Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
X (HAMTIZ01)
258 X (HAMTIZ01)
(Previous) 5-Nitrouracil monohydrate
(Back) Elements:
N 3
C 9
O 5
H 9
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Theophylline salicylic acid
This is one of the solids used in the blind tests of crystal structure prediction.
See: "Significant progress in predicting the crystal structures of small organic molecules - a report on the fourth blind test", Acta Crys. B 865, 107-125 (2009), and
"Towards crystal structure prediction of complex organic compounds - a report on the fifth blind test", Bardwell, et. al Acta Cryst. (2011). B67, 535-551
The complete set consists of 22 solids.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 12.57 4.85 17.27 90.00 80.84 90.00 1039.97 1.528 14.7 calc'd using PM7
PM7: 11.65 4.85 17.07 89.90 76.94 90.16 941.02 1.688 -72.0 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 12.69 4.85 17.11 90.62 78.64 90.05 1031.93 1.540 -66.1 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 03:27:47 |
Feb 25 2021 @ 07:25:16
ARC file |
Feb 27 2021 @ 19:51:30 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,2,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
X (HAMTIZ01)
N 0.18499618 +1 -0.3850472 +1 0.1711018 +1
C -4.16313058 +1 0.6087978 +1 4.6775752 +1
C -3.24434364 +1 -0.4054158 +1 4.9678214 +1
C -2.97803405 +1 -0.7681553 +1 6.2839939 +1
C -3.63435348 +1 -0.0888375 +1 7.3385578 +1
C -4.57346868 +1 0.9252060 +1 7.0444925 +1
N -3.36787329 +1 -0.4419342 +1 8.6594686 +1
C -3.49934216 +1 0.4508933 +1 9.7351756 +1
O -3.57023226 +1 1.6446969 +1 9.5198719 +1
C -3.50489855 +1 -0.1627244 +1 11.0875793 +1
C -1.99783515 +1 -1.8444388 +1 6.5723677 +1
N -4.33497332 +1 1.0251712 +1 3.3083208 +1
O -3.96977558 +1 0.2768798 +1 2.4121325 +1
O -4.80410332 +1 2.1326820 +1 3.0915623 +1
N -5.89560614 +1 2.2323778 +1 5.4784833 +1
O -5.78870098 +1 3.3158628 +1 6.0329027 +1
O -6.83239969 +1 1.9295420 +1 4.7663923 +1
H -3.13416489 +1 -1.4183875 +1 8.8675804 +1
H -2.71146636 +1 -0.9112460 +1 4.1461094 +1
H -5.10239461 +1 1.4353999 +1 7.8654184 +1
H -3.20522595 +1 -1.2247462 +1 11.1038418 +1
H -4.51919195 +1 -0.1135566 +1 11.5338903 +1
H -2.84482700 +1 0.3904074 +1 11.7794907 +1
H -1.56387593 +1 -2.2834417 +1 5.6578799 +1
H -1.15370720 +1 -1.4823397 +1 7.1809371 +1
H -2.45027103 +1 -2.6713312 +1 7.1477749 +1
C -4.84973213 +1 1.2406752 +1 5.7278247 +1
C 3.20488638 +1 -1.0241001 +1 8.1800678 +1
C 2.52641967 +1 -1.5970788 +1 9.2684434 +1
C 1.63660625 +1 -2.6520679 +1 9.0496307 +1
C 1.37409156 +1 -3.1054382 +1 7.7595281 +1
C 2.00396475 +1 -2.4703296 +1 6.6641362 +1
C 2.92798648 +1 -1.4252996 +1 6.8864554 +1
N 1.72375351 +1 -2.8957774 +1 5.3644054 +1
C 1.74379093 +1 -2.0369669 +1 4.2582788 +1
O 1.75473695 +1 -0.8330910 +1 4.4280766 +1
C 1.70927021 +1 -2.6945921 +1 2.9279488 +1
C 0.41392871 +1 -4.2180418 +1 7.5483221 +1
N 2.66766094 +1 -1.0743967 +1 10.6072304 +1
O 2.34616404 +1 -1.7823492 +1 11.5514945 +1
O 3.06207625 +1 0.0730044 +1 10.7420309 +1
N 4.24554262 +1 -0.0161270 +1 8.3701484 +1
O 4.15054890 +1 1.0241374 +1 7.7377562 +1
O 5.16750644 +1 -0.2694779 +1 9.1213584 +1
H 1.56709943 +1 -3.8947889 +1 5.2036426 +1
H 1.12103525 +1 -3.1158253 +1 9.9038261 +1
