Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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16 9-(2-Hydroxyethyl)adenine_(FABFUJ)

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                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:     7.34   8.27  13.57  90.00  90.00  90.00    823.6   1.445
                                       PM6:     7.18   8.34  13.96  90.18  89.95  89.44    835.5   1.424
                 X-Ray                               PM6
 
  X-Ray data set:
 MERS=(1,1,1) 1SCF
 9-(2-Hydroxyethyl)adenine (FABFUJ)

  O              0.00000000 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
  C             -3.88200000 +1   -4.4540000 +1   -2.7530000 +1                  0.0000
  N             -5.00400000 +1   -3.7200000 +1   -2.7090000 +1                  0.0000
  C             -4.66500000 +1   -2.4160000 +1   -2.8780000 +1                  0.0000
  C             -3.38300000 +1   -1.9000000 +1   -3.0830000 +1                  0.0000
  C             -2.32600000 +1   -2.7900000 +1   -3.0900000 +1                  0.0000
  N             -1.04600000 +1   -2.4760000 +1   -3.2590000 +1                  0.0000
  N             -3.45100000 +1   -0.4920000 +1   -3.1640010 +1                  0.0000
  C             -4.74800000 +1   -0.2210000 +1   -3.0540000 +1                  0.0000
  N             -5.53100000 +1   -1.3350000 +1   -2.8500000 +1                  0.0000
  C             -6.97300000 +1   -1.3770000 +1   -2.6430000 +1                  0.0000
  C             -7.69300000 +1   -1.6010000 +1   -3.9350000 +1                  0.0000
  O             -9.07500000 +1   -1.7620000 +1   -3.6700000 +1                  0.0000
  H             -0.97000000 +1   -1.7080000 +1   -3.2740000 +1                  0.0000
  H             -0.38600000 +1   -3.1140000 +1   -3.1270000 +1                  0.0000
  H             -5.27000000 +1    0.6990000 +1   -3.2740000 +1                  0.0000
  H             -7.29917000 +1   -0.4302210 +1   -2.2125080 +1                  0.0000
  H             -7.54394400 +1   -0.7427170 +1   -4.5901580 +1                  0.0000
  H             -9.35300000 +1   -0.5500000 +1   -3.4940000 +1                  0.0000
  N             -2.62900000 +1   -4.1170000 +1   -2.9290010 +1                  0.0000
  N              4.15400000 +1   -1.7800000 +1    0.0510000 +1                  0.0000
  C              2.90100000 +1   -1.4430000 +1   -0.1250000 +1                  0.0000
  N              1.77900000 +1   -2.1770000 +1   -0.1690000 +1                  0.0000
  C              2.11800000 +1   -3.4810000 +1    0.0000000 +1                  0.0000
  C              3.40000100 +1   -3.9980000 +1    0.2050000 +1                  0.0000
  C              4.45700000 +1   -3.1080000 +1    0.2130000 +1                  0.0000
  N              5.73700000 +1   -3.4210000 +1    0.3810000 +1                  0.0000
  N              3.33200000 +1   -5.4050000 +1    0.2860000 +1                  0.0000
  C              2.03500000 +1   -5.6770000 +1    0.1760000 +1                  0.0000
  N              1.25200000 +1   -4.5620000 +1   -0.0280000 +1                  0.0000
  C             -0.19000000 +1   -4.5200000 +1   -0.2350000 +1                  0.0000
  C             -0.91000000 +1   -4.2970000 +1    1.0570000 +1                  0.0000
  O             -2.29200000 +1   -4.1360000 +1    0.7920000 +1                  0.0000
  H              5.81300000 +1   -4.1890000 +1    0.3960000 +1                  0.0000
  H              6.39700000 +1   -2.7830000 +1    0.2490000 +1                  0.0000
  H              1.51300000 +1   -6.5960000 +1    0.3960000 +1                  0.0000
