Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Oxytocin 1XY10001
578 Oxytocin 1XY10001
(Previous) tetrakis(Piroxicam) fumaric acid clathrate (DIKDIL)
(Back) Elements:
O 37
C 86
H 156
S 4
N 22
(Z = 2)
(Periodic Table)
(Next) Vanthoffite (MgNa6 (SO4)4)
Notes: Oxytocin is a nonapeptide. This structure is the largest
simple organic optimized during the tests. The RMS error is
about 0.6 Angstrom
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 23.04 9.04 27.27 90.00 102.24 90.00 5550.66 1.327 -2249.1 calc'd using PM7
PM7: 22.69 8.76 27.27 90.19 102.09 91.72 5298.73 1.391 -2390.5 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 22.30 8.84 26.61 92.13 99.55 86.08 5154.21 1.430 -2237.1 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 26 2021 @ 05:36:15 |
Feb 24 2021 @ 13:16:51
ARC file |
Mar 01 2021 @ 18:53:11 |
X-Ray data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS
Oxytocin 1XY10001
O 0.00000000 +0 0.0000000 +0 0.0000000 +0
C -13.58900100 +0 -2.3030000 +0 -2.4370000 +0
O -14.23200000 +0 -3.2030000 +0 -1.9640000 +0
C -11.19000100 +0 -2.5730000 +0 -1.8550000 +0
H 0.19499602 +1 0.7972958 +1 0.4776158 +1
S -10.43100000 +0 -3.2700000 +0 -3.2800000 +0
N -13.99300000 +0 -1.5990000 +0 -3.5770000 +0
C -15.26499900 +0 -1.8250000 +0 -4.2430000 +0
C -14.95100000 +0 -1.9440000 +0 -5.7270000 +0
O -13.88299900 +0 -1.6710000 +0 -6.2340000 +0
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C -16.38699900 +0 -0.1860000 +0 -2.6220000 +0
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C -15.69899900 +0 1.1850000 +0 -0.7390000 +0
C -17.61300100 +0 -0.2160000 +0 -0.5460000 +0
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O -17.01100000 +0 1.1570000 +0 1.2740000 +0
H -13.30996534 +1 -1.0480782 +1 -4.1046444 +1
H -15.74450671 +1 -2.7673883 +1 -3.8501556 +1
H -15.88330644 +1 0.2296139 +1 -4.6560357 +1
H -17.21961465 +1 -0.9156948 +1 -4.4644737 +1
H -14.68701513 +1 1.1287818 +1 -2.6279133 +1
H -18.08000137 +1 -1.4565292 +1 -2.2283254 +1
H -14.99726439 +1 1.9139809 +1 -0.3250161 +1
H -18.45199585 +1 -0.5913358 +1 0.0415319 +1
N -16.02800000 +0 -2.4480000 +0 -6.4730000 +0
C -15.93300000 +0 -2.5390000 +0 -7.9210000 +0
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C -17.26400000 +0 -3.0790000 +0 -8.4830000 +0
C -17.47499800 +0 -4.5180000 +0 -8.0920000 +0
C -17.37299900 +0 -2.8430000 +0 -10.0250000 +0
C -16.67700000 +0 -5.4490000 +0 -8.9700000 +0
H -16.95567011 +1 -2.5266345 +1 -6.0650756 +1
H -15.11586285 +1 -3.2890400 +1 -8.1611597 +1
H -18.09205626 +1 -2.4640588 +1 -8.0242445 +1
H -17.22229758 +1 -4.6796025 +1 -7.0203731 +1
H -18.55604259 +1 -4.7720201 +1 -8.1569899 +1
H -17.43616817 +1 -1.7746038 +1 -10.2524267 +1
H -16.50574604 +1 -3.2516327 +1 -10.5564164 +1
H -18.27107758 +1 -3.3259684 +1 -10.4210401 +1
H -15.61212112 +1 -5.1819483 +1 -9.0059382 +1
H -16.71692667 +1 -6.4893025 +1 -8.6116347 +1
H -17.04336858 +1 -5.4622370 +1 -10.0048978 +1
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C -14.69100000 +0 0.4140000 +0 -11.1160000 +0
C -14.60000000 +0 -0.6130000 +0 -12.2200000 +0
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H -12.80290192 +1 -0.2343780 +1 -10.2596359 +1
H -15.75285805 +1 0.5618063 +1 -10.8174761 +1
H -14.35246740 +1 1.4087205 +1 -11.5008845 +1
H -15.14910631 +1 -1.5383362 +1 -11.9219442 +1
