184 2-(2-(3-Carboxypyridyl))-4-isopropyl-4-methyl-5-oxo-imidazole (JAZCOC01)
(Previous) 5-Formato uracil (POWBAF)
(Back) Elements:
O 3
C 13
N 3
H 15
(Z = 8)
(Periodic Table)
(Next) Uric acid (URICAC)
Notes: Original journal reference: "X-Ray Crystallographic and NMR Evidence for a Uniquely Strong
OH...N Hydrogen Bond in the Solid State and Solution", Patrick Camilleri, Craig A. Marby,
Barbara Odell, Henry S. Rzepa, Richard N. Sheppard, James J. P. Stewart, and David J. Williams
J. CHEM. SOC., CHEM. COMMUN., p.1722 1989.
In this system, there is a proton between a nitrogen of the imidazole and an oxygen of the
carboxylate. The N - O distance is unusually short: X-Ray gives 2.465 Angstroms.
This system is also interesting in that the close N - O distance cannot be reproduced when
a molecule is calculated in isolation - the imidazole and pyridine rings twist out of plane.
Unit Cell Parameters: a b c alpha beta gamma Volume Density Heat of Formation (Kcal/mol)
X-ray: 16.31 10.78 7.17 85.60 90.00 90.00 1255.89 1.382 11.3 calc'd using PM7
PM7: 16.43 10.56 7.17 87.43 90.06 89.58 1242.96 1.396 -116.6 calc'd using PM7
PM6: 15.94 10.69 7.17 86.59 86.42 86.64 1214.31 1.429 -101.6 calc'd using PM6
X-Ray PM7 PM6
For X-Ray structure, contact the CCDC: http://www.ccdc.cam.ac.uk/
Optimized PM7 data set:
MERS=(1,1,2) CCDC GNORM=4
2-(2-(3-Carboxypyridyl))-4-isopropyl-4-methyl-5-oxo-imidazole (JAZCOC01)
O -0.01030509 +1 0.03319034 +1 0.00868280 +1
C -1.68258593 +1 7.09828187 +1 -5.75513127 +1
O -1.71379525 +1 8.18893482 +1 -6.25761414 +1
C -2.11675378 +1 5.71796268 +1 -6.34885911 +1
N -1.76976121 +1 4.78475130 +1 -5.25799860 +1
C -1.28392603 +1 5.43975602 +1 -4.22664437 +1
C -0.84006128 +1 4.81736847 +1 -2.96044778 +1
N -0.47380412 +1 5.76263858 +1 -2.05870662 +1
C 0.00800869 +1 5.39729464 +1 -0.86749135 +1
C 0.12493635 +1 4.04735642 +1 -0.50251596 +1
C -0.27758385 +1 3.08379985 +1 -1.41339058 +1
C -0.77147129 +1 3.44596482 +1 -2.68355794 +1
C -1.15148841 +1 2.25905509 +1 -3.52575357 +1
O -0.92397249 +1 1.15027571 +1 -3.07667042 +1
O -1.76747839 +1 2.34320117 +1 -4.67745862 +1
C -1.32987761 +1 5.41807950 +1 -7.64620114 +1
C 0.18051500 +1 5.54866623 +1 -7.42720266 +1
C -1.66611806 +1 4.02450120 +1 -8.18078837 +1
C -3.62779362 +1 5.74196931 +1 -6.53828932 +1
H -0.91469639 +1 7.51201988 +1 -3.76322407 +1
H 0.30966728 +1 6.21694970 +1 -0.20266089 +1
H 0.53007610 +1 3.77042055 +1 0.46891028 +1
H -0.20587052 +1 2.01491622 +1 -1.14474174 +1
H -1.89840623 +1 3.33686171 +1 -5.11537016 +1
