Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Berberine sulfate (CISREB)
545 Berberine sulfate (CISREB)
(Previous) Sulfuric acid tetrahydrate (H2SO4 4(H2O)) (ICSD 2783)
(Back) Elements:
S 1
C 20
N 1
O 8
H 19
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) 18-Crown-6 aminosulfuric acid clathrate (SOVJOC)
In the X-ray structure, one methoxy group has the methyl twisted out-of-plane by 51 degrees.
The current methods predict it to be nearer to in-plane. This is a fault.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 20.37 7.44 27.43 97.70 116.22 85.45 3691.97 1.560 -232.4 calc'd using PM7
PM7: 19.26 7.79 26.76 99.56 116.01 88.38 3553.59 1.620 -302.8 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 20.07 7.38 27.85 99.64 117.20 88.70 3612.59 1.594 -289.9 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 13:05:49 |
Feb 23 2021 @ 06:31:30
ARC file |
Feb 24 2021 @ 05:10:22 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Berberine_sulfate_(CISREB)
S -0.06709345 +1 -0.1296172 +1 -0.2988294 +1
C 3.34268378 +1 1.3459266 +1 6.7240553 +1
C 4.58940456 +1 1.4164246 +1 6.0576994 +1
C 2.17977873 +1 1.7697959 +1 6.1291197 +1
C 2.29351325 +1 2.2511176 +1 4.8111138 +1
C 4.71285530 +1 1.8779103 +1 4.7750700 +1
C 3.52616227 +1 2.3081125 +1 4.1451801 +1
C 3.60958807 +1 2.8229182 +1 2.7760225 +1
C 1.19117776 +1 2.3230030 +1 2.6101257 +1
C 1.07043600 +1 2.6934550 +1 4.0837742 +1
C 2.41314589 +1 3.4134223 +1 0.7948615 +1
C 3.61047210 +1 3.8433346 +1 0.1637479 +1
C 4.78875475 +1 3.2338018 +1 2.2003810 +1
C 4.83163520 +1 3.7251467 +1 0.8709392 +1
C 6.04705646 +1 4.0717820 +1 0.2412341 +1
C 6.05218775 +1 4.4849309 +1 -1.0700179 +1
C 4.84430033 +1 4.6145370 +1 -1.7877368 +1
C 3.62560460 +1 4.3360401 +1 -1.1690209 +1
C 5.98230566 +1 4.9552152 +1 -3.8341350 +1
C 2.25899894 +1 4.8317131 +1 -3.0621263 +1
N 2.42838327 +1 2.8956381 +1 2.0261352 +1
O 5.59183670 +1 0.9567306 +1 6.8710472 +1
O 3.51636720 +1 0.8104748 +1 7.9705284 +1
O 2.38039124 +1 4.5030272 +1 -1.6790789 +1
O 4.77631053 +1 5.0260062 +1 -3.0770294 +1
H 4.98308920 +1 -0.6593624 +1 8.0083716 +1
H 5.35352130 +1 0.9356589 +1 8.9267171 +1
H 1.21388153 +1 1.7277420 +1 6.6292301 +1
H 5.68969839 +1 1.8952444 +1 4.2664731 +1
H 1.24280961 +1 1.2038668 +1 2.4854513 +1
H 0.29590972 +1 2.6587119 +1 2.0317931 +1
H 0.92518679 +1 3.7990957 +1 4.2043788 +1
H 0.14479247 +1 2.2238543 +1 4.4977892 +1
H 1.44758633 +1 3.4817271 +1 0.2534829 +1
H 5.74567432 +1 3.1583352 +1 2.7580239 +1
H 6.98214678 +1 3.9834872 +1 0.8095122 +1
H 7.00410882 +1 4.7171298 +1 -1.5719846 +1