  H             -0.51606100 +1   -5.4665110 +1   -0.6661630 +1                  0.0000
  H             -0.76087100 +1   -5.1557120 +1    1.7115800 +1                  0.0000
  H             -2.57000000 +1   -5.3470000 +1    0.6160000 +1                  0.0000
  N              0.33700000 +1    0.0180000 +1   -3.6190000 +1                  0.0000
  C              1.59000000 +1   -0.3190000 +1   -3.7950000 +1                  0.0000
  N              2.71200000 +1    0.4150000 +1   -3.8390000 +1                  0.0000
  C              2.37300000 +1    1.7190000 +1   -3.6700000 +1                  0.0000
  C              1.09100100 +1    2.2360000 +1   -3.4650000 +1                  0.0000
  C              0.03400000 +1    1.3460000 +1   -3.4580000 +1                  0.0000
  N             -1.24600000 +1    1.6590000 +1   -3.2890010 +1                  0.0000
  N              1.15900000 +1    3.6430000 +1   -3.3840000 +1                  0.0000
  C              2.45600000 +1    3.9150000 +1   -3.4940000 +1                  0.0000
  N              3.23900000 +1    2.8000000 +1   -3.6980000 +1                  0.0000
  C              4.68100000 +1    2.7580000 +1   -3.9050000 +1                  0.0000
  C              5.40100000 +1    2.5350000 +1   -2.6130000 +1                  0.0000
  O              6.78300000 +1    2.3740000 +1   -2.8780000 +1                  0.0000
  H             -1.32200000 +1    2.4270000 +1   -3.2740000 +1                  0.0000
  H             -1.90600000 +1    1.0210000 +1   -3.4210000 +1                  0.0000
  H              2.97800000 +1    4.8340000 +1   -3.2740000 +1                  0.0000
  H              5.00706100 +1    3.7045100 +1   -4.3361640 +1                  0.0000
  H              5.25187200 +1    3.3937120 +1   -1.9584200 +1                  0.0000
  H              7.06100000 +1    3.5850000 +1   -3.0540000 +1                  0.0000
  N             -6.44600000 +1    2.3550000 +1    0.7410000 +1                  0.0000
  C             -5.19300000 +1    2.6920000 +1    0.9170000 +1                  0.0000
  N             -4.07100000 +1    1.9580000 +1    0.9610000 +1                  0.0000
  C             -4.41000000 +1    0.6540000 +1    0.7920000 +1                  0.0000
  C             -5.69200000 +1    0.1380000 +1    0.5870000 +1                  0.0000
  C             -6.74900000 +1    1.0280000 +1    0.5800000 +1                  0.0000
  N             -8.02900000 +1    0.7140000 +1    0.4110000 +1                  0.0000
  N             -5.62400000 +1   -1.2700000 +1    0.5060000 +1                  0.0000
  C             -4.32700000 +1   -1.5410000 +1    0.6160000 +1                  0.0000
  N             -3.54400000 +1   -0.4270000 +1    0.8200000 +1                  0.0000
  C             -2.10200000 +1   -0.3850000 +1    1.0270000 +1                  0.0000
  C             -1.38200000 +1   -0.1610000 +1   -0.2650000 +1                  0.0000
  H             -8.10500000 +1   -0.0540000 +1    0.3960000 +1                  0.0000
  H             -8.68900000 +1    1.3520000 +1    0.5430000 +1                  0.0000
  H             -3.80500000 +1   -2.4610000 +1    0.3960000 +1                  0.0000
  H             -1.77583000 +1   -1.3317790 +1    1.4574920 +1                  0.0000
  H             -1.53105500 +1   -1.0192830 +1   -0.9201580 +1                  0.0000
  H              0.27800000 +1   -1.2120000 +1    0.1760000 +1                  0.0000
  H             -5.03274600 +1    3.7616570 +1    1.0520990 +1                  0.0000
  H             -7.21118300 +1   -2.1894820 +1   -1.9565300 +1                  0.0000
  H             -7.30643100 +1   -2.4983540 +1   -4.4181360 +1                  0.0000
