Time stamp: Thu Mar 11 08:55:57 2021
Adenosine (ADENOS11)
245 Adenosine (ADENOS11)
(Previous) 5-Nitrouracil piperazine
(Back) Elements:
N 5
C 10
O 4
H 13
(Z = 4)
(Periodic Table)
(Next) m-Diaminobenzene (REDDEJ)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 11.86 10.29 4.84 90.00 99.31 90.00 582.69 1.523 -103.1 calc'd using PM7
PM7: 12.41 9.89 4.45 90.01 100.49 89.69 537.09 1.652 -165.6 calc'd using PM7 (ref: 0.0)
PM6_D3H4: 11.99 10.20 4.81 89.50 101.83 89.29 575.71 1.542 -162.4 calc'd using PM6_D3H4
X-Ray PM7 PM6_D3H4
|
Calc'd on: Feb 25 2021 @ 12:21:28 |
Feb 23 2021 @ 01:53:53
ARC file |
Feb 28 2021 @ 22:17:02 |
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,2) CHARGE=0 OUTPUT THREADS=1 PM7 GRADIENTS NOTXT EF
Adenosine (ADENOS11)
N 0.26253901 +1 0.0330440 +1 -0.2634149 +1
C 1.58360162 +1 0.0876450 +1 -0.5653732 +1
N 2.35747490 +1 1.1892652 +1 -0.5289160 +1
C 1.69384878 +1 2.3189076 +1 -0.1750555 +1
C 0.29473288 +1 2.4055134 +1 0.1170236 +1
C -0.43046151 +1 1.1776836 +1 0.0483272 +1
N -0.02160126 +1 3.7279921 +1 0.4256375 +1
C 1.11408694 +1 4.4213883 +1 0.3559977 +1
N 2.19947113 +1 3.6014909 +1 -0.0306585 +1
N -1.75910803 +1 1.0832320 +1 0.2449256 +1
C 3.56832529 +1 3.9947131 +1 -0.3569992 +1
C 3.82931589 +1 3.8755914 +1 -1.8843228 +1
C 3.67399664 +1 5.3298670 +1 -2.3953472 +1
C 3.67698773 +1 6.2088802 +1 -1.1362083 +1
C 2.45668042 +1 7.1259961 +1 -1.0093663 +1
O 3.72063330 +1 5.3399770 +1 0.0030865 +1
O 5.09993222 +1 3.3890607 +1 -2.1827085 +1
O 4.68798660 +1 5.6977962 +1 -3.2800104 +1
O 2.56247171 +1 7.7374672 +1 0.2574159 +1
N -1.54889213 +1 -2.4244732 +1 7.0262953 +1
C -2.86998306 +1 -2.1569725 +1 7.1309089 +1
N -3.59698600 +1 -1.3580311 +1 6.3232261 +1
C -2.86716172 +1 -0.7716424 +1 5.3324575 +1
C -1.45965708 +1 -0.9627239 +1 5.1283775 +1
C -0.79282841 +1 -1.8329431 +1 6.0417969 +1
N -1.05248503 +1 -0.2077008 +1 4.0316943 +1
C -2.13931010 +1 0.4040739 +1 3.5625708 +1
N -3.27948213 +1 0.1050753 +1 4.3416610 +1
N 0.53021832 +1 -2.0805967 +1 6.0131506 +1
C -4.60721671 +1 0.7175496 +1 4.2363515 +1
C -4.89540147 +1 1.6329718 +1 5.4611512 +1
C -4.66499271 +1 3.0703973 +1 4.9243971 +1
C -4.56387210 +1 2.9068365 +1 3.3957808 +1
C -3.27177586 +1 3.4509896 +1 2.7825077 +1
O -4.62946283 +1 1.5062972 +1 3.0841382 +1
O -6.23942385 +1 1.5030305 +1 5.8348810 +1
O -5.66678292 +1 3.9556776 +1 5.2794112 +1
O -3.31952137 +1 3.0880620 +1 1.4206476 +1
H -2.22386054 +1 0.1811029 +1 0.2599559 +1
H 2.06695475 +1 -0.8622990 +1 -0.8664823 +1
H 4.29084947 +1 3.4222470 +1 0.2888295 +1
H 3.15585474 +1 3.1462621 +1 -2.3873101 +1
H 1.24611050 +1 5.4746478 +1 0.5792887 +1
H -2.28301357 +1 1.8900171 +1 0.5831775 +1
H 2.75457169 +1 5.4659495 +1 -3.0094526 +1
H 4.62022318 +1 6.8069124 +1 -1.0470618 +1
H 2.44559132 +1 7.8874950 +1 -1.8139019 +1
H 1.49212286 +1 6.5852484 +1 -1.0226041 +1
H 5.78791045 +1 3.7029259 +1 -1.5558649 +1
H 5.60017121 +1 5.4102479 +1 -2.9809196 +1
H 2.68308680 +1 8.7192233 +1 0.1539695 +1
H -3.39831706 +1 -2.6463713 +1 7.9742760 +1
H -2.19889928 +1 1.0494429 +1 2.6906087 +1
