Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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37 Apatite (Ca5(PO4)3F)

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                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     4.50   4.54   7.37  90.02  90.03  58.06    127.7   3.279
                                       PM6:     9.20   9.23   6.93  90.41  89.32  60.22    510.4   3.282
                 X-Ray                               PM6
 
  X-Ray data set:
 MERS=(2,2,2) 1SCF GRADIENTS
 Apatite

 Ca              0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
 Ca             -5.25014800 +1    1.2989960 +1   -0.0120000 +1                  0.0000
 Ca              0.00812700 +1    0.0593380 +1    3.4337980 +1                  0.0000
 Ca             -5.24205000 +1    1.3582860 +1    3.4437980 +1                  0.0000
 Ca             -3.24074700 +1   -1.6120270 +1   -1.7295670 +1                  0.0000
 Ca             -1.50695000 +1   -3.1320980 +1    1.7143600 +1                  0.0000
 Ca              0.22864600 +1    3.6179140 +1   -1.7418680 +1                  0.0000
 Ca              3.52013000 +1    0.3358550 +1    1.6758740 +1                  0.0000
 Ca              3.01870800 +1   -2.0013430 +1   -1.7670520 +1                  0.0000
 Ca             -1.99524000 +1    2.9749620 +1    1.6973730 +1                  0.0000
  F              5.24767800 +1   -1.3001310 +1   -1.7719980 +1                  0.0000
  F              5.24222600 +1   -1.2443490 +1    1.6718010 +1                  0.0000
  O             -1.61446000 +1   -0.5054430 +1    1.7187130 +1                  0.0000
  O              0.36595000 +1    1.6482360 +1    1.7252030 +1                  0.0000
  O              1.24054700 +1   -1.1510120 +1    1.7220720 +1                  0.0000
  O             -3.63186000 +1    1.8055530 +1   -1.7247050 +1                  0.0000
  O              3.38404300 +1    2.2518630 +1   -1.7511990 +1                  0.0000
  O              0.25919700 +1   -4.0448330 +1   -1.7400720 +1                  0.0000
  O             -3.53372100 +1    1.1387970 +1    1.7183890 +1                  0.0000
  O              2.75173200 +1    2.4858660 +1    1.6922110 +1                  0.0000
  O              0.77747600 +1   -3.6285990 +1    1.7053990 +1                  0.0000
  O             -1.71370800 +1    0.1651570 +1   -1.7243770 +1                  0.0000
  O              0.99937200 +1    1.4103880 +1   -1.7182120 +1                  0.0000
  O              0.72115900 +1   -1.5634030 +1   -1.7233940 +1                  0.0000
  O             -3.76955200 +1   -0.9637150 +1    0.4946610 +1                  0.0000
  O              1.04958900 +1    3.7440590 +1    0.4836030 +1                  0.0000
  O              2.71964800 +1   -2.7803850 +1    0.4575360 +1                  0.0000
  O             -1.48172000 +1    2.2665590 +1   -0.5006570 +1                  0.0000
  O             -1.21796300 +1   -2.4117900 +1   -0.5077310 +1                  0.0000
  O             -3.75988600 +1   -0.9027950 +1    2.9304620 +1                  0.0000
  O              1.04428200 +1    3.7999840 +1    2.8978740 +1                  0.0000
  O             -1.47796600 +1    2.2704600 +1   -2.9406510 +1                  0.0000
  O             -1.21420900 +1   -2.4078880 +1   -2.9477250 +1                  0.0000
  O              2.72626700 +1   -2.7192990 +1    2.9375350 +1                  0.0000
  O              2.70350500 +1    0.1512100 +1   -0.5460820 +1                  0.0000
  O              2.69797400 +1    0.1519440 +1   -2.9860760 +1                  0.0000
  P             -2.11550600 +1    1.6437220 +1   -1.7226310 +1                  0.0000
  P             -0.35500100 +1   -2.6525630 +1   -1.7267910 +1                  0.0000
  P             -3.11739900 +1   -0.2787970 +1    1.7164440 +1                  0.0000
  P              1.26215000 +1    2.9353860 +1    1.6812770 +1                  0.0000
  P              1.86816100 +1   -2.4784740 +1    1.7205970 +1                  0.0000
  P              2.47917300 +1    1.0199760 +1   -1.7654760 +1                  0.0000
 Ca             -0.00282400 +1   -0.0538090 +1   -6.8837890 +1                  0.0000
 Ca             -5.25297200 +1    1.2451870 +1   -6.8957890 +1                  0.0000
 Ca              0.00530300 +1    0.0055290 +1   -3.4499910 +1                  0.0000
 Ca             -5.24487400 +1    1.3044770 +1   -3.4399910 +1                  0.0000
 Ca             -3.24357100 +1   -1.6658360 +1   -8.6133560 +1                  0.0000
 Ca             -1.50977400 +1   -3.1859070 +1   -5.1694290 +1                  0.0000