H 5.61185197 +1 5.0576815 +1 -4.8726064 +1
H 6.47782123 +1 3.9842121 +1 -3.7239479 +1
H 6.64852753 +1 5.7787690 +1 -3.5582559 +1
H 1.16702042 +1 4.8468701 +1 -3.1950331 +1
H 2.71316179 +1 4.0591842 +1 -3.6954160 +1
H 2.69625945 +1 5.8168701 +1 -3.2628867 +1
C 4.92430295 +1 0.4420322 +1 8.0395759 +1
C 10.02484529 +1 -2.0954596 +1 -3.4286160 +1
C 8.60091480 +1 -1.1767330 +1 -4.8988648 +1
C 9.89582661 +1 -1.1701714 +1 -5.4731389 +1
C 7.49568985 +1 -0.7407777 +1 -5.5884412 +1
C 7.71195043 +1 -0.3199007 +1 -6.9109951 +1
C 10.12053017 +1 -0.7534359 +1 -6.7598097 +1
C 8.98950598 +1 -0.3214115 +1 -7.4879128 +1
C 9.15357352 +1 0.1260844 +1 -8.8745773 +1
C 6.76065345 +1 -0.4459656 +1 -9.1627885 +1
C 6.54750866 +1 0.0888999 +1 -7.7493902 +1
C 8.08327323 +1 0.5231536 +1 -10.9773617 +1
C 9.29347766 +1 1.0281062 +1 -11.5289314 +1
C 10.34673644 +1 0.5765757 +1 -9.3803497 +1
C 10.45603361 +1 1.0303472 +1 -10.7225463 +1
C 11.68122008 +1 1.4764706 +1 -11.2570642 +1
C 11.75312288 +1 1.9020585 +1 -12.5632641 +1
C 10.60355726 +1 1.9248133 +1 -13.3750211 +1
C 9.37263488 +1 1.5128965 +1 -12.8651107 +1
C 11.84362352 +1 2.2771047 +1 -15.3613827 +1
C 8.11461965 +1 2.0593348 +1 -14.8100525 +1
N 8.02673467 +1 0.0998235 +1 -9.7128442 +1
O 10.80765858 +1 -1.6461645 +1 -4.5667167 +1
O 8.64740054 +1 -1.6739292 +1 -3.6318206 +1
O 8.17387786 +1 1.5225765 +1 -13.4909115 +1
O 10.60747448 +1 2.3777106 +1 -14.6604196 +1
H 10.04522083 +1 -3.1971008 +1 -3.4094973 +1
H 10.39823276 +1 -1.5891746 +1 -2.5301206 +1
H 6.49750239 +1 -0.7387804 +1 -5.1572579 +1
H 11.12567332 +1 -0.7715928 +1 -7.2046749 +1
H 6.83580016 +1 -1.5694463 +1 -9.1500221 +1
H 5.90365923 +1 -0.2091576 +1 -9.8307227 +1
H 6.42183907 +1 1.1978042 +1 -7.7410645 +1
H 5.58604557 +1 -0.3308884 +1 -7.3580921 +1
H 7.17070695 +1 0.4594601 +1 -11.6031537 +1
H 11.25935042 +1 0.5774323 +1 -8.7537825 +1
H 12.57883914 +1 1.4667041 +1 -10.6230050 +1
H 12.71606720 +1 2.2237068 +1 -12.9784323 +1
H 11.51694644 +1 2.3426494 +1 -16.4172818 +1
H 12.33921502 +1 1.3161350 +1 -15.1843708 +1
H 12.49364492 +1 3.1148357 +1 -15.0913286 +1
H 7.02985000 +1 2.0997989 +1 -14.9902670 +1
H 8.61297551 +1 1.3878511 +1 -15.5214930 +1
H 8.54834494 +1 3.0642697 +1 -14.8576131 +1
C 0.71386366 +1 1.8911866 +1 -3.6328620 +1
C -0.72096242 +1 2.8122202 +1 -5.0875043 +1
C 0.56196526 +1 2.7928745 +1 -5.6889041 +1
C -1.83311623 +1 3.2503863 +1 -5.7623961 +1
C -1.63741704 +1 3.6362253 +1 -7.0995101 +1
C 0.76866088 +1 3.1902620 +1 -6.9846353 +1
C -0.37138799 +1 3.6179872 +1 -7.7021857 +1
C -0.23146968 +1 4.0445317 +1 -9.0990825 +1
C -2.63522927 +1 3.4724361 +1 -9.3294464 +1