H 1.09084580 +1 -1.7484837 +1 5.2260007 +1
H 0.95620020 +1 -2.7401586 +1 6.6494922 +1
H -5.36981067 +1 -0.0867009 +1 4.0621714 +1
H -4.27090755 +1 1.3973477 +1 6.3466197 +1
H -3.75217139 +1 3.5290514 +1 5.3701194 +1
H -5.45754845 +1 3.3398013 +1 2.8806867 +1
H -2.35475786 +1 2.9906720 +1 3.1936484 +1
H -3.19857670 +1 4.5473037 +1 2.8984142 +1
H -6.49375075 +1 0.5435094 +1 5.7862659 +1
H -6.58159869 +1 3.5859175 +1 5.0960824 +1
H -3.46491655 +1 3.8843476 +1 0.8503950 +1
N -2.69888195 +1 -1.0849705 +1 -3.5655418 +1
C -1.39060007 +1 -1.0427683 +1 -3.9193174 +1
N -0.59502966 +1 0.0414223 +1 -3.8697616 +1
C -1.21723593 +1 1.1680411 +1 -3.4371082 +1
C -2.60581465 +1 1.2715637 +1 -3.0990559 +1
C -3.35663863 +1 0.0597884 +1 -3.1830998 +1
N -2.87890257 +1 2.5854250 +1 -2.7211735 +1
C -1.72586377 +1 3.2516111 +1 -2.7841741 +1
N -0.67252113 +1 2.4272008 +1 -3.2401813 +1
N -4.67695443 +1 -0.0319768 +1 -2.9291385 +1
C 0.70692515 +1 2.8035143 +1 -3.5528683 +1
C 0.97011707 +1 2.6791488 +1 -5.0805215 +1
C 0.83187131 +1 4.1320483 +1 -5.5915876 +1
C 0.83202346 +1 5.0142462 +1 -4.3344580 +1
C -0.38859747 +1 5.9326625 +1 -4.2076341 +1
O 0.87809801 +1 4.1474006 +1 -3.1945834 +1
O 2.22681152 +1 2.1477132 +1 -5.3504602 +1
O 1.84892869 +1 4.4749522 +1 -6.4837563 +1
O -0.25335123 +1 6.5961572 +1 -2.9721234 +1
N -4.34441766 +1 -3.6273504 +1 3.7563935 +1
C -5.66715260 +1 -3.3830750 +1 3.8744510 +1
N -6.40838294 +1 -2.5654650 +1 3.0987356 +1
C -5.68437874 +1 -1.9167181 +1 2.1418361 +1
C -4.27385727 +1 -2.0790667 +1 1.9293565 +1
C -3.59632826 +1 -2.9853690 +1 2.7980257 +1
N -3.87376124 +1 -1.2642766 +1 0.8733742 +1
C -4.96682491 +1 -0.6381152 +1 0.4391131 +1
N -6.10549817 +1 -0.9940707 +1 1.1986041 +1
N -2.27474862 +1 -3.2318952 +1 2.7547817 +1
C -7.45631967 +1 -0.4323580 +1 1.0967970 +1
C -7.79295449 +1 0.4418032 +1 2.3370809 +1
C -7.60329903 +1 1.9013832 +1 1.8400693 +1
C -7.47884351 +1 1.7772195 +1 0.3096400 +1
C -6.20255395 +1 2.3707724 +1 -0.2897531 +1
O -7.49832889 +1 0.3821698 +1 -0.0351535 +1
O -9.14187653 +1 0.2837866 +1 2.6842990 +1
O -8.65467215 +1 2.7238740 +1 2.2067309 +1
O -6.21882746 +1 2.0100042 +1 -1.6541894 +1
H -5.13980034 +1 -0.9350048 +1 -2.9286366 +1
H -0.93675427 +1 -1.9874756 +1 -4.2820067 +1
H 1.42112306 +1 2.2249625 +1 -2.9058076 +1
H 0.28975101 +1 1.9513529 +1 -5.5775375 +1
H -1.55817563 +1 4.2878587 +1 -2.5133074 +1
H -5.17911098 +1 0.7633103 +1 -2.5411195 +1
H -0.08228323 +1 4.2799674 +1 -6.2099496 +1
H 1.77239871 +1 5.6179039 +1 -4.2437288 +1
H -0.43137358 +1 6.6594031 +1 -5.0422739 +1
H -1.34915983 +1 5.3876438 +1 -4.1650044 +1
H 2.95796968 +1 2.7044256 +1 -4.9990979 +1
H 2.77192973 +1 4.2911036 +1 -6.1453865 +1
H -0.03055684 +1 7.5558249 +1 -3.1156209 +1
H -6.18780767 +1 -3.9189745 +1 4.6932154 +1
H -5.02986630 +1 0.0586362 +1 -0.3926105 +1
H -1.71052402 +1 -2.8564823 +1 1.9890108 +1
H -1.84267168 +1 -3.9104676 +1 3.3683052 +1
H -8.18489916 +1 -1.2618704 +1 0.8947710 +1
H -7.18041750 +1 0.1987078 +1 3.2292258 +1
H -6.72323191 +1 2.3859551 +1 2.3206648 +1
