256 2-(4-pyridyl)malondialdehyde sesquihydrate (GIDLIP)
(Previous) Citric acid (CITRAC10)
(Back) Elements:
N 2
H 20
C 16
O 7
(Z = 12)
(Periodic Table)
(Next) Picric acid (PICRAC)
2-(4-pyridyl)malondialdehyde could be regarded as an example of a Zwitterion if the pyridyl ring is assigned
a positive charge and the malondialdehyde a negative charge. Alternatively, it could be regarded as neutral,
with the six-membered ring being non-aromatic, being nearer to a di-ene.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 3.74 20.95 24.20 58.69 90.00 90.00 1622.34 1.443 -182.3 calc'd using PM7
PM7: 3.86 20.83 23.97 57.74 90.16 89.25 1629.34 1.436 -359.0 calc'd using PM7
PM6: 3.70 20.72 23.89 57.36 90.12 90.08 1542.75 1.517 -291.8 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(3,1,1) GNORM=4
2-(4-pyridyl)malondialdehyde sesquihydrate
N 0.00620162 +1 0.21366392 +1 -0.07987769 +1
H -11.83918867 +1 1.95146802 +1 3.85147324 +1
C -12.92328095 +1 1.33605550 +1 5.53753430 +1
H -13.88408157 +1 1.41629451 +1 4.99164006 +1
C -12.85113512 +1 0.89537634 +1 6.84171275 +1
H -13.77517892 +1 0.56235348 +1 7.32949521 +1
C -11.62019414 +1 0.84655332 +1 7.54772906 +1
C -10.49277623 +1 1.33867770 +1 6.83412215 +1
H -9.51728802 +1 1.38324529 +1 7.33159045 +1
C -10.59154197 +1 1.74924531 +1 5.52273918 +1
H -9.72071356 +1 2.12563073 +1 4.95632899 +1
C -11.51335697 +1 0.30016209 +1 8.85090811 +1
C -12.61942889 +1 -0.28914944 +1 9.54354453 +1
H -12.39740735 +1 -0.79362000 +1 10.50542519 +1
O -13.80183162 +1 -0.28225954 +1 9.21229716 +1
C -10.28157122 +1 0.23536506 +1 9.58340394 +1
H -10.25417915 +1 -0.42876041 +1 10.47044046 +1
O -9.25394461 +1 0.87180079 +1 9.36529601 +1
N -11.79026909 +1 1.70045481 +1 4.85980601 +1
N 12.07100945 +1 1.89404286 +1 -0.02636003 +1
H 12.15044551 +1 2.35145302 +1 0.92560253 +1
C 13.19027844 +1 1.43265811 +1 -0.66352437 +1
H 14.14843906 +1 1.51247127 +1 -0.11160167 +1
C 13.11415019 +1 0.89802535 +1 -1.93289865 +1
H 14.03125125 +1 0.51557298 +1 -2.39641397 +1
C 11.88672159 +1 0.83510678 +1 -2.64188119 +1
C 10.75264896 +1 1.32159697 +1 -1.93693822 +1
H 9.76663098 +1 1.29425016 +1 -2.41330579 +1
C 10.85883736 +1 1.83291831 +1 -0.66095858 +1
H 9.98103594 +1 2.20503842 +1 -0.10250227 +1
C 11.78542149 +1 0.28591941 +1 -3.94614117 +1
C 12.89015163 +1 -0.30205665 +1 -4.64062528 +1
H 12.67252508 +1 -0.78211454 +1 -5.61640091 +1
O 14.06790314 +1 -0.32138131 +1 -4.29388698 +1
C 10.55080462 +1 0.21659149 +1 -4.66959546 +1
H 10.51920020 +1 -0.44148760 +1 -5.56112421 +1
O 9.51877655 +1 0.84026815 +1 -4.43228166 +1
N 0.27886120 +1 0.01521638 +1 4.89572453 +1
H 0.20958740 +1 0.44261038 +1 3.93533138 +1
C -0.84229133 +1 -0.44029570 +1 5.53622377 +1
H -1.80030218 +1 -0.36549852 +1 4.98350340 +1
C -0.76515029 +1 -0.96683091 +1 6.80892840 +1
H -1.68141442 +1 -1.34075322 +1 7.27953931 +1
C 0.46362319 +1 -1.03562744 +1 7.51711945 +1
C 1.59726228 +1 -0.55170436 +1 6.80837798 +1
H 2.58477093 +1 -0.57983470 +1 7.28315353 +1
C 1.49074985 +1 -0.04396865 +1 5.53166233 +1
H 2.36873624 +1 0.32644045 +1 4.97158393 +1
C 0.56286698 +1 -1.58797521 +1 8.81910573 +1
