Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Clinobehoite (Be(OH)2)
124 Clinobehoite (Be(OH)2)
(Previous) Beryllium hydroxide (Be(OH)2) (ICSD 50445)
(Back) Elements:
Be 1
O 2
H 2
(Z = 24)
(Periodic Table)
(Next) Metaboric acid (HBO2) (ICSD 280303)
One of the hydrogen atoms in the X-ray structure is at an unusual position: 1.44 Angstroms from the nearest oxygen atom,
and 1.78 Angstroms from the next-nearest oxygen atom. When the geometry was optimized using PM7, the hydrogen atom
moved to the expected position, at 0.97 Angstroms from the nearest oxygen atom. Other changes in the rest of the structure
were insignificant.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 11.02 4.75 8.65 90.00 98.94 90.00 446.70 1.919 -160.5 calc'd using PM7
PM7: 10.68 4.48 8.06 89.99 99.45 90.03 380.67 2.252 -225.6 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 10.82 4.81 8.85 89.47 102.95 95.05 447.17 1.917 -198.9 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 14:16:03 |
Feb 23 2021 @ 11:05:31
ARC file |
Feb 24 2021 @ 11:27:05 |
X-Ray data set:
MERS=(1,2,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 1SCF GRADIENTS
Be(OH)2
Be 0.00000000 +1 0.0000000 +1 0.0000000 +1
Be -2.80136407 +1 -4.7518754 +1 0.8046706 +1
Be -0.49932505 +1 -2.8582223 +1 0.8046706 +1
O -4.19104091 +1 -4.3195833 +1 0.0518916 +1
O -2.74088310 +1 -6.4122032 +1 0.6204380 +1
O -6.02876900 +1 -2.5510921 +1 -0.8543120 +1
O -3.52405302 +1 -2.0106344 +1 -1.3116380 +1
O -2.80401704 +1 -4.3925696 +1 2.3781877 +1
O -1.48822119 +1 -3.9936614 +1 0.2068072 +1
O -0.93363501 +1 -1.3194233 +1 0.3306005 +1
H -4.50802839 +1 -4.6660104 +1 -0.7112107 +1
H -2.43494149 +1 -6.7576469 +1 1.2113499 +1
H -2.71538290 +1 -1.8120792 +1 -0.9099207 +1
H -6.30564451 +1 -2.8308671 +1 -0.3989277 +1
H -1.86227833 +1 -3.7334251 +1 -0.5935420 +1
H -2.99269598 +1 -4.4507093 +1 2.9844498 +1
Be -1.85198265 +1 -3.5304068 +1 3.3002058 +1
O -2.65368788 +1 -2.1938924 +1 4.0252133 +1
O -0.59546171 +1 -2.9437389 +1 2.4158691 +1
O -1.24859644 +1 -4.3403133 +1 4.5945129 +1
H -2.87877993 +1 -1.6989444 +1 3.3772151 +1
H -1.24898192 +1 -3.8468758 +1 5.2428971 +1
H 0.28540207 +1 -3.7299681 +1 3.0424631 +1
Be -1.80150664 +1 -1.1426744 +1 4.9674887 +1
Be 2.62195048 +1 -4.6363454 +1 3.9976280 +1
O 1.10324051 +1 -4.9753880 +1 3.4806842 +1
O -1.96826634 +1 -3.8489391 +1 -2.8553639 +1
H -0.74293820 +1 -3.4816603 +1 -2.6824665 +1
O -0.63080912 +1 1.2796635 +1 0.8629655 +1
Be -1.48228931 +1 -2.5535328 +1 -3.7924413 +1