H -1.65579275 +1 6.17610340 +1 -8.40760777 +1
H 0.47120842 +1 6.57647969 +1 -7.18607067 +1
H 0.73800592 +1 5.24754799 +1 -8.32056337 +1
H 0.53057834 +1 4.90585756 +1 -6.60275593 +1
H -2.73598953 +1 3.93065892 +1 -8.40501491 +1
H -1.40302581 +1 3.24007217 +1 -7.46021190 +1
H -1.12617541 +1 3.82550952 +1 -9.11485458 +1
H -3.92461084 +1 6.46024275 +1 -7.30902808 +1
H -4.15200483 +1 5.99633880 +1 -5.59678984 +1
H -4.01428900 +1 4.75025518 +1 -6.81832109 +1
N -1.20609077 +1 6.82222515 +1 -4.45605050 +1
N -0.51596395 +1 -1.33949585 +1 -1.78892083 +1
C -0.03994646 +1 -1.05647880 +1 -0.49173237 +1
C 0.39527565 +1 -2.43572176 +1 0.10675252 +1
N 0.05012224 +1 -3.37313611 +1 -0.98148101 +1
C -0.43473142 +1 -2.72300323 +1 -2.01400170 +1
C -0.87679064 +1 -3.34487548 +1 -3.28223669 +1
N -1.24147310 +1 -2.39899036 +1 -4.18375226 +1
C -1.72740599 +1 -2.76150031 +1 -5.37425928 +1
C -1.84593287 +1 -4.11128007 +1 -5.73982212 +1
C -1.44172273 +1 -5.07589359 +1 -4.83065177 +1
C -0.94676097 +1 -4.71610940 +1 -3.56043419 +1
C -0.57620051 +1 -5.90372050 +1 -2.71512346 +1
O -0.82813266 +1 -7.01728160 +1 -3.13728057 +1
O 0.05499559 +1 -5.81475013 +1 -1.56908875 +1
C -0.39129954 +1 -2.73345775 +1 1.40402307 +1
C -1.90129009 +1 -2.60322055 +1 1.18448823 +1
C -0.05502969 +1 -4.12706414 +1 1.93845946 +1
C 1.90646553 +1 -2.41176064 +1 0.29635777 +1
H -0.79347411 +1 -0.65892118 +1 -2.49831399 +1
H -2.03163764 +1 -1.93963397 +1 -6.03639699 +1
H -2.25390821 +1 -4.38732352 +1 -6.71011689 +1
H -1.51530128 +1 -6.14505145 +1 -5.09919325 +1
H 0.18602014 +1 -4.82538860 +1 -1.13181918 +1
H -0.06426016 +1 -1.97548792 +1 2.16538258 +1
H -2.19236500 +1 -1.57541151 +1 0.94456365 +1
H -2.45945380 +1 -2.90442427 +1 2.07738780 +1
H -2.25090686 +1 -3.24608083 +1 0.36004329 +1
H 1.01562189 +1 -4.21915535 +1 2.16121198 +1
H -0.31692895 +1 -4.91180565 +1 1.21764998 +1
H -0.59747775 +1 -4.32574097 +1 2.87115140 +1
H 2.20304281 +1 -1.69374218 +1 1.06784800 +1
H 2.42996724 +1 -2.15999357 +1 -0.64586122 +1
H 2.29248586 +1 -3.40343691 +1 0.57797127 +1
N 3.06952972 +1 -8.98939201 +1 -1.78578329 +1
C 3.54561902 +1 -9.26608507 +1 -0.48637152 +1
O 3.57674014 +1 -10.35740130 +1 0.01557761 +1
C 3.97976609 +1 -7.88518277 +1 0.10692719 +1
N 3.63212424 +1 -6.95256016 +1 -0.98387946 +1
C 3.14743379 +1 -7.60639047 +1 -2.01478121 +1
C 2.70387491 +1 -6.98545319 +1 -3.28164450 +1
N 2.33802332 +1 -7.93047440 +1 -4.18286255 +1
C 1.85562147 +1 -7.56583434 +1 -5.37478974 +1
C 1.73917849 +1 -6.21649355 +1 -5.74029923 +1
C 2.14128548 +1 -5.25174067 +1 -4.82945129 +1
