Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
VI (UJIRIO01)
517 VI (UJIRIO01)
(Previous) Methionine (LMETON02)
(Back) Elements:
N 3
H 11
C 11
S 1
O 2
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) ROY (QAXMEH)
This is one of the solids used in the blind tests of crystal structure prediction.
See: "Significant progress in predicting the crystal structures of small organic molecules - a report on the fourth blind test", Acta Crys. B 865, 107-125 (2009), and
"Towards crystal structure prediction of complex organic compounds - a report on the fifth blind test", Bardwell, et. al Acta Cryst. (2011). B67, 535-551
The complete set consists of 22 solids.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 8.54 15.15 9.06 90.00 90.00 91.49 1173.09 1.411 40.9 calc'd using PM7
PM7: 9.09 13.70 8.86 90.59 90.61 94.73 1098.86 1.507 -71.8 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 8.79 14.94 8.98 90.23 89.89 91.97 1178.27 1.405 -65.1 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 03:29:22 |
Feb 25 2021 @ 06:01:06
ARC file |
Feb 27 2021 @ 18:14:00 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
VI (UJIRIO01)
N -0.03052183 +1 -0.2303882 +1 -0.2340580 +1
H -0.52990097 +1 2.3988423 +1 4.1222027 +1
C 1.06742667 +1 1.5366879 +1 3.0355691 +1
C 2.02061410 +1 1.7812936 +1 2.0149871 +1
H 2.65820035 +1 0.9769519 +1 1.6734231 +1
C 2.13055913 +1 3.0394716 +1 1.4420586 +1
H 2.86799768 +1 3.2093184 +1 0.6495216 +1
C 1.32846646 +1 4.0847512 +1 1.8627692 +1
H 1.40793189 +1 5.0803434 +1 1.4302287 +1
C 0.35090522 +1 3.8568894 +1 2.8607902 +1
N -0.47949855 +1 4.8358730 +1 3.2875348 +1
H -1.05445662 +1 4.7265771 +1 4.1105789 +1
H -0.40730812 +1 5.7606978 +1 2.8515437 +1
N 0.86772722 +1 0.4375402 +1 3.7580079 +1
S 1.46027891 +1 -1.1099339 +1 3.4696771 +1
O 1.04328217 +1 -1.6005690 +1 2.1600811 +1
O 0.99216501 +1 -1.9019806 +1 4.6164761 +1
C 3.21529228 +1 -1.1003461 +1 3.4957267 +1
C 3.92552752 +1 -0.1129008 +1 4.1757909 +1
H 3.40994716 +1 0.7095818 +1 4.6834220 +1
C 5.31670599 +1 -0.1541009 +1 4.2148410 +1
H 5.88179715 +1 0.6242914 +1 4.7352948 +1
C 6.00206475 +1 -1.1846922 +1 3.5744861 +1
H 7.09302816 +1 -1.2220196 +1 3.6180888 +1
C 5.29564492 +1 -2.1608119 +1 2.8757265 +1
H 5.84286648 +1 -2.9458092 +1 2.3458341 +1
C 3.90288686 +1 -2.1207047 +1 2.8396175 +1
H 3.36791254 +1 -2.8992056 +1 2.2826091 +1
N 0.22358090 +1 2.5937541 +1 3.4237627 +1
N 0.70822027 +1 -2.3048371 +1 -3.6391199 +1
H 0.02056486 +1 -2.1875010 +1 -2.8629233 +1
C 1.45902401 +1 -1.1863218 +1 -4.0446364 +1
C 2.23803050 +1 -1.2924596 +1 -5.2225691 +1
H 2.75884866 +1 -0.4225157 +1 -5.6008444 +1
C 2.30024239 +1 -2.4893714 +1 -5.9220469 +1
H 2.89428692 +1 -2.5483207 +1 -6.8443163 +1
C 1.61410979 +1 -3.6049871 +1 -5.4747916 +1
H 1.67806866 +1 -4.5618697 +1 -5.9912991 +1
C 0.77286604 +1 -3.5006975 +1 -4.3433580 +1
N -0.00301921 +1 -4.5267720 +1 -3.9196897 +1
H -0.46894472 +1 -4.5186585 +1 -3.0220137 +1
H 0.01660282 +1 -5.3955560 +1 -4.4518783 +1
N 1.35337928 +1 -0.1655090 +1 -3.1949600 +1
S 1.91667706 +1 1.4044149 +1 -3.3986533 +1
O 1.57355855 +1 1.9525576 +1 -4.7065325 +1
O 1.39455667 +1 2.1369095 +1 -2.2356852 +1
