139 XIX 1,8-Naphthyridinium fumarate
(Previous) Lysine acetate (CETSOJ)
(Back) Elements:
H 5
N 1
C 6
O 2
(Z = 16)
(Periodic Table)
(Next) epsilon-Amino-n-caproic acid (AMCAPR10)
This is one of the solids used in the blind tests of crystal structure prediction.
See: "Significant progress in predicting the crystal structures of small organic molecules – a report on the fourth blind test", Acta Crys. B 865, 107-125 (2009), and
"Towards crystal structure prediction of complex organic compounds - a report on the fifth blind test", Bardwell, et. al Acta Cryst. (2011). B67, 535-551
The complete set consists of 22 solids.
The fumaric acid is half-ionized in the X-ray structure, and in the PM7 structure the ionized hydrogen is strongly bridging.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 12.65 3.71 23.50 90.00 90.00 90.00 1104.77 1.480 -19.7 calc'd using PM7
PM7: 12.52 3.80 23.43 89.95 89.95 89.10 1116.18 1.465 -73.9 calc'd using PM7
PM6: 10.46 4.42 24.04 89.67 89.80 89.99 1110.19 1.473 -63.9 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
X-Ray data set:
1SCF MERS=(1,2,1) GNORM=4
XIX 1,8-Naphthyridinium fumarate
H 0.00000000 +1 0.00000000 +1 0.00000000 +1
N 1.08521200 +1 0.00000000 +1 0.00000000 +1
C 1.78562818 +1 1.17770012 +1 0.00000000 +1
C 3.18595456 +1 1.16186245 +1 0.02709325 +1
N 1.03519613 +1 2.31054738 +1 -0.03910052 +1
C 3.84889494 +1 2.40724457 +1 0.00590874 +1
H 4.77819167 +1 2.44967895 +1 0.01020815 +1
C 3.12421869 +1 -1.22982804 +1 0.07606207 +1
H 3.54803246 +1 -2.05560196 +1 0.10786301 +1
C 3.85299081 +1 -0.09197595 +1 0.07305668 +1
H 4.78168648 +1 -0.12928221 +1 0.10183171 +1
C 1.70895046 +1 3.44594875 +1 -0.04191763 +1
H 1.22128050 +1 4.23698244 +1 -0.05952059 +1
C 1.73029342 +1 -1.15381233 +1 0.03117372 +1
H 1.23879631 +1 -1.94247583 +1 0.02334663 +1
C 3.10404233 +1 3.54680236 +1 -0.02062860 +1
H 3.51804452 +1 4.38048386 +1 -0.02488440 +1
H 2.13352494 +1 16.00630891 +1 2.63624243 +1
N 2.50156660 +1 15.21741375 +1 1.98826492 +1
C 1.88215909 +1 13.99573698 +1 1.95214444 +1
C 2.35240584 +1 12.99613906 +1 1.09099936 +1
N 0.82747963 +1 13.84279121 +1 2.79610897 +1
C 1.68455582 +1 11.75342213 +1 1.11437307 +1
H 1.96712353 +1 11.05313095 +1 0.56972721 +1
C 4.04086991 +1 14.50476428 +1 0.31670471 +1
H 4.76672981 +1 14.70644057 +1 -0.22771320 +1
C 3.46347851 +1 13.28473605 +1 0.25221229 +1
H 3.78755855 +1 12.64197490 +1 -0.33515108 +1
C 0.23227991 +1 12.66474665 +1 2.76390010 +1
H -0.49764127 +1 12.53467901 +1 3.32440312 +1
C 3.53967357 +1 15.45751117 +1 1.20659041 +1
H 3.95097946 +1 16.28970634 +1 1.25017316 +1
