Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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38 Apophyllite ((Na2O)(CaO)8(SiO2)16(H2O)15)

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Note: The structural formula used here is idealized.
PM6 incorrectly moves the Na(+) and H(+) out of the channel.
                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     8.97   8.97  15.77  90.00  90.00  90.00   1267.6   2.282
                                       PM6:     9.55   9.81  14.91  92.10  85.87  88.99   1391.1   2.080
                 X-Ray                               PM6
 
  X-Ray data set:
 1SCF MERS=(1,1,1)
      Apophyllite

  H              0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Na              4.48300000 +1    4.4830000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Ca              5.47100000 +1    6.6880000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
 Si              6.50700000 +1    5.2580000 +1   -4.8880000 +1                  0.0000
  O              7.74200000 +1    5.7070000 +1   -3.9420000 +1                  0.0000
  O              5.23900000 +1    6.1850000 +1   -4.4510000 +1                  0.0000
  O              6.85200000 +1    5.3970000 +1   -6.4290000 +1                  0.0000
  O              6.39100000 +1    8.5150000 +1   -6.4650000 +1                  0.0000
  O              2.57400000 +1    0.4500000 +1   -6.4650000 +1                  0.0000
 Si              2.45800000 +1    3.7080000 +1   -4.8880000 +1                  0.0000
  O              1.22300000 +1    3.2590000 +1   -3.9420000 +1                  0.0000
  O              2.11300000 +1    3.5690000 +1   -6.4290000 +1                  0.0000
 Ca              3.49500000 +1    2.2770000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
  O              3.72700000 +1    2.7810000 +1   -4.4510000 +1                  0.0000
 Ca              0.98700000 +1    6.7600000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Si              2.02400000 +1    8.1910000 +1  -12.7720000 +1                  0.0000
  O              0.75500000 +1    7.2630000 +1  -12.3350000 +1                  0.0000
  O              2.36800000 +1    8.0510000 +1  -14.3130010 +1                  0.0000
  O              1.90700000 +1    4.9330000 +1  -14.3490000 +1                  0.0000
 Na              0.00000000 +1    0.0000000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
  O              3.25900000 +1    7.7420000 +1  -11.8260000 +1                  0.0000
 Ca              7.97800000 +1    2.2050000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Si             -2.02500000 +1    9.7400000 +1  -12.7720000 +1                  0.0000
  O             -3.25900000 +1   10.1890000 +1  -11.8260000 +1                  0.0000
  O             -0.75600000 +1   10.6680000 +1  -12.3350000 +1                  0.0000
  O             -2.36900000 +1    9.8800000 +1  -14.3130010 +1                  0.0000
  O              7.05800000 +1    4.0330000 +1  -14.3490000 +1                  0.0000
 Ca              2.27700000 +1    5.4710000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
  O              0.45000000 +1    6.3910000 +1   -6.4650000 +1                  0.0000
 Si              3.70800000 +1    6.5070000 +1   -4.8880000 +1                  0.0000
  O              3.25900000 +1    7.7420000 +1   -3.9420000 +1                  0.0000
  O              2.78100000 +1    5.2390000 +1   -4.4510000 +1                  0.0000
  O              3.56900000 +1    6.8520000 +1   -6.4290000 +1                  0.0000
 Si              5.25800000 +1    2.4580000 +1   -4.8880000 +1                  0.0000
  O              5.70700000 +1    1.2230000 +1   -3.9420000 +1                  0.0000
  O              5.39700000 +1    2.1130000 +1   -6.4290000 +1                  0.0000
  O              8.51500000 +1    2.5740000 +1   -6.4650000 +1                  0.0000
 Ca              6.68800000 +1    3.4950000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
  O              6.18500000 +1    3.7270000 +1   -4.4510000 +1                  0.0000
 Ca              2.20500000 +1    0.9870000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Si              0.77400000 +1   10.9900000 +1  -12.7720000 +1                  0.0000
  O              1.70200000 +1    9.7210000 +1  -12.3350000 +1                  0.0000
  O              0.91400000 +1   11.3340000 +1  -14.3130010 +1                  0.0000
  O              1.22300000 +1   12.2250000 +1  -11.8260000 +1                  0.0000