  H             -0.42824600 +1   -3.7070620 +1   -0.9209090 +1                  0.0000
  H             -0.52357400 +1   -3.3999270 +1    1.5407710 +1                  0.0000
  H              4.91924600 +1    1.9450620 +1   -4.5909080 +1                  0.0000
  H              5.01457400 +1    1.6379270 +1   -2.1292290 +1                  0.0000
  H             -1.86381700 +1    0.4274820 +1    1.7134700 +1                  0.0000
  H             -1.76856900 +1    0.7363540 +1   -0.7481360 +1                  0.0000
  H             -4.04225300 +1   -5.5236570 +1   -2.6179000 +1                  0.0000
  H              2.74074600 +1   -0.3733430 +1   -0.2600990 +1                  0.0000
  H              1.75025300 +1   -1.3886570 +1   -3.9300990 +1                  0.0000
 Tv              0.00000000 +1    0.0000000 +1   -7.3400000 +1 
 Tv              0.00000000 +1    8.2710000 +1    0.0000000 +1 
 Tv             13.56600100 +1    0.0000000 +1    0.0000000 +1 
 
  Optimized PM6 data set:
 MERS=(1,1,1) GNORM=5
 9-(2-Hydroxyethyl)adenine (FABFUJ)

  O        -0.03443158 +1    0.2195153 +1   -0.2260433 +1                      0.0000
  C        -4.00342909 +1   -4.4612827 +1   -2.4757318 +1                      0.0000
  N        -5.12090737 +1   -3.6932544 +1   -2.5454753 +1                      0.0000
  C        -4.85758565 +1   -2.3583878 +1   -2.7789867 +1                      0.0000
  C        -3.53495698 +1   -1.8109250 +1   -2.9449463 +1                      0.0000
  C        -2.43166282 +1   -2.7245358 +1   -2.8825947 +1                      0.0000
  N        -1.13470531 +1   -2.3483914 +1   -3.0345269 +1                      0.0000
  N        -3.61664490 +1   -0.4229976 +1   -3.1496611 +1                      0.0000
  C        -4.92595760 +1   -0.1248756 +1   -3.1211879 +1                      0.0000
  N        -5.73318913 +1   -1.2787796 +1   -2.8985540 +1                      0.0000
  C        -7.19723354 +1   -1.3092072 +1   -2.7707997 +1                      0.0000
  C        -7.83315763 +1   -2.0225370 +1   -3.9785334 +1                      0.0000
  O        -9.25315045 +1   -2.0278699 +1   -3.8159369 +1                      0.0000
  H        -0.88675322 +1   -1.3865311 +1   -3.2842038 +1                      0.0000
  H        -0.37516423 +1   -3.0288090 +1   -2.9932107 +1                      0.0000
  H        -5.37644213 +1    0.8606295 +1   -3.2476615 +1                      0.0000
  H        -7.58899961 +1   -0.2605400 +1   -2.6830807 +1                      0.0000
  H        -7.56378315 +1   -1.5440319 +1   -4.9369267 +1                      0.0000
  H        -9.61404584 +1   -1.1082227 +1   -3.9437480 +1                      0.0000
  N        -2.70348144 +1   -4.0627983 +1   -2.6344408 +1                      0.0000
  N         4.26535053 +1   -1.8489198 +1   -0.1788198 +1                      0.0000
  C         2.96007120 +1   -1.4643126 +1   -0.3293171 +1                      0.0000
  N         1.85450387 +1   -2.2486263 +1   -0.2682356 +1                      0.0000
  C         2.13885084 +1   -3.5827707 +1   -0.0537577 +1                      0.0000
  C         3.46744799 +1   -4.1156006 +1    0.1061030 +1                      0.0000
  C         4.55761668 +1   -3.1853531 +1    0.0581981 +1                      0.0000
  N         5.85814661 +1   -3.5391720 +1    0.2187687 +1                      0.0000
  N         3.40271555 +1   -5.5073237 +1    0.2884126 +1                      0.0000
  C         2.09680360 +1   -5.8211234 +1    0.2559959 +1                      0.0000
  N         1.27587156 +1   -4.6735975 +1    0.0513594 +1                      0.0000
  C        -0.18845953 +1   -4.6492597 +1   -0.0806642 +1                      0.0000