H 3.44139968 +1 -0.9570595 +1 6.0313843 +1
H 1.37749415 +1 -3.7473644 +1 2.9551150 +1
H 2.71561967 +1 -2.6913404 +1 2.4628923 +1
H 1.05178953 +1 -2.1468611 +1 2.2294177 +1
H 0.06477869 +1 -4.6691529 +1 8.4918736 +1
H -0.48926029 +1 -3.8826231 +1 7.0124366 +1
H 0.84094175 +1 -5.0326384 +1 6.9386202 +1
C -0.87475911 +1 0.6075871 +1 0.0094455 +1
C -1.49848581 +1 1.2151164 +1 1.1119103 +1
C -2.43145218 +1 2.2321549 +1 0.8978061 +1
C -2.79036151 +1 2.6131375 +1 -0.3945999 +1
C -2.17574658 +1 1.9793374 +1 -1.4963863 +1
C -1.22030138 +1 0.9622558 +1 -1.2819429 +1
N -2.48679754 +1 2.3801503 +1 -2.8016804 +1
C -2.48031119 +1 1.4961898 +1 -3.8879714 +1
O -2.52090162 +1 0.2978350 +1 -3.6801113 +1
C -2.45946240 +1 2.1104181 +1 -5.2391452 +1
C -3.82578432 +1 3.6611534 +1 -0.5824558 +1
N -1.25438629 +1 0.7650224 +1 2.4645349 +1
O -1.53367156 +1 1.5131541 +1 3.3923068 +1
O -0.81703397 +1 -0.3618820 +1 2.6313968 +1
O 0.06669306 +1 -1.4446026 +1 -0.4244387 +1
O 1.14693445 +1 -0.1031252 +1 0.8595629 +1
H -2.59154021 +1 3.3895602 +1 -2.9783513 +1
H -2.90600278 +1 2.7308480 +1 1.7564701 +1
H -0.73898099 +1 0.4763408 +1 -2.1448333 +1
H -2.81417230 +1 3.1547799 +1 -5.2696131 +1
H -1.42553980 +1 2.1239141 +1 -5.6433150 +1
H -3.05692274 +1 1.5208821 +1 -5.9571840 +1
H -4.46704266 +1 3.7854970 +1 0.3092560 +1
H -4.50172283 +1 3.4403921 +1 -1.4231775 +1
H -3.37364355 +1 4.6461433 +1 -0.7813754 +1
C 2.69442763 +1 -1.7866442 +1 -2.7461223 +1
C 3.35353060 +1 -1.2278373 +1 -3.8545049 +1
C 4.26050512 +1 -0.1824405 +1 -3.6576865 +1
C 4.56500837 +1 0.2669655 +1 -2.3744661 +1
C 3.94512733 +1 -0.3463649 +1 -1.2626862 +1
C 2.99777612 +1 -1.3749986 +1 -1.4617515 +1
N 4.25291916 +1 0.0805340 +1 0.0327638 +1
C 4.25447942 +1 -0.7883174 +1 1.1307245 +1
O 4.24953945 +1 -1.9899477 +1 0.9377522 +1
C 4.30216586 +1 -0.1576042 +1 2.4734313 +1
C 5.56080007 +1 1.3522361 +1 -2.1879248 +1
N 3.17698281 +1 -1.7573174 +1 -5.1870164 +1
O 3.52434997 +1 -1.0793605 +1 -6.1443946 +1
O 2.72539749 +1 -2.8855820 +1 -5.3057014 +1
N 1.64600974 +1 -2.7953804 +1 -2.8931522 +1
O 1.78563684 +1 -3.8492201 +1 -2.2922717 +1
O 0.67277411 +1 -2.5285116 +1 -3.5703333 +1
H 4.40150308 +1 1.0882453 +1 0.1882423 +1
H 4.75854135 +1 0.2792840 +1 -4.5249048 +1
H 2.48762254 +1 -1.8217838 +1 -0.5937883 +1
H 4.65101956 +1 0.8897206 +1 2.4726655 +1
H 3.29396053 +1 -0.1505502 +1 2.9366239 +1
H 4.94770597 +1 -0.7346345 +1 3.1600750 +1
H 5.99060373 +1 1.7065642 +1 -3.1404822 +1
H 6.41329130 +1 1.0237309 +1 -1.5709808 +1
H 5.13002527 +1 2.2305609 +1 -1.6805347 +1
N 0.18111525 +1 -5.0903539 +1 0.2841171 +1
C -4.20929006 +1 -4.1093409 +1 4.6994493 +1
C -3.25833898 +1 -5.1060071 +1 4.9221234 +1
C -2.94340898 +1 -5.5156447 +1 6.2178530 +1
C -3.61796173 +1 -4.9258844 +1 7.3085264 +1
C -4.59853559 +1 -3.9332365 +1 7.0829749 +1
N -3.33261869 +1 -5.3310534 +1 8.6186017 +1
C -3.35374236 +1 -4.4440389 +1 9.7007654 +1
O -3.34197166 +1 -3.2451099 +1 9.4919419 +1
C -3.35177197 +1 -5.0548297 +1 11.0543473 +1
C -1.89323731 +1 -6.5486393 +1 6.4065297 +1
N -4.41185039 +1 -3.6274304 +1 3.3517103 +1
O -4.10984917 +1 -4.3569191 +1 2.4169795 +1
O -4.84030648 +1 -2.4951418 +1 3.1983519 +1
N -5.95999353 +1 -2.5655320 +1 5.5965096 +1
O -5.88873489 +1 -1.5230001 +1 6.2281130 +1