  O              4.03300000 +1    1.9070000 +1  -14.3490000 +1                  0.0000
 Ca              6.76000000 +1    7.9780000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Si             -0.77500000 +1    6.9410000 +1  -12.7720000 +1                  0.0000
  O             -1.22400000 +1    5.7070000 +1  -11.8260000 +1                  0.0000
  O             -1.70300000 +1    8.2100000 +1  -12.3350000 +1                  0.0000
  O             -0.91500000 +1    6.5970000 +1  -14.3130010 +1                  0.0000
  O              4.93300000 +1    7.0580000 +1  -14.3490000 +1                  0.0000
  O              2.57400000 +1    0.4500000 +1   -9.3030000 +1                  0.0000
 Si              2.45800000 +1    3.7080000 +1  -10.8800000 +1                  0.0000
  O              2.11300000 +1    3.5690000 +1   -9.3390000 +1                  0.0000
  O              3.72700000 +1    2.7810000 +1  -11.3170000 +1                  0.0000
  O              5.23900000 +1    6.1850000 +1  -11.3170000 +1                  0.0000
 Si             -2.45900000 +1    5.2580000 +1  -10.8800000 +1                  0.0000
  O             -2.11400000 +1    5.3970000 +1   -9.3390000 +1                  0.0000
  O              6.39100000 +1    8.5150000 +1   -9.3030000 +1                  0.0000
 Si              6.94100000 +1    9.7400000 +1   -2.9960000 +1                  0.0000
  O              8.21000000 +1   10.6680000 +1   -3.4330000 +1                  0.0000
  O              6.59700000 +1    9.8800000 +1   -1.4550000 +1                  0.0000
  O              7.05800000 +1    4.0330000 +1   -1.4190000 +1                  0.0000
 Si             10.99000000 +1    8.1910000 +1   -2.9960000 +1                  0.0000
  O              9.72100000 +1    7.2630000 +1   -3.4330000 +1                  0.0000
  O             11.33400000 +1    8.0510000 +1   -1.4550000 +1                  0.0000
  O              1.90700000 +1    4.9330000 +1   -1.4190000 +1                  0.0000
 Si             -3.70800000 +1    2.4580000 +1  -10.8800000 +1                  0.0000
  O             -3.56900000 +1    2.1130000 +1   -9.3390000 +1                  0.0000
  O              8.51500000 +1    2.5740000 +1   -9.3030000 +1                  0.0000
  O             -2.78100000 +1    3.7270000 +1  -11.3170000 +1                  0.0000
  O              0.45000000 +1    6.3910000 +1   -9.3030000 +1                  0.0000
  O              2.78100000 +1    5.2390000 +1  -11.3170000 +1                  0.0000
 Si              3.70800000 +1    6.5070000 +1  -10.8800000 +1                  0.0000
  O              3.56900000 +1    6.8520000 +1   -9.3390000 +1                  0.0000
 Si              8.19100000 +1    6.9410000 +1   -2.9960000 +1                  0.0000
  O              7.26300000 +1    8.2100000 +1   -3.4330000 +1                  0.0000
  O              8.05100000 +1    6.5970000 +1   -1.4550000 +1                  0.0000
  O              4.93300000 +1    7.0580000 +1   -1.4190000 +1                  0.0000
 Si              9.74000000 +1   10.9900000 +1   -2.9960000 +1                  0.0000
  O             10.66800000 +1    9.7210000 +1   -3.4330000 +1                  0.0000
  O              9.88000000 +1   11.3340000 +1   -1.4550000 +1                  0.0000
  O              4.03300000 +1    1.9070000 +1   -1.4190000 +1                  0.0000
  H              4.48300000 +1    4.4830000 +1   -7.8840000 +1                  0.0000
  H              7.41023700 +1    8.4838410 +1   -6.4892010 +1                  0.0000
  H              3.31744100 +1    8.0480510 +1  -14.3454560 +1                  0.0000
  H              2.92723700 +1    4.9641600 +1  -14.3732010 +1                  0.0000
  H             -1.52278000 +1    9.9190650 +1  -14.7429840 +1                  0.0000
  H              0.85474800 +1    6.9005700 +1   -5.6790450 +1                  0.0000
  H              9.41776400 +1    2.8332870 +1   -6.8633780 +1                  0.0000
  H              4.93576400 +1    1.6497140 +1  -14.7473780 +1                  0.0000
  H              5.33674800 +1    6.5484310 +1  -13.5630440 +1                  0.0000
  H              3.34295300 +1   -0.0791760 +1   -9.7147790 +1                  0.0000
  H              4.46435200 +1    6.9213790 +1   -6.7388900 +1                  0.0000
  H              7.82595300 +1    4.5631760 +1   -1.8307780 +1                  0.0000
  H              2.92723700 +1    4.9641600 +1   -1.3948000 +1                  0.0000
  H              9.41776400 +1    2.8332870 +1   -8.9046220 +1                  0.0000
