Comparison of Structures of Crystalline Solids Predicted using PM6 with X-Ray (Home)

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7 2-(2-(3-Carboxypyridyl))-4-isopropyl-4-methyl-5-oxo-imidazole

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Notes: Original journal reference: "X-Ray Crystallographic and NMR Evidence for a Uniquely Strong
OH...N Hydrogen Bond in the Solid State and Solution", Patrick Camilleri, Craig A. Marby,
Barbara Odell, Henry S. Rzepa, Richard N. Sheppard, James J. P. Stewart, and David J. Williams
J. CHEM. SOC., CHEM. COMMUN., p.1722 1989.

In this system, there is a proton between a nitrogen of the imidazole and an oxygen of the
carboxylate. The N - O distance is unusually short: X-Ray gives 2.465 Angstroms, and PM6
gives 2.456 Angstroms. This system is also interesting in that the close N - O distance cannot
be reproduced when a molecule is calculated in isolation - the imidazole and pyridine
rings twist out of plane.

                      Unit Cell Parameters:       a      b      c   alpha   beta  gamma   Volume  Density
                                     X-Ray:    16.31  10.78   7.17  85.60  90.00  90.00   1255.9   1.382
                                       PM6:    16.08  10.73   7.21  88.49  86.42  85.55   1236.6   1.403