 Ca              0.22582200 +1    3.5641050 +1   -8.6256570 +1                  0.0000
 Ca              3.51730600 +1    0.2820460 +1   -5.2079150 +1                  0.0000
 Ca              3.01588400 +1   -2.0551520 +1   -8.6508410 +1                  0.0000
 Ca             -1.99806400 +1    2.9211530 +1   -5.1864160 +1                  0.0000
  F              5.24485400 +1   -1.3539400 +1   -8.6557870 +1                  0.0000
  F              5.23940200 +1   -1.2981580 +1   -5.2119880 +1                  0.0000
  O             -1.61728400 +1   -0.5592520 +1   -5.1650760 +1                  0.0000
  O              0.36312600 +1    1.5944270 +1   -5.1585860 +1                  0.0000
  O              1.23772300 +1   -1.2048210 +1   -5.1617170 +1                  0.0000
  O             -3.63468400 +1    1.7517440 +1   -8.6084940 +1                  0.0000
  O              3.38121900 +1    2.1980540 +1   -8.6349880 +1                  0.0000
  O              0.25637300 +1   -4.0986420 +1   -8.6238610 +1                  0.0000
  O             -3.53654500 +1    1.0849880 +1   -5.1654000 +1                  0.0000
  O              2.74890800 +1    2.4320570 +1   -5.1915780 +1                  0.0000
  O              0.77465200 +1   -3.6824080 +1   -5.1783900 +1                  0.0000
  O             -1.71653200 +1    0.1113480 +1   -8.6081660 +1                  0.0000
  O              0.99654800 +1    1.3565790 +1   -8.6020010 +1                  0.0000
  O              0.71833500 +1   -1.6172120 +1   -8.6071830 +1                  0.0000
  O             -3.77237600 +1   -1.0175240 +1   -6.3891280 +1                  0.0000
  O              1.04676500 +1    3.6902500 +1   -6.4001860 +1                  0.0000
  O              2.71682400 +1   -2.8341940 +1   -6.4262530 +1                  0.0000
  O             -1.48454400 +1    2.2127500 +1   -7.3844460 +1                  0.0000
  O             -1.22078700 +1   -2.4655990 +1   -7.3915200 +1                  0.0000
  O             -3.76271000 +1   -0.9566040 +1   -3.9533270 +1                  0.0000
  O              1.04145800 +1    3.7461750 +1   -3.9859150 +1                  0.0000
  O             -1.48079000 +1    2.2166510 +1   -9.8244400 +1                  0.0000
  O             -1.21703300 +1   -2.4616970 +1   -9.8315140 +1                  0.0000
  O              2.72344300 +1   -2.7731080 +1   -3.9462540 +1                  0.0000
  O              2.70068100 +1    0.0974010 +1   -7.4298710 +1                  0.0000
  O              2.69515000 +1    0.0981350 +1   -9.8698650 +1                  0.0000
  P             -2.11833000 +1    1.5899130 +1   -8.6064200 +1                  0.0000
  P             -0.35782500 +1   -2.7063720 +1   -8.6105800 +1                  0.0000
  P             -3.12022300 +1   -0.3326060 +1   -5.1673450 +1                  0.0000
  P              1.25932600 +1    2.8815770 +1   -5.2025120 +1                  0.0000
  P              1.86533700 +1   -2.5322830 +1   -5.1631920 +1                  0.0000
  P              2.47634900 +1    0.9661670 +1   -8.6492650 +1                  0.0000
 Tv              9.00126500 +1    2.5972550 +1   -0.0200010 +1 
 Tv              6.74990700 +1   -6.4948450 +1   -0.0120000 +1 
 Tv             -0.00564800 +1   -0.1076180 +1  -13.7675780 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
 MERS=(1,1,2) GRADIENTS GNORM=5
 Apatite

 Ca         0.09657818 +1   -0.1493619 +1   -0.0334363 +1                      0.0000
 Ca        -5.16249629 +1    1.3106236 +1    0.0527765 +1                      0.0000
 Ca        -0.12184572 +1   -0.0605356 +1    3.4045161 +1                      0.0000
 Ca        -4.92446544 +1    1.2579660 +1    3.5455080 +1                      0.0000
 Ca        -3.22836347 +1   -1.6284472 +1   -1.6823064 +1                      0.0000
 Ca        -1.47446444 +1   -3.2009326 +1    1.6876740 +1                      0.0000
 Ca         0.25802281 +1    3.5166313 +1   -1.8976863 +1                      0.0000
 Ca         3.44817233 +1    0.3782045 +1    1.7582007 +1                      0.0000
 Ca         3.06074056 +1   -1.9916192 +1   -1.6619276 +1                      0.0000
 Ca        -1.86370185 +1    2.9242263 +1    1.7421366 +1                      0.0000
  F         5.30564757 +1   -1.2555191 +1   -1.6900106 +1                      0.0000
  F         5.08337702 +1   -1.0886140 +1    1.4948603 +1                      0.0000
  O        -1.58676950 +1   -0.7832258 +1    1.6834229 +1                      0.0000
  O         0.14383059 +1    1.5583528 +1    1.5026995 +1                      0.0000