  H              0.85474800 +1    6.9005700 +1  -10.0889560 +1                  0.0000
  H              6.33405600 +1    2.0788560 +1   -6.5815090 +1                  0.0000
  H              4.93576400 +1    1.6497150 +1   -1.0206220 +1                  0.0000
  H              1.85115700 +1   11.3679180 +1  -14.4649450 +1                  0.0000
  H              2.00256100 +1   -0.1690430 +1   -7.0379410 +1                  0.0000
  H             -0.01985200 +1    6.5276890 +1  -14.6234930 +1                  0.0000
  H              6.48556000 +1    3.6313280 +1  -13.6064560 +1                  0.0000
  H             -1.16453900 +1    5.3998740 +1   -9.3071370 +1                  0.0000
  H              7.44322000 +1    9.9190650 +1   -1.0250170 +1                  0.0000
  H             12.28344100 +1    8.0480510 +1   -1.4225440 +1                  0.0000
  H             -2.63194300 +1    2.0788560 +1   -9.1864910 +1                  0.0000
  H              4.46435200 +1    6.9213790 +1   -9.0291100 +1                  0.0000
  H              6.06985300 +1    8.3939930 +1  -10.2635320 +1                  0.0000
  H              2.95894900 +1    3.5301650 +1   -8.9084630 +1                  0.0000
  H              4.35685800 +1    6.4255090 +1   -0.8636480 +1                  0.0000
 Tv              8.96600000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1 
 Tv              0.00000000 +1    8.9660000 +1    0.0000000 +1 
 Tv              0.00000000 +1    0.0000000 +1  -15.7680000 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
 MERS=(1,1,1) GNORM=5
      Apophyllite

  H        -3.16662289 +1   -0.8151916 +1   -0.7673968 +1                      0.0000
 Na         5.26255300 +1    3.9933043 +1   -2.5577422 +1                      0.0000
 Ca         7.84969108 +1    7.2208354 +1   -7.9980057 +1                      0.0000
 Si         6.45677729 +1    5.5214714 +1   -5.3316500 +1                      0.0000
  O         7.51581060 +1    6.2091373 +1   -4.2590557 +1                      0.0000
  O         5.04180346 +1    6.2669135 +1   -4.9643121 +1                      0.0000
  O         6.91133726 +1    5.6147300 +1   -6.8304310 +1                      0.0000
  O         6.58967665 +1    8.9623449 +1   -6.8131828 +1                      0.0000
  O         2.23955204 +1    0.1480645 +1   -6.3788669 +1                      0.0000
 Si         2.33341500 +1    3.6195466 +1   -5.1165304 +1                      0.0000
  O         1.22656870 +1    2.8171486 +1   -4.2214127 +1                      0.0000
  O         1.86216694 +1    3.7111543 +1   -6.6516866 +1                      0.0000
 Ca         3.16463662 +1    1.9929358 +1   -7.5290220 +1                      0.0000
  O         3.75224385 +1    2.7394143 +1   -5.0499212 +1                      0.0000
 Ca         0.36422728 +1    7.2077497 +1   -0.3146796 +1                      0.0000
 Si         1.97325513 +1    7.9774548 +1  -12.7305783 +1                      0.0000
  O         0.46135343 +1    7.2422954 +1  -12.9181361 +1                      0.0000
  O         2.70424323 +1    8.0791505 +1  -14.0945096 +1                      0.0000
  O         1.06504008 +1    4.5157400 +1  -13.8917695 +1                      0.0000
 Na        -0.01940638 +1   -1.9696231 +1   -9.9039709 +1                      0.0000
  O         2.87289611 +1    7.0870760 +1  -11.7116985 +1                      0.0000
 Ca         8.06010687 +1    2.1824197 +1   -0.8046087 +1                      0.0000
 Si        -1.76900343 +1   10.3673135 +1  -12.7314528 +1                      0.0000
  O        -2.87137728 +1   11.1222128 +1  -11.7832525 +1                      0.0000
  O        -0.32205273 +1   11.0378965 +1  -12.3671648 +1                      0.0000
  O        -2.11048940 +1   10.5736719 +1  -14.2885999 +1                      0.0000
  O         8.05061782 +1    3.6764498 +1  -14.0750843 +1                      0.0000
 Ca         1.87237779 +1    5.7726704 +1   -7.5943554 +1                      0.0000
  O         0.40213846 +1    7.5085801 +1   -7.3252108 +1                      0.0000
 Si         3.41240906 +1    6.5951534 +1   -4.9252473 +1                      0.0000
  O         2.97231998 +1    7.6503193 +1   -3.7164903 +1                      0.0000
  O         2.69400410 +1    5.1263351 +1   -4.5843259 +1                      0.0000
  O         2.97173365 +1    7.1878967 +1   -6.2734584 +1                      0.0000
 Si         5.33439786 +1    2.4886996 +1   -5.4669053 +1                      0.0000
  O         5.95853997 +1    1.2091846 +1   -4.6394923 +1                      0.0000