O -2.64407475 +1 -1.4212065 +1 -3.7608289 +1
H -3.82172716 +1 -1.9124439 +1 -3.9515710 +1
Be -4.51331449 +1 -2.7525523 +1 -0.2419103 +1
Be 3.05134519 +1 2.4397277 +1 1.3984372 +1
Be 2.96854890 +1 0.1331721 +1 -0.2426388 +1
O 3.80187210 +1 1.1700877 +1 0.7125149 +1
O 4.02016934 +1 -1.1468683 +1 -0.4662885 +1
O 4.11841949 +1 3.4259689 +1 2.1743097 +1
O 1.91961593 +1 2.0766240 +1 2.5198214 +1
O 2.59513348 +1 0.7684750 +1 -1.6800963 +1
O 1.53894330 +1 -0.3168748 +1 0.3963962 +1
H 4.33562930 +1 0.9454427 +1 1.3959666 +1
H 3.96120296 +1 -1.4544716 +1 -1.1474737 +1
H 1.14395749 +1 1.7886734 +1 2.1064559 +1
H 4.46826487 +1 3.5127988 +1 1.6922540 +1
H 1.72289233 +1 -0.0765385 +1 1.2666504 +1
H 2.71999841 +1 0.9932429 +1 -2.2626154 +1
Be 1.23334319 +1 0.9897755 +1 -2.4523439 +1
O 0.90260017 +1 2.6474320 +1 -2.7620309 +1
O -0.01682705 +1 0.3842115 +1 -1.5699103 +1
O 1.18916021 +1 0.3210507 +1 -3.9510464 +1
H 0.80845599 +1 2.9968172 +1 -1.9987462 +1
H 0.80929494 +1 0.8309581 +1 -4.4600256 +1
H -0.22485765 +1 -0.6065419 +1 -2.4428515 +1
Be -0.50811736 +1 3.0751885 +1 -3.5005732 +1
O -0.07089465 +1 -1.9328362 +1 -3.2358555 +1
H -1.06208411 +1 1.5429931 +1 -1.7774025 +1
H -0.54235332 +1 -1.4770032 +1 2.9855845 +1
H -0.70864639 +1 -1.1814789 +1 -1.0889820 +1
H -0.76248067 +1 0.8949721 +1 2.2484368 +1
Be 1.66498180 +1 -4.4024989 +1 -0.6085694 +1
Be -1.13638228 +1 -9.1543743 +1 0.1961012 +1
Be 1.16565674 +1 -7.2607212 +1 0.1961012 +1
O -2.52605911 +1 -8.7220823 +1 -0.5566779 +1
O -1.07590131 +1 -10.8147021 +1 0.0118685 +1
O -4.36378721 +1 -6.9535910 +1 -1.4628814 +1
O -1.85907123 +1 -6.4131333 +1 -1.9202074 +1
O -1.13903524 +1 -8.7950685 +1 1.7696183 +1
O 0.17676061 +1 -8.3961603 +1 -0.4017623 +1
O 0.73134679 +1 -5.7219222 +1 -0.2779689 +1
H -2.84304660 +1 -9.0685093 +1 -1.3197801 +1
H -0.76995969 +1 -11.1601458 +1 0.6027805 +1
H -1.05040110 +1 -6.2145781 +1 -1.5184901 +1
H -4.64066271 +1 -7.2333660 +1 -1.0074972 +1
H -0.19729654 +1 -8.1359240 +1 -1.2021115 +1
H -1.32771419 +1 -8.8532083 +1 2.3758804 +1
Be -0.18700085 +1 -7.9329057 +1 2.6916364 +1
O -0.98870608 +1 -6.5963914 +1 3.4166439 +1
O 1.06952008 +1 -7.3462378 +1 1.8072997 +1
O 0.41638536 +1 -8.7428122 +1 3.9859435 +1
H -1.21379813 +1 -6.1014433 +1 2.7686457 +1
H 0.41599987 +1 -8.2493747 +1 4.6343277 +1
H 1.95038387 +1 -8.1324671 +1 2.4338937 +1
Be -0.13652485 +1 -5.5451733 +1 4.3589193 +1
Be 4.28693228 +1 -9.0388443 +1 3.3890586 +1
O 2.76822230 +1 -9.3778869 +1 2.8721148 +1
O -0.30328455 +1 -8.2514380 +1 -3.4639334 +1