  O         1.50090699 +1   -1.0555605 +1    1.8520239 +1                      0.0000
  O        -3.59038848 +1    2.0005361 +1   -1.7266213 +1                      0.0000
  O         3.49737368 +1    2.2005859 +1   -1.6992300 +1                      0.0000
  O         0.08144978 +1   -4.0903926 +1   -1.7604481 +1                      0.0000
  O        -3.40004295 +1    1.1966591 +1    1.6606886 +1                      0.0000
  O         2.50203081 +1    2.4567874 +1    2.1232987 +1                      0.0000
  O         0.79035974 +1   -3.6102837 +1    1.8938630 +1                      0.0000
  O        -1.70513649 +1    0.1483048 +1   -1.5245819 +1                      0.0000
  O         1.04961491 +1    1.3342071 +1   -2.0276288 +1                      0.0000
  O         0.78569836 +1   -1.5444824 +1   -1.8290729 +1                      0.0000
  O        -3.94326811 +1   -0.9130899 +1    0.5033411 +1                      0.0000
  O         1.32898266 +1    3.6646163 +1    0.3076357 +1                      0.0000
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  O        -1.34794203 +1    2.4895544 +1   -0.5827998 +1                      0.0000
  O        -1.17062097 +1   -2.2210543 +1   -0.4567019 +1                      0.0000
  O        -3.82371609 +1   -0.8004321 +1    3.0219743 +1                      0.0000
  O         0.25981094 +1    3.7800201 +1    2.5740316 +1                      0.0000
  O        -1.33094993 +1    2.0267768 +1   -3.0666690 +1                      0.0000
  O        -1.29270988 +1   -2.1811571 +1   -2.9903762 +1                      0.0000
  O         2.87173217 +1   -2.9251920 +1    3.0541199 +1                      0.0000
  O         2.43075872 +1    0.1152467 +1   -0.3932700 +1                      0.0000
  O         3.14654913 +1   -0.0053143 +1   -2.8020944 +1                      0.0000
  P        -2.05417814 +1    1.6734183 +1   -1.7064977 +1                      0.0000
  P        -0.39110072 +1   -2.6032733 +1   -1.7734056 +1                      0.0000
  P        -3.09135215 +1   -0.3556866 +1    1.6945673 +1                      0.0000
  P         1.07554284 +1    2.8197135 +1    1.6171024 +1                      0.0000
  P         1.96465131 +1   -2.5507715 +1    1.8240164 +1                      0.0000
  P         2.54174199 +1    0.9605785 +1   -1.7255062 +1                      0.0000
 Ca        -0.02649748 +1   -0.0764356 +1   -6.9412438 +1                      0.0000
 Ca        -5.31851226 +1    1.3608693 +1   -6.8728138 +1                      0.0000
 Ca        -0.18998591 +1   -0.0231204 +1   -3.4926884 +1                      0.0000
 Ca        -5.07946301 +1    1.2463244 +1   -3.4028615 +1                      0.0000
 Ca        -3.32070017 +1   -1.7327886 +1   -8.6421292 +1                      0.0000
 Ca        -1.56719738 +1   -3.1774544 +1   -5.2192000 +1                      0.0000
 Ca         0.17917833 +1    3.4622744 +1   -8.8267178 +1                      0.0000
 Ca         3.38924778 +1    0.2895754 +1   -5.1467199 +1                      0.0000
 Ca         2.96862678 +1   -1.9656383 +1   -8.5886582 +1                      0.0000
 Ca        -2.01010521 +1    2.8054456 +1   -5.2479161 +1                      0.0000
  F         5.22986869 +1   -1.4716245 +1   -8.4040023 +1                      0.0000
  F         5.08803482 +1   -1.3355368 +1   -5.1589574 +1                      0.0000
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  O         1.41725664 +1   -1.0153547 +1   -5.0826306 +1                      0.0000
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  O         3.48650176 +1    2.2754896 +1   -8.5677926 +1                      0.0000
  O         0.00147911 +1   -4.0955804 +1   -8.7338475 +1                      0.0000
  O        -3.50161209 +1    1.0295758 +1   -5.4500805 +1                      0.0000
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  O        -1.77916286 +1   -0.0209679 +1   -8.5904920 +1                      0.0000
  O         1.12538655 +1    1.3836040 +1   -9.1728749 +1                      0.0000
  O         0.71361228 +1   -1.5434753 +1   -8.8013095 +1                      0.0000
  O        -3.80996079 +1   -1.3872548 +1   -6.3026523 +1                      0.0000
  O         1.15163288 +1    3.7528103 +1   -6.6253267 +1                      0.0000
  O         2.71208661 +1   -2.8422082 +1   -6.4054692 +1                      0.0000
  O        -1.22794336 +1    2.0473368 +1   -7.3847466 +1                      0.0000
  O        -1.20868648 +1   -2.2043334 +1   -7.3915912 +1                      0.0000
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