54 Pyridine (PYRDNA03)
(Previous) Aminetrimethylborane (RIJHIB)
(Back) Elements:
N 1
C 5
H 5
(Z = 24)
(Periodic Table)
(Next) m-Toluidine (FANDOO)
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 11.24 6.80 5.41 90.00 90.00 90.00 414.05 1.269 37.4 calc'd using PM7
PM7: 11.12 6.79 5.40 90.51 89.72 89.77 407.52 1.289 18.1 calc'd using PM7
PM6: 11.24 6.81 5.43 90.06 90.14 89.97 415.59 1.264 28.7 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MOZYME MERS=(1,2,3) GNORM=4
Pyridine (PYRDNA03)
N 0.00461627 +1 0.04537315 +1 -0.03608955 +1
C 1.35098948 +1 0.01143380 +1 -0.01024327 +1
C 2.13566706 +1 1.17225910 +1 -0.02582472 +1
C 1.49662014 +1 2.40948862 +1 -0.05698686 +1
C 0.10379839 +1 2.45443678 +1 -0.07467403 +1
C -0.60490945 +1 1.24767673 +1 -0.06898393 +1
H 1.81050364 +1 -0.98786303 +1 0.03122761 +1
H 3.22112079 +1 1.10627599 +1 -0.00272083 +1
H 2.07985593 +1 3.33139828 +1 -0.06363973 +1
H -0.42950004 +1 3.40463320 +1 -0.08831476 +1
H -1.70165286 +1 1.23403111 +1 -0.09313330 +1
N -0.43798631 +1 1.16883920 +1 -5.64168836 +1
C -0.23327623 +1 2.04714526 +1 -4.64065487 +1
C 0.61543498 +1 1.77464774 +1 -3.56019293 +1
C 1.28487373 +1 0.55343874 +1 -3.52859531 +1
C 1.08665988 +1 -0.35622704 +1 -4.56468072 +1
C 0.21090881 +1 -0.01179882 +1 -5.60074624 +1
H -0.76853124 +1 3.00437716 +1 -4.71929535 +1
H 0.75511042 +1 2.50739257 +1 -2.76869707 +1
H 1.95859771 +1 0.31408756 +1 -2.70453955 +1
H 1.60155310 +1 -1.31681807 +1 -4.57812998 +1
H 0.01702904 +1 -0.70294624 +1 -6.43160761 +1
N -3.11535493 +1 3.47958183 +1 -1.03032474 +1
C -4.45677788 +1 3.38429481 +1 -0.94841128 +1
C -5.30082940 +1 3.64904707 +1 -2.03503006 +1
C -4.72882208 +1 4.01832206 +1 -3.25002304 +1
C -3.34205609 +1 4.11698471 +1 -3.34450140 +1
C -2.57125541 +1 3.84126168 +1 -2.20947817 +1
H -4.86208730 +1 3.07562279 +1 0.02698167 +1
H -6.37996541 +1 3.55681694 +1 -1.93289772 +1
H -5.35930961 +1 4.22279699 +1 -4.11672402 +1
H -2.85962073 +1 4.39917720 +1 -4.27921815 +1
H -1.47663917 +1 3.91241735 +1 -2.23744448 +1
N -2.71523322 +1 3.78759105 +1 3.45964652 +1
C -2.91718087 +1 3.03509597 +1 2.36046399 +1
C -3.71057167 +1 1.88024449 +1 2.37225557 +1
C -4.32527140 +1 1.50428092 +1 3.56432053 +1
C -4.12567400 +1 2.27920176 +1 4.70506584 +1
C -3.30814325 +1 3.41107659 +1 4.61054471 +1
H -2.42693151 +1 3.38238868 +1 1.43818236 +1
H -3.85079024 +1 1.29670695 +1 1.46518550 +1
H -4.95748395 +1 0.61570699 +1 3.60368523 +1
H -4.59351089 +1 2.01684740 +1 5.65364264 +1
H -3.11490719 +1 4.04431263 +1 5.48547962 +1
N 0.21227070 +1 -5.33424146 +1 4.05962053 +1