C 0.61938797 +1 11.59642983 +1 1.94796318 +1
H 0.15629008 +1 10.78940096 +1 1.97410992 +1
H 5.68018476 +1 10.28652438 +1 0.21568025 +1
N 6.56542587 +1 10.42105405 +1 -0.39659278 +1
C 7.28403203 +1 11.58640760 +1 -0.34076554 +1
C 8.40968948 +1 11.75700283 +1 -1.15666470 +1
N 6.83543625 +1 12.51558524 +1 0.54503961 +1
C 9.11859338 +1 12.97239087 +1 -1.03824724 +1
H 9.87993503 +1 13.12882438 +1 -1.54941960 +1
C 8.03375525 +1 9.57978031 +1 -2.07347392 +1
H 8.25820320 +1 8.88812322 +1 -2.65208535 +1
C 8.77222812 +1 10.71104674 +1 -2.04670497 +1
H 9.50883451 +1 10.80291873 +1 -2.60601143 +1
C 7.52859277 +1 13.63781604 +1 0.60177171 +1
H 7.23919377 +1 14.29427224 +1 1.19268594 +1
C 6.93038157 +1 9.45737786 +1 -1.22515956 +1
H 6.43573452 +1 8.67205516 +1 -1.24411843 +1
C 8.66781211 +1 13.91234556 +1 -0.16224322 +1
H 9.11213095 +1 14.72544944 +1 -0.07345351 +1
H -3.54666032 +1 5.71978320 +1 2.42056170 +1
N -2.97864707 +1 4.79635896 +1 2.38485738 +1
C -3.61624402 +1 3.58702961 +1 2.29290970 +1
C -2.87132872 +1 2.40099819 +1 2.27475685 +1
N -4.97275902 +1 3.63775263 +1 2.21196824 +1
C -3.58514175 +1 1.18827617 +1 2.15852868 +1
H -3.13462046 +1 0.37398458 +1 2.12935495 +1
C -0.86866647 +1 3.69515576 +1 2.46624039 +1
H 0.05655886 +1 3.76271474 +1 2.53223472 +1
C -1.45575914 +1 2.48171234 +1 2.37197359 +1
H -0.93958899 +1 1.70977324 +1 2.37269140 +1
C -5.58736143 +1 2.47287778 +1 2.12021016 +1
H -6.51555346 +1 2.47738774 +1 2.07219584 +1
C -1.66041434 +1 4.84631957 +1 2.46292328 +1
H -1.24595855 +1 5.67517396 +1 2.51763782 +1
C -4.94438113 +1 1.23088676 +1 2.08957747 +1
H -5.43779662 +1 0.44443376 +1 2.02267864 +1
O 4.45959348 +1 9.94680198 +1 0.99716426 +1
O 1.44898087 +1 5.67495855 +1 3.67507238 +1
O 5.09604746 +1 7.83138811 +1 0.81203613 +1
O 0.86760948 +1 7.82687553 +1 3.54187468 +1
H 0.23804366 +1 7.57900029 +1 4.00493446 +1
C 1.65835758 +1 6.79528008 +1 3.28500468 +1
C 2.84908351 +1 7.14932793 +1 2.47665425 +1
H 3.47190567 +1 6.48023623 +1 2.30630541 +1
C 4.31223420 +1 8.69651540 +1 1.21038797 +1
C 3.08558583 +1 8.34209430 +1 1.98522066 +1
H 2.45072452 +1 9.00754499 +1 2.12751949 +1
O -4.18109429 +1 7.06650210 +1 2.46619715 +1
O -3.69515875 +1 12.70890312 +1 0.91292747 +1
O -2.31608698 +1 7.82400288 +1 1.53597271 +1
O -5.37764715 +1 11.78587497 +1 2.05660135 +1
H -5.68776156 +1 12.54389536 +1 2.01146117 +1
C -4.20617525 +1 11.75228430 +1 1.43855639 +1
C -3.57706136 +1 10.41033990 +1 1.43547540 +1
H -2.77772441 +1 10.30741601 +1 0.97171147 +1
C -3.44867017 +1 7.99918713 +1 1.99210423 +1
C -4.07050154 +1 9.35705166 +1 2.04147260 +1