C -0.54514794 +1 -2.16606514 +1 9.51948935 +1
H -0.32387332 +1 -2.64192723 +1 10.49659211 +1
O -1.72488252 +1 -2.18029929 +1 9.18126174 +1
C 1.79612842 +1 -1.65276429 +1 9.54667267 +1
H 1.82889953 +1 -2.31300441 +1 10.43677050 +1
O 2.82323369 +1 -1.01937805 +1 9.31552485 +1
H 0.07126122 +1 0.59768249 +1 0.89761576 +1
C 1.11371818 +1 -0.32501912 +1 -0.68399727 +1
H 2.06974766 +1 -0.25597944 +1 -0.12737709 +1
C 1.03019021 +1 -0.92340482 +1 -1.92455668 +1
H 1.93793188 +1 -1.34784964 +1 -2.37043043 +1
C -0.19771358 +1 -1.00369100 +1 -2.63244823 +1
C -1.32969268 +1 -0.50448745 +1 -1.93171396 +1
H -2.32433294 +1 -0.58199921 +1 -2.38568922 +1
C -1.21528444 +1 0.07191923 +1 -0.68443138 +1
H -2.09708782 +1 0.43170312 +1 -0.12344073 +1
C -0.29766971 +1 -1.57778785 +1 -3.92548467 +1
C 0.80835416 +1 -2.16228201 +1 -4.62397263 +1
H 0.58922397 +1 -2.63758469 +1 -5.60250422 +1
O 1.98591517 +1 -2.18424499 +1 -4.27930881 +1
C -1.53475641 +1 -1.65858194 +1 -4.64279288 +1
H -1.56905838 +1 -2.32261497 +1 -5.53041791 +1
O -2.56808080 +1 -1.03909726 +1 -4.40101821 +1
N 6.61141445 +1 -2.69085022 +1 8.88475775 +1
H 6.67449794 +1 -3.11556340 +1 9.85333102 +1
C 7.73364990 +1 -2.24873467 +1 8.24160832 +1
H 8.69317369 +1 -2.33412816 +1 8.78984514 +1
C 7.65698734 +1 -1.72812637 +1 6.96543795 +1
H 8.57602213 +1 -1.36170568 +1 6.49408598 +1
C 6.42734572 +1 -1.66457439 +1 6.26339245 +1
C 5.29195539 +1 -2.14024239 +1 6.97165349 +1
H 4.30614372 +1 -2.11932337 +1 6.49615167 +1
C 5.39890120 +1 -2.63568489 +1 8.25316017 +1
H 4.52242582 +1 -3.00170118 +1 8.81878195 +1
C 6.32513294 +1 -1.12713176 +1 4.95251320 +1
C 7.42116849 +1 -0.52380571 +1 4.26088194 +1
H 7.19239361 +1 -0.03328429 +1 3.29241260 +1
O 8.60418721 +1 -0.50169125 +1 4.59167866 +1
C 5.09965454 +1 -1.09699357 +1 4.21341576 +1
H 5.06619129 +1 -0.45035451 +1 3.31354342 +1
O 4.08002091 +1 -1.74622580 +1 4.43570719 +1
N -6.34320627 +1 -2.69903354 +1 -3.98747783 +1
H -6.42025943 +1 -3.13797882 +1 -4.94587944 +1
C -7.46245651 +1 -2.25029949 +1 -3.34405876 +1
H -8.42384053 +1 -2.33769825 +1 -3.88982913 +1
C -7.38422486 +1 -1.72347167 +1 -2.07121960 +1
H -8.30190823 +1 -1.34906442 +1 -1.60333800 +1
C -6.15534802 +1 -1.66441733 +1 -1.36696926 +1
C -5.02166489 +1 -2.14432293 +1 -2.07541251 +1
H -4.03613991 +1 -2.12483174 +1 -1.59908749 +1
C -5.12972020 +1 -2.64416602 +1 -3.35590338 +1
H -4.25424026 +1 -3.01456188 +1 -3.92002259 +1
C -6.05280608 +1 -1.12691376 +1 -0.05684551 +1
C -7.15162640 +1 -0.52696160 +1 0.63511156 +1
H -6.92397085 +1 -0.03210001 +1 1.60128485 +1
O -8.33452102 +1 -0.51176484 +1 0.30473771 +1
C -4.82833035 +1 -1.09536110 +1 0.68478634 +1
H -4.79621818 +1 -0.44477242 +1 1.58187691 +1
O -3.80878304 +1 -1.74598935 +1 0.46687758 +1
N -5.46170684 +1 -0.82098069 +1 8.89345339 +1
H -5.38492659 +1 -1.23638942 +1 9.86159629 +1
C -4.33973711 +1 -0.37978462 +1 8.24725609 +1
H -3.38233986 +1 -0.46107964 +1 8.79993516 +1
C -4.41661916 +1 0.13698924 +1 6.97116134 +1
H -3.49906414 +1 0.49738541 +1 6.49187571 +1
C -5.64883266 +1 0.20784248 +1 6.27067710 +1
C -6.78482165 +1 -0.25949028 +1 6.98445068 +1
H -7.77375209 +1 -0.22656859 +1 6.51437159 +1