H -8.38639671 +1 2.1909877 +1 -0.2009699 +1
H -5.27241148 +1 1.9472817 +1 0.1351620 +1
H -6.17688453 +1 3.4674211 +1 -0.1716865 +1
H -9.40639326 +1 -0.6604669 +1 2.5492272 +1
H -9.54149779 +1 2.3617839 +1 1.9143927 +1
H -6.31111370 +1 2.8105734 +1 -2.2300048 +1
Tv 10.90343612 +1 -2.3758265 +1 -5.4381532 +1
Tv 0.31215221 +1 9.2292881 +1 -3.5297563 +1
Tv -5.60164626 +1 -2.3073428 +1 -6.5221590 +1
Optimized PM6_D3H4 data set:
MERS=(1,1,2) CHARGE=0 EF OUTPUT THREADS=1 PM6-D3H4 GRADIENTS
Adenosine (ADENOS11) (PM6-D3H4)
N 0.45228783 +1 -0.3727707 +1 -0.0526632 +1
C 1.73133415 +1 -0.2080485 +1 -0.5121990 +1
N 2.39960384 +1 0.9686371 +1 -0.6711079 +1
C 1.65868538 +1 2.0729623 +1 -0.3085968 +1
C 0.29557496 +1 2.0307265 +1 0.1470360 +1
C -0.31738139 +1 0.7431547 +1 0.2561008 +1
N -0.16318980 +1 3.3352709 +1 0.4062390 +1
C 0.86692412 +1 4.1435002 +1 0.1254538 +1
N 2.02467318 +1 3.4228547 +1 -0.3111494 +1
N -1.59810380 +1 0.5514662 +1 0.6695092 +1
C 3.32997112 +1 3.9532729 +1 -0.7727019 +1
C 3.24652748 +1 4.4013367 +1 -2.2588565 +1
C 3.30276208 +1 5.9525480 +1 -2.2185242 +1
C 3.63668907 +1 6.3263906 +1 -0.7588599 +1
C 2.66430775 +1 7.3359568 +1 -0.1473240 +1
O 3.64899350 +1 5.0962413 +1 0.0265240 +1
O 4.31558633 +1 3.7816156 +1 -2.9557883 +1
O 4.26576450 +1 6.4652217 +1 -3.1128159 +1
O 3.06503300 +1 7.5429503 +1 1.2206082 +1
N -1.70042343 +1 -3.5929066 +1 6.6072577 +1
C -2.97592320 +1 -3.1355962 +1 6.7939295 +1
N -3.53173697 +1 -2.0136304 +1 6.2508139 +1
C -2.67823840 +1 -1.3007249 +1 5.4375510 +1
C -1.32023251 +1 -1.6878199 +1 5.1642292 +1
C -0.82495174 +1 -2.8652676 +1 5.8106990 +1
N -0.73285595 +1 -0.7798501 +1 4.2630270 +1
C -1.67370365 +1 0.1349372 +1 4.0069384 +1
N -2.90138993 +1 -0.1268592 +1 4.7026478 +1
N 0.45014265 +1 -3.3158244 +1 5.6734999 +1
C -4.08639594 +1 0.7665388 +1 4.7849127 +1
C -3.89925403 +1 1.8283813 +1 5.9090889 +1
C -3.47131991 +1 3.1131960 +1 5.1503579 +1
C -3.95872382 +1 2.9069358 +1 3.7038315 +1
C -2.95114876 +1 3.3131081 +1 2.6241811 +1
O -4.20615277 +1 1.4682533 +1 3.5440073 +1
O -5.10825415 +1 2.0140224 +1 6.6085953 +1
O -4.17133570 +1 4.2484895 +1 5.6614191 +1
O -3.43154153 +1 2.7814134 +1 1.3763807 +1
H -2.00245002 +1 -0.3926666 +1 0.6882075 +1
H 2.27475189 +1 -1.1370615 +1 -0.7878108 +1
H 4.13352258 +1 3.1887068 +1 -0.5823273 +1
H 2.32541197 +1 4.0145758 +1 -2.7633697 +1
H 0.87119198 +1 5.2209867 +1 0.2131346 +1
H -2.21250106 +1 1.3727835 +1 0.8497099 +1
H 2.34259805 +1 6.4073357 +1 -2.5694290 +1
H 4.68272265 +1 6.7075568 +1 -0.6848450 +1
H 2.71884226 +1 8.2966188 +1 -0.7184118 +1
H 1.61984311 +1 6.9596659 +1 -0.0957300 +1
H 5.02659221 +1 4.4383865 +1 -3.1770569 +1
H 5.21070569 +1 6.3648275 +1 -2.7635264 +1
H 3.41848552 +1 8.4651292 +1 1.3268437 +1
H -3.62235721 +1 -3.7563444 +1 7.4588922 +1
H -1.58458357 +1 0.9802321 +1 3.3374481 +1
H 1.15163191 +1 -2.7347252 +1 5.1642392 +1
H 0.76833030 +1 -4.1717138 +1 6.1373929 +1
H -5.02365506 +1 0.1607778 +1 4.8762026 +1
H -3.17876742 +1 1.5089363 +1 6.6948615 +1
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