H 0.92204360 +1 -7.8841593 +1 -3.2910359 +1
O 1.03417267 +1 -3.1228354 +1 0.2543960 +1
Be 0.18269249 +1 -6.9560317 +1 -4.4010108 +1
O -0.97909296 +1 -5.8237055 +1 -4.3693983 +1
H -2.15674536 +1 -6.3149428 +1 -4.5601404 +1
Be -2.84833270 +1 -7.1550512 +1 -0.8504798 +1
Be 4.71632698 +1 -1.9627712 +1 0.7898677 +1
Be 4.63353069 +1 -4.2693269 +1 -0.8512082 +1
O 5.46685389 +1 -3.2324112 +1 0.1039455 +1
O 5.68515114 +1 -5.5493673 +1 -1.0748580 +1
O 5.78340128 +1 -0.9765300 +1 1.5657402 +1
O 3.58459773 +1 -2.3258749 +1 1.9112520 +1
O 4.26011527 +1 -3.6340240 +1 -2.2886657 +1
O 3.20392510 +1 -4.7193738 +1 -0.2121732 +1
H 6.00061109 +1 -3.4570562 +1 0.7873972 +1
H 5.62618475 +1 -5.8569705 +1 -1.7560431 +1
H 2.80893929 +1 -2.6138255 +1 1.4978864 +1
H 6.13324667 +1 -0.8897002 +1 1.0836846 +1
H 3.38787412 +1 -4.4790374 +1 0.6580809 +1
H 4.38498020 +1 -3.4092560 +1 -2.8711848 +1
Be 2.89832499 +1 -3.4127235 +1 -3.0609133 +1
O 2.56758196 +1 -1.7550670 +1 -3.3706003 +1
O 1.64815475 +1 -4.0182874 +1 -2.1784798 +1
O 2.85414200 +1 -4.0814483 +1 -4.5596159 +1
H 2.47343779 +1 -1.4056817 +1 -2.6073156 +1
H 2.47427673 +1 -3.5715408 +1 -5.0685950 +1
H 1.44012415 +1 -5.0090408 +1 -3.0514209 +1
Be 1.15686443 +1 -1.3273104 +1 -4.1091426 +1
O 1.59408714 +1 -6.3353351 +1 -3.8444249 +1
H 0.60289768 +1 -2.8595059 +1 -2.3859720 +1
H 1.12262847 +1 -5.8795021 +1 2.3770151 +1
H 0.95633541 +1 -5.5839778 +1 -1.6975515 +1
H 0.90250113 +1 -3.5075268 +1 1.6398674 +1
Tv 7.34149358 +1 3.7848931 +1 -7.2950302 +1
Tv 3.32996359 +1 -8.8049979 +1 -1.2171389 +1
Tv 4.72554406 +1 0.7922940 +1 7.1969797 +1
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,2,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Clinobehoite (Be(OH)2)
h=-216.5 hr=nist
Be 0.16917261 +1 -0.4207349 +1 0.0640491 +1
Be -2.68078087 +1 -4.8640191 +1 0.7597545 +1
Be -0.45614817 +1 -3.1619659 +1 0.6871870 +1
O -4.11746435 +1 -4.5050389 +1 0.0515824 +1
O -2.57177518 +1 -6.4742925 +1 0.7992888 +1
O -5.71243856 +1 -2.5677530 +1 -0.8033319 +1
O -3.03366286 +1 -2.2361093 +1 -1.0504398 +1
O -2.82769295 +1 -4.3420740 +1 2.2813111 +1
O -1.47615768 +1 -4.1960928 +1 -0.0730255 +1
O -0.56515456 +1 -1.8455520 +1 -0.2629723 +1
H -4.14463397 +1 -5.1192668 +1 -0.6944849 +1
H -3.22555455 +1 -6.8835279 +1 1.3805867 +1
H -2.61231928 +1 -1.5768805 +1 -0.4338035 +1
H -6.45229883 +1 -2.8552500 +1 -0.2174243 +1
H -1.93486307 +1 -3.6233406 +1 -0.7514837 +1
H -3.56493194 +1 -4.7312522 +1 2.8130785 +1
Be -1.92536630 +1 -3.3530614 +1 3.1455914 +1