C -6.67652490 +1 -0.75981802 +1 8.26462327 +1
H -7.55474037 +1 -1.12204008 +1 8.82999114 +1
C -5.74986548 +1 0.74360088 +1 4.96070869 +1
C -4.64842865 +1 1.34551561 +1 4.26797744 +1
H -4.87126831 +1 1.81505610 +1 3.28820545 +1
O -3.47364926 +1 1.38771913 +1 4.61818151 +1
C -6.97523927 +1 0.77701315 +1 4.22458229 +1
H -7.01003859 +1 1.42019764 +1 3.32216870 +1
O -7.99947070 +1 0.13588377 +1 4.45562464 +1
N 5.72893766 +1 -0.83032773 +1 -3.99442414 +1
H 5.65718545 +1 -1.27273569 +1 -4.94965811 +1
C 4.60797188 +1 -0.38125016 +1 -3.35037243 +1
H 3.64974670 +1 -0.46449411 +1 -3.90176132 +1
C 4.68586802 +1 0.14420543 +1 -2.07617688 +1
H 3.76930529 +1 0.51055633 +1 -1.60047650 +1
C 5.91609799 +1 0.21384180 +1 -1.37249656 +1
C 7.05067463 +1 -0.25880142 +1 -2.08691452 +1
H 8.03923292 +1 -0.22705794 +1 -1.61661931 +1
C 6.94264959 +1 -0.76583814 +1 -3.36385722 +1
H 7.82070646 +1 -1.13352367 +1 -3.92745044 +1
C 6.02103591 +1 0.75200138 +1 -0.06375354 +1
C 4.92983783 +1 1.35667561 +1 0.64415414 +1
H 5.17421276 +1 1.83522542 +1 1.61561001 +1
O 3.74599620 +1 1.39426925 +1 0.32632180 +1
C 7.24805880 +1 0.78117045 +1 0.67267991 +1
H 7.28475056 +1 1.42783710 +1 1.57299010 +1
O 8.26877117 +1 0.13348525 +1 0.44720869 +1
O -11.84175826 +1 -0.71649441 +1 2.51375440 +1
H -11.02913548 +1 -0.13816338 +1 2.47991569 +1
H -12.64850114 +1 -0.13151030 +1 2.52508432 +1
O 0.15333437 +1 1.21434949 +1 2.44892166 +1
H 0.96388666 +1 1.78369298 +1 2.45760002 +1
H -0.64271948 +1 1.80476991 +1 2.51297144 +1
O -6.34088490 +1 -0.10111286 +1 -6.20815882 +1
H -7.14872118 +1 -0.68400250 +1 -6.20213132 +1
H -5.55691258 +1 -0.71385932 +1 -6.26106109 +1
O 5.64590288 +1 1.78937721 +1 -6.27679649 +1
H 4.83242680 +1 1.22219866 +1 -6.25842781 +1
H 6.43614322 +1 1.19042527 +1 -6.33385781 +1
O -9.63477110 +1 0.59892046 +1 2.37641857 +1
H -9.09304010 +1 0.38430655 +1 3.15911242 +1
H -9.20457454 +1 0.16417114 +1 1.61336691 +1
O 9.92478251 +1 0.57739648 +1 2.51596012 +1
H 9.37925142 +1 0.38775199 +1 1.72980545 +1
H 9.47891313 +1 0.14801676 +1 3.27257676 +1
O 2.40366080 +1 -1.35270378 +1 2.37119732 +1
H 2.95489315 +1 -1.54120150 +1 3.14840799 +1
H 2.84578708 +1 -1.76386007 +1 1.60704630 +1
O -2.13223188 +1 -1.34410486 +1 2.53125159 +1
H -2.68173684 +1 -1.52881773 +1 1.75117617 +1
H -2.57823395 +1 -1.75966863 +1 3.29101861 +1
O 15.45317395 +1 -1.53373242 +1 -6.24765139 +1
H 14.92541790 +1 -1.39618973 +1 -7.05540822 +1
H 14.97877858 +1 -1.07019165 +1 -5.52777364 +1
O -4.21112666 +1 -1.54624807 +1 -6.46071593 +1
H -3.67387323 +1 -1.34828873 +1 -5.67027342 +1
H -3.74152618 +1 -1.13081980 +1 -7.21172404 +1
O 3.36533543 +1 0.49524429 +1 -6.16532081 +1
H 2.83433231 +1 0.58803072 +1 -6.97309878 +1
H 2.89936803 +1 0.97494384 +1 -5.45931367 +1
O 7.87230202 +1 0.44393311 +1 -6.51774556 +1
H 8.40547003 +1 0.59533922 +1 -5.71644819 +1
H 8.35743381 +1 0.88489815 +1 -7.23993465 +1
N -0.01175486 +1 -3.78273756 +1 -0.00968422 +1
H -11.87425204 +1 -1.50301115 +1 3.92905481 +1
C -12.92057546 +1 -2.35697873 +1 5.54595550 +1
H -13.88033233 +1 -2.28109276 +1 4.99524966 +1
C -12.84464095 +1 -2.86971303 +1 6.82409178 +1