C -2.82147245 +1 4.0195654 +1 -7.9184817 +1
C -1.36057737 +1 4.4336995 +1 -11.1739558 +1
C -0.16689245 +1 4.9370767 +1 -11.7557173 +1
C 0.94750042 +1 4.4906888 +1 -9.6430606 +1
C 1.02454712 +1 4.9403741 +1 -10.9904455 +1
C 2.22370297 +1 5.3920849 +1 -11.5783307 +1
C 2.23982250 +1 5.8121236 +1 -12.8916138 +1
C 1.05937397 +1 5.8271720 +1 -13.6570089 +1
C -0.14838620 +1 5.4233134 +1 -13.0874205 +1
C 2.19687274 +1 6.2816908 +1 -15.6825198 +1
C -1.59793320 +1 6.4042046 +1 -14.6756632 +1
N -1.38003094 +1 4.0080884 +1 -9.9094390 +1
O 1.48170244 +1 2.3116376 +1 -4.7934147 +1
O -0.66015828 +1 2.3312684 +1 -3.8157797 +1
O -1.35531261 +1 5.3876719 +1 -13.7006291 +1
O 0.97733325 +1 6.2452121 +1 -14.9487494 +1
H 0.71654908 +1 0.7909444 +1 -3.5985641 +1
H 1.11370328 +1 2.4043826 +1 -2.7491830 +1
H -2.82124381 +1 3.2767739 +1 -5.3074983 +1
H 1.76686969 +1 3.1621176 +1 -7.4448509 +1
H -2.56260439 +1 2.3520418 +1 -9.3102788 +1
H -3.50703161 +1 3.7205013 +1 -9.9811319 +1
H -2.95524263 +1 5.1336593 +1 -7.9254205 +1
H -3.77109153 +1 3.6101274 +1 -7.4942155 +1
H -2.28668774 +1 4.3690336 +1 -11.7821676 +1
H 1.87591195 +1 4.4990449 +1 -9.0394039 +1
H 3.15343979 +1 5.4013399 +1 -10.9898770 +1
H 3.19228064 +1 6.1365755 +1 -13.3389225 +1
H 1.83080222 +1 6.3981423 +1 -16.7215989 +1
H 2.74897550 +1 5.3400808 +1 -15.5952636 +1
H 2.80849264 +1 7.1334945 +1 -15.3707722 +1
H -2.69392514 +1 6.4941809 +1 -14.6432867 +1
H -1.24053738 +1 6.0511885 +1 -15.6501032 +1
H -1.13648305 +1 7.3597400 +1 -14.4046933 +1
C -5.09846594 +1 -3.4459697 +1 8.4900099 +1
C -6.58833221 +1 -2.5024407 +1 7.1072671 +1
C -5.31941779 +1 -2.4759676 +1 6.4791397 +1
C -7.72002709 +1 -2.0566575 +1 6.4709396 +1
C -7.55475267 +1 -1.5889429 +1 5.1551246 +1
C -5.14426491 +1 -2.0136367 +1 5.2007872 +1
C -6.30057486 +1 -1.5565091 +1 4.5283011 +1
C -6.17961623 +1 -1.0389275 +1 3.1609244 +1
C -8.60476282 +1 -1.5091121 +1 2.9300566 +1
C -8.75704171 +1 -1.1393882 +1 4.3993482 +1
C -7.33439021 +1 -0.4150372 +1 1.1604904 +1
C -6.12449734 +1 0.0175854 +1 0.5576786 +1
C -4.98835034 +1 -0.6318213 +1 2.6073055 +1
C -4.91757844 +1 -0.1212075 +1 1.2848137 +1
C -3.69237854 +1 0.2341179 +1 0.6777974 +1
C -3.66794778 +1 0.6805334 +1 -0.6225505 +1
C -4.86268028 +1 0.8309858 +1 -1.3578074 +1
C -6.08981001 +1 0.5378498 +1 -0.7648096 +1
C -3.71416385 +1 1.1380187 +1 -3.4026155 +1
C -7.44231716 +1 0.9865757 +1 -2.6822373 +1
N -7.34485025 +1 -0.9485492 +1 2.3847649 +1
O -4.36803365 +1 -2.9812235 +1 7.3297642 +1
O -6.48615327 +1 -3.0286145 +1 8.3610861 +1
O -7.32689309 +1 0.7299247 +1 -1.2832945 +1