                 X-Ray                               PM6

For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/

Optimized PM6 data set: MERS=(1,1,2) PM6 GNORM=3 2-(2-(3-Carboxypyridyl))-4-isopropyl-4-methyl-5-oxo-imidazole O -0.15114263 +1 0.0569897 +1 0.1354315 +1 0.0000 C -1.89370959 +1 7.0735068 +1 -5.7748057 +1 0.0000 O -1.92954316 +1 8.1464595 +1 -6.3210325 +1 0.0000 C -2.21052112 +1 5.6602766 +1 -6.3742377 +1 0.0000 N -1.87334895 +1 4.7624273 +1 -5.2250801 +1 0.0000 C -1.47696985 +1 5.4594638 +1 -4.1504895 +1 0.0000 C -0.98968100 +1 4.8569153 +1 -2.8828361 +1 0.0000 N -0.67112984 +1 5.8316147 +1 -1.9692942 +1 0.0000 C -0.12576952 +1 5.4727276 +1 -0.7932147 +1 0.0000 C 0.10572054 +1 4.1243824 +1 -0.4595300 +1 0.0000 C -0.26013007 +1 3.1449835 +1 -1.3734104 +1 0.0000 C -0.80957616 +1 3.4861480 +1 -2.6330438 +1 0.0000 C -1.07108834 +1 2.2697215 +1 -3.5339362 +1 0.0000 O -0.58107372 +1 1.1962556 +1 -3.1464665 +1 0.0000 O -1.75412590 +1 2.3498121 +1 -4.6010321 +1 0.0000 C -1.29308051 +1 5.3621096 +1 -7.5947040 +1 0.0000 C 0.18632849 +1 5.4694323 +1 -7.2249700 +1 0.0000 C -1.60908097 +1 3.9976378 +1 -8.2039622 +1 0.0000 C -3.69702013 +1 5.5872230 +1 -6.6664583 +1 0.0000 H -1.36225492 +1 7.5861259 +1 -3.6894418 +1 0.0000 H 0.14320898 +1 6.3011455 +1 -0.1113569 +1 0.0000 H 0.58341682 +1 3.8613542 +1 0.4884652 +1 0.0000 H -0.11031526 +1 2.0767205 +1 -1.1347764 +1 0.0000 H -2.00162787 +1 3.6550225 +1 -5.2265077 +1 0.0000 H -1.52982055 +1 6.1582709 +1 -8.3642929 +1 0.0000 H 0.45885408 +1 6.4722742 +1 -6.8566618 +1 0.0000 H 0.82631295 +1 5.2571045 +1 -8.0894486 +1 0.0000 H 0.48140587 +1 4.7587574 +1 -6.4327321 +1 0.0000 H -2.61774109 +1 3.9730164 +1 -8.6407110 +1 0.0000 H -1.53398111 +1 3.1863644 +1 -7.4689270 +1 0.0000 H -0.91788725 +1 3.7605928 +1 -9.0221009 +1 0.0000 H -3.97655774 +1 6.2487246 +1 -7.5054249 +1 0.0000 H -4.30683380 +1 5.8577709 +1 -5.7784147 +1 0.0000 H -4.01718089 +1 4.5560816 +1 -6.9155306 +1 0.0000 N -1.46258559 +1 6.8396695 +1 -4.4310004 +1 0.0000 N -0.70333139 +1 -1.2702641 +1 -1.7057400 +1 0.0000 C -0.16054073 +1 -1.0206217 +1 -0.3969465 +1 0.0000 C 0.34418620 +1 -2.4092825 +1 0.1241700 +1 0.0000 N -0.01793833 +1 -3.3075286 +1 -1.0195182 +1 0.0000 C -0.57159093 +1 -2.6294096 +1 -2.0343321 +1 0.0000 C -0.99182729 +1 -3.2396474 +1 -3.3206165 +1 0.0000 N -1.28719973 +1 -2.2798446 +1 -4.2556088 +1 0.0000 C -1.66740075 +1 -2.6644590 +1 -5.4890225 +1 0.0000 C -1.76034248 +1 -4.0233304 +1 -5.8481447 +1 0.0000 C -1.47465535 +1 -4.9856103 +1 -4.8892633 +1 0.0000 C -1.07693773 +1 -4.6161222 +1 -3.5830833 +1 0.0000 C -0.82530384 +1 -5.8073844 +1 -2.6517192 +1 0.0000 O -1.41626877 +1 -6.8611954 +1 -2.9577583 +1 0.0000 O -0.04977885 +1 -5.7300639 +1 -1.6567069 +1 0.0000 C -0.38043031 +1 -2.8561297 +1 1.4278045 +1 0.0000 C -1.88873854 +1 -2.6141801 +1 1.3520043 +1 0.0000 C -0.08660262 +1 -4.3275788 +1 1.7301081 +1 0.0000 C 1.85830777 +1 -2.3679151 +1 0.2602358 +1 0.0000 H -0.98782515 +1 -0.5279927 +1 -2.3928237 +1 0.0000 H -1.90373636 +1 -1.8599614 +1 -6.1972999 +1 0.0000 H -2.05192069 +1 -4.3023210 +1 -6.8667014 +1 0.0000 H -1.56176839 +1 -6.0611502 +1 -5.1294927 +1 0.0000 H 0.23142571 +1 -4.3830006 +1 -1.0565947 +1 0.0000 H 0.04808179 +1 -2.2278356 +1 2.2547064 +1 0.0000 H -2.13717418 +1 -1.5502569 +1 1.2877290 +1 0.0000 H -2.38758935 +1 -3.0094184 +1 2.2538380 +1 0.0000 H -2.35413528 +1 -3.1147632 +1 0.4859541 +1 0.0000 H 0.92601787 +1 -4.6227283 +1 1.4236825 +1 0.0000 H -0.78232196 +1 -5.0047359 +1 1.1979537 +1 0.0000 H -0.17730620 +1 -4.5419961 +1 2.8056760 +1 0.0000 H 2.17285952 +1 -1.6489891 +1 1.0238179 +1 0.0000 H 2.35468274 +1 -2.1177135 +1 -0.7031041 +1 0.0000 H 2.27342881 +1 -3.3549258 +1 0.5216595 +1 0.0000 N 3.30814524 +1 -8.8179171 +1 -1.7420528 +1 0.0000 C 3.72934739 +1 -9.0377586 +1 -0.3925614 +1 0.0000 O 3.78342746 +1 -10.1085100 +1 0.1560935 +1 0.0000 C 4.00935107 +1 -7.6152849 +1 0.2041289 +1 0.0000 N 3.66794146 +1 -6.7298502 +1 -0.9538313 +1 0.0000 C 3.29506901 +1 -7.4398142 +1 -2.0283138 +1 0.0000 C 2.80568706 +1 -6.8526762 +1 -3.3021061 +1 0.0000 N 2.51286586 +1 -7.8380857 +1 -4.2126532 +1 0.0000 C 1.95829824 +1 -7.4975467 +1 -5.3896592 +1 0.0000 C 1.68640666 +1 -6.1568375 +1 -5.7244478 +1 0.0000 C 2.03228812 +1 -5.1649485 +1 -4.8163966 +1 0.0000 C 2.59715761 +1 -5.4872693 +1 -3.5585800 +1 0.0000 C 2.84697737 +1 -4.2596389 +1 -2.6697326 +1 0.0000 O 2.35251984 +1 -3.1931944 +1 -3.0712800 +1 0.0000 O 3.52393747 +1 -4.3241156 +1 -1.5977298 +1 0.0000 C 3.07212363 +1 -7.3305568 +1 1.4133862 +1 0.0000 C 1.59983366 +1 -7.4750378 +1 1.0288803 +1 0.0000 C 3.34825226 +1 -5.9529605 +1 2.0133072 +1 0.0000 C 5.49030784 +1 -7.5063039 +1 0.5129337 +1 0.0000 H 3.21148882 +1 -9.5713269 +1 -2.4780171 +1 0.0000 H 1.71401230 +1 -8.3340045 +1 -6.0707952 +1 0.0000 H 1.19473004 +1 -5.9097879 +1 -6.6700837 +1 0.0000 H 1.85595680 +1 -4.1016353 +1 -5.0581804 +1 0.0000 H 3.77406846 +1 -5.6189502 +1 -0.9577652 +1 0.0000 H 3.31955074 +1 -8.1148636 +1 2.1914433 +1 0.0000 H 1.35539103 +1 -8.4852160 +1 0.6609047 +1 0.0000 H 0.94594629 +1 -7.2756497 +1 1.8862281 +1 0.0000 H 1.29499417 +1 -6.7738647 +1 0.2313657 +1 0.0000 H 4.34670791 +1 -5.9028010 +1 2.4700763 +1 0.0000 H 3.27127080 +1 -5.1504858 +1 1.2684216 +1 0.0000 H 2.63472724 +1 -5.7210313 +1 2.8138162 +1 0.0000 H 5.77944006 +1 -8.1630842 +1 1.3519203 +1 0.0000 H 6.11606359 +1 -7.7543045 +1 -0.3702709 +1 0.0000 H 5.77858655 +1 -6.4679478 +1 0.7721305 +1 0.0000 N 2.50712237 +1 -0.7224689 +1 -4.4750305 +1 0.0000 C 1.97105721 +1 -0.9679066 +1 -5.7875678 +1 0.0000 O 1.96938291 +1 -2.0416585 +1 -6.3273187 +1 0.0000 C 1.46166237 +1 0.4211717 +1 -6.3033790 +1 0.0000 N 1.81399879 +1 1.3151216 +1 -5.1532310 +1 0.0000 C 2.36688377 +1 0.6340834 +1 -4.1396984 +1 0.0000 C 2.78315551 +1 1.2403919 +1 -2.8499656 +1 0.0000 N 3.08310822 +1 0.2777038 +1 -1.9190781 +1 0.0000 C 3.46232789 +1 0.6589576 +1 -0.6843381 +1 0.0000 C 3.54568024 +1 2.0167246 +1 -0.3179200 +1 0.0000 C 3.25395932 +1 2.9819470 +1 -1.2718901 +1 0.0000 C 2.86245246 +1 2.6158384 +1 -2.5810452 +1 0.0000 C 2.61501617 +1 3.8102771 +1 -3.5105940 +1 0.0000 O 3.20818199 +1 4.8604177 +1 -3.1997176 +1 0.0000 O 1.84233087 +1 3.7351888 +1 -4.5080672 +1 0.0000 C 2.19058266 +1 0.8767810 +1 -7.6014084 +1 0.0000 C 3.69994348 +1 0.6424008 +1 -7.5187731 +1 0.0000 C 1.89109391 +1 2.3469839 +1 -7.9025501 +1 0.0000 C -0.05131268 +1 0.3699334 +1 -6.4482728 +1 0.0000 H 2.78639484 +1 -1.4686810 +1 -3.7892481 +1 0.0000 H 3.70604969 +1 -0.1475795 +1 0.0192230 +1 0.0000 H 3.83670361 +1 2.2925587 +1 0.7017823 +1 0.0000 H 3.33328051 +1 4.0568320 +1 -1.0258256 +1 0.0000 H 1.56095921 +1 2.3901244 +1 -5.1115297 +1 0.0000 H 1.76977788 +1 0.2491008 +1 -8.4326034 +1 0.0000 H 3.95280194 +1 -0.4204906 +1 -7.4529306 +1 0.0000 H 4.20070938 +1 1.0390484 +1 -8.4190801 +1 0.0000 H 4.16001116 +1 1.1460430 +1 -6.6520717 +1 0.0000 H 0.87431810 +1 2.6368672 +1 -7.6056248 +1 0.0000 H 2.57907035 +1 3.0254517 +1 -7.3614601 +1 0.0000 H 1.99268411 +1 2.5650165 +1 -8.9761429 +1 0.0000 H -0.35574363 +1 -0.3468801 +1 -7.2180814 +1 0.0000 H -0.55107868 +1 0.1097149 +1 -5.4895128 +1 0.0000 H -0.47231141 +1 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