H -4.85452607 +1 9.46183938 +1 2.53182709 +1
O -1.47900751 +1 -0.16311840 +1 -0.01309091 +1
O -5.98028823 +1 -3.42316304 +1 -1.91023066 +1
O -1.11952888 +1 -2.09173533 +1 -1.04682744 +1
O -6.11085077 +1 -1.57723502 +1 -0.65984211 +1
H -6.91716293 +1 -1.70514372 +1 -0.73923710 +1
C -5.44925217 +1 -2.52117033 +1 -1.31308589 +1
C -3.97767611 +1 -2.35895424 +1 -1.25800793 +1
H -3.45622918 +1 -2.95803284 +1 -1.74095598 +1
C -1.87556887 +1 -1.24425658 +1 -0.56470117 +1
C -3.35857765 +1 -1.42587729 +1 -0.57520751 +1
H -3.87350281 +1 -0.84063020 +1 -0.06627587 +1
O 1.75750678 +1 17.17642315 +1 3.47645285 +1
O 3.73411207 +1 21.80702162 +1 6.49822941 +1
O 3.89949056 +1 17.74712830 +1 3.39483679 +1
O 1.60081606 +1 21.18998355 +1 6.25831674 +1
H 1.46744734 +1 21.82803578 +1 6.75563127 +1
C 2.90143629 +1 21.06873188 +1 6.03664551 +1
C 3.24970051 +1 19.91861995 +1 5.17013625 +1
H 4.15041307 +1 19.74568366 +1 5.01897141 +1
C 2.73913347 +1 17.93996003 +1 3.76719385 +1
C 2.37366415 +1 19.12502136 +1 4.60189905 +1
H 1.46970365 +1 19.31001287 +1 4.72562072 +1
H -1.12626329 +1 0.76445858 +1 -3.45663985 +1
N -0.04105129 +1 0.76445858 +1 -3.45663985 +1
C 0.65936488 +1 1.94215870 +1 -3.45663985 +1
C 2.05969127 +1 1.92632103 +1 -3.42954660 +1
N -0.09106716 +1 3.07500596 +1 -3.49574038 +1
C 2.72263165 +1 3.17170315 +1 -3.45073111 +1
H 3.65192838 +1 3.21413753 +1 -3.44643170 +1
C 1.99795539 +1 -0.46536946 +1 -3.38057778 +1
H 2.42176917 +1 -1.29114337 +1 -3.34877684 +1
C 2.72672752 +1 0.67248263 +1 -3.38358317 +1
H 3.65542319 +1 0.63517637 +1 -3.35480815 +1
C 0.58268716 +1 4.21040733 +1 -3.49855748 +1
H 0.09501720 +1 5.00144102 +1 -3.51616044 +1
C 0.60403013 +1 -0.38935375 +1 -3.42546613 +1
H 0.11253302 +1 -1.17801725 +1 -3.43329322 +1
C 1.97777903 +1 4.31126094 +1 -3.47726845 +1
H 2.39178123 +1 5.14494244 +1 -3.48152425 +1
H 1.00726165 +1 16.77076749 +1 -0.82039742 +1
N 1.37530330 +1 15.98187233 +1 -1.46837493 +1
C 0.75589580 +1 14.76019556 +1 -1.50449541 +1
C 1.22614254 +1 13.76059764 +1 -2.36564050 +1
N -0.29878367 +1 14.60724979 +1 -0.66053088 +1
C 0.55829253 +1 12.51788071 +1 -2.34226679 +1
H 0.84086023 +1 11.81758953 +1 -2.88691264 +1
C 2.91460661 +1 15.26922286 +1 -3.13993514 +1
H 3.64046652 +1 15.47089915 +1 -3.68435305 +1
C 2.33721522 +1 14.04919463 +1 -3.20442756 +1
H 2.66129526 +1 13.40643349 +1 -3.79179093 +1
C -0.89398338 +1 13.42920523 +1 -0.69273975 +1
H -1.62390456 +1 13.29913759 +1 -0.13223673 +1
C 2.41341027 +1 16.22196975 +1 -2.25004944 +1
H 2.82471617 +1 17.05416492 +1 -2.20646670 +1
C -0.50687532 +1 12.36088841 +1 -1.50867667 +1