  O         5.34130140 +1    2.1687881 +1   -7.0285013 +1                      0.0000
  O         8.81673282 +1    2.6271689 +1   -7.4419987 +1                      0.0000
 Ca         6.69459801 +1    3.6489997 +1   -8.0274389 +1                      0.0000
  O         6.19760389 +1    3.8647087 +1   -5.1623742 +1                      0.0000
 Ca         1.93924540 +1    0.6937285 +1   -0.5155971 +1                      0.0000
 Si         1.30546699 +1   10.9878582 +1  -12.6700271 +1                      0.0000
  O         1.78747554 +1    9.4988513 +1  -12.1042411 +1                      0.0000
  O         1.50089558 +1   11.1710544 +1  -14.2132859 +1                      0.0000
  O         2.09063704 +1   12.1902913 +1  -11.8628803 +1                      0.0000
  O         4.71742361 +1    1.7065384 +1  -14.9796282 +1                      0.0000
 Ca         6.41598277 +1    5.7087488 +1   -0.9876383 +1                      0.0000
 Si        -1.22221200 +1    7.2052619 +1  -12.8530525 +1                      0.0000
  O        -1.80338149 +1    6.2426086 +1  -11.6424539 +1                      0.0000
  O        -1.72422772 +1    8.7429680 +1  -12.4655426 +1                      0.0000
  O        -1.72968529 +1    6.8141295 +1  -14.2249217 +1                      0.0000
  O         4.98816056 +1    8.2158826 +1  -14.9531878 +1                      0.0000
  O         3.15011111 +1   -0.0464942 +1   -8.7418935 +1                      0.0000
 Si         2.79990943 +1    2.9826264 +1  -10.6947843 +1                      0.0000
  O         2.14131606 +1    2.7472909 +1   -9.3117777 +1                      0.0000
  O         4.30253729 +1    2.3523942 +1  -10.8026161 +1                      0.0000
  O         5.22218425 +1    6.0681166 +1  -10.7579735 +1                      0.0000
 Si        -2.83708605 +1    5.4952985 +1  -10.5899545 +1                      0.0000
  O        -2.18455234 +1    5.5561482 +1   -9.1396457 +1                      0.0000
  O         7.17173956 +1    9.1340544 +1   -9.2283490 +1                      0.0000
 Si         7.26938014 +1   10.4680853 +1   -3.4369090 +1                      0.0000
  O         8.72795861 +1   11.1381469 +1   -3.7710903 +1                      0.0000
  O         6.76113356 +1   10.8158214 +1   -1.9835702 +1                      0.0000
  O         7.60883154 +1    4.0765809 +1   -1.8935430 +1                      0.0000
 Si        11.20521723 +1    8.3529636 +1   -3.2111201 +1                      0.0000
  O         9.78502551 +1    7.6131839 +1   -3.6480669 +1                      0.0000
  O        11.36248570 +1    8.3637570 +1   -1.6628324 +1                      0.0000
  O         2.26628446 +1    5.7384847 +1    0.0872135 +1                      0.0000
 Si        -3.60642480 +1    2.3997818 +1  -10.6378490 +1                      0.0000
  O        -3.14581507 +1    1.9463520 +1   -9.2264373 +1                      0.0000
  O         9.09692900 +1    2.8736965 +1   -8.8097561 +1                      0.0000
  O        -2.97307403 +1    3.8969563 +1  -11.0059734 +1                      0.0000
  O         0.44099259 +1    5.1555031 +1   -9.4414596 +1                      0.0000
  O         2.91161668 +1    4.6091176 +1  -10.9897850 +1                      0.0000
 Si         3.55952437 +1    6.0868920 +1  -10.5932800 +1                      0.0000
  O         3.17788155 +1    6.5015150 +1   -9.1966854 +1                      0.0000
 Si         8.19265536 +1    7.3827986 +1   -3.2992147 +1                      0.0000
  O         7.38758255 +1    8.8146757 +1   -3.5406705 +1                      0.0000
  O         8.10419575 +1    6.9797375 +1   -1.7658302 +1                      0.0000
  O         4.33082864 +1    6.3544250 +1   -1.2612154 +1                      0.0000
 Si        10.32786243 +1   11.3629355 +1   -3.3903362 +1                      0.0000
  O        11.13577053 +1    9.9370634 +1   -3.7371949 +1                      0.0000
  O        10.37667988 +1   11.6860165 +1   -1.8647605 +1                      0.0000
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  H         6.43511402 +1    8.8892625 +1   -5.8413729 +1                      0.0000
  H         4.61994353 +1    7.3815935 +1  -15.4229688 +1                      0.0000
  H         1.47666453 +1    4.5405655 +1  -12.9913220 +1                      0.0000
  H        -2.31489126 +1    9.1684112 +1  -15.0651254 +1                      0.0000
  H         0.63949501 +1    8.0486919 +1   -6.5645742 +1                      0.0000
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