H -13.76317238 +1 -3.24005252 +1 7.29411301 +1
C -11.61601130 +1 -2.92877954 +1 7.53006370 +1
C -10.48309317 +1 -2.44451102 +1 6.82220260 +1
H -9.49853675 +1 -2.45484152 +1 7.30230367 +1
C -10.58800251 +1 -1.95622469 +1 5.53753377 +1
H -9.71054001 +1 -1.58866988 +1 4.97449986 +1
C -11.51375572 +1 -3.47366889 +1 8.83659777 +1
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O -13.79843983 +1 -4.07357064 +1 9.19667809 +1
C -10.28083786 +1 -3.53205225 +1 9.56317994 +1
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O 14.05450442 +1 -4.12764034 +1 -4.29495241 +1
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C 1.48974460 +1 -3.82670057 +1 5.52082952 +1
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C 0.56011692 +1 -5.34396146 +1 8.82061767 +1
C -0.54599378 +1 -5.92693854 +1 9.52010322 +1
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C 1.79377619 +1 -5.40768409 +1 9.54382091 +1
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C 1.03523493 +1 -4.73270055 +1 -1.93667311 +1
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C -0.19514294 +1 -4.79901336 +1 -2.63987280 +1
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C 7.42362930 +1 -4.28520609 +1 4.25950332 +1
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C -5.65037391 +1 -3.56357586 +1 6.27068160 +1
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C -6.67744188 +1 -4.52382949 +1 8.26847071 +1
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C -5.75238835 +1 -3.02520115 +1 4.96313087 +1
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O -3.46794856 +1 -2.42802529 +1 4.59614110 +1
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O -8.00333128 +1 -3.62414909 +1 4.45797654 +1
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C 5.92125076 +1 -3.56496063 +1 -1.37769929 +1
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H 8.04418061 +1 -4.00497517 +1 -1.62103829 +1
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O 3.73720659 +1 -2.43188625 +1 0.30091677 +1
C 7.25212302 +1 -2.97396558 +1 0.66210776 +1
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O 15.41062535 +1 -5.37779735 +1 -6.24425895 +1
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H 2.84831730 +1 -3.26336414 +1 -7.03321988 +1
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O 7.85522517 +1 -3.42668233 +1 -6.48678303 +1
H 8.38674653 +1 -3.21242788 +1 -5.69852554 +1
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N -0.00552808 +1 -7.55078503 +1 -0.01981742 +1
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C -12.91859665 +1 -6.11751608 +1 5.54229388 +1
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C -11.61428881 +1 -6.69352267 +1 7.52458345 +1
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2-(4-pyridyl)malondialdehyde sesquihydrate
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C 12.81908808 +1 -4.16512000 +1 -4.56953230 +1
H 12.58782589 +1 -4.76686150 +1 -5.47261480 +1
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C 10.46271594 +1 -3.65875110 +1 -4.66104840 +1
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