H -15.15448821 +1 -0.2391223 +1 -13.1252738 +1
H -13.39920490 +1 -2.9673124 +1 -12.6267949 +1
H -11.83617104 +1 -2.3865325 +1 -13.0074748 +1
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C -12.99400000 +0 1.8760000 +0 -6.6600000 +0
C -12.18499900 +0 1.2109990 +0 -5.5840000 +0
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C -14.21600000 +0 2.5470000 +0 -6.0730000 +0
C -13.95100000 +0 3.4200000 +0 -4.8390000 +0
O -12.75700000 +0 3.9320000 +0 -4.7020000 +0
N -14.87800000 +0 3.6360000 +0 -3.9120000 +0
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H -14.71000579 +1 3.1836923 +1 -6.8451287 +1
H -14.99010544 +1 1.7826326 +1 -5.8117658 +1
H -14.66535656 +1 4.2322880 +1 -3.1130112 +1
H -15.78697379 +1 3.1926015 +1 -3.9448198 +1
N -10.93700000 +0 0.8920000 +0 -6.0500000 +0
C -10.02100000 +0 0.1770000 +0 -5.1760000 +0
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H -10.66863656 +1 0.9593735 +1 -7.0327342 +1
H -10.31041823 +1 0.3616234 +1 -4.1006784 +1
H -11.09372765 +1 -1.7133032 +1 -5.4870914 +1
H -9.70728334 +1 -1.5160019 +1 -6.5210208 +1
N -8.18300100 +0 1.7350000 +0 -4.6520000 +0
C -6.89500000 +0 2.3870000 +0 -4.9720000 +0
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C -7.90000000 +0 3.3300000 +0 -3.0950000 +0
C -8.98700000 +0 2.4380000 +0 -3.6260000 +0
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H -5.94603020 +1 3.9899654 +1 -3.8025912 +1
H -7.29224552 +1 4.5057361 +1 -4.8175689 +1
H -7.37233258 +1 2.8217753 +1 -2.2515594 +1
H -8.31776502 +1 4.2404162 +1 -2.6142960 +1
H -9.40043303 +1 1.7327431 +1 -2.8835035 +1
H -9.83528573 +1 2.9904211 +1 -4.0987448 +1
N -5.96100000 +0 0.3510000 +0 -3.8710000 +0
C -4.88800100 +0 -0.5190000 +0 -3.4980000 +0
C -4.30999900 +0 -1.2980000 +0 -4.6410000 +0
O -3.12500000 +0 -1.5920000 +0 -4.7210000 +0
C -5.34300000 +0 -1.4600000 +0 -2.4140010 +0
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C -4.72200000 +0 0.0120000 +0 -0.4730010 +0
H -6.91060647 +1 0.0201157 +1 -3.7628876 +1
H -4.03342551 +1 0.1299457 +1 -3.0932240 +1
H -6.13779886 +1 -2.1396749 +1 -2.7948394 +1
H -4.50366042 +1 -2.1529938 +1 -2.1500912 +1
H -6.65398927 +1 -0.0570881 +1 -1.4092031 +1
H -5.63708941 +1 -2.5347520 +1 0.1290966 +1
H -6.79799274 +1 -1.3483206 +1 0.7257135 +1
H -7.21835692 +1 -2.3868942 +1 -0.6447189 +1
H -4.35908051 +1 0.8356945 +1 -1.0998997 +1
H -5.04638739 +1 0.4488641 +1 0.4798251 +1
H -3.85220102 +1 -0.6243835 +1 -0.2453250 +1
N -5.21600000 +0 -1.8050000 +0 -5.5660000 +0
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H -6.13463147 +1 -1.3893569 +1 -5.7006288 +1
H -4.06896168 +1 -2.0584059 +1 -7.3595774 +1
H -4.02680879 +1 -3.4359243 +1 -6.2245763 +1
C -12.32800000 +0 -1.6800000 +0 -1.8770010 +0
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H 1.22143224 +1 6.4415037 +1 0.7861756 +1
H 4.67925880 +1 3.9215402 +1 0.4446896 +1
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C 2.15000000 +0 1.9810000 +0 8.3890000 +0
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C 2.89500000 +0 -0.9290000 +0 9.4380000 +0
H 3.17512317 +1 1.9913335 +1 6.5338221 +1
H 1.33166981 +1 1.2284533 +1 8.6327103 +1
H 4.31067085 +1 2.0565539 +1 8.4926581 +1
H 3.43975871 +1 -0.1601208 +1 7.4886097 +1
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H 1.82675088 +1 -0.6665742 +1 9.4703234 +1