  C        -0.82610221 +1   -3.9176691 +1    1.1155938 +1                      0.0000
  O        -2.24720128 +1   -3.9179449 +1    0.9618487 +1                      0.0000
  H         6.12171451 +1   -4.5055747 +1    0.4391844 +1                      0.0000
  H         6.60785420 +1   -2.8492790 +1    0.1744053 +1                      0.0000
  H         1.65736652 +1   -6.8147244 +1    0.3653379 +1                      0.0000
  H        -0.57902728 +1   -5.6994834 +1   -0.1563038 +1                      0.0000
  H        -0.55115676 +1   -4.3797367 +1    2.0819671 +1                      0.0000
  H        -2.60339041 +1   -4.8406273 +1    1.0813450 +1                      0.0000
  N         0.43864723 +1    0.1129462 +1   -3.8769904 +1                      0.0000
  C         1.74206832 +1   -0.2611116 +1   -4.0621909 +1                      0.0000
  N         2.84672689 +1    0.5255582 +1   -3.9969415 +1                      0.0000
  C         2.56434719 +1    1.8523669 +1   -3.7405792 +1                      0.0000
  C         1.23564420 +1    2.3758199 +1   -3.5523096 +1                      0.0000
  C         0.14886985 +1    1.4433967 +1   -3.6027636 +1                      0.0000
  N        -1.14900623 +1    1.7904390 +1   -3.4028623 +1                      0.0000
  N         1.29664030 +1    3.7637152 +1   -3.3340611 +1                      0.0000
  C         2.60074919 +1    4.0824805 +1   -3.3709492 +1                      0.0000
  N         3.42396758 +1    2.9436566 +1   -3.6137994 +1                      0.0000
  C         4.88912258 +1    2.9277209 +1   -3.7340970 +1                      0.0000
  C         5.52177819 +1    2.1899308 +1   -2.5396143 +1                      0.0000
  O         6.94269000 +1    2.1854112 +1   -2.6946329 +1                      0.0000
  H        -1.41316082 +1    2.7544508 +1   -3.1797209 +1                      0.0000
  H        -1.90014005 +1    1.1015171 +1   -3.4562908 +1                      0.0000
  H         3.03669769 +1    5.0741979 +1   -3.2418395 +1                      0.0000
  H         5.27407522 +1    3.9800894 +1   -3.7983059 +1                      0.0000
  H         5.24914359 +1    2.6503040 +1   -1.5718253 +1                      0.0000
  H         7.29770799 +1    3.1089964 +1   -2.5904613 +1                      0.0000
  N        -6.57705566 +1    2.2735403 +1    0.9354101 +1                      0.0000
  C        -5.27943425 +1    2.6672993 +1    1.1238047 +1                      0.0000
  N        -4.16360662 +1    1.8962233 +1    1.0691763 +1                      0.0000
  C        -4.42864579 +1    0.5635162 +1    0.8228646 +1                      0.0000
  C        -5.74905621 +1    0.0193482 +1    0.6339868 +1                      0.0000
  C        -6.84941963 +1    0.9383058 +1    0.6691986 +1                      0.0000
  N        -8.13903123 +1    0.5746464 +1    0.4567012 +1                      0.0000
  N        -5.66775620 +1   -1.3687788 +1    0.4336810 +1                      0.0000
  C        -4.35946885 +1   -1.6703383 +1    0.4806240 +1                      0.0000
  N        -3.55342393 +1   -0.5174585 +1    0.7140928 +1                      0.0000
  C        -2.08967725 +1   -0.4820049 +1    0.8448904 +1                      0.0000
  C        -1.45655975 +1    0.2320582 +1   -0.3638556 +1                      0.0000
  H        -8.38809923 +1   -0.3994898 +1    0.2494785 +1                      0.0000
  H        -8.90163468 +1    1.2492476 +1    0.5127091 +1                      0.0000
  H        -3.90815143 +1   -2.6562741 +1    0.3639955 +1                      0.0000
  H        -1.69446157 +1   -1.5278596 +1    0.9368999 +1                      0.0000
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