O -2.74444524 +1 -2.1393798 +1 3.8001425 +1
O -0.59213767 +1 -2.8488495 +1 2.3253126 +1
O -1.47936518 +1 -4.1576255 +1 4.5131790 +1
H -3.37291513 +1 -1.5760941 +1 3.2799781 +1
H -1.27618611 +1 -3.4396202 +1 5.1411554 +1
H 0.07555199 +1 -3.4985214 +1 2.7054140 +1
Be -1.89393671 +1 -1.1018055 +1 4.7236375 +1
Be 2.46269986 +1 -4.9368679 +1 3.8257904 +1
O 0.90573457 +1 -4.8194488 +1 3.2475792 +1
O -1.21889705 +1 -4.0829971 +1 -2.6422284 +1
H -0.34167850 +1 -4.2669540 +1 -2.2931543 +1
O -0.49804583 +1 0.3984402 +1 1.2897745 +1
Be -1.18286566 +1 -2.8121177 +1 -3.6793882 +1
O -2.63523628 +1 -2.0921693 +1 -3.7157465 +1
H -3.23083051 +1 -2.7461395 +1 -4.0872724 +1
Be -4.23867210 +1 -2.8893267 +1 -0.2054107 +1
Be 2.97285580 +1 2.0392627 +1 1.3456989 +1
Be 2.94815660 +1 -0.1593091 +1 -0.2186733 +1
O 3.87402001 +1 0.8561260 +1 0.6690610 +1
O 3.90679206 +1 -1.3792317 +1 -0.6770235 +1
O 3.93383635 +1 3.0808109 +1 2.1356366 +1
O 1.70087321 +1 1.5063416 +1 2.1840987 +1
O 2.58492301 +1 0.6856148 +1 -1.5420618 +1
O 1.68547197 +1 -0.6887996 +1 0.6267893 +1
H 4.36576490 +1 0.2724286 +1 1.2593274 +1
H 4.59675105 +1 -1.0982670 +1 -1.2881684 +1
H 0.90553332 +1 1.8607447 +1 1.7008562 +1
H 4.67374775 +1 3.4309314 +1 1.5784574 +1
H 1.72885551 +1 -0.1804119 +1 1.4819300 +1
H 3.34351915 +1 1.0089950 +1 -2.0809359 +1
Be 1.16358316 +1 1.0449816 +1 -2.1817190 +1
O 0.95154835 +1 2.6184459 +1 -2.4438053 +1
O -0.09287450 +1 0.3187318 +1 -1.4085510 +1
O 1.16621241 +1 0.4605162 +1 -3.6852042 +1
H 1.13954239 +1 3.2983016 +1 -1.7594303 +1
H 0.72698523 +1 1.0595550 +1 -4.2811728 +1
H -0.19136296 +1 -0.4739659 +1 -2.0195141 +1
Be -0.41495284 +1 3.0347411 +1 -3.1954391 +1
O -0.02209334 +1 -1.8710852 +1 -2.9421760 +1
H -1.05209709 +1 1.6054583 +1 -1.8956206 +1
H -0.63006973 +1 -1.3967170 +1 3.1490089 +1
H -0.26031812 +1 -2.1556062 +1 -1.1194892 +1
H -0.38575544 +1 -0.1538262 +1 2.0652118 +1
Be 1.79590040 +1 -4.5366051 +1 -0.5658677 +1
Be -1.06924216 +1 -9.0179766 +1 0.1439894 +1
Be 1.13563326 +1 -7.2893091 +1 0.0395818 +1
O -2.53013326 +1 -8.6619777 +1 -0.5058665 +1
O -1.13565356 +1 -10.6370240 +1 0.0842299 +1
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Tv 4.26307395 +1 0.6224905 +1 6.8136984 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,2,1) RELSCF=1 CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Clinobehoite (Be(OH)2) (PM6-D3H4)
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Be -2.78450614 +1 -4.4143395 +1 0.6170473 +1
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