H 2.93842803 +1 -1.9701833 +1 9.0828611 +1
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C 0.16141825 +1 4.5359258 +1 10.3981679 +1
C -0.03819461 +1 5.7133616 +1 9.4333526 +1
O -0.24762656 +1 6.8509627 +1 9.8390838 +1
C 1.04156862 +1 4.9561139 +1 11.5858532 +1
C 0.99714630 +1 3.9059127 +1 12.6988321 +1
C -0.42507452 +1 3.5241836 +1 13.0321432 +1
O -1.33688074 +1 4.3570670 +1 13.1053927 +1
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N -7.78092510 +1 4.9213510 +1 4.1631535 +1
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C -9.36051075 +1 3.2440205 +1 5.0885160 +1
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C -8.45177447 +1 2.9910696 +1 2.7829445 +1
C -7.97899447 +1 3.6662538 +1 1.4814608 +1
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H -2.15569552 +1 1.2620390 +1 1.3500459 +1
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N 15.71937081 +1 -2.0052924 +1 6.9531813 +1
C 15.44141544 +1 -2.4750493 +1 8.3107264 +1
C 15.34722784 +1 -1.2606193 +1 9.2558995 +1
O 16.20247729 +1 -0.3969008 +1 9.3540664 +1
C 16.52234465 +1 -3.4947094 +1 8.7681093 +1
C 16.10842734 +1 -4.0993156 +1 10.1221793 +1
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C 16.87770976 +1 -5.3824869 +1 10.4326329 +1
H 16.63689727 +1 -2.2468981 +1 6.5759171 +1
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N 14.17059567 +1 -1.2065417 +1 9.9609072 +1
C 13.73504491 +1 -0.0279113 +1 10.7065463 +1
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N 11.09556439 +1 0.5312995 +1 6.8208934 +1
C 10.30943604 +1 -0.1624560 +1 5.8011439 +1
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C 10.46045945 +1 -1.6706175 +1 5.9679384 +1
S 9.56099538 +1 -2.6565350 +1 4.7403000 +1
H 10.93774823 +1 0.2307753 +1 7.7902463 +1
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H 10.04613085 +1 -2.0026157 +1 6.9503773 +1
N 8.32093404 +1 1.2674777 +1 5.2728528 +1
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C 5.56229396 +1 -0.8328080 +1 1.6304588 +1
C 6.17659763 +1 -1.7404918 +1 0.5558974 +1
C 4.29121552 +1 -0.1699617 +1 1.0951447 +1
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H 1.69901629 +1 -1.5043131 +1 -2.7792226 +1
H 10.42801324 +1 2.9897488 +1 9.8933755 +1
H 9.85412322 +1 1.6293926 +1 9.3838772 +1
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H -3.79232905 +1 -0.0571116 +1 7.3919578 +1
H -16.41280258 +1 2.0367194 +1 1.5996654 +1
H 17.31005200 +1 0.2810686 +1 -1.5006898 +1
H 3.85468597 +1 5.2459786 +1 -1.2148131 +1
H -2.74682402 +1 6.0241769 +1 1.8141355 +1
Tv -4.81279766 +1 0.0188434 +1 22.1697378 +1
Tv 0.06484819 +1 8.7597967 +1 -0.2626321 +1
Tv 27.26746385 +1 -0.2899545 +1 0.0745370 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Oxytocin 1XY10001 (PM6-D3H4)
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C -13.52658960 +1 -1.9223096 +1 -2.6485218 +1
O -14.27899908 +1 -2.8119996 +1 -2.2136618 +1
C -11.36087613 +1 -2.4509205 +1 -1.4564674 +1
H 0.10555074 +1 0.5751624 +1 0.9620401 +1
S -10.43876038 +1 -3.1027710 +1 -2.9016100 +1
N -13.75749957 +1 -1.3621233 +1 -3.8917561 +1
C -15.08492641 +1 -1.4684064 +1 -4.5435584 +1
C -14.83188551 +1 -1.6462346 +1 -6.0581732 +1
O -13.73472662 +1 -1.3667422 +1 -6.5564858 +1
C -15.92310983 +1 -0.1887953 +1 -4.3201529 +1