O -4.90562139 +1 1.2904583 +1 -2.6324644 +1
H -5.08136406 +1 -4.5486092 +1 8.4899393 +1
H -4.68148523 +1 -2.9516932 +1 9.3792976 +1
H -8.70225443 +1 -2.0738652 +1 6.9392317 +1
H -4.15320519 +1 -2.0140515 +1 4.7230805 +1
H -8.56335581 +1 -2.6273696 +1 2.8006434 +1
H -9.48046561 +1 -1.1592191 +1 2.3304096 +1
H -8.90414850 +1 -0.0338632 +1 4.5234534 +1
H -9.69370176 +1 -1.6088639 +1 4.7891649 +1
H -8.29051193 +1 -0.3344386 +1 0.6026902 +1
H -4.04360036 +1 -0.7197496 +1 3.1825489 +1
H -2.76623197 +1 0.1293624 +1 1.2569994 +1
H -2.71354293 +1 0.9310459 +1 -1.1092754 +1
H -4.08257418 +1 1.3233479 +1 -4.4296412 +1
H -3.31606230 +1 0.1201480 +1 -3.3322565 +1
H -2.96512576 +1 1.8801965 +1 -3.1048750 +1
H -8.53399995 +1 0.9886729 +1 -2.8182505 +1
H -6.98068268 +1 0.1895232 +1 -3.2772975 +1
H -7.00973153 +1 1.9628231 +1 -2.9314503 +1
C 4.29826843 +1 1.9820393 +1 -4.6422450 +1
C 5.75761858 +1 1.0833770 +1 -3.1942057 +1
C 4.50005653 +1 1.1843523 +1 -2.5484869 +1
C 6.86790720 +1 0.6007442 +1 -2.5485918 +1
C 6.69410713 +1 0.2128882 +1 -1.2082427 +1
C 4.31694513 +1 0.8074884 +1 -1.2440107 +1
C 5.45272888 +1 0.3101309 +1 -0.5631939 +1
C 5.33070940 +1 -0.1188405 +1 0.8331184 +1
C 7.77349029 +1 0.2548734 +1 0.9834719 +1
C 7.87443098 +1 -0.2795961 +1 -0.4399785 +1
C 6.49444760 +1 -0.6674198 +1 2.8490732 +1
C 5.28447729 +1 -1.0918298 +1 3.4644329 +1
C 4.13718792 +1 -0.4573455 +1 1.4188748 +1
C 4.07074316 +1 -0.9452324 +1 2.7524279 +1
C 2.85573317 +1 -1.3059104 +1 3.3630542 +1
C 2.84285103 +1 -1.7942991 +1 4.6524245 +1
C 4.04198083 +1 -1.9661084 +1 5.3649843 +1
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C 2.89594789 +1 -2.5120287 +1 7.3628420 +1
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H 7.65006430 +1 4.4628343 +1 -14.0149240 +1
H -4.09944614 +1 2.2756761 +1 -14.0798293 +1
H 6.08274416 +1 3.3646359 +1 -9.8873367 +1
H -0.67159960 +1 0.2716974 +1 2.5084201 +1
H -4.75366239 +1 1.6752842 +1 -9.3800534 +1
Tv -19.26219642 +1 0.2277970 +1 0.0533326 +1
Tv -0.31029722 +1 -7.7697090 +1 0.4431598 +1
Tv 11.70098508 +1 2.6240427 +1 -23.9224994 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,1) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Berberine sulfate (CISREB) (PM6-D3H4)
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C 2.17245363 +1 1.6637359 +1 6.3689071 +1
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C 4.80206025 +1 1.7760554 +1 5.1780473 +1
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C 1.34285158 +1 2.0783447 +1 2.7296386 +1
C 1.14221563 +1 2.3309639 +1 4.2123943 +1
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