C 2.63512001 +1 -5.61371175 +1 -3.55934962 +1
C 3.01534409 +1 -4.42649370 +1 -2.71783446 +1
O 2.78801608 +1 -3.31791701 +1 -3.16674600 +1
O 3.63185174 +1 -4.50942674 +1 -1.56567818 +1
C 3.19320844 +1 -7.58514521 +1 1.40413871 +1
C 1.68291891 +1 -7.71628448 +1 1.18521919 +1
C 3.52995057 +1 -6.19202781 +1 1.93927067 +1
C 5.49097528 +1 -7.90935284 +1 0.29614250 +1
H 2.77707518 +1 -9.67957441 +1 -2.47872277 +1
H 1.55367804 +1 -8.38583012 +1 -6.03894682 +1
H 1.33415416 +1 -5.94030862 +1 -6.71094918 +1
H 2.07021737 +1 -4.18310696 +1 -5.09906349 +1
H 3.76304760 +1 -5.50221296 +1 -1.12770212 +1
H 3.51917877 +1 -8.34361507 +1 2.16524028 +1
H 1.39237605 +1 -8.74423612 +1 0.94448552 +1
H 1.12512344 +1 -7.41481689 +1 2.07824808 +1
H 1.33292265 +1 -7.07408478 +1 0.36038089 +1
H 4.59960620 +1 -6.09890933 +1 2.16475466 +1
H 3.26760863 +1 -5.40668011 +1 1.21934599 +1
H 2.99014330 +1 -5.99307624 +1 2.87344268 +1
H 5.78804180 +1 -8.62800738 +1 1.06667674 +1
H 6.01478367 +1 -8.16309198 +1 -0.64553364 +1
H 5.87738808 +1 -6.91779086 +1 0.57709336 +1
N 2.37946934 +1 -0.82972001 +1 -4.45407126 +1
C 1.90205744 +1 -1.11252432 +1 -5.75061483 +1
O 1.87103181 +1 -2.20183395 +1 -6.25129738 +1
C 1.46748299 +1 0.26690768 +1 -6.34877759 +1
N 1.81292454 +1 1.20399372 +1 -5.26017072 +1
C 2.29859347 +1 0.55339354 +1 -4.22761485 +1
C 2.74155632 +1 1.17388164 +1 -2.95989048 +1
N 3.10481575 +1 0.22821886 +1 -2.05732626 +1
C 3.59220727 +1 0.59257730 +1 -0.86787735 +1
C 3.70969536 +1 1.94268517 +1 -0.50234925 +1
C 3.30607717 +1 2.90667840 +1 -1.41287764 +1
C 2.81153454 +1 2.54596586 +1 -2.68267509 +1
C 2.43936662 +1 3.73391553 +1 -3.52809159 +1
O 2.69416505 +1 4.84683709 +1 -3.10563132 +1
O 1.80293102 +1 3.64459999 +1 -4.67017051 +1
C 2.25447049 +1 0.56544703 +1 -7.64567961 +1
C 3.76454829 +1 0.43502777 +1 -7.42638721 +1
C 1.91870848 +1 1.95922707 +1 -8.17993871 +1
C -0.04359513 +1 0.24370168 +1 -6.53824487 +1
H 2.65403742 +1 -1.51176034 +1 -3.74466218 +1
H 3.89655518 +1 -0.22829895 +1 -0.20467334 +1
H 4.11719523 +1 2.22007432 +1 0.46734010 +1
H 3.37929987 +1 3.97588758 +1 -1.14523340 +1
H 1.67548402 +1 2.65447071 +1 -5.10948250 +1
H 1.92752732 +1 -0.19222039 +1 -8.40726307 +1
H 4.05524710 +1 -0.59302639 +1 -7.18695680 +1
H 4.32241223 +1 0.73613112 +1 -8.31964116 +1
H 4.11457445 +1 1.07836796 +1 -6.60232685 +1
H 0.84806202 +1 2.05170098 +1 -8.40236096 +1
H 2.18135975 +1 2.74404249 +1 -7.45934313 +1
H 2.46085150 +1 2.15773427 +1 -9.11293526 +1
H -0.34015469 +1 -0.47402149 +1 -7.30990626 +1