C 1.55898552 +1 -5.37149113 +1 4.07838030 +1
C 2.34695762 +1 -4.21260417 +1 4.08286744 +1
C 1.71163431 +1 -2.97289088 +1 4.08169382 +1
C 0.31894564 +1 -2.92432912 +1 4.07303010 +1
C -0.39298966 +1 -4.12942739 +1 4.05627887 +1
H 2.01426950 +1 -6.37338745 +1 4.09830167 +1
H 3.43260579 +1 -4.27989681 +1 4.09964624 +1
H 2.29787939 +1 -2.05252818 +1 4.09237271 +1
H -0.21185291 +1 -1.97247769 +1 4.08269157 +1
H -1.48987109 +1 -4.13942238 +1 4.03889784 +1
N -0.22433918 +1 -4.21369980 +1 -1.50563857 +1
C -0.03382742 +1 -3.33148638 +1 -0.50511134 +1
C 0.81142487 +1 -3.59236597 +1 0.58154825 +1
C 1.49247929 +1 -4.80669248 +1 0.62116920 +1
C 1.30583385 +1 -5.72250507 +1 -0.41167407 +1
C 0.43302637 +1 -5.38926906 +1 -1.45406815 +1
H -0.57802688 +1 -2.37911082 +1 -0.59008446 +1
H 0.94059444 +1 -2.85631163 +1 1.37186398 +1
H 2.16614480 +1 -5.03597644 +1 1.44847943 +1
H 1.82770368 +1 -6.67929818 +1 -0.41721193 +1
H 0.24749407 +1 -6.08607785 +1 -2.28172285 +1
N -2.88010294 +1 -1.89293078 +1 3.11318658 +1
C -4.22116980 +1 -1.98286184 +1 3.20600260 +1
C -5.07182487 +1 -1.72191953 +1 2.12336621 +1
C -4.50701687 +1 -1.37077655 +1 0.89936635 +1
C -3.12020518 +1 -1.28528242 +1 0.79151412 +1
C -2.34308117 +1 -1.54730787 +1 1.92598301 +1
H -4.62041086 +1 -2.28248941 +1 4.18704554 +1
H -6.15076463 +1 -1.80483562 +1 2.23492684 +1
H -5.14317938 +1 -1.16988531 +1 0.03613061 +1
H -2.64305950 +1 -1.02436282 +1 -0.15264796 +1
H -1.24843164 +1 -1.47886207 +1 1.89120143 +1
N -2.49293099 +1 -1.58054350 +1 7.61796721 +1
C -2.68600148 +1 -2.33482838 +1 6.51842274 +1
C -3.47893346 +1 -3.49037222 +1 6.52468506 +1
C -4.10730677 +1 -3.86278116 +1 7.71075404 +1
C -3.92200021 +1 -3.08218340 +1 8.84985255 +1
C -3.09874360 +1 -1.95378104 +1 8.76321314 +1
H -2.18774349 +1 -1.98854471 +1 5.60051745 +1
H -3.60917339 +1 -4.07708668 +1 5.61870649 +1
H -4.73809234 +1 -4.75210106 +1 7.74681080 +1
H -4.40426093 +1 -3.33839315 +1 9.79339955 +1
H -2.91065948 +1 -1.32113067 +1 9.63978437 +1
N 4.09995713 +1 2.33055022 +1 2.66860081 +1
C 5.44665172 +1 2.29687601 +1 2.69421683 +1
C 6.23119050 +1 3.45768976 +1 2.67746601 +1
C 5.59221327 +1 4.69502216 +1 2.64570425 +1
C 4.19955155 +1 4.73982603 +1 2.62873943 +1
C 3.49076167 +1 3.53268523 +1 2.63512357 +1
H 5.90610216 +1 1.29766157 +1 2.73657148 +1
H 7.31668952 +1 3.39177290 +1 2.69996585 +1
H 6.17551570 +1 5.61695807 +1 2.63792934 +1
H 3.66624005 +1 5.68989903 +1 2.61511082 +1
H 2.39389809 +1 3.51965165 +1 2.61147755 +1
N 3.65500226 +1 3.42093976 +1 -2.91992658 +1
C 3.86585544 +1 4.30485421 +1 -1.92498265 +1