H -0.96997321 +1 11.55385954 +1 -1.48252993 +1
H 4.55392146 +1 11.05098297 +1 -3.24095961 +1
N 5.43916258 +1 11.18551263 +1 -3.85323263 +1
C 6.15776874 +1 12.35086618 +1 -3.79740539 +1
C 7.28342618 +1 12.52146141 +1 -4.61330455 +1
N 5.70917296 +1 13.28004382 +1 -2.91160024 +1
C 7.99233009 +1 13.73684945 +1 -4.49488710 +1
H 8.75367173 +1 13.89328296 +1 -5.00605945 +1
C 6.90749195 +1 10.34423889 +1 -5.53011377 +1
H 7.13193991 +1 9.65258180 +1 -6.10872520 +1
C 7.64596483 +1 11.47550532 +1 -5.50334483 +1
H 8.38257121 +1 11.56737731 +1 -6.06265128 +1
C 6.40232948 +1 14.40227462 +1 -2.85486815 +1
H 6.11293047 +1 15.05873082 +1 -2.26395392 +1
C 5.80411828 +1 10.22183644 +1 -4.68179942 +1
H 5.30947122 +1 9.43651374 +1 -4.70075828 +1
C 7.54154882 +1 14.67680414 +1 -3.61888308 +1
H 7.98586765 +1 15.48990802 +1 -3.53009336 +1
H -4.67292361 +1 6.48424178 +1 -1.03607815 +1
N -4.10491036 +1 5.56081755 +1 -1.07178247 +1
C -4.74250731 +1 4.35148819 +1 -1.16373016 +1
C -3.99759201 +1 3.16545677 +1 -1.18188300 +1
N -6.09902231 +1 4.40221122 +1 -1.24467161 +1
C -4.71140504 +1 1.95273476 +1 -1.29811118 +1
H -4.26088375 +1 1.13844316 +1 -1.32728490 +1
C -1.99492976 +1 4.45961435 +1 -0.99039946 +1
H -1.06970443 +1 4.52717333 +1 -0.92440514 +1
C -2.58202243 +1 3.24617092 +1 -1.08466626 +1
H -2.06585229 +1 2.47423182 +1 -1.08394845 +1
C -6.71362473 +1 3.23733636 +1 -1.33642970 +1
H -7.64181675 +1 3.24184632 +1 -1.38444401 +1
C -2.78667763 +1 5.61077815 +1 -0.99371657 +1
H -2.37222184 +1 6.43963254 +1 -0.93900203 +1
C -6.07064442 +1 1.99534534 +1 -1.36706238 +1
H -6.56405991 +1 1.20889234 +1 -1.43396122 +1
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O 0.32271758 +1 6.43941713 +1 0.21843253 +1
O 3.96978417 +1 8.59584669 +1 -2.64460373 +1
O -0.25865382 +1 8.59133411 +1 0.08523483 +1
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C -5.19676483 +1 10.12151024 +1 -1.41516725 +1
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Optimized PM7 data set:
MERS=(1,2,1) GNORM=2
XIX 1,8-Naphthyridinium fumarate
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H 0.07165394 +1 10.63266426 +1 1.99312832 +1
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C 7.27039259 +1 11.56903559 +1 -0.33241299 +1
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C -0.50392977 +1 12.33547748 +1 -1.50999480 +1
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Optimized PM6 data set:
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XIX 1,8-Naphthyridinium fumarate
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