                  0.0000
  C             -0.80200000 +1    6.0800000 +1    0.4190000 +1                  0.0000
  H              1.01900000 +1    6.9190000 +1   -0.2160000 +1                  0.0000
  H             -2.34000000 +1    2.5460010 +1    0.9530000 +1                  0.0000
  H             -0.87900000 +1    1.6780010 +1    0.4230000 +1                  0.0000
  H             -2.49000000 +1    4.9000000 +1    1.0230000 +1                  0.0000
  H             -1.25000000 +1    7.0610000 +1    0.5520000 +1                  0.0000
  N              1.89100000 +1    1.1440010 +1   -0.4740000 +1                  0.0000
  C              1.21900000 +1   -0.0410000 +1   -0.3170000 +1                  0.0000
  N              1.85500000 +1   -1.2129990 +1   -0.5310000 +1                  0.0000
  C              3.14100000 +1   -1.2020000 +1   -0.9320000 +1                  0.0000
  N              3.75700000 +1   -2.3690000 +1   -1.1220000 +1                  0.0000
  C              3.84900000 +1    0.0210000 +1   -1.1580000 +1                  0.0000
  C              3.18200000 +1    1.1710010 +1   -0.9040000 +1                  0.0000
  H              1.36100000 +1    2.0100000 +1   -0.2690000 +1                  0.0000
  H              4.72000000 +1   -2.3630000 +1   -1.4380000 +1                  0.0000
  H              3.25900000 +1   -3.2310000 +1   -0.9080000 +1                  0.0000
  H              4.87100000 +1   -0.0080000 +1   -1.5080000 +1                  0.0000
  H              3.63000000 +1    2.1530000 +1   -1.0370000 +1                  0.0000
  O             -1.92300000 +1   -0.8640000 +1    1.7930000 +1                  0.0000
  H             -1.18300000 +1   -0.5320000 +1    1.2660000 +1                  0.0000
  H             -1.49400000 +1   -1.3930000 +1    2.4810000 +1                  0.0000
  O              4.30300000 +1    4.0440000 +1   -2.2780000 +1                  0.0000
  H              3.56300000 +1    4.3770000 +1   -1.7510000 +1                  0.0000
  H              3.87400000 +1    3.5160000 +1   -2.9660000 +1                  0.0000
  O              3.61700000 +1    3.2370010 +1    1.4190000 +1                  0.0000
  H              2.87800000 +1    2.9050000 +1    1.9460000 +1                  0.0000
  H              3.18900000 +1    3.7660000 +1    0.7310000 +1                  0.0000
  O             -1.23700000 +1   -1.6709990 +1   -1.9040000 +1                  0.0000
  H             -0.49700000 +1   -2.0040000 +1   -2.4300000 +1                  0.0000
  H             -0.80900000 +1   -1.1430000 +1   -1.2160000 +1                  0.0000
 Tv              0.00000000 +1   -9.8170000 +1    0.0000000 +1 
 Tv              1.37100000 +1    0.0000000 +1   -7.3940000 +1 
 Tv              7.72800000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
 MERS=(1,1,1)
 Cytosine (CYTOSM03)

  O        -0.01468877 +1    0.2772953 +1   -0.1516798 +1                      0.0000
  C         0.58328867 +1   -2.7909235 +1    3.1851375 +1                      0.0000
  O        -0.64587032 +1   -2.8652056 +1    3.3758652 +1                      0.0000
  N         1.25363264 +1   -1.5953840 +1    3.0774132 +1                      0.0000
  C         2.61482541 +1   -1.6047109 +1    2.8298290 +1                      0.0000
  N         3.25108264 +1   -0.4078467 +1    2.7439769 +1                      0.0000
  C         3.32990769 +1   -2.8504135 +1    2.6659579 +1                      0.0000
  C         2.65101197 +1   -4.0321694 +1    2.7685556 +1                      0.0000
  H         0.75554917 +1   -4.9302586 +1    3.1191904 +1                      0.0000
  H         4.25894265 +1   -0.3712924 +1    2.5462749 +1                      0.0000
  H         2.75612328 +1    0.4802498 +1    2.8905932 +1                      0.0000
  H         4.40052991 +1   -2.8234392 +1    2.4520756 +1                      0.0000
  H         3.13843763 +1   -5.0211751 +1    2.6377135 +1                      0.0000
  N         1.28896841 +1   -4.0321041 +1    3.0401466 +1                      0.0000
  N         0.94348166 +1    0.9856307 +1   -3.6315265 +1                      0.0000
  C         1.72372688 +1    2.1882565 +1   -3.6920511 +1                      0.0000
  O         2.95299115 +1    2.0520356 +1   -3.8462730 +1                      0.0000
  N         1.11940176 +1    3.4154530 +1   -3.5506154 +1                      0.0000
  C        -0.24702826 +1    3.4750486 +1   -3.3391049 +1                      0.0000
  N        -0.81901148 +1    4.6992777 +1   -3.2026493 +1                      0.0000
  C        -1.03848959 +1    2.2672823 +1   -3.2693585 +1                      0.0000
  C        -0.42597611 +1    1.0538339 +1   -3.4109876 +1                      0.0000
  H         1.42745721 +1    0.0612542 +1   -3.7202180 +1                      0.0000
  H        -1.82663509 +1    4.7828148 +1   -3.0192261 +1                      0.0000
  H        -0.27147505 +1    5.5644317 +1   -3.2775637 +1                      0.0000
  H        -2.11303224 +1    2.3444595 +1   -3.0946256 +1                      0.0000
  H        -0.97382165 +1    0.0902353 +1   -3.3506697 +1                      0.0000
  N         0.53109321 +1    6.4691510 +1    0.0156998 +1                      0.0000
  C         1.23838997 +1    5.2292322 +1   -0.1389039 +1                      0.0000
  O         2.46578532 +1    5.3056479 +1   -0.3393940 +1                      0.0000
  N         0.57028372 +1    4.0323397 +1   -0.0337287 +1                      0.0000
  C        -0.78828119 +1    4.0385948 +1    0.2282322 +1                      0.0000
  N        -1.42085873 +1    2.8400771 +1    0.3164601 +1                      0.0000
  C        -1.50372369 +1    5.2821838 +1    0.4061421 +1                      0.0000
  C        -0.82988241 +1    6.4656609 +1    0.2935867 +1                      0.0000
  H         1.05823092 +1    7.3686027 +1   -0.0697733 +1                      0.0000
  H        -2.42958808 +1    2.8004993 +1    0.5100200 +1                      0.0000
  H        -0.92357081 +1    1.9553671 +1    0.1566252 +1                      0.0000
  H        -2.57159350 +1    5.2532868 +1    0.6336857 +1                      0.0000
  H        -1.32117486 +1    7.4533234 +1    0.4191738 +1                      0.0000
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  C         1.21138462 +1    0.1350398 +1   -0.3194618 +1                      0.0000
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  C         3.36616497 +1    1.2528780 +1   -0.6260923 +1                      0.0000
  H         1.52449121 +1    2.2602289 +1   -0.2906628 +1                      0.0000
  H         4.73402966 +1   -2.4902992 +1   -1.0061966 +1                      0.0000
  H         3.17029962 +1   -3.2559068 +1   -0.7394856 +1                      0.0000
  H         5.03560095 +1   -0.0508999 +1   -0.9776101 +1                      0.0000
  H         3.92581253 +1    2.2099401 +1   -0.6844158 +1                      0.0000
  O        -1.78657595 +1   -1.0717720 +1    1.5236216 +1                      0.0000
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