H -0.56725011 +1 -0.00805644 +1 -5.59609293 +1
H -0.42935153 +1 1.23557200 +1 -6.81972861 +1
O 7.15926889 +1 0.03283734 +1 0.00828664 +1
C 5.48557170 +1 7.09839532 +1 -5.75509563 +1
O 5.45425473 +1 8.18905834 +1 -6.25779499 +1
C 5.05138519 +1 5.71789784 +1 -6.34871521 +1
N 5.39859952 +1 4.78470110 +1 -5.25800132 +1
C 5.88397740 +1 5.43914331 +1 -4.22726808 +1
C 6.32769015 +1 4.81708150 +1 -2.96074482 +1
N 6.69394644 +1 5.76229246 +1 -2.05898318 +1
C 7.17650893 +1 5.39706816 +1 -0.86795432 +1
C 7.29373251 +1 4.04736062 +1 -0.50268789 +1
C 6.89013074 +1 3.08368196 +1 -1.41318109 +1
C 6.39620334 +1 3.44560248 +1 -2.68338629 +1
C 6.01620034 +1 2.25825929 +1 -3.52448064 +1
O 6.24352401 +1 1.14943921 +1 -3.07571479 +1
O 5.39988790 +1 2.34053027 +1 -4.67685201 +1
C 5.83790317 +1 5.41736273 +1 -7.64604656 +1
C 7.34821323 +1 5.54857873 +1 -7.42724719 +1
C 5.50154217 +1 4.02403491 +1 -8.18066266 +1
C 3.54012985 +1 5.74149837 +1 -6.53789617 +1
H 6.25451815 +1 7.51208051 +1 -3.76371513 +1
H 7.47872287 +1 6.21648591 +1 -0.20309685 +1
H 7.69796981 +1 3.77067008 +1 0.46879077 +1
H 6.96033020 +1 2.01480067 +1 -1.14386737 +1
H 5.26640245 +1 3.33148499 +1 -5.11348948 +1
H 5.51175234 +1 6.17545293 +1 -8.40734339 +1
H 7.63891300 +1 6.57638480 +1 -7.18606760 +1
H 7.90569720 +1 5.24741558 +1 -8.32055972 +1
H 7.69826071 +1 4.90578865 +1 -6.60276756 +1
H 4.43190159 +1 3.93053487 +1 -8.40585153 +1
H 5.76425045 +1 3.23883202 +1 -7.46069000 +1
H 6.04114707 +1 3.82504666 +1 -9.11496775 +1
H 3.24288754 +1 6.45961259 +1 -7.30880301 +1
H 3.01628013 +1 5.99544369 +1 -5.59629846 +1
H 3.15409003 +1 4.74969652 +1 -6.81829300 +1
N 5.96146872 +1 6.82219249 +1 -4.45608454 +1
N 6.65183498 +1 -1.34049480 +1 -1.78856317 +1
C 7.12871584 +1 -1.05658816 +1 -0.49193540 +1
C 7.56367916 +1 -2.43575165 +1 0.10674215 +1
N 7.21942855 +1 -3.37354930 +1 -0.98146363 +1
C 6.73344714 +1 -2.72418359 +1 -2.01372776 +1
C 6.29106322 +1 -3.34514957 +1 -3.28218219 +1
N 5.92886091 +1 -2.39908005 +1 -4.18429987 +1
C 5.44033435 +1 -2.76143123 +1 -5.37381776 +1
C 5.32088525 +1 -4.11114833 +1 -5.73966762 +1
C 5.72510469 +1 -5.07590682 +1 -4.83074999 +1
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C 6.59074434 +1 -5.90401763 +1 -2.71529214 +1
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Tv 14.34038998 +1 -0.06090398 +1 0.01339825 +1
Optimized PM6 data set:
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2-(2-(3-Carboxypyridyl))-4-isopropyl-4-methyl-5-oxo-imidazole (JAZCOC01)
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