C 3.66558934 +1 1.4312884 +1 -3.2951292 +1
C 4.36505514 +1 0.4071712 +1 -2.6614114 +1
H 3.84156595 +1 -0.4566719 +1 -2.2368124 +1
C 5.75259084 +1 0.4694646 +1 -2.5692259 +1
H 6.31313766 +1 -0.3345756 +1 -2.0867925 +1
C 6.44019630 +1 1.5533762 +1 -3.1119762 +1
H 7.52894183 +1 1.5983738 +1 -3.0365573 +1
C 5.74258638 +1 2.5699538 +1 -3.7604322 +1
H 6.29608140 +1 3.3998316 +1 -4.2099006 +1
C 4.35308250 +1 2.5100279 +1 -3.8504729 +1
H 3.82205828 +1 3.3154974 +1 -4.3730284 +1
N -0.75627426 +1 2.0044121 +1 -0.3887703 +1
H -0.00729339 +1 2.1971925 +1 -1.0932717 +1
C -1.58002495 +1 3.0647691 +1 0.0249699 +1
C -2.53904213 +1 2.8196424 +1 1.0384532 +1
H -3.17302343 +1 3.6240571 +1 1.3863482 +1
C -2.65258940 +1 1.5593367 +1 1.6058209 +1
H -3.38083731 +1 1.3892100 +1 2.4065459 +1
C -1.85492926 +1 0.5148002 +1 1.1761986 +1
H -1.93231333 +1 -0.4822907 +1 1.6083362 +1
C -0.87913967 +1 0.7418054 +1 0.1774643 +1
H 0.51753416 +1 -0.1354597 +1 -1.0809050 +1
H -0.12897057 +1 -1.1574721 +1 0.1842425 +1
N -1.35678413 +1 4.1805027 +1 -0.6668440 +1
S -1.95866635 +1 5.7154581 +1 -0.3433132 +1
O -1.65030048 +1 6.1615916 +1 1.0108901 +1
O -1.42177887 +1 6.5573127 +1 -1.4207049 +1
C -3.70933808 +1 5.7064663 +1 -0.4494099 +1
C -4.39553854 +1 4.6996556 +1 -1.1232224 +1
H -3.86077337 +1 3.8804231 +1 -1.6161163 +1
C -5.78654893 +1 4.7168509 +1 -1.1688977 +1
H -6.33339842 +1 3.9206618 +1 -1.6808236 +1
C -6.49256202 +1 5.7433049 +1 -0.5446005 +1
H -7.58402209 +1 5.7539867 +1 -0.5862010 +1
C -5.80828749 +1 6.7451743 +1 0.1403753 +1
H -6.36911487 +1 7.5303180 +1 0.6540816 +1
C -4.41572110 +1 6.7272428 +1 0.1863029 +1
H -3.89382971 +1 7.5178227 +1 0.7401656 +1
N -0.47625875 +1 -1.5445712 +1 -7.3164408 +1
H 0.29433280 +1 -1.6858238 +1 -8.0061562 +1
C -1.30851877 +1 -2.6344643 +1 -7.0010485 +1
C -2.24787033 +1 -2.4794476 +1 -5.9499796 +1
H -2.87357811 +1 -3.3140048 +1 -5.6634229 +1
C -2.35445284 +1 -1.2740317 +1 -5.2732637 +1
H -3.07694334 +1 -1.1767038 +1 -4.4540393 +1
C -1.56356260 +1 -0.1930118 +1 -5.6219081 +1
H -1.64121585 +1 0.7614226 +1 -5.1037584 +1
C -0.59890086 +1 -0.3327281 +1 -6.6462824 +1
N 0.23537914 +1 0.6712616 +1 -7.0017208 +1
H 0.80304916 +1 0.6283827 +1 -7.8370516 +1
H 0.20658231 +1 1.5461920 +1 -6.4752940 +1
N -1.11168033 +1 -3.6747644 +1 -7.8055403 +1
S -1.65872377 +1 -5.2511580 +1 -7.6067528 +1
O -1.31089547 +1 -5.7956568 +1 -6.2973360 +1
O -1.12144078 +1 -5.9750400 +1 -8.7674146 +1
C -3.40770313 +1 -5.3107411 +1 -7.7081764 +1
C -4.13658175 +1 -4.3236441 +1 -8.3666311 +1
H -3.63955826 +1 -3.4657904 +1 -8.8315302 +1
C -5.52401365 +1 -4.4143963 +1 -8.4352248 +1
H -6.10553200 +1 -3.6371877 +1 -8.9373228 +1
C -6.18321183 +1 -5.4929780 +1 -7.8486066 +1
H -7.27174432 +1 -5.5660460 +1 -7.9048881 +1
C -5.45620043 +1 -6.4787657 +1 -7.1860020 +1
H -5.98459486 +1 -7.3083667 +1 -6.7087920 +1
C -4.06758486 +1 -6.3889786 +1 -7.1190175 +1
H -3.51393888 +1 -7.1759882 +1 -6.5912195 +1
Tv -9.08364536 +1 -0.0615511 +1 0.1643117 +1
Tv 0.88010664 +1 0.3979893 +1 -13.6691318 +1
Tv 0.04132395 +1 8.8504732 +1 0.3511771 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
VI (UJIRIO01) (PM6-D3H4)
N 0.01091304 +1 -0.0573414 +1 -0.0420737 +1