C 4.71992756 +1 4.03721603 +1 -0.84777682 +1
C 5.38500446 +1 2.81379128 +1 -0.81192745 +1
C 5.17753538 +1 1.89672671 +1 -1.83995736 +1
C 4.29982497 +1 2.23812346 +1 -2.87485155 +1
H 3.33089688 +1 5.26233585 +1 -2.00553732 +1
H 4.86603025 +1 4.77506503 +1 -0.06199015 +1
H 6.06262284 +1 2.57846829 +1 0.01004557 +1
H 5.68600867 +1 0.93289884 +1 -1.84823865 +1
H 4.10086878 +1 1.54325731 +1 -3.70105894 +1
N 0.97400533 +1 5.71900439 +1 1.67801043 +1
C -0.36685651 +1 5.60800267 +1 1.75429627 +1
C -1.20892918 +1 5.86861364 +1 0.66585801 +1
C -0.63588292 +1 6.25354727 +1 -0.54389021 +1
C 0.74949691 +1 6.37107980 +1 -0.63211702 +1
C 1.51882379 +1 6.09513272 +1 0.50388204 +1
H -0.77270076 +1 5.29047782 +1 2.72636784 +1
H -2.28728485 +1 5.76270357 +1 0.76258144 +1
H -1.26494641 +1 6.45637305 +1 -1.41189549 +1
H 1.23197115 +1 6.66727443 +1 -1.56255776 +1
H 2.61258672 +1 6.17820696 +1 0.48029430 +1
N 1.38129416 +1 6.07379083 +1 6.16275107 +1
C 1.17917396 +1 5.32103457 +1 5.06379938 +1
C 0.38682611 +1 4.16536328 +1 5.07639667 +1
C -0.22652942 +1 3.78896543 +1 6.26903830 +1
C -0.02790161 +1 4.56509024 +1 7.40927465 +1
C 0.78884716 +1 5.69746305 +1 7.31409871 +1
H 1.66848509 +1 5.66841837 +1 4.14107420 +1
H 0.24597109 +1 3.58159018 +1 4.16935542 +1
H -0.85650136 +1 2.89899047 +1 6.30895455 +1
H -0.49563825 +1 4.30342930 +1 8.35802898 +1
H 0.98219514 +1 6.33132258 +1 8.18863385 +1
N 4.30795547 +1 -3.04748150 +1 6.76315697 +1
C 5.65441391 +1 -3.08476679 +1 6.78175617 +1
C 6.44264793 +1 -1.92577907 +1 6.78547273 +1
C 5.80739097 +1 -0.68604549 +1 6.78386156 +1
C 4.41473875 +1 -0.63756082 +1 6.77548626 +1
C 3.70260578 +1 -1.84264640 +1 6.75911302 +1
H 6.10979251 +1 -4.08656328 +1 6.80237227 +1
H 7.52825342 +1 -1.99322293 +1 6.80183482 +1
H 6.39351359 +1 0.23444218 +1 6.79385446 +1
H 3.88413493 +1 0.31429650 +1 6.78505089 +1
H 2.60561643 +1 -1.85230363 +1 6.74184914 +1
N 3.86648966 +1 -1.95859440 +1 1.20876051 +1
C 4.06235128 +1 -1.07101297 +1 2.20370251 +1
C 4.91145857 +1 -1.32738266 +1 3.28805118 +1
C 5.58804119 +1 -2.54415603 +1 3.33259613 +1
C 5.39290772 +1 -3.46714455 +1 2.30759572 +1
C 4.51914974 +1 -3.13668360 +1 1.26534011 +1
H 3.51932196 +1 -0.11803308 +1 2.11637363 +1
H 5.04625791 +1 -0.58635050 +1 4.07290446 +1
H 6.26474898 +1 -2.76957808 +1 4.15838295 +1
H 5.90864015 +1 -4.42709170 +1 2.30735350 +1
H 4.32919132 +1 -3.83751095 +1 0.44259411 +1
N 1.20887516 +1 0.34947434 +1 5.82000122 +1
C -0.13167552 +1 0.24481971 +1 5.90675005 +1
C -0.98021557 +1 0.50113798 +1 4.82182864 +1