O -6.87317267 +1 -2.8363799 +1 4.8405954 +1
H -3.21442315 +1 -6.3378739 +1 8.7984630 +1
H -2.73354873 +1 -5.5648348 +1 4.0701923 +1
H -5.12944343 +1 -3.4858227 +1 7.9381524 +1
H -3.03850536 +1 -6.1121639 +1 11.0743280 +1
H -4.36910123 +1 -5.0269784 +1 11.4959250 +1
H -2.70403407 +1 -4.4865018 +1 11.7454856 +1
H -1.13798274 +1 -6.5275925 +1 5.5986334 +1
H -1.34330022 +1 -6.4377870 +1 7.3539157 +1
H -2.32283978 +1 -7.5642644 +1 6.3973195 +1
C -4.89678242 +1 -3.5485378 +1 5.7890278 +1
C 3.22209871 +1 -5.9880901 +1 8.2777183 +1
C 2.49928123 +1 -6.5326986 +1 9.3526412 +1
C 1.56820368 +1 -7.5476306 +1 9.1179319 +1
C 1.30569833 +1 -7.9823975 +1 7.8214059 +1
C 1.98955552 +1 -7.3832984 +1 6.7405735 +1
C 2.96088329 +1 -6.3863155 +1 6.9798265 +1
N 1.71435090 +1 -7.7891546 +1 5.4310912 +1
C 1.73417006 +1 -6.9008445 +1 4.3524550 +1
O 1.73353839 +1 -5.7023918 +1 4.5664859 +1
C 1.71400097 +1 -7.5063759 +1 2.9976198 +1
C 0.29450070 +1 -9.0426279 +1 7.5905172 +1
N 2.63901614 +1 -6.0222063 +1 10.6950791 +1
O 2.26676132 +1 -6.7165020 +1 11.6302197 +1
O 3.08449027 +1 -4.8945914 +1 10.8442236 +1
N 4.28007324 +1 -5.0003733 +1 8.4796600 +1
O 4.20379287 +1 -3.9572124 +1 7.8487427 +1
O 5.19286062 +1 -5.2668852 +1 9.2366303 +1
H 1.56456370 +1 -8.7941817 +1 5.2560616 +1
H 1.01901261 +1 -7.9947449 +1 9.9615781 +1
H 3.51426179 +1 -5.9496387 +1 6.1339800 +1
H 1.38841198 +1 -8.5599180 +1 2.9776744 +1
H 2.72765909 +1 -7.4924447 +1 2.5486168 +1
H 1.06647113 +1 -6.9296238 +1 2.3130013 +1
H -0.21954895 +1 -9.3510678 +1 8.5173006 +1
H -0.48809216 +1 -8.7205860 +1 6.8843121 +1
H 0.74509646 +1 -9.9485580 +1 7.1510144 +1
C -0.87116985 +1 -4.1007302 +1 0.0547345 +1
C -1.54234965 +1 -3.4692374 +1 1.1148837 +1
C -2.48857106 +1 -2.4771989 +1 0.8361830 +1
C -2.80304980 +1 -2.1410318 +1 -0.4776279 +1
C -2.15697610 +1 -2.8168404 +1 -1.5405551 +1
C -1.17839965 +1 -3.7963910 +1 -1.2584555 +1
N -2.47110842 +1 -2.4971881 +1 -2.8622467 +1
C -2.34378413 +1 -3.4063584 +1 -3.9230409 +1
O -2.25288432 +1 -4.5957553 +1 -3.6870255 +1
C -2.36503856 +1 -2.8322467 +1 -5.2933873 +1
C -3.82268471 +1 -1.0961974 +1 -0.7467993 +1
N -1.32930376 +1 -3.8673633 +1 2.4848805 +1
O -1.68283884 +1 -3.1155924 +1 3.3828033 +1
O -0.83570192 +1 -4.9643623 +1 2.7007524 +1
O 0.03681379 +1 -6.1920931 +1 -0.2238016 +1
O 1.15705485 +1 -4.7721092 +1 0.9337464 +1
H -2.72769845 +1 -1.5293537 +1 -3.0820711 +1
H -3.00622367 +1 -1.9670420 +1 1.6656654 +1
H -0.64749672 +1 -4.2914938 +1 -2.0864798 +1
H -2.71169216 +1 -1.7878057 +1 -5.3498264 +1
H -1.34791375 +1 -2.8505084 +1 -5.7367042 +1
H -2.99834842 +1 -3.4396611 +1 -5.9660685 +1
H -4.17544589 +1 -0.5953747 +1 0.1714967 +1
H -4.71825265 +1 -1.5122018 +1 -1.2353960 +1
H -3.44025973 +1 -0.3072961 +1 -1.4190486 +1
C 2.64244842 +1 -6.6986755 +1 -2.5776326 +1
C 3.32472503 +1 -6.1792317 +1 -3.6904590 +1
C 4.24440187 +1 -5.1434600 +1 -3.5126479 +1
C 4.54724460 +1 -4.6723069 +1 -2.2359215 +1
C 3.90631681 +1 -5.2497522 +1 -1.1175309 +1
C 2.93680663 +1 -6.2596316 +1 -1.2992633 +1
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Optimized PM6_D3H4 data set:
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X (HAMTIZ01) (PM6-D3H4)
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