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C -17.10485938 +1 0.3353494 +1 -0.7449641 +1
C -16.19707540 +1 1.3251562 +1 -0.3117181 +1
O -16.38710887 +1 1.7725094 +1 0.9524923 +1
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H -17.87248404 +1 -0.0010410 +1 -0.0535060 +1
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C -17.04128575 +1 -2.8684167 +1 -8.9341907 +1
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C -17.09326395 +1 -2.5852161 +1 -10.4419785 +1
C -16.37244716 +1 -5.2982433 +1 -9.5434573 +1
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H -16.80777601 +1 -5.3170410 +1 -10.5661534 +1
N -14.12897947 +1 -0.8588157 +1 -9.4977082 +1
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C -13.43703080 +1 1.5442273 +1 -9.1295534 +1
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H -11.32925905 +1 -2.4240402 +1 -12.6445271 +1
N -13.31299518 +1 1.2320436 +1 -7.7903148 +1
C -12.91590203 +1 2.2312241 +1 -6.7840611 +1
C -12.11201953 +1 1.4768932 +1 -5.7002769 +1
O -12.47932304 +1 1.3707229 +1 -4.5352662 +1
C -14.13166981 +1 2.9555153 +1 -6.1907787 +1
C -13.73014700 +1 3.7951343 +1 -5.0036397 +1
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N -14.61502793 +1 3.9604065 +1 -3.9775898 +1
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H -14.93092986 +1 2.2170745 +1 -5.9098590 +1
H -14.35913923 +1 4.5664138 +1 -3.1774046 +1
H -15.53110587 +1 3.4726884 +1 -3.9774188 +1
N -10.88640411 +1 0.9823118 +1 -6.1235566 +1
C -9.92178794 +1 0.4949052 +1 -5.1152375 +1
C -8.53481570 +1 1.0238531 +1 -5.5359450 +1
O -7.94575559 +1 0.5820826 +1 -6.5196982 +1
C -9.84899425 +1 -1.0278542 +1 -5.0414725 +1
S -9.22513392 +1 -1.4511130 +1 -3.3842594 +1
H -10.67149383 +1 0.8012782 +1 -7.1166677 +1
H -10.25237317 +1 0.9188197 +1 -4.1194797 +1
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N -7.87735410 +1 1.8987035 +1 -4.6741363 +1
C -6.52383174 +1 2.3884545 +1 -5.0651686 +1
C -5.42331098 +1 1.4995931 +1 -4.4611187 +1
O -4.25803814 +1 1.8999319 +1 -4.3974803 +1
C -6.43755817 +1 3.8291020 +1 -4.5317017 +1
C -7.44305006 +1 3.8917318 +1 -3.3739728 +1
C -8.53381627 +1 2.8677029 +1 -3.7351575 +1
H -6.40138614 +1 2.3408686 +1 -6.1834618 +1
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C -12.36038371 +1 -1.3832129 +1 -1.8504853 +1
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O 0.58526026 +1 1.7495679 +1 2.2161297 +1
C -2.58106530 +1 2.0747381 +1 2.4610208 +1
H -0.72718820 +1 0.4678709 +1 -0.4360198 +1
S -2.64627414 +1 1.4316309 +1 4.1621593 +1
N 0.20259594 +1 2.9052487 +1 4.1501567 +1
C 1.54112676 +1 2.6652835 +1 4.7232471 +1
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O 0.28891743 +1 2.8422859 +1 6.8051630 +1
C 2.53935217 +1 3.8187844 +1 4.4546564 +1
C 2.40928257 +1 4.3808159 +1 3.0691051 +1
C 1.36649284 +1 5.2825498 +1 2.7858251 +1
C 3.30839075 +1 4.0109930 +1 2.0583579 +1
C 1.21100704 +1 5.8053108 +1 1.5066944 +1
C 3.16998716 +1 4.5237319 +1 0.7661156 +1
C 2.10466655 +1 5.3940230 +1 0.5086922 +1
O 1.81400548 +1 5.8092875 +1 -0.7767355 +1
H -0.39796966 +1 3.5663481 +1 4.6791955 +1
H 1.97048310 +1 1.7147635 +1 4.2915766 +1
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H 0.41827601 +1 6.5130330 +1 1.2648718 +1
H 3.85143422 +1 4.2302824 +1 -0.0280234 +1
N 2.42930953 +1 2.0956743 +1 6.9761131 +1