H -0.31236580 +1 2.5401720 +1 4.8065117 +1
C 1.16802127 +1 1.5036962 +1 3.6704313 +1
C 1.99925834 +1 1.6022025 +1 2.5251891 +1
H 2.54548960 +1 0.7286815 +1 2.1865867 +1
C 2.09791142 +1 2.7980951 +1 1.8224466 +1
H 2.74219000 +1 2.8574519 +1 0.9378406 +1
C 1.39472616 +1 3.9259593 +1 2.2286454 +1
H 1.49412603 +1 4.8758085 +1 1.7056018 +1
C 0.51393066 +1 3.8537275 +1 3.3326882 +1
N -0.24409955 +1 4.9194161 +1 3.7349641 +1
H -0.79944553 +1 4.8850267 +1 4.6020635 +1
H -0.08142312 +1 5.8344888 +1 3.2613207 +1
N 1.02104844 +1 0.4710938 +1 4.5187185 +1
S 1.64569781 +1 -1.0522548 +1 4.3631304 +1
O 1.21982445 +1 -1.7026210 +1 3.1136690 +1
O 1.16563715 +1 -1.7706293 +1 5.5664051 +1
C 3.36751849 +1 -0.9988744 +1 4.3861545 +1
C 4.05776736 +1 -0.0217560 +1 5.1107361 +1
H 3.51216484 +1 0.7491392 +1 5.6644869 +1
C 5.45534364 +1 -0.0175820 +1 5.1254202 +1
H 6.00453687 +1 0.7675906 +1 5.6629881 +1
C 6.16387181 +1 -0.9977109 +1 4.4246904 +1
H 7.25748497 +1 -0.9964199 +1 4.4459559 +1
C 5.47826491 +1 -1.9699846 +1 3.6864111 +1
H 6.04541022 +1 -2.7028667 +1 3.1015325 +1
C 4.08245932 +1 -1.9719273 +1 3.6734573 +1
H 3.54426627 +1 -2.7318362 +1 3.0938667 +1
N 0.40983638 +1 2.6455555 +1 4.0484510 +1
N 0.69518472 +1 -2.3497993 +1 -3.5028556 +1
H 0.02188985 +1 -2.2405460 +1 -2.6963531 +1
C 1.43330426 +1 -1.2110050 +1 -3.9255607 +1
C 2.20198510 +1 -1.3176326 +1 -5.1147661 +1
H 2.73485095 +1 -0.4470004 +1 -5.4814800 +1
C 2.24830184 +1 -2.5082723 +1 -5.8289702 +1
H 2.83500198 +1 -2.5678221 +1 -6.7550363 +1
C 1.55397166 +1 -3.6300008 +1 -5.3855845 +1
H 1.60836548 +1 -4.5762480 +1 -5.9216031 +1
C 0.74521021 +1 -3.5527323 +1 -4.2310240 +1
N -0.01580155 +1 -4.6127610 +1 -3.8011629 +1
H -0.45669341 +1 -4.6058424 +1 -2.8709860 +1
H 0.12909260 +1 -5.5225829 +1 -4.2872974 +1
N 1.34009921 +1 -0.1658282 +1 -3.0839665 +1
S 1.97022681 +1 1.3480968 +1 -3.3094272 +1
O 1.58106601 +1 1.9314047 +1 -4.6027858 +1
O 1.47949818 +1 2.1500827 +1 -2.1661590 +1
C 3.69065830 +1 1.2801055 +1 -3.2276545 +1
C 4.35483531 +1 0.3021348 +1 -2.4799472 +1
H 3.79092271 +1 -0.4667321 +1 -1.9413230 +1
C 5.75198026 +1 0.2947113 +1 -2.4210349 +1
H 6.28356952 +1 -0.4917979 +1 -1.8668120 +1
C 6.48367077 +1 1.2765217 +1 -3.0956729 +1
H 7.57569842 +1 1.2741381 +1 -3.0370965 +1
C 5.82359076 +1 2.2501416 +1 -3.8559580 +1
H 6.40500093 +1 2.9859901 +1 -4.4207027 +1
C 4.42925256 +1 2.2521286 +1 -3.9167280 +1
H 3.91210637 +1 3.0108192 +1 -4.5167438 +1
N -0.65753899 +1 2.2191965 +1 -0.3300118 +1
H 0.00843336 +1 2.3137388 +1 -1.1425963 +1
C -1.36765004 +1 3.3727743 +1 0.0997155 +1
C -2.12593565 +1 3.2825211 +1 1.2960849 +1
H -2.63274335 +1 4.1648642 +1 1.6723423 +1
C -2.19355071 +1 2.0900040 +1 2.0063441 +1
H -2.77613422 +1 2.0407070 +1 2.9352394 +1
C -1.52982612 +1 0.9534773 +1 1.5546441 +1
H -1.60492544 +1 0.0052738 +1 2.0849533 +1
C -0.72600996 +1 1.0157670 +1 0.3955694 +1
H 0.45467094 +1 -0.0515324 +1 -0.9719433 +1
H -0.16151898 +1 -0.9701519 +1 0.4289489 +1
N -1.25938497 +1 4.4120463 +1 -0.7477231 +1
S -1.88586207 +1 5.9298806 +1 -0.5394881 +1
O -1.48585954 +1 6.5350969 +1 0.7405052 +1
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