C -0.41395946 +1 0.86651523 +1 3.60270977 +1
C 0.97193698 +1 0.97033252 +1 3.50156297 +1
C 1.74717246 +1 0.70812715 +1 4.63723155 +1
H -0.53219634 +1 -0.06282979 +1 6.88449125 +1
H -2.05854816 +1 0.40510973 +1 4.92824791 +1
H -1.04835484 +1 1.06505061 +1 2.73760630 +1
H 1.44979784 +1 1.24493355 +1 2.56166074 +1
H 2.84106128 +1 0.78748327 +1 4.60683851 +1
N 1.60428300 +1 0.70623535 +1 10.32125994 +1
C 1.41042253 +1 -0.04795473 +1 9.22195199 +1
C 0.61768848 +1 -1.20368911 +1 9.22890639 +1
C -0.00950624 +1 -1.57631537 +1 10.41549619 +1
C 0.17583725 +1 -0.79501666 +1 11.55412185 +1
C 0.99910264 +1 0.33342771 +1 11.46674602 +1
H 1.90768730 +1 0.29799510 +1 8.30345755 +1
H 0.48627209 +1 -1.79010029 +1 8.32272902 +1
H -0.63930877 +1 -2.46607992 +1 10.45224511 +1
H -0.30631626 +1 -1.05060216 +1 12.49785712 +1
H 1.18740824 +1 0.96611061 +1 12.34322422 +1
N 8.20521217 +1 4.58856255 +1 5.38320480 +1
C 9.55176970 +1 4.55937511 +1 5.41758531 +1
C 10.33269289 +1 5.72245295 +1 5.40093564 +1
C 9.68968413 +1 6.95724706 +1 5.35647360 +1
C 8.29726815 +1 6.99713286 +1 5.32769644 +1
C 7.59204151 +1 5.78832696 +1 5.33830104 +1
H 10.01397496 +1 3.56198486 +1 5.46653690 +1
H 11.41824735 +1 5.66062111 +1 5.43378297 +1
H 10.26944381 +1 7.88155340 +1 5.34852955 +1
H 7.76071937 +1 7.94533219 +1 5.30296547 +1
H 6.49537209 +1 5.77236024 +1 5.30928138 +1
N 7.74857391 +1 5.70556397 +1 -0.21668417 +1
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Optimized PM6 data set:
PM6 MOZYME MERS=(1,2,3) GNORM=4
Pyridine (PYRDNA03)
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C 2.13714570 +1 1.13538327 +1 -0.01926376 +1
C 1.49277442 +1 2.37503386 +1 -0.04766601 +1
C 0.09579203 +1 2.41799271 +1 -0.06118427 +1
C -0.61697468 +1 1.20997123 +1 -0.04425840 +1
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C -5.31172404 +1 3.55301634 +1 -2.03555736 +1
C -4.73828358 +1 3.92080142 +1 -3.25575803 +1
C -3.34769725 +1 4.02352472 +1 -3.35300142 +1
C -2.56954502 +1 3.75067546 +1 -2.21767075 +1
H -4.88095565 +1 2.99369577 +1 0.03121387 +1
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H -5.36988503 +1 4.12475795 +1 -4.12302581 +1
H -2.86860635 +1 4.30811762 +1 -4.29097601 +1
H -1.47438131 +1 3.82636957 +1 -2.25481665 +1
N -2.73874387 +1 3.85740381 +1 3.44241715 +1
C -2.93169748 +1 3.08566395 +1 2.33922504 +1
C -3.71573862 +1 1.92098676 +1 2.35661916 +1
C -4.32640326 +1 1.53942704 +1 3.55413527 +1
C -4.13683871 +1 2.32230046 +1 4.69648665 +1
C -3.33673215 +1 3.47117052 +1 4.60219078 +1
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