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C 3.69406168 +1 1.2881718 +1 8.9729841 +1
C 3.78771810 +1 -0.2062299 +1 8.5834312 +1
C 3.82161675 +1 1.4923640 +1 10.4861885 +1
C 2.81029171 +1 -1.1263688 +1 9.3149159 +1
H 3.32629791 +1 1.8608802 +1 6.5090318 +1
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H 4.55297764 +1 1.8224778 +1 8.4852377 +1
H 3.62289432 +1 -0.3063101 +1 7.4822850 +1
H 4.83231454 +1 -0.5431203 +1 8.8063083 +1
H 3.93403001 +1 2.5738447 +1 10.7264757 +1
H 2.92091491 +1 1.1023883 +1 11.0102839 +1
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N 0.80596534 +1 3.4831191 +1 9.5076260 +1
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N -5.63461980 +1 6.5475648 +1 4.8958368 +1
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C -6.86199357 +1 8.5727825 +1 4.4349814 +1
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C -4.76760321 +1 7.3739193 +1 3.9936720 +1
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H -3.94710842 +1 7.8451209 +1 4.5988346 +1
N -7.73721725 +1 5.2679134 +1 3.6860920 +1
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C -8.06247173 +1 3.0981374 +1 2.4952970 +1
C -7.60688229 +1 3.6096421 +1 1.1098888 +1
C -7.05359129 +1 2.4227294 +1 0.3032701 +1
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H -9.68179972 +1 3.6931533 +1 0.4211400 +1
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N 13.12796451 +1 -1.4396712 +1 4.1030145 +1
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O 13.19274524 +1 -1.2949713 +1 6.8467093 +1
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O 16.20393481 +1 0.1525685 +1 -1.0733352 +1
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N 15.33938140 +1 -2.0456035 +1 6.9915051 +1
C 15.17973660 +1 -2.5121233 +1 8.3896451 +1
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O 16.08603531 +1 -0.4857491 +1 9.4564721 +1
C 16.28159018 +1 -3.5367849 +1 8.7825487 +1
C 15.81785448 +1 -4.2614894 +1 10.0656866 +1
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C 16.78962358 +1 -5.3443047 +1 10.5332678 +1
H 16.20568055 +1 -2.3370350 +1 6.5038037 +1
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N 13.95950437 +1 -1.1446195 +1 10.0268653 +1
C 13.55350215 +1 0.0656354 +1 10.7705224 +1
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O 13.16024097 +1 2.4252921 +1 10.3678886 +1
C 14.51317007 +1 0.4300574 +1 11.9164963 +1
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N 12.79942353 +1 -2.0417043 +1 14.1707071 +1
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N 13.12916274 +1 1.0843573 +1 8.5255678 +1
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O 12.17764162 +1 4.4247667 +1 5.7864191 +1
N 14.10802145 +1 3.8363498 +1 4.7799938 +1
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N 10.69930530 +1 0.6538794 +1 6.9793589 +1
C 9.87662229 +1 -0.1800251 +1 6.0799438 +1
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S 8.71862119 +1 -2.5715185 +1 5.4980129 +1
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N 8.03967475 +1 1.3666456 +1 5.3982137 +1
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C 6.80438085 +1 3.3365574 +1 4.7847934 +1
C 7.94821517 +1 3.1385717 +1 3.7757466 +1
C 8.89007979 +1 2.0969365 +1 4.4025935 +1
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